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文檔簡介
摘要:以專病真實世界研究為背景,分析了醫(yī)療數(shù)據(jù)治理和數(shù)據(jù)可用性存在的各種問題。
從醫(yī)院數(shù)據(jù)治理出發(fā),延伸到區(qū)域數(shù)據(jù)治理、??坡?lián)盟數(shù)據(jù)治理以及醫(yī)療標注數(shù)據(jù)與知識型
數(shù)據(jù)的治理,總結了不同層次、不同層面數(shù)據(jù)治理的共性方法與個性方法。在此基礎上,進
一步探討了數(shù)據(jù)治理中的主數(shù)據(jù)管理、元數(shù)據(jù)管理、數(shù)據(jù)質量控制等關鍵技術和關鍵環(huán)節(jié)。
最后,給出了醫(yī)療大數(shù)據(jù)標準的基本框架,并基于現(xiàn)有的數(shù)據(jù)治理評估標準,對醫(yī)療大數(shù)據(jù)
治理的現(xiàn)狀進行了評估。
關鍵詞:醫(yī)療數(shù)據(jù)治理;數(shù)據(jù)可用性;元數(shù)據(jù);主數(shù)據(jù)
1引言
醫(yī)療健康大數(shù)據(jù)與人工智能呈蓬勃發(fā)展的態(tài)勢。一方面,醫(yī)院互聯(lián)互通、國家與省市大數(shù)據(jù)
中心的建設,為醫(yī)療健康大數(shù)據(jù)奠定了良好的基礎;另一方面,個性化診斷、疾病預測與輔
助決策支持系統(tǒng)等各類醫(yī)療人工智能應用也在不斷涌現(xiàn)。
國家對發(fā)展醫(yī)療大數(shù)據(jù)和人工智能非常重視,近幾年頒布了一系列指導意見和措施。國辦發(fā)
(2016)47號《國務院辦公廳關于促進和規(guī)范健康醫(yī)療大數(shù)據(jù)應用發(fā)展的指導意見》提出
建設全民健康保障信息化工程一期項目。作為該項目的前期工程,2015年國家衛(wèi)生和計劃
生育委員會統(tǒng)計信息中心啟動了十省互聯(lián)互通項目,開展相關技術的驗證工作。截至2016
年,該項目已經(jīng)接入上海、湖南、湖北、江蘇、浙江、福建、重慶、內蒙古、遼寧、北京10
個省級健康醫(yī)療大數(shù)據(jù)平臺,目前已完成所有省級健康醫(yī)療大數(shù)據(jù)平臺的接入。為深入貫徹
落實國辦發(fā)(2016)47號文件精神,加快國家健康醫(yī)療大數(shù)據(jù)中心及產(chǎn)業(yè)園建設試點項目
對接工作,2016年10月,福建、江蘇以及福州、廈門、南京、常州被確定為健康醫(yī)療大數(shù)
據(jù)中心與產(chǎn)業(yè)園建設國家試點工程第一批試點省市。2017年12月,健康醫(yī)療大數(shù)據(jù)中心
第二批國家試點啟動。根據(jù)部署,健康醫(yī)療大數(shù)據(jù)中心第二批國家試點已在山東、安徽、貴
州3個省開展,并與第一批試點的江蘇、福建一起作為東、南、西、北、中5個健康醫(yī)療大
數(shù)據(jù)區(qū)域中心建設及互聯(lián)互通試點省。目前,醫(yī)療領域已經(jīng)積累了大規(guī)模臨床數(shù)據(jù),并有了
國家級別的數(shù)據(jù)采集和匯聚方案,保障了持續(xù)的數(shù)據(jù)增加和更新,并且為人工智能應用提供
了基礎。
然而,在利用前期基于醫(yī)院或國家衛(wèi)生健康委員會的區(qū)域平臺數(shù)據(jù)進行臨床科研和人工智能
應用開發(fā)的過程中,即使在病人數(shù)量足夠的情況下,數(shù)據(jù)的可用性依然存在問題。這里既有
數(shù)據(jù)本身的問題,也有數(shù)據(jù)流程管理問題和數(shù)據(jù)使用權限問題。例如,若研究特定治療方案
對心衰與大腸癌的影響,需要從電子病歷中分別構建心衰隊列和大腸癌隊列。對于心衰隊列,
入組條件是電子健康檔案中患有心衰疾病的病人,控制變量是是否吃了與心衰治療相關的中
藥,終點事件是180天再入院率。對于大腸癌隊列,入組條件是電子健康檔案中患有大腸癌
的病人,控制變量是是否手術,終點事件是復發(fā)或3~5年生存期。在構建隊列的過程中存
在以下問題。
數(shù)據(jù)完整性不夠。例如,診斷心衰需要心臟彩超數(shù)據(jù),診斷大腸癌需要病理和死亡數(shù)據(jù)。對
于醫(yī)院來說,心臟彩超數(shù)據(jù)和病理數(shù)據(jù)是有的,但這些數(shù)據(jù)被分散在不同的檢查系統(tǒng)中,需
