TCMD中藥化學數據庫中文版用戶說明書

T T TC C CMDMDMD 中藥化學數據庫中文版用戶說明書中藥化學數據庫中文版用戶說明書 1 1 T T TC C C MDMDMD 中藥化學數據庫中文版用戶說明書中藥化學數據庫中文版用戶說明書 1 TCMD 產品特性及內容 3 1 1 產品研制背景和意義 3 1 2 TCMD 體現了科學性和實用性的統(tǒng)一 3 1 3 TCMD 產品的應用領域 3 1 4 TCMD 2003 1 版本的內容 3 1 4 1 9127 種化合物 3 1 4 2 3922 種中藥藥用植物 4 1 4 3 9127 種化合物的三維結構庫 4 1 5 TCMD 產品的檢索功能和用途 5 2 ISIS Base 平臺使用說明 5 2 1 文本查詢 5 2 1 1 SBF 方式 5 2 1 2 QB 方式 5 2 2 結構查詢 5 2 2 1 SBF 方式 5 2 2 2 QB 方式 6 2 3 交叉查詢 6 2 3 1 SBF 方式 6 2 3 2 QB 方式 6 3 TCMD 產品的應用實例 6 實例 01 化合物 ID 號檢索 6 實例 02 化合物中文名稱檢索 6 實例 04 化合物分子式檢索 7 實例 05 化合物分子量檢索 7 實例 06 化合物的物化性質檢索 7 實例 07 從植物檢索化合物 從化合物表出發(fā) 7 實例 08 從植物檢索化合物 從植物表出發(fā) 8 實例 09 檢索某科植物中的全部化合物 8 實例 11 某科植物化學成分的藥理活性分布 8 實例 12 檢出某屬植物中含有的化合物 8 實例 13 指定中藥的功效檢索有關化合物 8 實例 14 指定中藥的適應癥檢索有關化合物 8 實例 15 抑制劑及其藥理模型檢索 10 實例 16 復合檢索例 10 實例 17 參考文獻查詢 10 實例 19 定題檢索 11 實例 20 三維藥效團檢索實例 搜尋和 GABAA 受體結合的配體 11 4 動畫演示實例 11 5 結果數據導出 11 T T TC C CMDMDMD 中藥化學數據庫中文版用戶說明書中藥化學數據庫中文版用戶說明書 2 2 5 1 Excel 表格 11 5 2 SDF RDF ISIS Base 格式 12 6 聯系咨詢 12 T T TC C CMDMDMD 中藥化學數據庫中文版用戶說明書中藥化學數據庫中文版用戶說明書 3 3 1 TCMD 產品特性及內容產品特性及內容 1 1 產品研制背景和意義 中藥化學數據庫 Traditional Chinese Medicines Database TCMD 2003 1 是中科院過程工程研究所分子設計課題組在長期從事藥物 設計方法研究的背景下 對數據庫工具的國內外需求進行分析 經多年努力研制成功的科學數據庫產品 是一個支持新藥研發(fā)和中藥 現代化研究的新型工具 與其內容相近的英文專著 Traditional Chinese medicines 第二版已于 2003 年 3 月在國外廣泛發(fā)行 現推出中文 版產品以滿足國內各方面的需要 1 2 TCMD 體現了科學性和實用性的統(tǒng)一 采用確切的立體化學方式表達化學結構信息 采用規(guī)范的格式化表達處理化合物生物活性和中藥功效 適應癥和藥理信息 采用嚴格的植物分類系統(tǒng) 鄭萬鈞分類系統(tǒng)和恩格勒分類系統(tǒng) 表達中藥源植物 安裝在通用的 MDL 公司 ISISBase 平臺上 在 Windows 環(huán)境下運行 用戶無需編程 也不要求具有專門的計算機知識 檢索 瀏覽 和輸出方便自如 同時也可方便地和 Tripos Accelrys 等其他分子設計軟件系統(tǒng)相連接 1 3 TCMD 產品的應用領域 TCMD 是一個多學科交叉的科學數據庫 