寫(xiě)好英語(yǔ)科技論文的訣竅探討

1 寫(xiě)好英語(yǔ)科技論文的訣竅：寫(xiě)好英語(yǔ)科技論文的訣竅： 主動(dòng)迎合讀者期望，預(yù)先回答專家可能質(zhì)疑主動(dòng)迎合讀者期望，預(yù)先回答專家可能質(zhì)疑 周耀旗 印地安那大學(xué)信息學(xué)院 印地安那大學(xué)醫(yī)學(xué)院計(jì)算生物學(xué)和生物信息中心 以此文獻(xiàn)給母校中國(guó)科技大學(xué)五十周年校慶 （刊載在中國(guó)科大報(bào)579期和中國(guó)科大新聞網(wǎng)） 前言 2 導(dǎo)言 2 讀者需要什么？ 2 讀者期望什么？ 3 讀者對(duì)句子的期望 3 讀者對(duì)段落的期望 4 讀者對(duì)圖表的期望 5 審稿人要什么? 6 怎樣滿足審稿人 7 文章的結(jié)構(gòu) 7 方法/實(shí)驗(yàn)步驟 7 結(jié)果部分 8 標(biāo)題 8 引言部分 8 討論部分 10 摘要部分 10 總結(jié) 10 結(jié)束語(yǔ) 11 致謝 11 引用 11 2 前言前言 我的第一篇英語(yǔ)科技論文寫(xiě)作是把在科大的學(xué)士畢業(yè)論文翻譯成英文。 當(dāng)我一九九零年從紐約州立大學(xué)博士畢 業(yè)時(shí)，發(fā)表了20多篇英語(yǔ)論文。 但是，我對(duì)怎樣寫(xiě)高質(zhì)量科技論文的理解仍舊處于初級(jí)階段，僅知道盡量減少語(yǔ)法 錯(cuò)誤。這是因?yàn)榇蠖鄶?shù)時(shí)間我都欣然接受我的博士指導(dǎo)老師Dr. George Stell和Dr. Harold Friedman的修改，而不知 道為什么要那樣改，也沒(méi)有主動(dòng)去問(wèn)。這種情況一直持續(xù)到我去北卡州立大學(xué)做博士后。我的博士后指導(dǎo)老師Dr. Carol Hall建議我到鄰近的杜克大學(xué)去參加一個(gè)為期兩天的寫(xiě)作短訓(xùn)班。 這堂由Gopen教授主辦的短訓(xùn)班真使我茅塞 頓開(kāi)。第一次，我知道了讀者在閱讀中有他們的期望，要想寫(xiě)好科技論文，最有效的方法是要迎合他們的期望。這 堂寫(xiě)作課幫我成功地完成了我的第一個(gè)博士后基金申請(qǐng)，有機(jī)會(huì)進(jìn)入哈佛大學(xué)Dr. Martin Karplus組。在哈佛大學(xué)的 五年期間，在Karplus教授的指導(dǎo)下，我認(rèn)識(shí)到一篇好的論文需要從深度廣度進(jìn)行里里外外自我審查。目前，我自己 當(dāng)了教授，有了自己的科研組，也常常審稿。我覺(jué)得有必要讓我的博士生和博士后學(xué)好寫(xiě)作。 我不認(rèn)為我自己是寫(xiě) 作專家。我的論文也常常因?yàn)檫@樣或那樣的原因被退稿。但是我認(rèn)為和大家共享我對(duì)寫(xiě)作的理解和我寫(xiě)作的經(jīng)驗(yàn)教 訓(xùn)，也許大家會(huì)少走一些我走過(guò)的彎路。由于多年未用中文寫(xiě)作，請(qǐng)大家多多指正。來(lái)信請(qǐng)寄： 。 歡迎訪問(wèn)我的網(wǎng)站： 。 導(dǎo)言導(dǎo)言 通常來(lái)講，研究生和博士后從他的導(dǎo)師那兒得到研究方向。經(jīng)過(guò)多次反復(fù)試驗(yàn)，得到一些好的結(jié)果。接下來(lái)他 們需要對(duì)得到的數(shù)據(jù)進(jìn)行總結(jié)和分析，寫(xiě)成論文。好的結(jié)果是一篇好論文的前提。但是對(duì)相同的結(jié)果，一篇精寫(xiě)的 論文會(huì)更容易被高檔雜志接受。而寫(xiě)得不好的論文很可能被退稿。論文的數(shù)量和質(zhì)量是學(xué)生和導(dǎo)師事業(yè)發(fā)展的敲門(mén) 磚。不成文，便成仁，是學(xué)術(shù)生涯的寫(xiě)照。 很多學(xué)生以為當(dāng)結(jié)果到手的時(shí)候研究就結(jié)束了。他們寫(xiě)的草稿，常常把原始數(shù)據(jù)放在一起，沒(méi)有對(duì)方法和數(shù)據(jù) 進(jìn)行詳細(xì)分析，沒(méi)有對(duì)當(dāng)今論文的評(píng)述。事實(shí)上，寫(xiě)作是研究不可分割的一部分。此刻是弄懂方法的成功與失敗， 尋找結(jié)果的解釋及其隱含的意義，以及與其他相關(guān)研究進(jìn)行比較的時(shí)候。 我們?yōu)槭裁葱枰趯?xiě)作上如此認(rèn)真努力？原因很簡(jiǎn)單。一個(gè)研究結(jié)果只有在被別人使用時(shí)才有意義。而想被別 人使用，文章必須能引起其他科學(xué)家的興趣，而且得保證其他人能看懂并可以重復(fù)和再現(xiàn)你的結(jié)果。只有可以被理 解的研究才會(huì)被重復(fù)，也只有可以被再現(xiàn)的工作才能導(dǎo)致別人的引用和跟蹤。而你的論文被引用的數(shù)量常常用來(lái)衡 量研究的影響力。從某種角度看，寫(xiě)作就像是把你的工作成果推銷給其他的科學(xué)家。 為了更好的推銷， 科學(xué)論文必須滿足它獨(dú)特的顧客： 由聰明能干的科學(xué)家組成的尖端讀者。 它必須能先說(shuō)服 （通 常也是競(jìng)爭(zhēng)對(duì)手的）同行們，因?yàn)樗麄兊脑u(píng)審是文章在發(fā)表前的第一道關(guān)口。同時(shí)，它也必須滿足一般讀者的要求。 為了達(dá)到這個(gè)目標(biāo)，我們首先要理解他們需要什么？ 讀者需要什么？讀者需要什么？ 你的文章的潛在讀者可能有剛進(jìn)入這領(lǐng)域的新手：大學(xué)生和研究生，也有專家（潛在審稿人)。他們對(duì)你的領(lǐng) 域會(huì)有不同程度的了解。因此，寫(xiě)文章的時(shí)候應(yīng)該力求簡(jiǎn)單到可以被新手理解，同時(shí)深刻到可以引起專家的興趣。 所有的科學(xué)家（不論是學(xué)生還是他們的導(dǎo)師)往往都很忙。大量期刊雜志使他們不可能仔細(xì)閱讀每一篇論文。 