要將這些數(shù)據(jù)集成在臨床專病庫中。此外,與終點事件相關的死亡信息和再入院率數(shù)據(jù)存在
缺失的情況。如果病人不是在醫(yī)院死亡的,系統(tǒng)就無法知道病人的生存狀態(tài),因此死亡信息
無法被獲取。病人也有可能到其他醫(yī)院就診,這樣就無法統(tǒng)計再入院率這個數(shù)據(jù)了。如果是
區(qū)域平臺,各省只有檢驗數(shù)據(jù),沒有檢查數(shù)據(jù)。
數(shù)據(jù)精準度不夠。例如,心衰與心功能分級有關,而腫瘤需要分期,在電子健康檔案數(shù)據(jù)里
面,很多病人的心功能分級數(shù)據(jù)或腫瘤分期數(shù)據(jù)是沒有的。
數(shù)據(jù)一致性不夠。以患者基本信息和時間信息為例,由于填錯或者其他原因,患者的基本信
息在不同系統(tǒng)中可能是不一樣的,而不同系統(tǒng)的時間格式也可能是不一致的。
數(shù)據(jù)準確性不夠。病人的很多ICD編碼不在國家衛(wèi)生健康委員會編碼規(guī)范里,此外,很多
疾病名稱與ICD編碼系統(tǒng)中的疾病名稱不一致。
綜上所述,隨著醫(yī)療大數(shù)據(jù)與人工智能技術的深入發(fā)展,數(shù)據(jù)可用性已經(jīng)成為制約醫(yī)療健康
大數(shù)據(jù)智能分析應用發(fā)展的瓶頸。數(shù)據(jù)存在各種各樣的問題,具體如下。
原始數(shù)據(jù)在錄入過程中有數(shù)據(jù)錯漏、數(shù)據(jù)不完整等問題。
由于缺乏統(tǒng)一的元數(shù)據(jù)標準,數(shù)據(jù)融合困難。
由于缺乏統(tǒng)一的主數(shù)據(jù)管理,病人、醫(yī)生等醫(yī)療應用中的核心數(shù)據(jù)實體難以被唯一標識并實
時更新。
數(shù)據(jù)清洗缺乏統(tǒng)一的策略,導致數(shù)據(jù)被多次清洗,使用代價高。
由于缺乏元數(shù)據(jù)和主數(shù)據(jù)標準,即使數(shù)據(jù)被勉強放在一起,數(shù)據(jù)可達性也很差,無法知曉每
個字段的確切含義和具體取值范圍,難以基于簡單的查詢找到需要的數(shù)據(jù)。
大量醫(yī)療數(shù)據(jù)以文本、影像、圖像等非結構化的方式存儲,增加了管理和整合的難度。
另外,無論是在規(guī)劃層面還是在操作層面,數(shù)據(jù)隱私管理、數(shù)據(jù)使用的權限與流程都跳乏指
導性的技術標準和規(guī)范,由此導致雖然采集、存儲了很多數(shù)據(jù),但不知道誰可以用、應采用
什么樣的方法用。
總體來說,要讓醫(yī)療大數(shù)據(jù)應用生根發(fā)芽,讓數(shù)據(jù)驅動的醫(yī)療人工智能技術與應用落地,就
必須從源頭解決數(shù)據(jù)質量問題,解決在什么樣的情況下可以用什么樣的數(shù)據(jù)的問題,解決數(shù)
據(jù)錄入、采集、融合與使用過程中多個環(huán)節(jié)的數(shù)據(jù)監(jiān)督與控制問題,這些問題都屬于醫(yī)療數(shù)
據(jù)治理問題。
2醫(yī)療數(shù)據(jù)治理的概念、分類與階段
2.1醫(yī)療數(shù)據(jù)治理的內涵與外延
維基百科將數(shù)據(jù)治理定義為組織機構遵循的一個既定的流程,以確保整個生命周期中的數(shù)據(jù)
質量。國際數(shù)據(jù)管理協(xié)會(GlobalDataManagementCommunity,DAMA)在《DAMA數(shù)據(jù)
管理知識體系指南》中將數(shù)據(jù)治理定義為數(shù)據(jù)資產(chǎn)管理的權威性和控制性活動,是對數(shù)據(jù)管
理的高層計劃與控制,包括在數(shù)據(jù)管理和使用層面進行規(guī)劃、監(jiān)督和強制執(zhí)行。我國電子
工業(yè)標準化技術協(xié)會信息技術服務分會(InformationTechnologyServiceStandards,ITSS)
基礎標準工作組認為,數(shù)據(jù)治理包括:對信息利益相關者的需要評估;確保有效助力業(yè)務的
決策機制和方向;確保對合規(guī)和績效的監(jiān)督。
根據(jù)上述定義可知,數(shù)據(jù)治理需要一個權威的組織機構,這個組織機構需要對數(shù)據(jù)資產(chǎn)制定
權威性的計劃,并控制活動。對于企業(yè)內部的數(shù)據(jù)治理,企業(yè)可以建立自己的數(shù)據(jù)治理機構,
對數(shù)據(jù)行使治理的權力。但是,醫(yī)療數(shù)據(jù)相對復雜和分散。一方面,醫(yī)院、國家衛(wèi)生健康