涉及中藥現代化研究 中藥化學 藥物化學 植物化學 化學信息學 中藥藥理學 分子藥 理學 藥物設計學 天然產物研究與開發(fā) 新藥創(chuàng)制 新劑型中藥研發(fā) 新農藥及其它農用化學品的研發(fā)等諸多研究及開發(fā)領域 相 信只要初步了解了它所包含的信息類別和內容 上述領域的工作者都可以在自己的領域中找到令人興奮的用途 1 4 TCMD 2003 1 版本的內容 該產品 2003 1 版本包含三部分內容 化合物 中藥藥用植物 和一個三維結構庫 1 4 1 9127 種化合物 該產品第一部分內容是從 1800 多篇 部 中英文書籍和研究論文中收集的 9127 種從中草藥中分離出來的化合物信息 每種化合物下列 10 項數據 唯一代碼 中文名稱 英文名稱 CAS 登錄號 分子式 分子量 物理化學性質 晶體形態(tài) 熔點 沸點 旋光度等 格 式化的生物活性數據 即藥理模型實驗結果 3000 種化合物有此數據 含有該化合物的中藥名單 含立體化學信息的結構式和參考文 獻 以人參皂甙 Rd 和紫杉醇示例 中藥生物活性化合物信息舉例 3368 Ginsenoside Rd 人參皂甙 Rd Gypenoside VIII 52705 93 8 C48H82O18 947 18 物化性質 白色粉末 乙醇 正丁醇 1 1 mp 206 209 C D22 19 38 c 1 03 甲醇 藥理活性 抗心律失常 BaCl2引起的大白鼠心律不齊 抗病毒 抑制 HSV 1 的復制 大白鼠肝臟勻漿的抗 氧化劑 H2O2所致 IC50 12 0 0 8 g ml by FeSO4 IC50 457 5 15 4 g ml 11 羥甾類脫氫酶抑制劑 cAMP 磷酸二酯 酶抑制劑 in vitro IC50 84 M 促進軟毛霉素和長春花鹼的細胞毒作用 促進皮質酮血漿分泌 ED50 112 mumol kg 調節(jié)腎功能和抑制腎小球再生 血管擴張劑 原植物 絞股藍 秦嶺珠子參 人參 西洋參 參考文獻 4 87 451 900 T T TC C CMDMDMD 中藥化學數據庫中文版用戶說明書中藥化學數據庫中文版用戶說明書 4 4 O OH OH OH O OH O OH OH OH O OH O OH OH OH O OH H H H H 8160 Taxol 紫杉醇 Paclitaxel 33069 62 4 C47H51NO14 853 93 物化性質 D 49 甲醇 mp 213 216 C D 54 甲醇 mp 194 197 C D 42 甲醇 mp 198 203 C D 54 甲醇 mp 205 208 C D 21 吡啶 藥理活性 抗腫瘤 用于治療卵巢癌 乳 房癌 肺癌和鼻咽癌 原植物 短葉紅豆杉 海南粗榧 醬果紫杉 喜馬拉雅紅豆杉 云南紅豆杉 紫杉 參考文獻 5 6 202 662 O OH O O H O O O OH N H H O O O H OH O O 1 4 2 3922 種中藥藥用植物 該產品第二部分內容是與上述 9127 種化合物相關的 3922 種藥用植物 少數為動物 的中藥學系統(tǒng)描述 這 3922 種源植物分為四類 第 一類 代表性源植物 1934 種 第二類 等效源植物 381 種 共 2315 種傳統(tǒng)中藥 第三類 中藥同屬植物 1289 種 是國內外用現 代模式研究中藥資源的寶貴資料 體現了傳統(tǒng)中藥知識和現代研究成果的連接 第四類 當前受關注的藥用植物 318 種 是國內外研 究熱點 對前兩類 2315 種源植物中的每一種 都含下列 9 項數據 唯一代碼 中藥名 拉丁名 科屬 藥用部位 傳統(tǒng)功效 適應癥 現代藥理以及該植物含有的化合物名單 對后兩類同屬及研究熱點植物 