他們通常希望能在最短時(shí)間內(nèi)找到文章最重要的信息。典型的情況是如果文章標(biāo)題不吸引人，他們或許就會(huì)跳過(guò)這 篇論文。如果文章的摘要沒(méi)有包含重要的新方法或新結(jié)果，他們不會(huì)去讀這篇文章。即使已經(jīng)決定要讀的論文，他 們也會(huì)跳過(guò)很多段落直接去找自己最感興趣的地方。 因此， 保證文章的結(jié)構(gòu)能使讀者很快找到所需的信息非常重要。 文章的關(guān)鍵在于結(jié)構(gòu)，不在于語(yǔ)法。語(yǔ)法錯(cuò)誤易改，結(jié)構(gòu)錯(cuò)誤則往往讓人無(wú)從下手，不知所云。我審過(guò)一些國(guó)內(nèi)同 行的論文，結(jié)構(gòu)問(wèn)題很常見(jiàn)。 總之，一篇文章只有在不需太多努力就可以理解的情況下才會(huì)被廣泛地引用。文章清晰的關(guān)鍵就是使讀者能在 他們想找的地方找到他們需要的東西。這也就是說(shuō)，要想讓讀者不要想讓讀者不費(fèi)力理解你的論文，你必須費(fèi)力去滿足他們費(fèi)力理解你的論文，你必須費(fèi)力去滿足他們 3 的期望的期望。 讀者期望什么？讀者期望什么？ 讀者對(duì)句子的期望 1. 讀者希望在句子的開(kāi)始看到熟悉的信息。句子是文章的最小功能單元。最容易理解的句子是整句都在說(shuō)讀者 知道的東西。但這對(duì)科技論文是不可能的，因?yàn)橹挥行碌臇|西才會(huì)被發(fā)表。事實(shí)上科技論文通常會(huì)包含很多新術(shù)語(yǔ)， 所以一個(gè)容易理解的句子應(yīng)該從讀者熟悉的信息（或剛剛提過(guò)的）開(kāi)始而以新信息結(jié)束，并在它們之間平滑地過(guò)渡。 好文章的所有句子都應(yīng)該這樣從舊到新地平滑過(guò)渡。寫(xiě)好一句開(kāi)頭的金科玉律是問(wèn)問(wèn)你自己：“我以前有沒(méi)有提過(guò) 這個(gè)概念？”大多數(shù)文章很難讀是因?yàn)楹芏嘈赂拍钤跊](méi)有被介紹之前就使用了。例如： Samples for the 2-dimensional projection of kinetic trajectories are shown in Figure 7. The coil states are loosely gathered while the native states can form a black cluster with extremely high density in the 2-dimensional projection plane. 這里從第一句到第二句信息無(wú)法流動(dòng)。“The coil states”不知道是從何而來(lái)的。讀者會(huì)發(fā)現(xiàn)下面改動(dòng)后的句子更容 易明白。 Kinetic trajectories are projected onto xx and yy variables in Figure 7. This figure shows two populated states. One corresponds to loosely gathered coil states while the other is the native state with a higher density. 在這個(gè)新段里，新插入的第二句使每句均能從舊信息出發(fā)到新信息結(jié)束。第一句與第二句之間以“Figure”相連而 第二句與第三句之間以“two states”相連。而新信息“coil states”則出現(xiàn)在第三句的最后。整段環(huán)環(huán)相連，成為 一個(gè)整體。再看一個(gè)例子： The accuracy of the model structures is given by TM-score. In case of a perfect match to the experimental structure, TM-score would be 1. 在第二個(gè)句子里，舊信息“TM-score”被埋在中間，被新信息“a perfect match to experimental structure”打斷了。 這里建議修改如下： The accuracy of the model structures is measured by TM-score, which is equal to 1 if there is a perfect match to the experimental structure. 科技寫(xiě)作中的最大問(wèn)題就是新舊信息順序顛倒。新信息和舊信息對(duì)作者來(lái)說(shuō)可能不是很好區(qū)分，因?yàn)樗浅Ｊ煜に?有的信息。 為了避免這種問(wèn)題，不管什么時(shí)候，每當(dāng)你開(kāi)始寫(xiě)新句，你應(yīng)該問(wèn)問(wèn)自己，這些詞前面有沒(méi)有被提到過(guò)。 一定要把提到過(guò)的放前面，沒(méi)提過(guò)的放后面一定要把提到過(guò)的放前面，沒(méi)提過(guò)的放后面。 2. 讀者想在主語(yǔ)之后立刻看到行為動(dòng)詞。對(duì)一個(gè)說(shuō)明誰(shuí)在做什么的句子，讀者需要找到動(dòng)詞才能理解。如果動(dòng) 詞和主語(yǔ)之間相隔太遠(yuǎn)，閱讀就會(huì)被尋找動(dòng)詞打斷。而打斷閱讀就會(huì)使句子難以理解。