委員會、體檢機構、醫(yī)療科研、保險機構、互聯(lián)網(wǎng)健康機構以及病人都存有數(shù)據(jù);另一方面,
醫(yī)療數(shù)據(jù)所有權難以明確,數(shù)據(jù)治理的權威機構缺乏規(guī)定。
為此,國家衛(wèi)生健康委員會在2018年9月研究制定了《國家健康醫(yī)療大數(shù)據(jù)標準、安全和
服務管理辦法(試行)》(以下簡稱《管理辦法》)。在《管理辦法》的第二條中規(guī)定:我國公
民在中華人民共和國境內所產(chǎn)生的健康和醫(yī)療數(shù)據(jù),國家在保障公民知情權、使用權和個人
隱私的基礎上,根據(jù)國家戰(zhàn)略安全和人民群眾生命安全需要,加以規(guī)范管理和開發(fā)利用。《管
理辦法》明確了國家和政府機構對數(shù)據(jù)的使用權力,指明了數(shù)據(jù)治理的權威機構是國家衛(wèi)生
健康委員會,國家衛(wèi)生健康委員會和相關部門負責統(tǒng)籌規(guī)劃、指導、評估、監(jiān)督全國健康醫(yī)
療大數(shù)據(jù)的標準管理、安全管理和服務管理工作??h級以上衛(wèi)生健康行政部門和相關部門負
責本行政區(qū)域內健康醫(yī)療大數(shù)據(jù)的管理工作,是本行政區(qū)域內健康醫(yī)療大數(shù)據(jù)安全和應用管
理的監(jiān)管單位。各級各類醫(yī)療衛(wèi)生機構和相關企事業(yè)單位是健康醫(yī)療大數(shù)據(jù)安全和應用管理
的責任單位。
2.2醫(yī)療數(shù)據(jù)治理的分類
本文的數(shù)據(jù)治理主要圍繞醫(yī)院和區(qū)域衛(wèi)生管理機構擁有的數(shù)據(jù)展開。將醫(yī)
療數(shù)據(jù)治理按管理機構分為3類:一是醫(yī)院數(shù)據(jù)治理;二是區(qū)域數(shù)據(jù)治理;
三是??坡?lián)盟/專科醫(yī)聯(lián)體/專病中心的數(shù)據(jù)治理。此外,還有醫(yī)療標注數(shù)據(jù)
與知識型數(shù)據(jù)治理。
2.2.1醫(yī)院數(shù)據(jù)治理
醫(yī)院數(shù)據(jù)治理被定義為:醫(yī)院對其數(shù)據(jù)資產(chǎn)的管理和控制,支撐并保障數(shù)據(jù)被安全、高效地
交換與使用。圖1展示了醫(yī)院數(shù)據(jù)治理體系。
澄理U標典里!應用人數(shù)據(jù)人工科施應川支探技術
麗:嫡麗
臨床數(shù)據(jù)中心科研數(shù)據(jù)中心廿(◎(?)
應用示范|中醫(yī)至病麗麗一I11I:
|牟稀喝海科研||輔助診斷昨服智伽答知3MH盟?配然*處理
兒科數(shù)據(jù)治理
效據(jù)故it管控除私與安全管理
|出港數(shù)據(jù)脫救|
I數(shù)據(jù)質出監(jiān)控|[畋據(jù)質at詳儕|
;數(shù)樨H動修正|.一還函市1
痔F混侖云的數(shù)據(jù)存儲系統(tǒng)
公有云,4私有云
0B0BSB^0BBB0|網(wǎng)步at控|
關健技術
基卜知識圖謂的無數(shù)據(jù)管理數(shù)據(jù)融合數(shù)據(jù)?致性檢ill幕廣語文的數(shù)據(jù)質敏控制
|11|I本體時齊II實體鏈接I;船浦此念(I,<■"!1(.41'I||??R動員量修正|
[附加應相]
I沖突*決II英泰推誠I數(shù)據(jù)一致性消洗1|甯義完整性檢測|
A4
海徵管理規(guī)范數(shù)據(jù)■視他
p8m采集演睚||收據(jù)和令題他[數(shù)褥使用流程|I元數(shù)據(jù)標準IIE數(shù)據(jù)標準|1故據(jù)順滑評估方用|安乍存林規(guī)范]
圖1醫(yī)院數(shù)據(jù)治理體系
(1)組織與人員機構管理
醫(yī)院需要成立專門的數(shù)據(jù)管理部門,完成流程和規(guī)范制訂、數(shù)據(jù)質量保證和質量控制、流程
審批等工作,并對數(shù)據(jù)使用方和n"設施建設方進行管理。目前,諸多醫(yī)院已經(jīng)專門成立了
大數(shù)據(jù)部門承擔這項工作,也有醫(yī)院將這項工作放在信息科或病案管理室。
(2)規(guī)范管理
規(guī)范管理包括流程管理與支撐規(guī)范、信息規(guī)范與數(shù)據(jù)規(guī)范。流程管理規(guī)范規(guī)定了何人在何種
應用場景下,通過何人的審批可以操作何種類型的數(shù)據(jù)。首先,流程管理規(guī)范規(guī)定了人員或