也都列有其化合物名單 以當歸為例 用屬名 Angelica 檢索 中藥藥用植物信息舉例 642 DANG GUI 當歸 Angelica sinensis Oliv Diels 傘形科 Umbelliferae 藥用部位 根 功效 養(yǎng)血調經 活血止痛 潤腸解秘 適應癥 婦女病 血虛諸證 月經失調 閉經痛經 貧血痛經 血栓靜脈炎 神經痛 關節(jié)炎 慢性腎炎 狹 窄性主動脈炎 血虛 惡性貧血 葉酸不足型貧血 痢疾 肝炎 Raynaud 氏病 神經痛 腰痛 血瘀風濕痹證之各種疼 痛 瘡瘍 癰 便秘 胃腸道潰瘍 皮膚病 濕疹 皮炎 神經性皮炎 牛皮癬 現代藥理 降壓 抗心肌缺血 抗心律 失常 擴張冠狀血管 增強耐缺氧能力 降血脂 抗動脈粥樣硬化 擴張外周血管 抗癌 增強造血功能 抗血小 板聚集 抗凝血 抗血栓 改善腎功能 保肝 利膽 抑制平滑肌 解痙 抗細菌 抗氧化 免疫增強 增強單核 巨噬細胞吞噬功能 抗炎 抗變態(tài)反應 化合物成份 158 159 160 161 310 457 491 764 921 958 1035 1119 1125 1219 1272 1320 1372 1529 1704 1706 2268 2356 2380 2504 2510 2532 2535 2603 2951 2952 2955 3070 3109 3580 3821 4376 4413 4898 5614 6114 6270 6761 6770 6818 7601 7614 7933 7934 7963 8268 8270 8740 8795 8800 8908 8910 8910 和當歸同屬的中藥有 白芷 東當歸 獨活 前胡 土當歸 都有和上面類似的信息 和當歸同屬的植物有 北方當歸 北海當歸 長邊花當歸 光滑當歸 厚果當歸 凱氏當歸 曲膝當歸 日本當歸 施氏當歸 藥用當歸 圓當歸 直根當歸 都有和上面類似的 化合物成份名單 1 4 3 9127 種化合物的三維結構庫 第三部分內容是含有 9127 種化合物的三維結構庫 這是一個非常有用的發(fā)現新藥的化合物結構信息源 可用來進行基于藥效團的三維 結構數據庫搜尋 或是進行基于分子對接的數據庫搜尋 用來發(fā)現新的先導化合物 也支持 3D QSAR 研究 T T TC C CMDMDMD 中藥化學數據庫中文版用戶說明書中藥化學數據庫中文版用戶說明書 5 5 1 5 TCMD 產品的檢索功能和用途 多途徑的文字及數據檢索功能 含立體化學的二維結構檢索功能 是對中藥傳統(tǒng)功效 有效成分 現代藥理三類信息進行連接及整合 是用綜和方法研究中藥現代化的有用工具 是藥物設計學中進行 QSAR 研究的豐富的數據源 是從系統(tǒng)的中草藥有效成分結構信息出發(fā) 發(fā)現新先導 進而創(chuàng)制新藥的有用工具 例如應用 3DFS 軟件進行三維藥效團檢索 直接得到先導物的侯選物 或用 Docking 方法尋找和特定蛋白受體相契合的先導物 是從中草藥資源出發(fā) 開發(fā)中藥新劑型產品的有用工具 2 ISIS Base 平臺使用說明平臺使用說明 ISIS Base 有兩種基本的查詢方式 一種是通過表來查詢 Search by Form SBF 也可以通過建立 query builder 來查詢 SB 2 1 文本查詢 2 1 1 SBF 方式 單擊菜單欄 query 進入 query 頁面 選定化合物表 compound 或植物表 plent 或參考文獻表 refer 雙擊該表中的指定結構域 輸入規(guī)則 如下 2 1 1 1對于單字節(jié)的域 例如化合物名 植物名 拉丁名 科 藥用部位可直接輸入準確的查詢文本即可 2 1 1 2對于多字節(jié)的域 如活性 