這里有個(gè)例子：1 The smallest URFs (URFA6L), a 207-nucleotide (nt) reading frame overlapping out of phase the NH2-terminal portion of the adenosinetrip hosphatase (ATPase) subinit 6 gene has been identified as the animal equivalent of the recently discovered yeast H+-ATPase subunit 8 gene. 4 同樣的句子，將動(dòng)詞放在主語(yǔ)之后：1 The smallest of the URFs is URFA6L, a 207-nucleotide (nt) reading frame overlapping out of phase the NH2-terminal portion of the adenosinetriphosphatase (ATPase) subinit 6 Gene; it has been identified as the animal equivalent of the recently discovered yeast H+-ATPase subunit 8 gene. 這樣新的句子就更加平衡了。盡量避免過(guò)長(zhǎng)的主語(yǔ)和過(guò)短的賓語(yǔ)。這就像頭重腳輕的人很難站穩(wěn)。短的主語(yǔ)緊跟著短的主語(yǔ)緊跟著 動(dòng)詞加上長(zhǎng)的賓語(yǔ)效果會(huì)更好動(dòng)詞加上長(zhǎng)的賓語(yǔ)效果會(huì)更好。 3. 讀者期望每句只有一個(gè)重點(diǎn)，這個(gè)重點(diǎn)通常在句尾。比較下面兩個(gè)句子，我們可以感覺(jué)到他們著重強(qiáng)調(diào)不同 的東西。1 URFA6L has been identified as the animal equivalent of the recently discovered yeast H+-ATPase subunit 8 gene. Recently discovered yeast H+-ATPase subunit 8 gene has a corresponding animal equivalent gene URFA6L. 很明顯，前面的句子是關(guān)于一個(gè)最近發(fā)現(xiàn)的酵母基因，而第二句則著重強(qiáng)調(diào)了它有一個(gè)和動(dòng)物一致的基因。另外一 個(gè)例子：1 The enthalpy of hydrogen bond formation between the nucleoside bases 2-deoxyguanosine (dG) and 2-deoxycytidine (dC) has been determined by direct measurement. 這個(gè)句子看起來(lái)好像是在強(qiáng)調(diào)“direct measurement”。 這不太像是原作者的目的。顛倒一下會(huì)使句子更加平衡。 1 We have directly measured the enthalpy of hydrogen bond formation between the nucleoside bases 2-deoxyguanosine (dG) and 2-deoxycytidine (dC). 新的句子更簡(jiǎn)單而且更短，同時(shí)避免了頭重腳輕的癥狀?？傊?，句尾是讀者對(duì)該句最后的印象。把最好的，最重把最好的，最重 要的，和想要讀者記住的東西放在句尾要的，和想要讀者記住的東西放在句尾。 讀者對(duì)段落的期望 每一個(gè)段落都應(yīng)該只講一個(gè)故事。在一段里表述多個(gè)觀點(diǎn)會(huì)使讀者很難知道該記住什么、這段想表達(dá)什么。一 段的第一句要告訴讀者這一段是講什么的。這樣讀者想跳過(guò)這段就可以跳過(guò)。一段的最后一句應(yīng)該是這段的結(jié)論或 者告訴讀者下一段是什么。段落中的句子應(yīng)該由始到終通過(guò)邏輯關(guān)系連接，實(shí)現(xiàn)由舊信息到新信息的流動(dòng)。比如這 一段：1 The enthalpy of hydrogen bond formation between the nucleoside bases 2-deoxyguanosine (dG) and 2-deoxycytidine (dC) has been determined by direct measurement. dG and dC were derivatized at the 5 and 3 hydroxyls with triisopropylsilyl groups to obtain solubility of the nucleosides in non-aqueous solvents and to prevent the ribose hydroxyls from forming hydrogen bonds. From isoperibolic titration measurements, the enthalpy of dC:dG base pair formation is -6.650.32 kcal/mol. 很難知道作者在這段里想表達(dá)什么。從這段的起始和結(jié)束看來(lái)，焓(enthalpy)應(yīng)該是他想表達(dá)的重點(diǎn)。下面是 重新組合后的段落。1 5 We have directly measured the enthalpy of hydrogen bond formation between the nucleoside bases 2-deoxyguanosine (dG) and 2-deoxycytidine (dC). dG and dC were derivatized at the 5 and 3 hydroxyls with triisopropylsilyl groups; these groups serve both to solubilize the nucleosides in non-aqueous solvents and to prevent the ribose hydroxyls from forming hydrogen bonds. The enthalpy of dC:dG base pair formation is -6.650.32 kcal/mol according to isoperibolic titration measurements, 首句描述了整段的主題。原段里的第一句顛倒是為了1） 使新信息“dG”和“dC” 在句子最后并強(qiáng)調(diào)它們。 