首份!17條共識(shí)!美權(quán)威機(jī)構(gòu)發(fā)布NGS生物信息流程標(biāo)準(zhǔn)和指南

首份！17條共識(shí)！美權(quán)威機(jī)構(gòu)發(fā)布NGS生物信息流程標(biāo)準(zhǔn)和指南生物探索編者按11月14日，《TheJournalofMolecularDiagnostics》期刊在線發(fā)布了首份“臨床NGS生物信息流程標(biāo)準(zhǔn)和指南”，明確高通量測(cè)序生物信息學(xué)流程的概述、設(shè)計(jì)、開(kāi)發(fā)、驗(yàn)證、實(shí)施和質(zhì)量控制指標(biāo)。更重要的是，第一次針對(duì)生物信息學(xué)流程提出了17條共識(shí)，旨在規(guī)范NGS在臨床診療應(yīng)用的準(zhǔn)確性。過(guò)去10年，得益于新一代高通量測(cè)序技術(shù)的發(fā)展，生命醫(yī)學(xué)領(lǐng)域經(jīng)歷了翻天覆地的變化。這一技術(shù)能夠一次并行對(duì)幾十萬(wàn)到幾百萬(wàn)條DNA分子進(jìn)行序列測(cè)定，快速生成非常大的基因組學(xué)、表觀基因組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究數(shù)據(jù)集。但是如何解讀數(shù)據(jù)，使其在臨床診療中發(fā)揮更大的價(jià)值？這是我們面臨的難題和挑戰(zhàn)。生物信息學(xué)是NGS的一個(gè)重要組成部分，從原始測(cè)序結(jié)果中找尋致病根源，是完成疾病診斷以及治療策略制定的重要依據(jù)。但是，該領(lǐng)域缺乏統(tǒng)一的標(biāo)準(zhǔn)和指南。對(duì)此，由美國(guó)病理協(xié)會(huì)（AMP）、美國(guó)病例學(xué)家協(xié)會(huì)（CAP）領(lǐng)導(dǎo)的工作小組聯(lián)合制定、發(fā)布了這份《NGS生物信息流程驗(yàn)證標(biāo)準(zhǔn)和指南》，針對(duì)二代測(cè)序的生物信息學(xué)流程（pipelines）提出了17條共識(shí)，建議實(shí)驗(yàn)室在驗(yàn)證生物信息學(xué)流程時(shí)充分考慮這些問(wèn)題。該指南是AMP和CAP第三次發(fā)布解決NGS工作流程的文件——今年早些時(shí)候，該組織聯(lián)合發(fā)表了NGS驗(yàn)證為基礎(chǔ)的腫瘤學(xué)panel和指南；去年發(fā)表了報(bào)告和解釋癌癥相關(guān)序列變異的指南。1指南細(xì)則在這份指南中，工作小組強(qiáng)調(diào)，這些建議只適用于一個(gè)測(cè)試的生物信息學(xué)部分，并假設(shè)測(cè)序部分已經(jīng)被驗(yàn)證了。此外，建議涉及了SNVs、indels和多核苷酸置換（multi-nucleotidesubstitution）。同時(shí)，指南覆蓋了生殖細(xì)胞突變體和體細(xì)胞突變體。概括來(lái)說(shuō)，指南提出了NGS生物信息學(xué)流程概述、設(shè)計(jì)、開(kāi)發(fā)、驗(yàn)證、實(shí)施和質(zhì)量控制指標(biāo)，強(qiáng)調(diào)了受過(guò)培訓(xùn)的分子醫(yī)學(xué)專(zhuān)業(yè)人員的重要性。2解決問(wèn)題在制定指南的過(guò)程中，美國(guó)分子病理學(xué)會(huì)（AMP）與美國(guó)病理學(xué)會(huì)（CAP）首次回顧了關(guān)于生物信息學(xué)流程驗(yàn)證的同行評(píng)議文獻(xiàn)，并鑒定出這些方法明顯缺乏一致性。工作小組指出的一個(gè)主要問(wèn)題是，通常在“最終進(jìn)行NGS測(cè)試的臨床實(shí)驗(yàn)室”與“最初開(kāi)發(fā)算法或軟件工具的研究者或廠商”之間存在一個(gè)脫節(jié)。不同的算法和軟件工具有時(shí)會(huì)在一個(gè)給定的臨床測(cè)試中被結(jié)合起來(lái)，形成一個(gè)完整的流程，例如，一個(gè)工具可能被用于校準(zhǔn)（alignment），另一個(gè)工具可能被用于變異注釋。此外，一些廠商會(huì)提供各種各樣的信息服務(wù)，因此，一些臨床實(shí)驗(yàn)室有時(shí)候會(huì)將生物信息學(xué)流程中的一部分“外包出去”。針對(duì)這些問(wèn)題，工作小組提出幾條建議，例如建議實(shí)驗(yàn)室熟悉并驗(yàn)證生物信息每一個(gè)步驟和流程（甚至于外包部分）；流程應(yīng)該對(duì)試驗(yàn)檢測(cè)所有突變樣本進(jìn)行驗(yàn)證；當(dāng)依賴(lài)于軟件進(jìn)行變異注釋?zhuān)╒ariantannotation）時(shí)，需要經(jīng)過(guò)驗(yàn)證，并確保有一個(gè)人工審查的警示系統(tǒng)。工作小組還強(qiáng)調(diào)了培訓(xùn)專(zhuān)業(yè)人員監(jiān)督、參與驗(yàn)證流程的重要性和必要性。此外，生物信息學(xué)流程還需要保護(hù)患者的隱私。另一個(gè)問(wèn)題是質(zhì)量控制。對(duì)此，工作小組提出建議：確保信息流程被正確授權(quán)，包括追蹤、維護(hù)樣本驗(yàn)證。質(zhì)量控制和保證指標(biāo)應(yīng)該針對(duì)測(cè)序的敏感度、特異性、陽(yáng)性預(yù)測(cè)值進(jìn)行合理的評(píng)估。如果序列