性質 藥效 適應癥等 輸入方式為 like 查詢內容 2 1 1 3分子式直接輸入 2 1 1 4分子量可與 and 等布爾操作符結合作范圍查詢 2 1 2 QB 方式 單擊菜單欄 query 單擊菜單欄 Search 按鈕 在下拉菜單中選擇 query builder 進入 query builder 窗口 在 database field 欄中雙擊選中 要查詢的域 再在 operator 欄中選擇合適的操作符 是確切相同 多字節(jié)則用 like 要查詢的內容 數值型字節(jié)則結合 等建立查詢 最后點擊 OK 2 2 結構查詢 2 2 1 SBF 方式 單擊菜單欄 query 進入 query 頁面 選定化合物表 compound 雙擊化合物表 compound 中的結構域 Structure 從而進入 ISIS Draw 分子 編輯環(huán)境 畫出想查詢的分子結構式 單擊頁面左上方的 ISIS Base 按鈕回到 query 頁面 單擊菜單欄 Search 按鈕 在下拉菜單中選中 by form 即可得到查詢結果 T T TC C CMDMDMD 中藥化學數據庫中文版用戶說明書中藥化學數據庫中文版用戶說明書 6 6 2 2 2 QB 方式 單擊菜單欄 query 單擊菜單欄 Search 按鈕 在下拉菜單中選擇 query builder 進入 query builder 窗口 在 database field 欄中選擇雙擊 sturcture 在 operator 欄中選擇雙擊 sss 操作符 單擊 Read structure 選好問題結構文件所在的子目錄 雙擊事先存好的 MQUERY 結 構文件 文件名必須是 MQUERY MQUERY1 MQUERY2 等 此時 Structures 欄中出現該文件名 雙擊該文件名則自動寫入命令 最后 點擊 OK 即可 2 3 交叉查詢 2 3 1 SBF 方式 只需在想查詢的多個域中按規(guī)則輸入內容即可查詢 2 3 2 QB 方式 在 query builder 中結合 and or 等關系預算符就可建立交叉查詢 3 TCMD 產品的應用實例產品的應用實例 實例 01 化合物 ID 號檢索 庫中 9127 個化合物各有一個唯一的 ID 號 用 SBF 方式 單擊菜單欄 query 激活 ID 域 鍵入指定 ID 號或 ID 號范圍 單擊菜單欄 search 單擊下拉菜單中的 by form 即可 檢索結果見下表 類別類別方式方式檢索域檢索域鍵入鍵入命中數命中數注解及說明注解及說明 單項 SBF 化合物號12341 單項 SBF 化合物號Between 300 500201 單項 SBF 化合物號 9000127 單項 SBF 化合物號 10099 實例 02 化合物中文名稱檢索 有兩種情況 一是從中文全名檢索 此時用 SBF 方式 單擊菜單欄 query 激活中文名 Name 域 直接鍵入化合物中文名稱全名 乙酰丁香 油酚 單擊菜單欄 search 單擊下拉菜單中的 by form 即可 另一種是中文部分名檢索 用 SBF 方式 單擊菜單欄 query 激活中文名 Name 域 鍵入 Like 相思子 此處相思子為化合物中文部分名稱 單擊菜單欄 search 單擊下拉菜單中的 by form 即可檢出中文名 中有三字的化合物種 如相思子堿 各種相思子皂醇 相思子醌等 檢索結果見下表 類別類別方式方式檢索域檢索域鍵入鍵入命中數命中數注解及說明注解及說明 單項 SBF 中文名乙酰丁香油酚1 單項 SBF 中文名Like 相思子 19 單項 SBF 中文名Like 烯 700 T T TC C CMDMDMD 中藥化學數據庫中文版用戶說明書中藥化學數據庫中文版用戶說明書 7 7 實例 03 