2） 更好地跟下面一句銜接。 原段里的第二句被分成兩部分，這樣每一部分只表達(dá)了一個(gè)觀點(diǎn)。最后一句時(shí)總結(jié)整 段。 再看另一個(gè)例子：1 Large earthquakes along a given fault segment do not occur at random intervals because it takes time to accumulate the strain energy for the rupture. The rates at which tectonic plates move and accumulate strain at their boundaries are approximately uniform. Therefore, in first approximation, one may expect that large ruptures of the same fault segment will occur at approximately constant time intervals. If subsequent main shocks have different amounts of slip across the fault, then the recurrence time may vary, and the basic idea of periodic main shocks must be modified. 在這個(gè)例子里，前兩句共同闡明了積累張力的速度（Rate Of Strain Accumulation)。然而，第一句里的舊信息并 沒(méi)有放在第二句的開(kāi)始。讀者讀到第三句的時(shí)候通常就不明白這段到底要講什么了。更清晰的描述應(yīng)該如下：1 Large earthquakes along a given fault segment do not occur at random intervals because it takes time to accumulate the strain energy for the rupture. The rates of strain accumulation at the boundaries of tectonic plates are approximately uniform. Therefore, nearly constant time intervals (at first approximation) would be expected between large ruptures of the same fault segment. However?, the recurrence time may vary; the basic idea of periodic main shocks may need to be modified if subsequent main shocks have different amounts of slip across the fault. 新段現(xiàn)在著重闡明了地震的發(fā)生頻率。下劃線標(biāo)明了以前描述過(guò)的舊信息。很明顯，新舊信息的連接是理解這段 的關(guān)鍵。 從舊信息到新信息的流動(dòng)是使讀者輕松閱讀的最佳方式。 寫(xiě)文章的目的不是去測(cè)試讀者的閱讀能力，寫(xiě)文章的目的不是去測(cè)試讀者的閱讀能力， 而是考驗(yàn)作者的表達(dá)能力。不能怪人沒(méi)看懂，只能怪自己沒(méi)寫(xiě)清楚而是考驗(yàn)作者的表達(dá)能力。不能怪人沒(méi)看懂，只能怪自己沒(méi)寫(xiě)清楚。常常聽(tīng)到這樣的抱怨：那審稿人連這 都不懂! 審稿人也可以說(shuō)：連這個(gè)也寫(xiě)不清楚。 讀者對(duì)圖表的期望 一些沒(méi)有耐心的讀者會(huì)直接通過(guò)圖表來(lái)判斷一篇文章是否值得一讀。怎樣能使讀者不需讀正文就能理解圖 表是至關(guān)重要的。 對(duì)于表來(lái)說(shuō)，由于我們是從左向右閱讀的，我們熟悉的信息應(yīng)該出現(xiàn)在左邊而新的信息出現(xiàn)在右邊。例如，下 面列出的表1和表2是僅僅調(diào)換了兩列。比較一下那個(gè)表格更易理解。 表 : 1 表 2: 1 Temp (C) Time 25 0 27 3 29 6 32 12 32 15 Time Temp (C) 0 25 3 27 6 29 12 32 15 32 6 顯然因?yàn)槲覀兏煜r(shí)間作為獨(dú)立變量，表2就比表1容易讀些。制表的另一條規(guī)則是把最好的留在最后。也就是最 能使人感興趣的結(jié)果應(yīng)該放在最右邊一列或在最后一行，因?yàn)檫@些地方是讀者結(jié)束閱讀并能留下印象的地方。下面 的例子比較了各種方法的精度。 最后一行展示了現(xiàn)在得到的結(jié)果。 表 3: Benchmark SALIGN Lindahl PROSPECTOR 3 LiveBench 8 Method Alignment MaxSub MaxSub MaxSub SPARKS 53.1% 325.9 529.0 38.3 SPARKS2 54.9% 341.0 591.0 40.7 This work 56.6% 349.2 601.9 42.2 對(duì)于圖，我們至少應(yīng)該對(duì)所有的標(biāo)簽（數(shù)字、座標(biāo)和說(shuō)明）使用大的黑體Helvetica字體。只畫(huà)出重要的區(qū)域。 盡量不用彩色就能使曲線達(dá)到最大的區(qū)分（彩色的圖很貴)。2 這是我喜歡的一個(gè)圖。它說(shuō)明了一些畫(huà)圖的原理。對(duì)你的工作用實(shí)線而對(duì)別人的工作用點(diǎn)畫(huà)線。間隔使用實(shí)心和空 心符號(hào)來(lái)使曲線之間的不同更加明確。詳細(xì)說(shuō)明X和Y座標(biāo)，標(biāo)題不用縮寫(xiě)。 審稿人要什么審稿人要什么? 文章在發(fā)表前必須經(jīng)過(guò)審稿人的評(píng)審。