甲基化與多組學(xué)研究專題05DNA甲基化與腫瘤研究

?DNA甲基化與腫瘤研究解螺旋

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知識(shí)金牌解

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牌腫瘤與表觀遺傳調(diào)控解

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牌解

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牌甲基化與腫瘤分型：幼年型粒-單核細(xì)胞白血病JMML是一種罕見的侵襲性骨髓增殖性疾病，有約50%是由KRAS，NRAS或PTPN11基因突變引起。目前對(duì)于

JMML

中的RAS通路的突變，與其生物學(xué)上的異質(zhì)性和臨床結(jié)果的關(guān)系尚不清楚。可通過甲基化標(biāo)記將JMML分為三個(gè)亞組（甲基化水平高、中、低）。甲基化水平高的病人，預(yù)后較差；甲基化水平低的病人，預(yù)后良好。本文在分析中先分析了多功能造血干細(xì)胞（hematopoietic

stem

cells,

HSC）與六種常見的血細(xì)胞（granulocytes,

monocytes,NK

cells,

CD8+T-cells,

CD4+

T-cells,

and

B-cells）間的差異甲基化位點(diǎn)

，這些位點(diǎn)是正常血細(xì)胞發(fā)育分化過程中變化的位點(diǎn)，在后續(xù)對(duì)JMML的分析中將被過濾掉。進(jìn)一步找到JMML中變異的甲基化位點(diǎn)，以此作為對(duì)JMML的亞型區(qū)分的標(biāo)記知

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牌甲基化與腫瘤預(yù)后解

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牌甲基化組對(duì)難以區(qū)分的腫瘤的鑒定解

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牌甲基化在細(xì)胞分化與腫瘤形成中的機(jī)制研究套細(xì)胞淋巴瘤(mantlecelllymphomas，MCL)

是一種非霍奇金淋巴瘤，作為其起源的B淋巴細(xì)胞，本身就有著復(fù)雜的表觀遺傳背景，在

成熟過程中的甲基化修飾發(fā)生了復(fù)雜的改變。對(duì)82例套細(xì)胞淋巴瘤(MCL)

的DNA甲基化譜分析中,

不但考慮到了腫瘤本身的異質(zhì)性，同時(shí)也以B

細(xì)胞成熟過程中各細(xì)胞亞群的甲基化譜數(shù)據(jù)進(jìn)行比較分析。該研究發(fā)現(xiàn)：MCL

可通過甲基化譜分為兩個(gè)亞群,

分別攜帶了生發(fā)中心（germinal

center）和非生發(fā)中心的B

細(xì)胞的甲基化印記；

MCL淋巴瘤發(fā)生期間的甲基化譜在很大程度上受其來源的正常

B

細(xì)胞的甲基化動(dòng)態(tài)的影響；遠(yuǎn)端的增強(qiáng)子元件

的表觀變異也可能是腫瘤的驅(qū)動(dòng)原因；MCL

的甲基化個(gè)體間差異很大，且甲基化變異的

程度可以作為預(yù)后的指導(dǎo)?？?/p>

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牌從分析上

“純化”MCL細(xì)胞解

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牌從主成分分析上

鑒定MCL細(xì)胞的不同來源解

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牌與對(duì)應(yīng)的正常B細(xì)胞的甲基化差異及意義解

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牌腫瘤免疫浸潤(rùn)的組成解

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長(zhǎng)解

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牌表觀遺傳調(diào)控免疫解

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牌Lancet

Respir

Med

IF:21.466技術(shù)手段：850k、焦磷酸測(cè)序樣本類型：FFPE樣本樣本數(shù)量：34+47+61區(qū) 域：法國(guó)、西班牙和意大利發(fā)現(xiàn)隊(duì)列臨床獲益組(n=10)+無持續(xù)獲益組(n=24)850K芯片評(píng)估表觀遺傳特征與PD-1阻斷臨床獲益之間的相關(guān)性301個(gè)CpG位點(diǎn)的EPIMMUNE標(biāo)記驗(yàn)證隊(duì)列

n=47(850K)FOXP1甲基化狀態(tài)驗(yàn)證隊(duì)列

n=61(焦磷酸測(cè)序)TCGA數(shù)據(jù)驗(yàn)證DNA甲基化預(yù)測(cè)非小細(xì)胞肺癌抗PD-1免疫治療反應(yīng)解螺