化合物英文名稱檢索 檢索方法和上例相同 只是要激活英文名 Eng Name 域 下面檢索結果表中給出了英文名中含字符串 taxol 的化合物 21 個 含字符 串 olean 齊墩果 的化合物 30 個 類別類別方式方式檢索域檢索域鍵入鍵入命中數命中數注解及說明注解及說明 單項 SBF 英文名taxol1 單項 SBF 英文名Like taxol 21 單項 SBF 英文名Like olean 30 實例 04 化合物分子式檢索 在 query 表中激活分子式 Formula 域 直接鍵入分子式 或是 like 部分分子式 或是分子式范圍 單擊菜單欄 search 單擊下拉菜單中 的 by form 即可 檢索結果見下表 類別類別方式方式檢索域檢索域鍵入鍵入命中數命中數注解及說明注解及說明 單項 SBF 分子式C20H30O28 單項 SBF 分子式C17H19N1O38原子數為 1 時要寫出 1 或是后跟空格 單項 SBF 分子式C17 H19 N O38原子數為 1 時要寫出 1 或是后跟空格 單項 SBF 分子式C17H19NO30不合法的寫法 單項 SBF 分子式Like C4095 單項 SBF 分子式Like O8430 單項 SBF 分子式Like C10 H 14 18 202H 原子數范圍是 14 18 實例 05 化合物分子量檢索 在 query 表中激活分子量 MW 域 鍵入分子量或分子量區(qū)間 單擊菜單欄 search 單擊下拉菜單中的 by form 即可 具體健入命令及檢 索結果見下表 類別類別方式方式檢索域檢索域鍵入鍵入命中數命中數注解及說明注解及說明 單項 SBF 分子量37632自動 0 5 單項 SBF 分子量Between 375 37638 單項 SBF 分子量Between 376 2 376 31 實例 06 化合物的物化性質檢索 在化合物的物化性質欄中 主要有結晶形態(tài) 熔點 沸點 旋光等物化性質 下表中給出用兩種方式檢出熔點數據的例子 在 SBF 方式 中 除激活域是 property 外 檢索過程和上面實例 01 實例 06 相同 在 QB 方式中 單擊菜單欄 query 單擊菜單欄 Search 按鈕 在下拉 菜單中選擇 query builder 進入 query builder 窗口 在 database field 欄中雙擊選中要查詢的域 property 再在 operator 欄中選擇合適的操 作符 like 要查詢的內容 最后點擊 OK 注意在 mp 和數字之間必需有空格 具體健入命令及檢索結果見下表 類別類別方式方式檢索域檢索域鍵入鍵入命中數命中數注解及說明注解及說明 單項 SBF 理化性質like mp 153 17 單項QB理化性質Property like mp 153 17 T T TC C CMDMDMD 中藥化學數據庫中文版用戶說明書中藥化學數據庫中文版用戶說明書 8 8 實例 07 從植物檢索化合物 從化合物表出發(fā) 給定一種中藥藥用植物 問該種植物都含有哪些化合物 嚴格的說法是 都有哪些化合物被從該種植物中分離并進行了結構確定 TCMD 庫能方便地完成這個任務 以三七為例 在方式下 在 query 表中激活植物源 Source 域 簡單地鍵入三七時 系統(tǒng)將僅僅檢出三 七中特有的化合物 而當鍵入 Like 三七 時 系統(tǒng)將擴展地檢出各種三七中含有的全部化合物 要嚴格地檢出三七中含有的全部化 合物 需要寫下表中最后兩條較為復雜的命令 當用戶要求嚴格地檢出某種植物中含有的全部化合物時 我們不推薦從化合物表出發(fā)的 方法 而是推薦從植物表出發(fā)的方法 見 實例 08 類別類別方式方式檢索域檢索域鍵入鍵入命中數命中數注解及說明注解及說明 單項 