他們一般是相關(guān)領(lǐng)域的專家甚至是你的競(jìng)爭(zhēng)者。他們會(huì)盡力尋找你文章 中的毛病。有時(shí)，由于不同的觀點(diǎn)和競(jìng)爭(zhēng)的需要，審稿人或許會(huì)試圖阻止你的文章發(fā)表。因此，文章必須寫(xiě)得理由 充足。在被別人挑剔之前，自己必須首先雞蛋里挑骨頭，預(yù)先回答審稿人的可能質(zhì)疑在被別人挑剔之前，自己必須首先雞蛋里挑骨頭，預(yù)先回答審稿人的可能質(zhì)疑。 7 怎樣滿足審稿人？怎樣滿足審稿人？ 1). 只提出“一”個(gè)中心命題。論文里的觀點(diǎn)太多，不但不好寫(xiě)，問(wèn)題也容易多，讀者也不易記住你要說(shuō)什么。 2). 在這個(gè)中心命題的基礎(chǔ)上，用一個(gè)迷人(但絕不夸張)的標(biāo)題來(lái)吸引審稿人的興趣。無(wú)償審稿使審稿人只審批 感興趣的論文。如果你不能引起審稿人的興趣，那最好不要發(fā)表那篇文章。編輯們有時(shí)候會(huì)很郁悶，因?yàn)?找不到有興趣的審稿人。 3). 合理解釋每一個(gè)參數(shù)，合理說(shuō)明每一個(gè)步驟。審稿人沒(méi)時(shí)間考慮細(xì)節(jié)。程序和參數(shù)的合理化顯示出你知道 你在做什么，而不是湊數(shù)據(jù)。 沒(méi)理由要找理由，有理由要強(qiáng)調(diào)。 4). 問(wèn)問(wèn)你自己是否提供了足夠重復(fù)你工作的所有細(xì)節(jié)。審稿人(或讀者)越容易再現(xiàn)你的工作，他就越可能接受 你的文章。當(dāng)然，審稿人并不會(huì)真正去重做你的工作，但你必須通過(guò)你的描述使他相信可以重做。 5). 必須有說(shuō)服力！盡量做徹底而不是半成品的工作！用多方面測(cè)試來(lái)證明你的中心命題。要使文章像律師證 明無(wú)罪官司，預(yù)先回答一切可能提出的疑問(wèn)。 6). 引用所有重要的研究工作，特別是經(jīng)典力作。寫(xiě)作的時(shí)候要再做全面文獻(xiàn)檢索。 為了達(dá)到這些目標(biāo)，寫(xiě)科學(xué)論文的時(shí)候必須遵照一定的框架結(jié)構(gòu)。 文章的結(jié)構(gòu)文章的結(jié)構(gòu) 典型的科學(xué)論文包括標(biāo)題、摘要、引言、方法/實(shí)驗(yàn)步驟、結(jié)果、討論、致謝，和參考文獻(xiàn)。這樣的結(jié)構(gòu)是用 來(lái)幫助讀者快速找到他們感興趣的信息。 把信息放錯(cuò)地方會(huì)使讀者糊涂。 常犯的錯(cuò)誤是混淆事實(shí)(結(jié)果)和解釋(討論)。 討論是對(duì)結(jié)果的解釋及說(shuō)明它的意義，而不是重復(fù)結(jié)果的描述。 一篇論文是從摘要，引言開(kāi)始，這里建議從方法和結(jié)果部分開(kāi)始寫(xiě)，因?yàn)槟銓?duì)方法和結(jié)果最熟悉，此外只有更 好地理解方法和結(jié)果，才能確定中心命題。而標(biāo)題，引言和討論的寫(xiě)作都需要中心命題。我們應(yīng)該從最熟悉的事情 開(kāi)始，就像讀者從他們最熟悉的地方開(kāi)始理解一樣。 方法方法/實(shí)驗(yàn)步驟實(shí)驗(yàn)步驟 如果文章是關(guān)于新的方法、技術(shù)或算法，要非常詳細(xì)地寫(xiě)它的新穎之處。 要用有邏輯的、合理的方式來(lái)描述它。 這會(huì)幫助讀者抓住新方法的要領(lǐng)。如果這個(gè)方法使用參數(shù)，則要把每一個(gè)參數(shù)(或參數(shù)的取值)合理化，或者是以前 用過(guò)的，或者可以從物理或數(shù)學(xué)推導(dǎo)出來(lái)，或者通過(guò)了廣泛的測(cè)試及優(yōu)化。如果無(wú)法保證它的合理性，那就必須描 述改變它會(huì)造成的影響(實(shí)際的結(jié)果應(yīng)該在結(jié)果部分或討論部分，方法部分僅包含影響的描述)。如果沒(méi)有測(cè)試它們 的合理性，你應(yīng)該解釋為什么(做的代價(jià)太貴了？太費(fèi)時(shí)間了？或者需要延期到將來(lái)做)。 對(duì)于新方法的發(fā)展，你同樣需要設(shè)計(jì)不同的方法來(lái)測(cè)試。讓人信服就需要做盡可能多的測(cè)試。你所能找到或設(shè) 計(jì)的測(cè)試越多，你的工作就越會(huì)被其他人所接受和使用。 當(dāng)完成了方法部分以后，問(wèn)一問(wèn)自己以下的問(wèn)題：1)新的術(shù)語(yǔ)是不是都定義了？2)如果你是第一次讀這部分， 你能否得到重復(fù)整個(gè)工作的所有信息？記住，不要隱藏任何竅門(mén)或使用的捷徑。人們?nèi)绻荒苤貜?fù)你的結(jié)果的話就 不會(huì)相信你的論文。永遠(yuǎn)不要弄虛作假！別人不是傻子，一山更比一山高，聰明的大有人在。如果你偽造數(shù)據(jù)，心 存僥幸不會(huì)被人發(fā)現(xiàn)。如果真的沒(méi)人發(fā)現(xiàn)的話，那就是沒(méi)有任何人想重復(fù)或使用你的結(jié)果，那只能說(shuō)明你的結(jié)果根 本不值得發(fā)表，毫無(wú)意義。若要人不知，除非己莫為，這是千真萬(wàn)確的真理。 8 結(jié)果部分結(jié)果部分 當(dāng)你開(kāi)始寫(xiě)結(jié)果部分時(shí)，先考慮一下結(jié)果的意義。也就是說(shuō)，你理解你的結(jié)果嗎？這些結(jié)果是不是告訴了你更 深刻的東西？你能從很多不同角度來(lái)理解結(jié)果嗎？你能設(shè)計(jì)證明或者反駁你的一些解釋的新測(cè)試嗎？ 如果你發(fā)現(xiàn)了新現(xiàn)象，你必須證明你的結(jié)果不是你方法制造出來(lái)的(討論部分的一個(gè)好內(nèi)容)。它可以在不同的 條件下重復(fù)嗎？如果你發(fā)展了一個(gè)新方法，你必須證明這個(gè)方法的重要性。它是否改進(jìn)了現(xiàn)有的方法？