Materials studio 簡(jiǎn)單教程ppt課件.ppt

1、計(jì)算材料學(xué),materials studio,1,2,1、創(chuàng)建CH3F分子模型 （1）創(chuàng)建新文件 在菜單上選擇File / New Project，新建文件，設(shè)置文件名為L(zhǎng)STQST后單擊OK。此時(shí)文件名稱出現(xiàn)在左側(cè)的Project Explorer 中。,3,單擊工具欄中的 按鈕，選擇3D Atomistic 然后點(diǎn)擊確定。此時(shí)文件名稱出現(xiàn)在左側(cè)的Project Explorer 中，名稱為3D Atomistic.xsd。,（2）設(shè)置球棍模型為默認(rèn)顯示方式 從菜單欄中選擇 Modify / Default Atom Style ，打開 Default Atom Style 對(duì)話框。在Dis

2、play Style中選擇Ball and stick 。點(diǎn)擊 關(guān)閉對(duì)話框。 這樣在本project 中，默認(rèn)顯示方式被設(shè)置為 ball and stick。,4,（3）繪制CH3F分子 點(diǎn)擊工具欄中的 ，選擇C原子 ，并繪制單個(gè)C原子，然后點(diǎn)擊 ，自動(dòng)添加H原子，然后點(diǎn)擊 ，并選中任意一個(gè)H原子，選擇Modify / Modify Element / Periodic Table，選擇F元素。這樣就把選中的H原子換成了F原子， CH3F分子繪制成功。點(diǎn)擊 ，得到合理的初始配置。,5,（4）文件重命名 選中Project Explorer 中的3D Atomistic.xsd，在其上單擊鼠標(biāo)右

3、鍵，選擇Rename ，將名稱改為methylfluoride，其文件名變?yōu)閙ethylfluoride.xsd。,2、模型幾何優(yōu)化計(jì)算 點(diǎn)擊工具欄中的 ，選擇Calculation，在setup選項(xiàng)中，將Task由Energy設(shè)置為Geometry Optimization ，Quality由Medium設(shè)置為Coarse，F(xiàn)unction保留系統(tǒng)默認(rèn)值： LDA 和PWC，然后點(diǎn)擊Run。,6,3、創(chuàng)建反應(yīng)物和生成物分子模型 雙擊打開methylfluoride DMol3 GeomOpt文件夾中的methylfluoride.xsd，利用CTRL + A 和CTRL + C全選并復(fù)制所有

4、原子。然后右擊文件名，選擇New/3D Atomistic Document，創(chuàng)建新文件后， CTRL + V 復(fù)制所有原子到該文件，并重命名為SN2reactant.xsd 。 （1）添加第二個(gè)F原子 點(diǎn)擊 按鈕，選擇Periodic Table中的F原子，選中已有C原子，添加一個(gè)與已有C-F鍵位置相對(duì)的C-F鍵。然后點(diǎn)擊 ，選擇Distance，選中C原子，左鍵拖拽新添加的F原子，調(diào)節(jié)C-F鍵的鍵長(zhǎng)為3。,7,（2）刪除新C-F鍵 點(diǎn)擊 按鈕，按住Ctrl鍵，選中C-F鍵和標(biāo)注的鍵長(zhǎng)，然后按Delete鍵。選擇File / Save Project保存文件，然后選擇Window / Clo

5、se All，關(guān)閉所有Project Explorer窗口。,（3）創(chuàng)建生成物 跟前面一樣，創(chuàng)建新的文件，取名為SN2Product.xsd，然后復(fù)制SN2reactant.xsd的模型到該文件。,8,4、動(dòng)畫演示反應(yīng)過程 在菜單欄選擇Window/Tile Horizontally，把兩個(gè)分子模型放在同一窗口，旋轉(zhuǎn)兩個(gè)分子，使沒有鍵結(jié)構(gòu)的兩個(gè)F原子一個(gè)在左邊，一個(gè)在右邊。,9,（1）反應(yīng)物、生成物原子匹配 在菜單欄選擇Tools / Reaction Preview，打開Reaction Preview 對(duì)話框，分別選SN2reactant.xsd 和SN2product.xsd 作為反應(yīng)物

6、和生成物。點(diǎn)擊Match按鈕，將反應(yīng)物和生成物的六個(gè)原子的分別相匹配。,10,（2）參數(shù)設(shè)置 將Number of frames 設(shè)置為25，勾選Superimpose structures，點(diǎn)擊Preview，預(yù)覽后關(guān)閉窗口。,11,（3）生成動(dòng)畫 點(diǎn)擊 按鈕，選擇Bounce，然后點(diǎn)擊 按鈕，播放動(dòng)畫，點(diǎn)擊 ，動(dòng)畫停止播放。,選擇菜單欄的Build / Bonds ，打開對(duì)話框，在鍵和形式中勾選Monitor bonding。然后關(guān)閉對(duì)話框。,12,5、使用LST/QST計(jì)算分子的過渡狀態(tài) 點(diǎn)擊 ，選擇Calculation，打開對(duì)話框，在Setup選項(xiàng)中，Task選TS Search，F(xiàn)

7、unctional為默認(rèn)值，Charge值設(shè)為-1；在Electronic選項(xiàng)中，點(diǎn)擊More，進(jìn)入另一個(gè)對(duì)話框。,13,在SCF選項(xiàng)中，勾選Use smearing；在Orbital Cutoff選項(xiàng)中，勾選Custom，設(shè)置Global orbital cutoff的值為5.0。然后點(diǎn)擊Assign并關(guān)閉窗口。,14,在計(jì)算對(duì)話框的Properties選項(xiàng)中勾選Frequency，點(diǎn)擊Run，開始計(jì)算。得到計(jì)算結(jié)果。,15,6、振動(dòng)分析 打開SN2reactant-SN2product DMol3 TS Search文件夾里的SN2reactant-SN2product.xsd 文件，在菜

8、單欄選擇Tools / Vibrational Analysis，打開對(duì)話框，點(diǎn)擊Calculate，開始計(jì)算。,16,選擇頻率為負(fù)數(shù)的一行，點(diǎn)擊Animation，關(guān)閉窗口。此時(shí)播放動(dòng)畫，按 ，停止。然后保存文件，關(guān)閉所有Project Explorer窗口。,17,打開SN2reactant-SN2product.xtd，然后打開DMol3 Calculation對(duì)話框，選擇Task選項(xiàng)的TS Confirmation；點(diǎn)開More，打開DMo13 TS Confirmation對(duì)話框，選擇Path quality選項(xiàng)的Coarse并關(guān)閉該窗口；在Properties選項(xiàng)中，取消選擇Frequency，最后點(diǎn)擊Run。,18,打開SN2reactant-SN2product DMol3 TSConf文件夾中的SN2reactant-SN2product TSConfirmation.xcd文件，保存并關(guān)閉所有窗口。,19,打開SN