SBF 植物來源三七17檢出三七中特有的化合物 單項 SBF 植物來源人參40檢出人參中特有的化合物 單項 SBF 植物來源Like 三七 67檢出各種三七中含有的全 部化合物 單項QB植物來源source like 三七 or source like 三七 55 三七中含有的全部化合物 為何少一個 查原始文件 格式錯 單項QB植物來源source like 人參 or source like 人參 122人參中含有的 122 個化合 物 實例 08 從植物檢索化合物 從植物表出發(fā) 從植物表出發(fā)檢索特定植物中的全部化合物是我們推薦的方法 上面 7 個例子都是從化合物表出發(fā)進行檢索的 本例則是從植物表出 發(fā)的 在 SBF 方式下 在 query 植物表中激活中文名 Name 域或拼音名 Pin Yin Name 域 直接鍵入三七或 SAN QI 然后單擊 search 單擊下拉菜單中的 by form 即可得到結果 對三七 人參 大黃 貫眾 甘草 烏頭等中藥的成份檢索結果見下表 類別類別方式方式檢索域檢索域鍵入鍵入命中數命中數注解及說明注解及說明 單項 SBF 植物表 中文名三七56三七中的 56 個化合物 單項 SBF 植物表 拼音名SAN QI56三七中的 56 個化合物 單項 SBF 植物表 中文名人參122人參中的 122 個化合物 單項 SBF 植物表 拼音名REN SHEN122人參中的 122 個化合物 單項 SBF 植物表 中文名大黃55大黃中的 55 個化合物 單項 SBF 植物表 中文名貫眾27貫眾中的 27 個化合物 單項 SBF 植物表 拼音名GAN CAO81甘草中的 81 個化合物 單項 SBF 植物表 拼音名WU TOU17烏頭中的 17 個化合物 實例 09 檢索某科植物中的全部化合物 從植物表出發(fā) 在 query 植物表中激活中文科名 Family 域 直接鍵入中文科名 然后單擊 search 單擊下拉菜單中的 by form 即可得到 結果 也可以激活拉丁科名 Lat Family 域 直接鍵入拉丁科名 然后單擊 search 單擊下拉菜單中的 by form 可得到同樣結果 在本例中還給出了一個 單項順序 檢索的例子 先是從拉丁科名檢出了紅豆杉科植物中的 347 個化合物 隨后單擊 search 單擊下拉 菜單中的 Set Search Domain to 再單擊橫拉菜單中的 Current List 此時從全數據庫檢索切換到當前子庫檢索 再用 QB 方式 單擊菜單 欄 query 單擊菜單欄 Search 按鈕 在下拉菜單中選擇 query builder 進入 query builder 窗口 鍵入命令 Activity like 抗腫瘤 or Activity like 細胞毒 這個命令將檢出體內和體外兩類數據 因為在 TCMD 庫中 所有的體內抗癌數據都是用 抗腫瘤 表達的 而 所有的體外抗癌數據都是用 細胞毒 表達的 最后點擊 OK 就得到 347 個紅豆杉科植物中化合物中有 29 個有詳細的體外或體內抗癌 定量數據 各例的具體檢索結果見下表 類別類別方式方式檢索域檢索域鍵入鍵入命中數命中數注解及說明注解及說明 T T TC C CMDMDMD 中藥化學數據庫中文版用戶說明書中藥化學數據庫中文版用戶說明書 9 9 單項 SBF 植物表 中文科 名 豆科748豆科植物中的 748 個化合 物 單項 SBF 植物表 中文科 名 like 紅豆杉科 347紅豆杉科植物中的 347 個 化合物 單項 SBF 植物表 拉丁科 名 Taxaceae347紅豆杉科植物中的 347 個 化合物 實例 10 化合物藥理數據檢索 在全庫的 9127 種化合物中 3000 種化合物有藥理活性數據 這是研究 