你的結(jié)果部 分必須用不同的角度或多重測(cè)試來(lái)支持新發(fā)現(xiàn)或驗(yàn)證新方法的重要性。 一旦你對(duì)結(jié)果有更好的理解，你需要決定賣點(diǎn)，也就是說(shuō)這篇文章最有意義的一個(gè)觀點(diǎn)是什么？確定這篇文章 的中心命題之后要組織所有的段落來(lái)證明、支持它，用數(shù)據(jù)(有必要的話再加數(shù)據(jù))來(lái)證明它。同時(shí)也要排除其它可 能性。放棄與中心命題無(wú)關(guān)的數(shù)據(jù)，即使這些數(shù)據(jù)是很辛苦得來(lái)的。 標(biāo)題標(biāo)題 當(dāng)你有了中心命題之后，就該決定文章的標(biāo)題了。標(biāo)題可以為你的方法，你的結(jié)果或結(jié)果的隱含意義做廣告。 標(biāo)題是用一句話來(lái)概括你的文章。 應(yīng)該把最重要， 最吸引人的信息放進(jìn)標(biāo)題。 比如， 標(biāo)題 “Steric restrictions in protein folding: an alpha-helix cannot be followed by a contiguous beta-strand” 主要突出了結(jié)果。另一方面，標(biāo)題 “Interpreting the folding kinetics of helical proteins” 突出了結(jié)果的含義。用標(biāo)題 “Native proteins are surface-molten solids: Application of the Lindemann criterion for the solid versus liquid state” 的話， 同時(shí)突出了方法和結(jié)果的含義。 注意標(biāo)題 “Native proteins are surface-molten solids” 是結(jié)果的解釋，而不是結(jié)果本身。用既廣泛又具體的標(biāo)題，這 樣才能吸引更多的讀者。 引言部分引言部分 中心命題和標(biāo)題都決定了以后，就該寫(xiě)引言了。第一件該做的事就是圍繞中心命題來(lái)收集所有相關(guān)文獻(xiàn)。搜索 并研究所有最近和相關(guān)的文章(通過(guò)對(duì)中心命題關(guān)鍵字的搜索或用引用索引)。確認(rèn)你有所有最新的論文。引用所有 重要的文章。如果你不引用別人的文獻(xiàn)，別人也不會(huì)引用你的！如果你想誰(shuí)引用你的工作，你要先引用他的。你引 用的文章越多，他們?cè)娇赡荛喿x并引用你的文章。因?yàn)槿藗兏雨P(guān)注引用他們的論文。仔細(xì)讀你所引用的文章，避 免引用錯(cuò)誤。在引用上，不要偷懶。 引言的第一句最難寫(xiě)，因?yàn)樗鼪Q定了你整個(gè)引言的走向。我的辦法是把第一句和文章的標(biāo)題連起來(lái)。在第一段 以最基本和常見(jiàn)的術(shù)語(yǔ)來(lái)定義標(biāo)題里用的一些術(shù)語(yǔ)。從這個(gè)術(shù)語(yǔ)，引入研究的領(lǐng)域和它的重要性。第二段應(yīng)該對(duì)這 個(gè)研究領(lǐng)域作一個(gè)鑒定性的論述。如果中心命題是關(guān)于解決一個(gè)問(wèn)題的方法。這一段就應(yīng)該指出這個(gè)當(dāng)前研究中現(xiàn) 存未解決的問(wèn)題。描述解決這個(gè)問(wèn)題的難度或挑戰(zhàn)。 第三段引入你提出的辦法和它大致會(huì)帶來(lái)什么效果。你可以大 略地描述你的結(jié)果和它的含義。這里有個(gè)例子。3 Assessing secondary structure assignments of protein structures by using pairwise sequence-alignment benchmarks The secondary structure of a protein refers to the local conformation of its polypeptide backbone. Knowing secondary structures of proteins is essential for their structure classification, understanding folding dynamics and mechanisms, and discovering conserved structural/functional motifs. Secondary structure information is also useful for sequence and multiple sequence alignment, structure alignment, and sequence to structure alignment (or threading). As a result, predicting secondary structures from protein sequences continues to be an active field of research fifty six years after Pauling and Corey first predicted that the most common regular patterns of protein backbones are the -helix and the -sheet. Prediction and application of protein secondary structures rely on prior assignment of the 9 secondary-structure elements from a given protein structure by human or computational methods. Many computational methods have been developed to automate the assignment of secondary structures. Examples are