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第8章酶通論Enzyme酶的發(fā)現(xiàn)及研究歷史人們對(duì)酶的認(rèn)識(shí)起源于生產(chǎn)與生活實(shí)踐。夏禹時(shí)代,人們掌握了釀酒技術(shù)。公元前12世紀(jì)周朝,人們釀酒,制作飴糖和醬。春秋戰(zhàn)國(guó)時(shí)期已知用麴(曲)治療消化不良的疾病。酶者,酒母也酵素的發(fā)現(xiàn)
enzyme("inyeast")enzyme是希臘文en=in,zyme=yeast什么是酶?酶是生物催化劑生物體一切生化反應(yīng)都需酶催化才能進(jìn)行!性能遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過(guò)人造催化劑定義:由活細(xì)胞產(chǎn)生的、有高度專一性和 高效催化作用的生物大分子。一、酶催化作用的特點(diǎn)
1.提高反應(yīng)速度,不改變平衡點(diǎn);2.只起催化作用,本身不消耗;
3.降低反應(yīng)的活化能。(一)與一般催化劑相同的特點(diǎn)
活化能(activationenergy)
指在一定溫度下,1mol底物全部進(jìn)入活化態(tài)所需要的自由能單位:KJ/mol酶催化反應(yīng)的實(shí)質(zhì):降低反應(yīng)的活化能1.
易失活(溫和性)(二)生物催化劑的特點(diǎn)常溫、常壓、中性
除個(gè)別RNA為催化自身反應(yīng)的酶外,其余所有的酶都是蛋白質(zhì)。2.高效性且無(wú)副反應(yīng)反應(yīng)速度是無(wú)酶催化/普通人造催化劑催化反應(yīng)速度的106——1016倍。酶的催化雙氧水裂解3.專一性Specificity:酶對(duì)催化的反應(yīng)和反應(yīng)物有 嚴(yán)格的選擇性。底物(Substrate):
酶作用的物質(zhì)。
(1)酶濃度的可調(diào)性(2)通過(guò)激素調(diào)節(jié)酶活性(3)反饋抑制調(diào)節(jié)酶活性(4)抑制劑和激活劑(5)別構(gòu)調(diào)控、共價(jià)修飾、同工酶等4.可調(diào)節(jié)性二、酶的化學(xué)本質(zhì)及分類(lèi)①經(jīng)酸堿水解終產(chǎn)物是AA②能被蛋白酶水解而失活③酶可變性失活④酶是兩性電解質(zhì)⑤具有不能通過(guò)半透膜等膠體性質(zhì)⑥具有蛋白質(zhì)的化學(xué)呈色反應(yīng)化學(xué)本質(zhì)是蛋白質(zhì)(一)酶的化學(xué)本質(zhì)1982年T.Cech發(fā)現(xiàn)了第1個(gè)有催化活性的天然RNA——ribozyme(核酶),以后又陸續(xù)發(fā)現(xiàn)了真正的RNA催化劑。
單純酶:只有蛋白質(zhì)結(jié)合酶(綴合酶):脫輔酶+輔助因子輔助因子輔基輔酶{與酶結(jié)合緊與酶結(jié)合松全酶(二)酶的化學(xué)組成羧肽酶NADPH—脫氫酶的輔酶過(guò)氧化氫酶結(jié)合酶中:?jiǎn)为?dú)酶蛋白或輔助因子沒(méi)有催化活性一種酶蛋白一般只與一種輔助因子結(jié)合同種輔助因子可與不同的酶蛋白結(jié)合