QSAR SAR 關系的珍貴信息 用 SBF 方式 激活 activity 域后 鍵 入 Like 藥理關鍵字 之后單擊 search 單擊 by form 就得到下表中的結果 亦可采用 QB 方式 見下表中中間的三個例子 類別類別方式方式檢索域檢索域鍵入鍵入命中數命中數注解及說明注解及說明 單項 SBF 生物活性Like 金黃色葡萄球菌 135135 個化合物有抗金黃色 葡萄球菌數據 單項QB生物活性Activity like 抗腫瘤 442442 個化合物有抗腫瘤數 據 單項QB生物活性Activity like 抗高血壓 208208 個化合物有抗高血壓 數據 單項QB生物活性Activity like 抗腫瘤 or activity like 細胞毒 740740 個化合物有抗癌數據 單項 SBF 生物活性Like 抗瘧 4343 個化合物有抗瘧數據 實例 11 某科植物化學成分的藥理活性分布 這是一個單項順序查詢的例子 也是子庫查詢的例子 可用來調查某科植物化學成分的藥理活性分布 現以菊科為例 先用 SBF 方式從 全庫中檢出了個化合物是從菊科植物中分離鑒定的 隨后用上面例 9 中同樣方法得到各種藥理數據的分布 對抗高血壓 抗炎 抗真菌 和抗癌的結果詳見下表 類別類別方式方式檢索域檢索域鍵入鍵入命中數命中數注解及說明注解及說明 單項 SBF 植物表 中文科 名 菊科858菊科植物中的 858 個化合 物 子庫查詢 SBF current list 生物活性like 抗高血壓 21其中 21 個有抗高血壓數 據 子庫查詢 SBF current list 生物活性like 抗炎 50其中 50 個有抗炎數據 子庫查詢 SBF current list 生物活性like 抗真菌 40其中 40 個有抗真菌數據 子庫查詢 QB current list 生物活性Activity like 抗腫瘤 or Activity like 細胞毒 123其中 123 個有抗癌數據 實例 12 檢出某屬植物中含有的化合物 烏頭屬含有多種中藥 用 SBF 方式 激活植物表中的植物拉丁名 Lat Name 域 鍵入 like Aconitum 命令 TCMD 庫涉及的植物屬名 有 2800 個 詳見說明書中的 檢索關鍵詞表 可檢出烏頭屬中藥中有個化合物 見下表 類別類別方式方式檢索域檢索域鍵入鍵入命中數命中數注解及說明注解及說明 單項 SBF 植物表 拉丁 名 like Aconitum 烏頭屬 87烏頭屬植物中的 87 個化 合物 T T TC C CMDMDMD 中藥化學數據庫中文版用戶說明書中藥化學數據庫中文版用戶說明書 10 10 實例 13 指定中藥的功效檢索有關化合物 本例中檢出有清熱解毒功效的中藥中含有的全部化合物 用 SBF 方式 激活植物表中功效 Effect 域 鍵入 like 清熱解毒 命令 然 后單擊 search 單擊下拉菜單中的 by form 就得到下表結果 類別類別方式方式檢索域檢索域鍵入鍵入命中數命中數注解及說明注解及說明 單項 SBF 植物表 功效like 清熱解毒 1272從清熱解毒中藥分離的 1272 個化合物 實例 14 指定中藥的適應癥檢索有關化合物 本例中檢出治療肝炎的中藥中含有的全部化合物 用 SBF 方式 激活植物表中適應癥 Indication 域 鍵入 like 肝炎 命令 單擊 search 單擊下拉菜單中的 by form 就得到從治療肝炎中藥分離的 1120 個化合物 進一步 可用例 9 中同樣的子庫檢索方法檢出這些化 合物中 有 32 個化合物有抗肝毒藥理數據 見下表 類別類別方式方式檢索域檢索域鍵入鍵入命中數命中數注解及說明注解及說明 單項 SBF 植物表 適應 癥 like 肝炎 1120從治療肝炎中藥分離的 