DSSP,STRIDE, DEFINE, P-SEA, KAKSI,P-CURVE, XTLSSTR, SECSTR, SEGNO, and VoTAP. These methods are based on either the hydrogen-bond pattern, geometric features, expert knowledge or their combinations. However, they often disagree on their assignments. For example, disagreement among DSSP, P-CURVE, and DEFINE can be as large as 25%. More beta sheet is assigned by XTLSSTR and more pi-helix by SECSTR than by DSSP. The discrepancy among different methods is caused by non-ideal configurations of helices and sheets. As a result, defining the boundaries between helix, sheet, and coil is problematical and a significant source of discrepancies between different methods. Inconsistent assignment of secondary structures by different methods highlights the need for a criterion or a benchmark of “standard” assignments that could be used to assess and compare assignment methods. One possibility is to use the secondary structures assigned by the authors who solved the protein structures. STRIDE, in fact, has been optimized to achieve the highest agreement with the authors annotations. However, it is not clear what is the criterion used for manual or automatic assignment of secondary structures by different authors. Another possibility is to treat the consensus prediction by several methods as the gold standard. However, there is no obvious reason why each method should weight equally in assigning secondary structures and which method should be used in consensus. Other used criteria include helix-capping propensity, the deviation from ideal helical and sheet configurations, and structural accuracy produced by sequence-to-structure alignment guided by secondary structure assignment. In this paper, we propose to use sequence-alignment benchmarks for assessing secondary structure assignments. These benchmarks are produced by 3D-structure alignment of structurally homologous proteins. Instead of assessing the accuracy of secondary-structure assignment directly, which is not yet feasible, we compare the two assignments of secondary structures in structurally aligned positions. We assume that the best method should assign the same secondary-structure element to the highest fraction of structurally aligned positions. Certainly, structurally aligned positions do not always have the same secondary structures. Moreover, different structure-alignment methods do not always produce the same result. Nevertheless, this criterion provides a means to locate a secondary-structure assignment method that is most consistent with tertiary structure alignment. We suggest that this approach provides an objective evaluation of secondary structure assignment methods. 在這個(gè)例子里，標(biāo)題推薦了一個(gè)評(píng)估指派蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)的方法。