是角色的配置與管理,確定數(shù)據(jù)標準、更新維護、數(shù)據(jù)質量跟蹤等內容由誰完成。其次,規(guī)
定了各種審批流程。
相比數(shù)據(jù)采集、加工與存儲的流程,數(shù)據(jù)使用流程的制度管理更為重要。部分醫(yī)院依據(jù)確定
的審批流程管理數(shù)據(jù)的使用,臨床科室可以作為數(shù)據(jù)使用方提交數(shù)據(jù)使用要求,大數(shù)據(jù)管理
部門以及其他數(shù)據(jù)管理方進行審批。但是,目前審批過程缺乏詳細的附加規(guī)范,比如何種職
責的科室和醫(yī)生在什么情形下可以導出數(shù)據(jù)、數(shù)據(jù)能否離院、應由哪一級來審批決定,這些
都需要具體規(guī)定。除管理規(guī)范外,不同角色的人員如何協(xié)作互動完成既定的工作,也可通過
制定流程支撐規(guī)范實現(xiàn)。比如,科研流程不是簡單的數(shù)據(jù)導出和使用過程,通??赡苄枰?/p>
次的數(shù)據(jù)字段確認和細化、數(shù)據(jù)清洗和融合,因此,需要面向特定任務建立流程支撐規(guī)范,
確保信息科、數(shù)據(jù)管理部門以及臨床醫(yī)生的有效協(xié)同。
信息規(guī)范包含隱私、數(shù)據(jù)權限管控規(guī)范和質量評估規(guī)范等。數(shù)據(jù)規(guī)范包括不同業(yè)務系統(tǒng),如
電子病歷數(shù)據(jù)規(guī)范、醫(yī)院信息系統(tǒng)數(shù)據(jù)規(guī)范。對于數(shù)據(jù)整合過程和整合后的系統(tǒng)來說,需要
主數(shù)據(jù)和元數(shù)據(jù)規(guī)范以及相關的數(shù)據(jù)質量規(guī)范。
以上規(guī)范的制定有助于完成以下目標:數(shù)據(jù)有明確和準確的定義;數(shù)據(jù)有明確的責任方;數(shù)
據(jù)有清晰的存儲方式與合理的時間期限;數(shù)據(jù)加工方法明晰;數(shù)據(jù)訪問方式與控制明確;數(shù)
據(jù)內容符合標準要求與質量要求。
(3)平臺、工具與關鍵技術
數(shù)據(jù)治理需要有相應的平臺與工具支持,數(shù)據(jù)清洗過程需要抽取一轉換一加載(extract-
transform-load,ETL)工具、文本結構化工具等。大數(shù)據(jù)管理需要支持多種存儲機制,管理
平臺需要包含元數(shù)據(jù)管理、主數(shù)據(jù)管理、數(shù)據(jù)權限管理、審批流程管理、數(shù)據(jù)質量評估、數(shù)
據(jù)質量監(jiān)控等工具。此外,數(shù)據(jù)的使用需要各種統(tǒng)計模型和人工智能算法。
(4)數(shù)據(jù)智能化分析應用
整個數(shù)據(jù)治理應該是應用驅動的。治理可以圍繞臨床科研、醫(yī)院管理、輔助診療以及各種人
工智能應用展開。
2.2.2區(qū)域數(shù)據(jù)治理
區(qū)域數(shù)據(jù)治理與醫(yī)院數(shù)據(jù)管理內容相似,但實施起來難度更高,具體體現(xiàn)在以下幾點。
(1)主數(shù)據(jù)管理和元數(shù)據(jù)管理的復雜度高
病人基礎數(shù)據(jù)是臨床醫(yī)療信息的主數(shù)據(jù)。區(qū)域數(shù)據(jù)來源于多家醫(yī)院,每家醫(yī)院病人用的身份
標識不一樣,病人基礎信息也會有差異。需要通過統(tǒng)一標識來統(tǒng)一病人的主數(shù)據(jù),并關聯(lián)病
人在不同醫(yī)院的就診記錄。另外,每家醫(yī)院的健康檔案的數(shù)據(jù)結構、疾病、檢驗、癥狀的名
稱也有差異。如果希望做統(tǒng)一元數(shù)據(jù)管理,不僅涉及醫(yī)療信息系統(tǒng)設計問題,也涉及醫(yī)學語
言的表達能力以及??浦g的差異問題,目前還沒有哪個區(qū)域能比較好地解決這個問題。
(2)數(shù)據(jù)安全性管理更嚴格,審批和流程管理更復雜
由于區(qū)域數(shù)據(jù)量比較大,病人的就診數(shù)據(jù)在時序上更完整,因此數(shù)據(jù)泄露帶來的嚴重性更大,
區(qū)域對數(shù)據(jù)安全管理的要求更嚴格。另外,區(qū)域衛(wèi)生管理機構只是行使數(shù)據(jù)管理權,數(shù)據(jù)使
用者很多是醫(yī)療機構,在管理機構對醫(yī)療機構的數(shù)據(jù)使用申請進行約束和審批的過程中,由