酶蛋白:決定反應(yīng)的專一性輔助因子:傳遞電子、原子或某些 化學(xué)基團(tuán)的作用monomericenzyme:一般由一條肽鏈組成oligomericenzyme:為寡聚蛋白,≥2個(gè)亞基multienzymecomplex:幾種酶靠非共價(jià)鍵 彼此嵌合而成。由數(shù)個(gè)獨(dú)立的酶組合起來(lái)形成絡(luò)合體,催化一系列反應(yīng)。(如糖代謝、脂代謝)(三)單體酶、寡聚酶、多酶復(fù)合體根據(jù)酶蛋白分子的特點(diǎn):三、酶的命名和分類(lèi)(一)習(xí)慣命名法根據(jù)其催化底物來(lái)命名;根據(jù)所催化反應(yīng)的性質(zhì)來(lái)命名;結(jié)合上述兩個(gè)原則來(lái)命名,有時(shí)在這些命名基礎(chǔ)上加上酶的來(lái)源或其它特點(diǎn)。優(yōu)點(diǎn)
命名簡(jiǎn)單應(yīng)用歷史較長(zhǎng),使用方便缺點(diǎn)
一名數(shù)酶、一酶數(shù)名為了適應(yīng)酶學(xué)發(fā)展的新情況,國(guó)際酶學(xué)會(huì)議于1961年提出一個(gè)新的系統(tǒng)命名法及分類(lèi)原則,已被國(guó)際生化協(xié)會(huì)采用。(二)國(guó)際系統(tǒng)命名法:系統(tǒng)名稱包括底物名稱、反應(yīng)性質(zhì),最后加一個(gè)酶字。底物1:底物2+反應(yīng)性質(zhì)+酶乳酸+NAD+丙酮酸+NADH+H+乳酸:NAD+氧化還原酶當(dāng)?shù)孜餅樗畷r(shí),可省略
系統(tǒng)名:包括所有底物的名稱和反應(yīng)類(lèi)型。乳酸+NAD+丙酮酸+NADH+H+乳酸:NAD+氧化還原酶
慣用名:只取較重要的底物名稱和反應(yīng)類(lèi)型。乳酸:NAD+氧化還原酶乳酸脫氫酶對(duì)于催化水解反應(yīng)的酶一般在酶的名稱上省去反應(yīng)類(lèi)型。(三)國(guó)際系統(tǒng)分類(lèi)編號(hào)
1961年國(guó)際酶學(xué)委員會(huì)(EnzymeCommittee,EC)根據(jù)酶所催化的反應(yīng)類(lèi)型和機(jī)理,把酶分成6大類(lèi):氧化-還原酶催化氧化-還原反應(yīng),催化氫的轉(zhuǎn)移或電子傳遞。主要包括脫氫酶(dehydrogenase)和氧化酶(Oxidase)。如,乳酸(Lactate)脫氫酶催化乳酸的脫氫反應(yīng)。1、氧化還原酶
OxidoreductaseAH2+B(O2)A+BH2(H2O2,H2O)(四)六大類(lèi)酶的特征(1)脫氫酶類(lèi):催化直接從底物上脫氫的反應(yīng)AH2+BA+BH2(需輔酶Ⅰ或輔酶Ⅱ)(2)氧化酶類(lèi)①催化底物脫氫,氧化生成H2O2:AH2+O2A+H2O2(需FAD或FMN)②催化底物脫氫,氧化生成H2O:2AH2+O22A+2H2O(3)過(guò)氧化物酶ROO+H2O2RO+H2O+O2(4)加氧酶(雙加氧酶和單加氧酶)O2+OHOHC=OC=OOHOH(順,順-已二烯二酸)RH+O2+還原型輔助因子ROH+H2O+氧化型輔助因子(又稱羥化酶)轉(zhuǎn)移酶催化基團(tuán)轉(zhuǎn)移反應(yīng),即將一個(gè)底物分子的基團(tuán)或原子轉(zhuǎn)移到另一個(gè)底物的分子上。根據(jù)X分類(lèi):轉(zhuǎn)移碳基、酮基或醛基、酰基、糖基、烴基、含氮基、含磷基和含硫基的酶。例如,谷丙轉(zhuǎn)氨酶催化的氨基轉(zhuǎn)移反應(yīng)。2、轉(zhuǎn)移酶