第一段以二級(jí)結(jié)構(gòu)的定義開(kāi)始（與標(biāo)題相連)。整 段描述了二級(jí)結(jié)構(gòu)的重要性。最后一句過(guò)渡到指派二級(jí)結(jié)構(gòu)的計(jì)算方法（下一段的主題)。注意“計(jì)算方法”放在句 子的最后是為了強(qiáng)調(diào)而且和第二段的開(kāi)始連接在起來(lái)。第二段則聚焦在計(jì)算方法中存在的問(wèn)題。舊信息“計(jì)算方法” 逐漸的變到了“它們的不一致”。第三段的第一句把主題從“不一致”（舊信息）轉(zhuǎn)變成了“評(píng)估的辦法”（新信 息)。然后，介紹了這個(gè)領(lǐng)域已有的工作。第四段引入新方法并討論了新方法的優(yōu)點(diǎn)。第五段（這里沒(méi)有給出）將會(huì) 簡(jiǎn)要地討論結(jié)果。每一個(gè)引言應(yīng)該 包括研究領(lǐng)域的介紹和意義，做這工作的具體原因，結(jié)果和隱含的意義。一般而 言，讀者讀完引言，對(duì)論文的來(lái)龍去脈就應(yīng)該清清楚楚了。 10 討論部分討論部分 現(xiàn)在到了你寫(xiě)論文的最后一部分。很多人認(rèn)為討論部分最難寫(xiě)。他們常常不知道該寫(xiě)什么。學(xué)生常常不能把結(jié) 果從他們的解釋、含意和結(jié)論中分離出來(lái)。此外，他們不善于思考可能存在的其他解釋。好的討論通常以得到的結(jié) 果和解釋的評(píng)論開(kāi)始。其它可用于討論的內(nèi)容有：參數(shù)改變對(duì)結(jié)果的影響，與其他研究相比還有待解決的問(wèn)題，將 來(lái)或正在進(jìn)行的工作（防止別人從事你顯而易見(jiàn)的，立刻就能實(shí)現(xiàn)的后續(xù)工作)。這里有一段文章中的討論部分。4 One question about the complex homopolymer phase diagram presented here is whether it is caused by the discontinuous feature of the square-well potential. We cannot give a direct answer because the DMD simulation is required to obtain well-converged results for the thermodynamics. However, the critical phenomena predicted for a fluid composed of particles interacting with a square-well potential are as realistic as those predicted for a fluid composed of particles interacting with a LJ potential. Also an analogous complex phase diagram is found in simulations of LJ clusters. The present results for square-well homopolymers may well be found in more realistic homopolymer models and even in real polymers. 這一段探究了可供選擇的解釋。 摘要部分摘要部分 整篇文章寫(xiě)完了。你需要寫(xiě)文章的摘要了。典型的摘要包括課題領(lǐng)域的重要性（回到標(biāo)題)，要研究的問(wèn)題， 你方法的獨(dú)特性，結(jié)果的意義和影響。這里有個(gè)例子。3 How to make an objective assignment of secondary structures based on a protein structure is an unsolved problem. Defining the boundaries between helix, sheet, and coil structures is arbitrary, and commonly accepted standard assignments do not exist. Here, we propose a criterion that assesses secondary-structure assignment based on the similarity of the secondary structures assigned to structurally aligned residues in sequence-alignment benchmarks. This criterion is used to rank six secondary-structure assignment methods: STRIDE, DSSP, SECSTR, KAKSI, P-SEA, and SEGNO with three established sequence-alignment benchmarks (PREFAB, SABmark and SALIGN). STRIDE and KAKSI achieve comparable success rates in assigning the same secondary structure elements to structurally aligned residues in the three benchmarks. Their success rates are between 1-4% higher than those of the other four methods. The consensus of STRIDE, KAKSI, SECSTR, and P-SEA, called SKSP, improves assignments over the best single method in each benchmark by an additional 1%. These results support the usefulness of the sequ