于無法了解醫(yī)療機構的真實意圖,因此需要通過更嚴格的審批和管理流程,保障數(shù)據(jù)的合理
與安全使用。
2.2.3專科聯(lián)盟/??漆t(yī)聯(lián)體/專病中心的數(shù)據(jù)治理
??坡?lián)盟/??漆t(yī)聯(lián)體/專病中心的數(shù)據(jù)治理問題更復雜。??坡?lián)盟一般由權威醫(yī)療機構牽頭,
但是其牽頭單位并沒有行政權力,聯(lián)盟單位之間的協(xié)作共享完全是一種自愿的行為。因此,
專科聯(lián)盟形式的醫(yī)聯(lián)體除了要解決區(qū)域醫(yī)聯(lián)體中碰到的技術問題外,還要解決數(shù)據(jù)共享后的
利益分享問題,確保醫(yī)聯(lián)體每個成員能在數(shù)據(jù)共享活動中受益。這項工作有部分醫(yī)療信息廠
商正在做探索性的研究,主要通過區(qū)塊鏈確立數(shù)據(jù)來源,并通過智能合約實現(xiàn)臨床科研上利
益的共享。專病中心可以看作??漆t(yī)聯(lián)體建立的數(shù)據(jù)中心,數(shù)據(jù)中心需要解決醫(yī)聯(lián)體成員對
專病信息匯聚的技術問題。為了形成高質量的數(shù)據(jù)中心,部分專病中心嘗試采用了制定復雜
的數(shù)據(jù)入庫規(guī)則、定時數(shù)據(jù)獲取制度、規(guī)范化科研病例報告表單定義等措施。
2.2.4醫(yī)療標注數(shù)據(jù)與知識型數(shù)據(jù)治理
除了上述3類管理機構的數(shù)據(jù)治理問題之外,還有醫(yī)療標注數(shù)據(jù)與知識型數(shù)據(jù)的治理問題。
數(shù)據(jù)治理主要面向的對象是病人數(shù)據(jù),但在醫(yī)院協(xié)作共享過程中,知識型數(shù)據(jù)也必不可少。
在面向人工智能的應用時,需要大量的標注數(shù)據(jù),這些數(shù)據(jù)的管理和利用也應該屬于數(shù)據(jù)治
理的范疇。
標注數(shù)據(jù)主要是針對電子病歷文本、影像等非結構化數(shù)據(jù)進行實體、屬性、關系等標注得到
的數(shù)據(jù),標注數(shù)據(jù)的質量對訓練深度學習或神經(jīng)網(wǎng)絡模型起著決定性作用。為了實現(xiàn)對標注
數(shù)據(jù)的治理,應該針對不同粒度的實體建立一套完整的標注規(guī)范,對標注過程的各要素進行
規(guī)范化管理,并對標注結果進行交叉驗證等。
由于不同機構對知識型數(shù)據(jù)的表示各不相同,且知識之間存在復雜的關系,因此需要對知識
型數(shù)據(jù)進行統(tǒng)一的表示,明確知識型數(shù)據(jù)之間的關系。止匕外,知識還會不斷地增長,需要建
立知識管理機制,確保知識型數(shù)據(jù)能夠動態(tài)地擴充。
3醫(yī)療數(shù)據(jù)治理工具平臺與關鍵技術
建立臨床數(shù)據(jù)治理需要平臺和工具,也要攻克一系列的關鍵技術。醫(yī)療數(shù)據(jù)治理工具平臺應
包含數(shù)據(jù)存儲子系統(tǒng)、元數(shù)據(jù)管理子系統(tǒng)、主數(shù)據(jù)管理子系統(tǒng)、數(shù)據(jù)質量管控子系統(tǒng)以及患
者數(shù)據(jù)脫敏工具等。為了構建這樣的工具平臺,需探討知識圖譜、數(shù)據(jù)融合算法、數(shù)據(jù)自動
一致性檢測等多種技術。本文主要探討與醫(yī)療數(shù)據(jù)關系最密切的3項技術:元數(shù)據(jù)管理、主
數(shù)據(jù)管理以及數(shù)據(jù)質量監(jiān)控與管理。
3.1元數(shù)據(jù)管理
目前醫(yī)院信息系統(tǒng)中存在數(shù)據(jù)模式描述文檔不全、系統(tǒng)之間數(shù)據(jù)關聯(lián)不清晰、系統(tǒng)值域標準
不統(tǒng)一等問題,這對數(shù)據(jù)的集成造成了極大的困擾。在區(qū)域層面,這些問題更嚴重。因此,
需要通過元數(shù)據(jù)管理獲取業(yè)務系統(tǒng)中數(shù)據(jù)的含義,輔助數(shù)據(jù)理解,增加分析的敏捷性。元數(shù)
據(jù)管理可以提高數(shù)據(jù)的可訪問性、一致性及可用性,為多種來源數(shù)據(jù)的整合搭建了橋梁。
相比利用傳統(tǒng)字典表以及數(shù)據(jù)字段名稱的元數(shù)據(jù)初級表示方法,完整的元數(shù)據(jù)管理有完整的