TransferaseA·X+BA+B·X水解酶催化底物的加水分解反應(yīng)。主要包括淀粉酶、蛋白酶、核酸酶及脂酶等。例如,脂肪酶(Lipase)催化的脂的水解反應(yīng):3、水解酶
hydrolaseAB+H2OAOH+BH裂合酶催化從底物分子中移去一個(gè)基團(tuán)或原子形成雙鍵的反應(yīng)及其逆反應(yīng)。主要包括醛縮酶、水化酶及脫氨酶等。例如,延胡索酸水合酶催化的反應(yīng)。4、裂合酶
Lyase異構(gòu)酶催化各種同分異構(gòu)體的相互轉(zhuǎn)化,即底物分子內(nèi)基團(tuán)或原子的重排過(guò)程。
例如,6-磷酸葡萄糖異構(gòu)酶催化的反應(yīng)5、異構(gòu)酶
IsomeraseABPP合成酶,又稱為連接酶,能夠催化C-C、C-O、C-N以及C-S鍵的形成反應(yīng)。這類(lèi)反應(yīng)必須與ATP分解反應(yīng)相互偶聯(lián)。例如,丙酮酸羧化酶催化的反應(yīng)。丙酮酸+CO2
草酰乙酸6、合成酶
LigaseorSynthetaseA+B+ATPA·B+ADP+Pi酶的系統(tǒng)編號(hào):4位數(shù)字第一位:代表六大類(lèi)反應(yīng)類(lèi)型第二位:亞類(lèi)(作用的基團(tuán)或鍵的特點(diǎn))第三位:亞亞類(lèi)(精確表示底物/產(chǎn)物的性質(zhì))第四位:在亞亞類(lèi)中的序號(hào)乳酸脫氫酶
EC1.1.1.27第1大類(lèi),氧化還原酶第1亞類(lèi),氧化基團(tuán)CHOH第1亞亞類(lèi),H受體為NAD+該酶在亞亞類(lèi)中的編號(hào)—指酶對(duì)底物的選擇性,也稱特異性。結(jié)構(gòu)專一性立體異構(gòu)專一性絕對(duì)專一性相對(duì)專一性族專一性鍵專一性旋光異構(gòu)專一性幾何異構(gòu)專一性四、酶的專一性(一)酶的專一性(1)鎖鑰學(xué)說(shuō)——?jiǎng)傂詷?gòu)象(2)誘導(dǎo)契合學(xué)說(shuō)(3)結(jié)構(gòu)性質(zhì)互補(bǔ)學(xué)說(shuō)
——靜電效應(yīng)、極性相同(4)三點(diǎn)附著學(xué)說(shuō)
——立體異構(gòu)專一性的酶(二)與酶專一性有關(guān)的學(xué)說(shuō)鎖鑰學(xué)說(shuō)認(rèn)為整個(gè)酶分子的天然構(gòu)象是具有剛性結(jié)構(gòu)的,酶表面具有特定的形狀。酶與底物的結(jié)合如同一把鑰匙對(duì)一把鎖一樣誘導(dǎo)契合學(xué)說(shuō)酶表面并沒(méi)有一種與底物互補(bǔ)的固定形狀,而只是由于底物的誘導(dǎo)才形成了互補(bǔ)形狀.