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牌發(fā)現(xiàn)隊(duì)列驗(yàn)證隊(duì)列知

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牌解

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牌根據(jù)MSI、CIMP

和CIN

狀態(tài)將結(jié)直腸癌分為5

種類型：MSI、CIMP?only、CIMP+CIN、CIN?only、三陰型IF:11.855案例：結(jié)直腸癌的分子分型解

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牌生存曲線和CRC死亡相關(guān)風(fēng)險(xiǎn)因素分析解

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牌結(jié)直腸癌甲基化生物標(biāo)志物IF:

16.658技術(shù)手段：450k、ddPCR樣本類型：細(xì)胞系+組織+血漿樣本數(shù)量：149+82+182區(qū) 域：意大利解

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牌組織樣本和cfDNA樣本的甲基化率解

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牌常規(guī)化療方案治療/單抗治療后標(biāo)志物的觀察評(píng)估作用解

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牌用替莫唑胺治療后標(biāo)志物的觀察評(píng)估作用解

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牌案例三：腫瘤細(xì)胞表觀遺傳異質(zhì)性技術(shù)手段：450k

array

、SNP

array、免疫組化、sanger測(cè)序樣本類型：組織樣本數(shù)量：79+23（癌癥+轉(zhuǎn)移灶）區(qū) 域：西班牙背景＆目標(biāo)：結(jié)直腸腫瘤的遺傳和分子異質(zhì)性不僅在患者中，而且在腫瘤內(nèi)。由于其動(dòng)態(tài)性，幾乎沒有經(jīng)驗(yàn)證的可用于預(yù)測(cè)結(jié)直腸癌患者的預(yù)后生物標(biāo)志物。該研究分析了消化道表面以及結(jié)直腸腫瘤內(nèi)區(qū)和浸潤(rùn)前沿區(qū)域的DNA甲基化譜。方法：確定了來自西班牙的2家醫(yī)院的79個(gè)結(jié)直腸腫瘤的3個(gè)大型切除區(qū)域和23個(gè)相關(guān)肝轉(zhuǎn)移灶中>

450,000個(gè)CpG位點(diǎn)的DNA甲基化圖譜。分析了KRAS和BRAF突變的樣本，499,170個(gè)單核苷酸多態(tài)性，并進(jìn)行了免疫組織化學(xué)分析。結(jié)果：觀察了3個(gè)區(qū)域腫瘤切片中DNA甲基化的差異;腫瘤-宿主界面區(qū)域（浸潤(rùn)前沿）與其他腫瘤區(qū)域的區(qū)別最大。從更接近胃腸轉(zhuǎn)運(yùn)的區(qū)域（消化道表面）

收集的腫瘤樣品最常見的是與轉(zhuǎn)移灶共有甲基化事件。當(dāng)計(jì)算個(gè)體系數(shù)來量化異質(zhì)性時(shí)，發(fā)現(xiàn)表觀遺傳同質(zhì)性與無復(fù)發(fā)生存時(shí)間短和總生存時(shí)間短顯著相關(guān)。結(jié)論：在79個(gè)結(jié)直腸腫瘤的分析中，發(fā)現(xiàn)每個(gè)腫瘤內(nèi)DNA甲基化模式存在顯著的異質(zhì)性;異質(zhì)性水平與無復(fù)發(fā)和總生存時(shí)間相關(guān)。IF:

18.392解

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長(zhǎng)表觀遺傳差異最大的區(qū)域是浸知潤(rùn)前識(shí)沿金

牌消化道表面腫瘤內(nèi)區(qū)浸潤(rùn)前沿瘤間表觀異質(zhì)性多于瘤內(nèi)甲基化差異性解

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牌遺傳與表觀遺傳異質(zhì)性