非編碼RNA研究專題05ceRNA調(diào)控基礎(chǔ)microRNA與lncRNA

?ceRNA調(diào)控基礎(chǔ)—microRNA與lncRNA解螺旋

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知識金牌解

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牌本期課程解

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長“經(jīng)典”的ceRNA理論 知

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牌以microRNA為核心故事發(fā)生在胞漿中故事從MRE開始MRE即miRNA反應(yīng)元件（miRNA

response

elements）

是各類RNA上可以被miRNA結(jié)合的一小段序列區(qū)域mRNA、lncRNA或者cricRNA競爭性地與microRNA結(jié)合發(fā)生ceRNA的RNA分子其表達(dá)趨勢較一致解

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牌“經(jīng)典”的ceRNA理論Leonardo

Salmena

et.al,2011,Cell右圖X、Y分別為有ceRNA的兩種RNA分子3種MRE分別顯示Y分子表達(dá)量不同時(shí)的ceRNA關(guān)系Y高表達(dá)，使得X保留，XY表達(dá)趨勢一致Y低表達(dá)，使得miR抑制X表達(dá)，XY表達(dá)趨勢一致解

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牌miR海綿Thomson&Dinger，Nature

Reviw

Genetics,

2016解

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牌ceRNA機(jī)制中的lncRNA機(jī)制miRNA與lncRNA結(jié)合，形成miR-Sponge抑制miRNA對mRNA的結(jié)合從而上調(diào)mRNA的表達(dá)前提這一切發(fā)生在細(xì)胞質(zhì)中知

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牌NGS/microarray功能研究選取候選lncRNA表達(dá)水平驗(yàn)證（qPCR等）機(jī)制研究miR生物信息學(xué)臨床樣本信息ceRNA網(wǎng)絡(luò)干擾/敲除/過表達(dá)互作實(shí)驗(yàn)RIP/FISH等解

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長細(xì)胞實(shí)驗(yàn)組織實(shí)驗(yàn)動(dòng)物實(shí)驗(yàn)ceRNA機(jī)制下lncRNA研究思路解

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牌lncRNA的定位查詢目標(biāo)lncRNA位于胞漿中文獻(xiàn)：檢索文獻(xiàn)獲取lncRNA定位信息數(shù)據(jù)庫：RNALocate等實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證：FISH等解

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牌lncRNA與miRNA結(jié)合計(jì)算獲取TargetScanmiRanda……預(yù)測數(shù)據(jù)庫LncBasestarBase……文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫LncBase其它文獻(xiàn)檢索實(shí)實(shí)驗(yàn)獲取……解

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牌其它相關(guān)數(shù)據(jù)庫exoRBase： /收錄人源血液中的各種RNA，包括microRNA、mRNA、lncRNA與circRNA等miRSponge：/miRSponge/哈爾濱醫(yī)科大學(xué)主辦目前包括599項(xiàng)miR-Sponge紀(jì)錄463種ceRNA關(guān)系11個(gè)物種