第6章細(xì)菌的分類和命名課件

第6章細(xì)菌的分類和命名1微生物的分類分類是認(rèn)識(shí)客觀事物的一種基本方法。因此，我們要認(rèn)識(shí)、研究和利用各種微生物資源也必須對(duì)它們進(jìn)行分類。分類學(xué)涉及三個(gè)相互依存又有區(qū)別的組成部分：分類、鑒定、命名2分類:

根據(jù)一定的原則(表型特征相似性或系統(tǒng)發(fā)育相關(guān)性)對(duì)微生物進(jìn)行分群歸類，根據(jù)相似性或相關(guān)性水平排列成系統(tǒng)，并對(duì)各個(gè)分類群的特征進(jìn)行描述，以便查考和對(duì)未被分類的微生物進(jìn)行鑒定。(根據(jù)現(xiàn)有數(shù)據(jù)建立系統(tǒng)的過(guò)程)鑒定：借助于現(xiàn)有的微生物分類系統(tǒng)，通過(guò)特征測(cè)定，確定未知的、或新發(fā)現(xiàn)的、或未明確分類地位的微生物所應(yīng)歸屬分類群的過(guò)程。(根據(jù)現(xiàn)有系統(tǒng)確定未知微生物分類歸屬的過(guò)程)命名：是根據(jù)命名法規(guī)，給每一個(gè)分類群一個(gè)專有的名稱。(分類系統(tǒng)建立過(guò)程中的步驟之一)3第一節(jié) 細(xì)菌的分類地位4細(xì)菌過(guò)去歸屬植物界，自1974年以來(lái)，劃為原核生物。細(xì)菌屬于原核生物界，為種系分類的真細(xì)菌；廣義的細(xì)菌包括各類原核細(xì)胞型微生物，如細(xì)菌、放線菌、衣原體、支原體、立克次體和螺旋體；狹義的細(xì)菌專指其中的細(xì)菌，它的種類最多、數(shù)量最大、最具代表性。細(xì)菌的分類層次

與其他生物相同，也是界、門(mén)、綱、目、科、屬、種。在細(xì)菌中常用屬和種。細(xì)菌在原核生物界的位置《手冊(cè)》第八版把細(xì)菌、放線菌、粘細(xì)菌、螺旋體、支

原體和立克次氏體等歸于原核生物界。原核生物界共設(shè)2門(mén)、

6綱、19部分。原核生物界（Kingdom:Procaryolae）光合營(yíng)養(yǎng)原核生物門(mén)（Photobacteria）綱Ⅰ.藍(lán)綠色光合細(xì)菌綱(Bluc-green

Photobacteria)

綱Ⅱ.紅色光合細(xì)菌綱（Red

Photobacteria）綱Ⅲ.綠色光合細(xì)菌綱（Green

Photobacteria）第1部分化能營(yíng)養(yǎng)原核生物門(mén)（Scolobacteria）

綱Ⅰ.

細(xì)菌綱(Bacteria)第2至第17部分綱Ⅱ.立克次體綱（Rickettsia）第18部分

綱Ⅲ.柔膜體綱（Molliculcs）第19部分567古細(xì)菌8是一個(gè)獨(dú)特的系統(tǒng)進(jìn)化類別，其成員產(chǎn)甲烷、極端耐鹽、高度嗜熱，其細(xì)胞壁組成與細(xì)菌不同。這些極端微生物被認(rèn)為是生物進(jìn)化過(guò)程中的早期產(chǎn)物，因此稱之為古細(xì)菌。在獸醫(yī)微生物學(xué)中，不占重要地位。910細(xì)菌的分類等級(jí)11屬

具有共性的若干種的組合，應(yīng)與其它屬有明顯的差異。不同的屬之間的16S

rRNA序列有較大差異，差異應(yīng)大于5～7％。種

是微生物學(xué)分類的最基本單元，可以認(rèn)為是一群性質(zhì)相似的菌株，與其它菌株群體有明顯差異。凡是16S

rRNA序列同源性大于97％的兩株細(xì)菌，即可確定為同一種。12亞種

是指同一菌種的各個(gè)細(xì)菌，雖然基本性狀基本相同，但是在某些方面仍有一定差異，差異較明顯的稱為亞種，差異不明顯的稱為型。13新種

是指權(quán)威性的分類、鑒定手冊(cè)種從未記載過(guò)的一種新分離并鑒定過(guò)的微生物。菌株

是不同來(lái)源的某一種細(xì)菌的純培養(yǎng)物。同一種細(xì)菌可有許多菌株，其主要性狀應(yīng)完全相同，次要性狀可稍有差異。14又叫模式菌株，具有某種細(xì)菌典型特征標(biāo)準(zhǔn)菌株的菌株。種和亞種指定模式菌株（type

strain）；15亞屬和屬指定模式種（type

species）；屬以上至目級(jí)分類單元指定模式屬（type

genus）；模式菌株應(yīng)送交菌種保藏機(jī)構(gòu)保藏，以便備查考和索取。第二節(jié) 細(xì)菌的命名16依據(jù)“國(guó)際細(xì)菌命名法規(guī)”的規(guī)定，采用拉丁雙名法，每個(gè)菌名由兩個(gè)部分組成，前一字為屬名，用名詞，第一個(gè)字母大寫(xiě)；后一字為種名，用形容詞，小寫(xiě)。