(Koshland,1958):當(dāng)?shù)孜锖兔附佑|時(shí),可誘導(dǎo)酶分子的構(gòu)象變化,使酶活性中心的各種基團(tuán)處于和底物互補(bǔ)契合的正確空間位置,有利于催化。羧肽酶的誘導(dǎo)契合模式“三點(diǎn)結(jié)合”的催化理論酶與底物的結(jié)合處至少有三個(gè)點(diǎn),而且只有一種情況是完全結(jié)合的形式。只有這種情況下,不對(duì)稱催化作用才能實(shí)現(xiàn)。(一)酶活力與酶促反應(yīng)速度酶活力就是酶催化反應(yīng)的能力
——能催化多快的反應(yīng)
通常以測(cè)出的酶促反應(yīng)速度表示
五、酶的活力測(cè)定和分離純化單位時(shí)間內(nèi)底物的減少或產(chǎn)物的增加1.酶促反應(yīng)速度的測(cè)定方法產(chǎn)物濃度變化曲線用哪一個(gè)速度來(lái)表示酶促反應(yīng)的速度特征呢?反應(yīng)初速度Vo反應(yīng)初速度表示酶活力2.活力單位(U)酶單位(U):在一定條件下、一定時(shí)間內(nèi)、將一定量的底物轉(zhuǎn)化為產(chǎn)物所需的酶量。如:每小時(shí)催化1克底物每小時(shí)催化1ml某濃度溶液每分鐘催化1ug底物一定時(shí)間一定量底物一定條件下在標(biāo)準(zhǔn)條件下(25℃,最適pH和最適底物濃度)一分鐘內(nèi)催化1微摩爾底物轉(zhuǎn)化為產(chǎn)物所需的酶量。
1IU=1mol/min——酶活力單位標(biāo)準(zhǔn)化(1)國(guó)際單位(IU)在標(biāo)準(zhǔn)條件下(25℃,最適pH和最適底物濃度)每秒鐘催化1摩爾底物轉(zhuǎn)化為產(chǎn)物所需的酶量。
1Kat=1mol/s=60×106IU——酶活力單位標(biāo)準(zhǔn)化(2)Kat每mg酶蛋白所含的酶活力單位數(shù)。
u/mg酶蛋白酶產(chǎn)品質(zhì)量評(píng)價(jià)中常使用,一定程度上代表酶的純度。(3)比活力
(specificactivity)一定條件下:每秒鐘、每個(gè)酶分子轉(zhuǎn)換的底物分子數(shù)或每微摩爾酶分子轉(zhuǎn)換底物的微摩爾數(shù)一秒內(nèi)1摩爾的酶可催化幾摩爾的底物(4)轉(zhuǎn)換數(shù)(turnovernumber)酶活力測(cè)定實(shí)例①確定反應(yīng)條件
20℃、pH=7,底物濃度
6g/l(過(guò)量),加入2mg固體脂肪酶②確定活力單位
每小時(shí)催化1克底物1u=1g/h③測(cè)反應(yīng)初速度
作產(chǎn)物甘油隨時(shí)間增加的曲線,量出反應(yīng)初速度值,換算為脂肪的消耗速度。如8g/h④換算活力
8g/h
/
1g/h=8u⑤計(jì)算比活
8u/2mg酶蛋白=4u/mg酶蛋白脂肪脂肪酶甘油+脂肪酸測(cè)定完成一定反應(yīng)所需的時(shí)間測(cè)定單位時(shí)間內(nèi)酶催化的化學(xué)反應(yīng)量(1)分光光度法:利用底物/產(chǎn)物光吸收性質(zhì)不同選擇適當(dāng)波長(zhǎng)來(lái)測(cè)定。(2)熒光法:利用底物/產(chǎn)物熒光性質(zhì)的差別。紫外/可見(jiàn)光3.酶活力的測(cè)定方法(3)同位素測(cè)定方法:放射性同位素標(biāo)記底物,經(jīng)酶作用得到相應(yīng)產(chǎn)物,經(jīng)適當(dāng)分離,測(cè)定產(chǎn)物脈沖數(shù)即可。(4)電化學(xué)法:包括pH測(cè)定法,離子選擇電極法等。前者跟蹤反應(yīng)過(guò)程中H+的變化,后者用氧電極測(cè)定一些耗氧的酶反應(yīng)。