1120 個化合物 子庫查詢 SBF current list 生物活性like 抗肝毒 32其中 32 個化合物有抗肝 毒藥理數據 實例 15 抑制劑及其藥理模型檢索 用 SBF 方式 激活化合物表中 Activity 域 鍵入 like 抑制劑 命令 單擊 search 單擊下拉菜單中的 by form 檢出各種抑制劑 385 種 進一步用子庫查詢方法 可檢出特指的抑制劑 如血小板聚集抑制劑 109 種 再進一步 用子庫查詢方法可檢出不同的藥理模型的 數據 如能抑制花生四烯酸誘導的血小板聚集的化合物 23 種 能抑制膠原誘導的血小板聚集的化合物 28 種 等 詳見下表 類別類別方式方式檢索域檢索域鍵入鍵入命中數命中數注解及說明注解及說明 單項 SBF 生物活性like 抑制劑 385檢出各種抑制劑 385 種 單項 SBF 生物活性like 醛糖還原酶抑制劑 52檢出醛糖還原酶抑制劑 52 種 單項 SBF 生物活性like 血小板聚集抑制劑 109檢出血小板聚集抑制劑 109 種 子庫查詢 SBF current list 生物活性like 花生四烯酸 23其中花生四烯酸誘導的 23 種 子庫查詢 SBF current list 生物活性like 膠原 28其中膠原誘導的 28 種 子庫查詢 SBF current list 生物活性like PAF 28其中 PAF 誘導的 28 種 子庫查詢 SBF current list 生物活性like 凝血酶 2其中凝血酶誘導的 2 種 實例 16 復合檢索例 這個例子是 有多少抗癌活性的化合物是來自清熱解毒的中藥 可以用復合檢索方法回答 用 QB 方式 構造含有 or and 操作符 的命令 Activity like 抗腫瘤 or activity like 細胞毒 and PEffect like 清熱解毒 就可得到下表中的結果 類別類別方式方式檢索域檢索域鍵入鍵入命中數命中數注解及說明注解及說明 復合QB功效 Activity like 抗腫瘤 or activity like 細胞毒 and PEffect like 清熱解毒 141141 個體內或體外抗癌化 合物來自清熱解毒的中藥 T T TC C CMDMDMD 中藥化學數據庫中文版用戶說明書中藥化學數據庫中文版用戶說明書 11 11 實例 17 參考文獻查詢 從參考文獻表 refer 出發(fā) 可檢索涉及參考文獻的信息 如下表所示 類別類別方式方式檢索域檢索域鍵入鍵入命中數命中數注解及說明注解及說明 單項 SBF 參考文獻表 參考文獻 like 2001 2332001 年參考文獻 233 篇 單項 SBF 參考文獻表 參考文獻 like Phytochemstry 378引自 Phytochemstry 的為 378 篇 實例 18 結構檢索 結構及子結構檢索是 TCMD 庫特有的功能 這一功能的實現對進行 QSAR 研究 進而研發(fā)新藥提供了巨大的幫助 這里只舉出最簡單 的例子 將黃酮類化合物的特征分子骨架放入 SBF 方式下的 structure 檢索域 從庫中檢出包含黃酮骨架的化合物 511 個 具體命令見 2 2 節(jié) 用 D 葡萄糖的分子骨架 含確切的立體化學信息 提問 得到 1455 個命中化合物 其它例子見下表 類別類別方式方式檢索域檢索域鍵入鍵入命中數命中數注解及說明注解及說明 單項 SBF 二維結構 O O 511黃酮類化合物 511 個 單項 SBF 二維結構 O O 146二氫黃酮類化合物 146 個 單項 SBF 二維結構 OO 278香豆素類化合物 278 個 單項 SBF 二維結構 O O H O O 60洋地黃毒強心甙 60 個 單項 SBF 二維結構 O O O O O O 1455含 D