愛滋病病毒中間間隔s

愛滋病病毒中間間隔s

第一組是最常見的第二組。這是一種旋轉對稱的序列，具有相同的特征。換句話說，從5鏈到3鏈的不同序列是相同的。這是許多遺傳因素的反演序列，可以通過ct、病毒和細菌基因、真核染色和細胞成像來找到。廣泛分布于人類癌細胞。由于第二組和第二組遺傳因素的不同配置，操縱子和衰減子等。由于回文序列的組織特征，一些特殊的蛋白質可以識別回文序列的分布、性質和變化。對回文結構的分布、組成和科學應用，是生命科學的研究主題。近年來,人們對一些病毒的研究中發(fā)現(xiàn),具有特殊長度位于特殊位置及具有特殊組分的回文結構在病毒的生活周期中起了很重要的作用.David在研究SARS與其它冠狀病毒的回文結構時指出,回文序列可能參與病毒的裝配、復制,以至于在病毒的預防機制中起到重要作用.自1981年首例獲得性免疫缺陷癥(acquiredimmunedeficiencysyndrome)報道以來,AIDS已經(jīng)成為一種嚴重危害人類健康的疾病.AIDS的病原體是人類免疫缺陷病毒(humanimmunodeficiencyvirus,HIV).HIV主要引起人類免疫系統(tǒng)和中樞神經(jīng)系統(tǒng)疾病.有HIV-1和HIV-2兩型,其中HIV-1是引起目前全世界流行的AIDS的主要病原.相對于HIV-1,HIV-2的毒力要低,分布和流行要窄好多.1材料選擇2學習方法2.1回文結構的定義本論文討論的是廣義的回文結構序列,即中間有幾個無回文性質的核苷酸間隔的序列.DNA雙鏈上的不同序列從不同的方向上(都從5′到3′端)讀得的序列如果一樣,那么認為這段序列是回文結構.更確切定義回文結構為b1…bLn1…nsb′L…b′1形式.其中b與b′是互補堿基,L是回文結構長度的一半(本文最小值為4),n1…nS是中間間隔序列,代表任意核苷酸,S是中間間隔序列的長度.例如圖1是長度為10、中間間隔S為4的回文結構.2.2統(tǒng)計結果分析我們先統(tǒng)計出HIV病毒全序列及幾個編碼重要蛋白序列的回文結構,再用統(tǒng)計軟件計算出不同長度不同間隔的回文結構的頻數(shù)及AT含量,之后以L為橫坐標,回文頻數(shù)及AT含量為縱坐標作圖,再以S為橫坐標,回文頻數(shù)及AT含量為縱坐標作圖并比較.最后對所得數(shù)據(jù)作均數(shù)差異顯著性檢驗.3結果3.1回文數(shù)密度和回文數(shù)密度的分布文章中統(tǒng)計出所有S、L不同的回文結構的頻數(shù)N(即個數(shù)),圖2列出了全序列回文結構的頻數(shù)隨間隔S的分布(由于S大于50時的曲線沒有顯示出太大的特性,在本圖中只作出S小于50的曲線),同時,計算了存在于HIV-1病毒顆粒內(nèi)的三種輔助蛋白(Vif、Vpu、Nef)序列回文結構頻數(shù)密度D(每1000個堿基內(nèi)的回文數(shù)),并作出回文結構頻數(shù)密度D隨間隔L的分布圖,如圖3.總的來說,回文數(shù)隨間隔S的分布較均勻,但在S為1、22和23處均有大的變化.編碼Vpu蛋白序列的回文數(shù)密度普遍低于其它兩種輔助蛋白序列的回文數(shù)密度.3.2回文結構at含量隨回文長度l的分布本文統(tǒng)計出所有S、L不同的回文結構的AT(A+T)百分含量.圖4列出了全序列回文結構的AT含量隨間隔S的分布(基于與圖2相同的原因,本圖只作出S小于50的曲線),圖5列出了全序列回文結構的AT含量隨回文長度L的分布.圖6列出了存在于病毒顆粒內(nèi)的三種輔助蛋白(Vif、Vpu、Nef)回文結構AT含量隨回文長度L的分布.從圖4可以看出回文結構的AT含量普遍高于全序列的AT含量,只有S為7、8、9、18、32五處回文結構的AT含量低于全序列的AT含量,S為46時回文結構的AT含量最高.S取其余值時,曲線的變化幅度不是很大.從圖5也能得出回文結構的AT含量普遍高于全序列的AT含量的結論,但是L=10,即最長的回文結構的AT含量卻比全序列的AT含量低.