字段定義、與數(shù)據(jù)源的對應關系以及不同數(shù)據(jù)來源元數(shù)據(jù)之間的映射關系。
具體而言,元數(shù)據(jù)管理子系統(tǒng)主要由采集層、標準層、分析層和應用接口層組成。采集層從
各種醫(yī)療信息系統(tǒng)內獲取元數(shù)據(jù),查看元數(shù)據(jù)的變化和更新。標準層保存了元數(shù)據(jù)的標識信
息、內容信息與模式信息等。由于醫(yī)院信息系統(tǒng)各異,標準層實現(xiàn)了將元數(shù)據(jù)映射到標準集
合以及將不同的元數(shù)據(jù)進行互操作的功能。分析層主要提供了對元數(shù)據(jù)的管理、分析與查詢。
元數(shù)據(jù)庫與數(shù)據(jù)源存在對應關系,當用戶通過統(tǒng)一入口提交查詢服務時,可以根據(jù)元數(shù)據(jù)庫
提供的特征找到對應的信息資源,重組之后呈現(xiàn)給用戶。因此,應用接口層除了提供元數(shù)據(jù)
訪問的限制和保護外,同時還服務于各個應用程序。
與其他領域相比,醫(yī)療領域的元數(shù)據(jù)規(guī)范相對比較成熟,如原衛(wèi)生部頒布的《國家衛(wèi)生計生
委辦公廳關于印發(fā)住院病案首頁數(shù)據(jù)填寫質量規(guī)范(暫行)和住院病案首頁數(shù)據(jù)質量管理與
控制指標(2016版)的通知》(國衛(wèi)辦醫(yī)發(fā)(2016)24號)、《病歷書寫規(guī)范》(衛(wèi)醫(yī)政發(fā)
(2010)11號)、《電子病歷基本規(guī)范》(衛(wèi)醫(yī)政發(fā)(2010)24號)、《衛(wèi)生信息基本數(shù)據(jù)集
編制規(guī)范》(WS370-2012)、《衛(wèi)生管理基本數(shù)據(jù)集》(WS374-2012)與《電子病歷基本架
構與數(shù)據(jù)標準》(衛(wèi)辦發(fā)(2009)130號)等。在數(shù)據(jù)值編碼標準方面,國際上有疾病分類
編碼ICD-10,手術操作編碼ICD-9以及SNOMED術語庫,國內有國家標準《衛(wèi)生機構(組
織)分類與代碼表》(WS2182002),《社會保險藥品分類與代碼》(LD/T90-2012)和《中醫(yī)
病證分類與代碼》(GB/T15657-1995)。
然而,在使用過程中,這些標準會根據(jù)應用進行不同程度的刪減和擴充,甚至出現(xiàn)錯誤的使
用。因此,基于標準建立一個元數(shù)據(jù)管理機制,可方便地在標準上擴充,并可以關聯(lián)不同的
應用。從技術角度來說,這個管理機制可以基于知識圖譜技術建立。圖譜可以方便地給出元
數(shù)據(jù)的定義,包括概念、概念層次、屬性、屬性值類型、關系、關系定義域概念集以及關系
值域概念集,并且可以通過添加規(guī)則或公理來表示模式層更復雜的約束關系。借助知識圖譜
圖結構的表達能力,可以表達關聯(lián)關系、同義關系、上下位關系與實例關系等,從而建立
更加靈活的數(shù)據(jù)約束條件,從而方便地表達和擴充元數(shù)據(jù)。借助于圖譜已有的模式對齊、實
體匹配與沖突檢測算法,可以在語義層次對圖譜進行維護,在此基礎上實現(xiàn)自動的數(shù)據(jù)融合
算法。圖2給出了疾病“心力衰竭”的部分知識圖譜,包括該疾病名稱的同義詞:心功能不全、
心衰、心臟衰竭、心力衰竭等,所屬部位是“心臟結構”。
圖2疾病“心力衰竭”的部分知識圖譜
利用該圖譜還能較好地實現(xiàn)電子病歷的標準化。如圖3所示,將電子病歷中不規(guī)范的文本進
行標準化,例如將疾病名稱“心衰”標準化為“心功能不全”或‘心力衰竭”,將“腦梗死”標準化為
“腦梗塞”,將藥物“異舒吉”映射到標準藥物名“硝酸異山梨酯”等。
發(fā)現(xiàn)那位
心功能發(fā)現(xiàn)部位
不仝
1食枇修.卜功卜?力
圖3利用知識圖譜實現(xiàn)電子病歷的標準化
3.2主數(shù)據(jù)管理
醫(yī)療數(shù)據(jù)的主數(shù)據(jù)主要有病人信息和醫(yī)生信息兩類。本文以病人信息為例,說明主數(shù)據(jù)管理
的問題和難點。目前,在醫(yī)院層面,各業(yè)務系統(tǒng)對病人的信息分別進行存儲,但大型醫(yī)院都
建立了臨床數(shù)據(jù)中心(clinicaldatarepos讓ory,CDR),為了唯一標識一個病人,需要通過構
建病人主索引號(enterprisemasterpatientindex,EMPI)將存儲于不同系統(tǒng)的病人關聯(lián)在