(二)酶的分離和純化衡量分離提純效果的兩個(gè)指標(biāo):①總活力的回收——是表示提純過(guò)程中酶的損失情況②比活力提高的倍數(shù)——是表示提純方法的有效程度分離純化方法同蛋白質(zhì)純化類(lèi)似:1.選材:酶含量豐富的新鮮生物材料2.破碎:因材料而異3.抽提:低溫下以水或低鹽緩沖液抽提4.分離及純化:粗分級(jí),細(xì)分級(jí)分離5.結(jié)晶6.保存:低溫下酶粉可長(zhǎng)期保存注意低濃度酶溶液易變性酶的制備過(guò)程中,每步都應(yīng)進(jìn)行鑒定常用的鑒定指標(biāo)為:回收率%=每次總活力×100/第一次總活力純化倍數(shù)=每次比活力/第一次比活力
產(chǎn)率酶的純度鑒定:聚丙烯酰胺凝膠電泳法等電聚焦電泳法六、核酶(ribozyme)(一)核酶:具有催化活性的RNA(1)1982年,Cech首先發(fā)現(xiàn)四膜蟲(chóng)
L19RNA既有RNA酶活性,又有
RNA聚合酶活性。
隨后的研究表明:
L19RNA具備酶促催化的幾個(gè)特征:
高度的底物專一性遵循Michaelis-Menten動(dòng)力學(xué)對(duì)競(jìng)爭(zhēng)性抑制劑的敏感性
(2)1992年,Piccirilli等發(fā)現(xiàn)L19RNA具有氨酰酯酶的活性,催化氨酰酯水解。
(3)L19RNA還有限制性內(nèi)切酶作用:
-CpUpCpUpN-+G-CpUpCpU+GpN
(4)1997年,Zhang和Cech用人造的RNA分子催化合成了肽鏈,表明RNA具有肽基轉(zhuǎn)移酶活性。
(5)原核生物RNaseP和兔肌1,4--葡聚糖分枝酶均包括RNA+蛋白組分,起催化作用的都是RNA。(二)核酶的種類(lèi)(自我催化)
自我剪切:是轉(zhuǎn)錄后加工方式之一(self-cleavage)
自我剪接(self-splicing)
需要鳥(niǎo)苷和Mg2+參與不需要鳥(niǎo)苷的參與剪切與連接催化分子內(nèi)反應(yīng)核酶的典型結(jié)構(gòu)特點(diǎn):
三個(gè)螺旋
13個(gè)保守堿基
剪切點(diǎn):GUN
RNA既能攜帶遺傳信息又有生物催化功能。——RNA可能早于蛋白質(zhì)和DNA,是生命起源中首先出現(xiàn)的生物大分子切割癌基因、致病病毒基因(三)核酶的研究意義與應(yīng)用前景是具有催化作用的抗體本質(zhì)是免疫球蛋白
——在易變區(qū)被賦予酶的屬性,又被稱為催化性抗體?;鶓B(tài)底物過(guò)渡態(tài)底物七、抗體酶(abzyme)第一代抗體酶
(過(guò)渡態(tài)底物的抗體)
1986年,Schultz與Lerner同時(shí)得到了具有催化活性的抗體;
第二代抗體酶
(引入法)
將催化基團(tuán)及輔助因子引入到抗原抗體結(jié)合部位。第三代抗體酶
(拷貝法)
酶抗體抗抗體酶工程:酶制劑在工業(yè)上的大規(guī)模生產(chǎn)及應(yīng)用。普通酶工程、化學(xué)酶工程、生物酶工程普通酶工程—單純生物提取化學(xué)酶工程1、微生物發(fā)酵得到粗酶2、對(duì)天然酶進(jìn)行化學(xué)修飾、固定化處理,利用化學(xué)合成等手段來(lái)改善酶性能。八、酶工程簡(jiǎn)介
A修飾酶的功能基團(tuán):親核的Ser、Cys、Thr、Lys、His,親電的Tyr、Trp
可氧化的Tyr、Trp、Met——經(jīng)過(guò)修飾的酶穩(wěn)定性好。(1)化學(xué)修飾酶B交聯(lián)反應(yīng):用雙功能試劑使酶分
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