均為斜體。中文的命名次序 與拉丁相反，種名在前，屬名在后。金黃色葡萄球菌種名 屬名Staphylococcus

aureus屬名 種名亞種

在學(xué)名后加上ssp.或subsp.（正體）。17新種在學(xué)名后加上sp.nov.（正體）。屬名

通常是一個(gè)描述生物形態(tài)的名詞或發(fā)現(xiàn)該生物的人名，詞首必須大寫(xiě)。種名

表示該生物的某種特征、寄居部位或所致疾病等，字母須小寫(xiě)。18Staphylococcus

aureusEscherichia

coli金黃色葡萄球菌大腸埃希氏菌拉丁文學(xué)名應(yīng)該按拉丁文字母的發(fā)音規(guī)則讀念，用英語(yǔ)讀念是錯(cuò)誤的。19第三節(jié) 細(xì)菌分類鑒定的標(biāo)準(zhǔn)20形態(tài)特征培養(yǎng)特征生理特征生態(tài)特征化學(xué)組成血清學(xué)反應(yīng)遺傳學(xué)特性細(xì)菌分類依據(jù)經(jīng)典鑒定方法的指標(biāo)基本形態(tài):球狀—球菌；桿狀—桿菌；螺旋狀—螺旋菌21B.

細(xì)胞的形狀、大小、結(jié)構(gòu)和染色反應(yīng)2223C.

細(xì)胞的群體形態(tài)242526D.

生化性質(zhì)和生態(tài)特征272.分子生物學(xué)方法分類的依據(jù)：遺傳特征282930第四節(jié) 細(xì)菌分類的方法31一、雙歧檢索條目分類法細(xì)菌分類采用傳統(tǒng)的雙歧檢索條目分類法。此法首選要在細(xì)菌的各種性狀中，選擇一項(xiàng)或數(shù)項(xiàng)被認(rèn)為是最主要的基本性質(zhì)，作為分類指征，在最高一級(jí)的分類等階上將細(xì)菌分成若干類別；然后在

這些類別中選擇數(shù)項(xiàng)次要性狀為指征，將細(xì)菌作次一等階分類，依此類推，一直劃分到種。人為影響因素多，但實(shí)際臨床檢驗(yàn)很實(shí)用。二、數(shù)值分類法32原理 根據(jù)數(shù)值分析，借助電子計(jì)算機(jī)，將

擬分類的細(xì)菌按其性狀相似程度歸類定位。各種性狀同等重要，應(yīng)用多菌株比較。所選性狀越多，正確性越高，至少要達(dá)到100個(gè)，否則易誤判。優(yōu)點(diǎn)：科學(xué)、規(guī)范缺點(diǎn)：需要電子計(jì)算機(jī)1、《伯吉氏細(xì)菌鑒定手冊(cè)》（Bergey’s

Manual

ofDeterminative Bacteriology)，D.

Bergey（美國(guó)細(xì)菌學(xué)家），1923年第1版，1994年第9版。2、《伯吉氏系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊(cè)》（Bergey’s

Manual

ofSystematic

Bacteriology)，Holt（美國(guó)細(xì)菌學(xué)家），1984-1989年編寫(xiě)完第1版共4卷，2001年開(kāi)始發(fā)行第2版共5卷。33第五節(jié) 細(xì)菌的分類體系3、Balows等編著的“原核生物”(The

Prokaryyotes

):第二版，1992，可彌補(bǔ)伯吉氏手冊(cè)的不足。344、國(guó)際系統(tǒng)與進(jìn)化微生物學(xué)雜志（InternationalJournal

of

Systematic

and

Evolutionary

Microbiology,IJSEM

）：是細(xì)菌分類命名的世界公認(rèn)的權(quán)威期刊，由國(guó)際微生物學(xué)會(huì)聯(lián)合會(huì)（International

Union

ofMicrobiological

Societies）于1901年創(chuàng)刊出版。第六節(jié) 細(xì)菌的鑒定一、分類培養(yǎng)一般只有純培養(yǎng)的細(xì)菌才能進(jìn)行鑒定。35二、鑒定方法36除按表型特征、DNA同源性或rRNA序列比較等方

法鑒定細(xì)菌外.其他方法，如測(cè)定細(xì)菌的脂肪酸組成，用氣相－液相－質(zhì)譜分析細(xì)菌的脂肪酸譜，每一種細(xì)菌的脂肪酸譜是恒定的，可重復(fù)性好，因此此法可用于細(xì)菌的鑒定或分類，往往結(jié)合常規(guī)方法參照應(yīng)用。在有條件的單位可用PCR技術(shù)檢測(cè)鑒定細(xì)菌。用商品化的細(xì)菌鑒定試劑盒，取代自行選擇若干檢測(cè)項(xiàng)目。細(xì)菌學(xué)診斷標(biāo)本的采集和運(yùn)送避免雜菌污染不同期不同標(biāo)本用抗菌素以前標(biāo)本必須新鮮運(yùn)送注意保存采集病變明顯部位37革蘭陽(yáng)性細(xì)菌球