一起。這里有兩個問題需要解決。第一,如何構建EMPL識別不同系統(tǒng)中同一個病人不同
ID之間的映射關系十分困難,特別是在區(qū)域平臺上每個系統(tǒng)都有獨立的ID,導致這個問題
更復雜了。雖然這個問題可以通過匹配醫(yī)??ㄌ柌糠纸鉀Q,但由于有些病人沒有醫(yī)???,有
醫(yī)??ǖ囊膊皇敲看味加冕t(yī)保卡,因此,要求病人通過身份證和手機號進行實名認證是必要
的。第二,一個病人的基礎信息(如年齡、性別等)可能同時存在于醫(yī)院信息系統(tǒng)(hospital
informationsystem,HIS)>實驗室信息管理系統(tǒng)(laboratoryinformationmanagement
system,LIS)和影像存儲與傳輸系統(tǒng)(picturearchivingandcommunicationsystem,PACS)
等系統(tǒng)中。而各系統(tǒng)的側重點不同,難免會造成數(shù)據(jù)填寫質量不一致或數(shù)據(jù)未及時更新等問
題。
為此,需要在定義系統(tǒng)主數(shù)據(jù)的情況下,構建主數(shù)據(jù)管理中央庫,解決主數(shù)據(jù)碎片問題???/p>
以從各業(yè)務系統(tǒng)抽取數(shù)據(jù),并進行數(shù)據(jù)融合,形成完備的主數(shù)據(jù)信息,然后再將主數(shù)據(jù)信息
分發(fā)給各業(yè)務系統(tǒng),保證各業(yè)務系統(tǒng)中這些信息的準確性和完整性。這樣就形成了公共的重
要屬性由主數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)管理、各業(yè)務系統(tǒng)的特色屬性由各系統(tǒng)獨立管理的模式。
在構建主數(shù)據(jù)管理庫時,首先需要從多個異構的業(yè)務子系統(tǒng)中以ETL的方式抽取關鍵數(shù)據(jù),
然后,利用元數(shù)據(jù)庫對其中的編碼、描述進行標準化。接著,由于多個業(yè)務系統(tǒng)的數(shù)據(jù)可
能不一致,還需要通過匹配算法完成對數(shù)據(jù)的錯誤消除和信息融合。對于匹配不到的孤立信
息,要加以監(jiān)控跟蹤,進行人工處理。同時,以增量學習的方式不斷改進匹配算法。最后,
將歸整好的主數(shù)據(jù)信息存入主數(shù)據(jù)庫。
以病人信息為例,病人的出生年月、性別等信息在各系統(tǒng)中都有,但由于HIS是從身份證讀
取的信息,因而相比其他系統(tǒng)采用人工錄入的方式來說更準確。然而,病人的血型信息通常
在LIS中是更準確的,甚至可能在門診/急診工作站中也沒有這些信息。通過主數(shù)據(jù)管理系
統(tǒng),可以從各系統(tǒng)中分別獲取信息,根據(jù)可靠性、一致率等進行信息校驗融合,最后形成該
病人的完備信息,然后再將完備信息下發(fā)到各業(yè)務系統(tǒng)。
在這些主數(shù)據(jù)管理的基礎服務之上,還可以提供諸如患者畫像等高級功能。目前患者就診時,
醫(yī)生僅能夠通過患者自述的方式快速了解慢性病史、過敏史等信息。盡管可以查閱歷史檔案,
但對于醫(yī)生來說很不方便。而通過對診斷等數(shù)據(jù)的分析,可以形成患者慢性病、過敏史的標
注信息,將這些信息合并到病人的主數(shù)據(jù)中形成患者畫像?;颊呔驮\時醫(yī)生可以直接從醫(yī)生
工作站上讀取到這些標注信息,從而準確、快速地獲取這些必要信息。此外,在多家醫(yī)院之
間實現(xiàn)主數(shù)據(jù)共同管理之后,還可以打通醫(yī)院之間的信息壁壘。若患者在A醫(yī)院診斷出患
有某慢性病,當他下次去B醫(yī)院就診時,醫(yī)生也能快速得知該患者的這個信息,從而使就診
更高效、更準確。
3.3數(shù)據(jù)質量管控子系統(tǒng)
從數(shù)據(jù)產(chǎn)生過程來看,醫(yī)療數(shù)據(jù)質量問題主要來源于3個方面。
一是原始信息采集有誤差。在醫(yī)療系統(tǒng)內數(shù)據(jù)采集主要通過手工方式錄入,在醫(yī)生或護士輸
入信息的過程中,可能會有意或無意地將數(shù)據(jù)錯誤引入系統(tǒng)。
二是數(shù)據(jù)融合過程發(fā)生問題。在對不同來源的數(shù)據(jù)進行融合時,數(shù)據(jù)格式和語義可能會有誤
差或不一致,導致融合結果有錯。
三是與數(shù)據(jù)的應用場景不匹配。例如,如果要進行病例統(tǒng)計,現(xiàn)有臨床電子病歷數(shù)據(jù)就能滿
