首份!17條共識!美權(quán)威機構(gòu)發(fā)布NGS生物信息流程標準和指南

首份！17條共識！美權(quán)威機構(gòu)發(fā)布NGS生物信息流程標準和指南生物探索編者按11月14日，《TheJournalofMolecularDiagnostics》期刊在線發(fā)布了首份“臨床NGS生物信息流程標準和指南”，明確高通量測序生物信息學流程的概述、設(shè)計、開發(fā)、驗證、實施和質(zhì)量控制指標。更重要的是，第一次針對生物信息學流程提出了17條共識，旨在規(guī)范NGS在臨床診療應用的準確性。過去10年，得益于新一代高通量測序技術(shù)的發(fā)展，生命醫(yī)學領(lǐng)域經(jīng)歷了翻天覆地的變化。這一技術(shù)能夠一次并行對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定，快速生成非常大的基因組學、表觀基因組學和轉(zhuǎn)錄組學研究數(shù)據(jù)集。但是如何解讀數(shù)據(jù)，使其在臨床診療中發(fā)揮更大的價值？這是我們面臨的難題和挑戰(zhàn)。生物信息學是NGS的一個重要組成部分，從原始測序結(jié)果中找尋致病根源，是完成疾病診斷以及治療策略制定的重要依據(jù)。但是，該領(lǐng)域缺乏統(tǒng)一的標準和指南。對此，由美國病理協(xié)會（AMP）、美國病例學家協(xié)會（CAP）領(lǐng)導的工作小組聯(lián)合制定、發(fā)布了這份《NGS生物信息流程驗證標準和指南》，針對二代測序的生物信息學流程（pipelines）提出了17條共識，建議實驗室在驗證生物信息學流程時充分考慮這些問題。該指南是AMP和CAP第三次發(fā)布解決NGS工作流程的文件——今年早些時候，該組織聯(lián)合發(fā)表了NGS驗證為基礎(chǔ)的腫瘤學panel和指南；去年發(fā)表了報告和解釋癌癥相關(guān)序列變異的指南。1指南細則在這份指南中，工作小組強調(diào)，這些建議只適用于一個測試的生物信息學部分，并假設(shè)測序部分已經(jīng)被驗證了。此外，建議涉及了SNVs、indels和多核苷酸置換（multi-nucleotidesubstitution）。同時，指南覆蓋了生殖細胞突變體和體細胞突變體。概括來說，指南提出了NGS生物信息學流程概述、設(shè)計、開發(fā)、驗證、實施和質(zhì)量控制指標，強調(diào)了受過培訓的分子醫(yī)學專業(yè)人員的重要性。2解決問題在制定指南的過程中，美國分子病理學會（AMP）與美國病理學會（CAP）首次回顧了關(guān)于生物信息學流程驗證的同行評議文獻，并鑒定出這些方法明顯缺乏一致性。工作小組指出的一個主要問題是，通常在“最終進行NGS測試的臨床實驗室”與“最初開發(fā)算法或軟件工具的研究者或廠商”之間存在一個脫節(jié)。不同的算法和軟件工具有時會在一個給定的臨床測試中被結(jié)合起來，形成一個完整的流程，例如，一個工具可能被用于校準（alignment），另一個工具可能被用于變異注釋。此外，一些廠商會提供各種各樣的信息服務，因此，一些臨床實驗室有時候會將生物信息學流程中的一部分“外包出去”。針對這些問題，工作小組提出幾條建議，例如建議實驗室熟悉并驗證生物信息每一個步驟和流程（甚至于外包部分）；流程應該對試驗檢測所有突變樣本進行驗證；當依賴于軟件進行變異注釋（Variantannotation）時，需要經(jīng)過驗證，并確保有一個人工審查的警示系統(tǒng)。工作小組還強調(diào)了培訓專業(yè)人員監(jiān)督、參與驗證流程的重要性和必要性。此外，生物信息學流程還需要保護患者的隱私。另一個問題是質(zhì)量控制。對此，工作小組提出建議：確保信息流程被正確授權(quán)，包括追蹤、維護樣本驗證。質(zhì)量控制和保證指標應該針對測序的敏感度、特異性、陽性預測值進行合理的評估。如果序列