足統(tǒng)計場景的需求。但如果要做大腸癌療效分析,現(xiàn)有臨床電子病歷數(shù)據(jù)就難以滿足分析場
景的要求,還需補充病理數(shù)據(jù)。
因此,在醫(yī)療數(shù)據(jù)治理流程中,需要了解最終的使用場景,也需要從業(yè)務系統(tǒng)的數(shù)據(jù)源頭控
制質量,并保證每個融合和加工過程的正確性。另外,當發(fā)現(xiàn)錯誤的時候,可以實現(xiàn)自動或
半自動的修正。因此,質量管控平臺包括了數(shù)據(jù)質量實時監(jiān)控、數(shù)據(jù)質量后評估以及數(shù)據(jù)的
自動修正。數(shù)據(jù)質量實時監(jiān)控主要針對從業(yè)務系統(tǒng)抽取的或是從外部傳送的接口數(shù)據(jù),通常
從及時性、有效性和完整性等幾個指標監(jiān)測接口內容本身的數(shù)據(jù)質量問題,還需要對采集程
序進行監(jiān)控,如接口采集程序是否正常啟動、是否正常結束等。數(shù)據(jù)質量后評估是指對融合
后的數(shù)據(jù)進行質量評估。首先從確定評價對象和范圍著手,然后選取數(shù)據(jù)質量維度及評價標
準,確定質量測度及評價方法,之后按照配置的評估指標執(zhí)行評估,產(chǎn)生權重化的評估結果,
最后生成質量結果和報告。數(shù)據(jù)的自動修正是指對于有錯誤或不一致的數(shù)據(jù),部分數(shù)據(jù)可以
進行自動化的探測和更正。例如,時間的表達可以是DD/MM/YY,也可以是YY/MM/DD,
可以通過智能算法探測原始系統(tǒng)的表達方式,制定映射規(guī)則,實現(xiàn)日期格式的一致性。
除了上述內容之外,大數(shù)據(jù)存儲的便利性與查詢速度、醫(yī)療數(shù)據(jù)脫敏、流程管理工具、數(shù)據(jù)
訪問權限管理、數(shù)據(jù)的防復制等也是非常重要的問題,此處不再詳述。
4醫(yī)療大數(shù)據(jù)治理標準與醫(yī)療數(shù)據(jù)治理能力評估
在單獨的業(yè)務系統(tǒng)以及數(shù)據(jù)互聯(lián)互通方面,國家衛(wèi)生健康委員會已建立了相應的標準。但是,
在醫(yī)療大數(shù)據(jù)方面,還缺乏專門的標準?!秶医】滇t(yī)療大數(shù)據(jù)標準、安全和服務管理辦法
(試行)》指定,國家衛(wèi)生健康委員將負責全國健康醫(yī)療大數(shù)據(jù)標準的制定工作,省級衛(wèi)生
健康行政部門將負責大數(shù)據(jù)標準的落地工作。從整體規(guī)范體系來看,需要制定的標準眾多,
應該包含圖1中的流程標準、數(shù)據(jù)標準以及信息標準。需要特別指出的是,數(shù)據(jù)標準包含病
人、醫(yī)生、醫(yī)院等主數(shù)據(jù)標準,也包含檢查、疾病、用藥等數(shù)據(jù)值標準。數(shù)據(jù)標準還需要對
不同的醫(yī)療行為(如就診、診斷、治療等)進行標準化的描述。為了便于人工智能應用,對
于文本數(shù)據(jù)和影像數(shù)據(jù),也應有相應的標注規(guī)范。由于不同??菩枰臄?shù)據(jù)字段有差別,有
可能會進一步制定??埔?guī)范??偠灾瑯藴鼠w系包含了相互關聯(lián)的多個標準,覆蓋面廣,
種類眾多,標準的建設不是一蹴而就的。
除了醫(yī)療大數(shù)據(jù)治理標準外,值得一提的是醫(yī)療數(shù)據(jù)治理能力評估規(guī)范。數(shù)據(jù)治理能力評估
規(guī)范可以考察企業(yè)對數(shù)據(jù)的管理能力,通過對企業(yè)的評估,可以逐步提高企業(yè)的數(shù)據(jù)治理能
力。該評估標準經(jīng)過修改后也可以用在醫(yī)療領域。
2010年,IBM公司發(fā)布的《IBM數(shù)據(jù)治理統(tǒng)一流程》描述了企業(yè)數(shù)據(jù)能力成熟度評價模型,
將數(shù)據(jù)能力分為5個等級和11個功能域。2014年,能力成熟度模型整合(capabilitymaturity
modelintegration,CMMI)協(xié)會發(fā)布了企業(yè)數(shù)據(jù)管理成熟度(datamanagement
maturity,DMM)模型,該模型規(guī)定了6個職能域和25個過程域。
國內最早啟動相關研究的機構是全國信息技術標準化技術委員會,該機構于2014年開始開
展相關的研究,并在20
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