這與已有關于長回文結構的結果截然相反.圖6顯示的結果為,編碼Vpu蛋白序列的回文結構AT含量均高于全序列的AT含量,而編碼其它兩種蛋白序列的回文結構AT含量普遍低于全序列的AT含量.3.3vpu-vif間及vpu-nif間回文結構的at含量差異顯著性檢驗(Vif、Vpu、Nef)回文結構AT含量的均數(shù)差異性檢驗對編碼三種輔助蛋白(Vif、Vpu、Nef)序列回文結構AT含量的幾組數(shù)據(jù)作差異顯著性檢驗.由于在我們的實際問題中,總體方差是未知的,所以采用t檢驗,檢驗結果如表1.檢驗結果表明:Vpu-Vif間以及Vpu-Nef間回文結構的AT含量有顯著差異,而Vif-Nef間無顯著差距.進一步證實了編碼Vpu蛋白序列回文結構在AT含量方面顯示出其特性.3.4ut/3ut蛋白序列回文結構基因型別3ut-3所作的差異顯著性檢驗,結果如下表3ut-3ut對于3ut本文統(tǒng)計了丙型肝炎病毒全序列回文結構及全部編碼結構蛋白和兩個非編碼區(qū)的回文結構由于幾種結構蛋白回文結構的AT含量曲線差別不大,我們在曲線中只體現(xiàn)了5個區(qū)域內(nèi)的回文情況.同時作了它們的差異性檢驗,結果見表2.比較幾個區(qū)域內(nèi)的回文,由統(tǒng)計結果得出,3′UTR內(nèi)的回文結構與其它幾個區(qū)域內(nèi)回文有顯著差異,從圖7中可看出3′UTR區(qū)內(nèi)回文的AT含量均大于全序列的AT含量,而其它幾個區(qū)域內(nèi)回文的AT含量均小于全序列的AT含量,同時對幾組數(shù)據(jù)作了差異顯著性檢驗,檢驗結果表明:3′UTR與其它幾組數(shù)據(jù)間均有顯著差異,而其它幾組數(shù)據(jù)間無顯著差距.進一步證實了編碼3′UTR蛋白序列回文結構在AT含量方面顯示出其特性.可以與愛滋病病毒中編碼Vpu蛋白序列回文結構類比.4編碼三種輔助蛋白的回文結構文中的數(shù)據(jù)顯示出在愛滋病病毒全序列中長為10的回文結構的AT含量遠遠低于序列的AT含量.這與已有的關于長的回文結構的AT含量的研究結果截然相反,如我們統(tǒng)計的SARS病毒序列中最長的回文結構(L=12),AT含量為100%,在酵母基因組(12.1Mb)中最長的回文結構為44bp,僅包含了兩個C-G堿基對.偏好更顯著的長、富含AT的回文結構在線蟲3號染色體和X染色體中被發(fā)現(xiàn).長回文結構的過表達在許多方面有重要作用,如基因表達的調(diào)節(jié)、染色體復制的起始等.我們猜測愛滋病病毒中這個長為10的回文結構在影響病毒毒力方面起到重要作用.從回文結構數(shù)與中間間隔S的變化曲線來看,中間間隔為1bp的回文結構是過表達的,S=22、23處回文數(shù)有一較大的波動,這可能在其中充當某種功能元件或具有某種生物學目的.例如在酵母序列中五個有功能的解折疊蛋白響應元件均包含一個回文序列,其中有四個都是中間含有一個核苷酸C.比較編碼三種輔助蛋白(Vif、Vpu、Nef)序列的回文結構,不管是從它們序列回文結構的AT含量隨長度L的變化曲線(圖6),還是從回文結構數(shù)密度D隨長度的分布圖(圖3),或者從對編碼這三種輔助蛋白序列的AT含量的數(shù)據(jù)作均數(shù)差異顯著性檢驗結果(表1)分析,均能發(fā)現(xiàn)Vpu區(qū)別于其它兩個蛋白的特殊之處.再進一步研究發(fā)現(xiàn)編碼Vpu蛋白序列的回文結構中,L=5的回文序列有8個,其中6個回文序列的AT含量為100%,我們預測這些不是簡單的序列,而是某種有生物學意義的結構.我們對比HIV-1和HIV-2兩型病毒的編碼蛋白,發(fā)現(xiàn)Vpu為HIV-1所特有,它的主要功能是:促進CD4分子在細胞內(nèi)的降解和促進病毒從感染細胞中被釋放.在對丙型肝炎病毒全序列回文結構的統(tǒng)計中,我們統(tǒng)計了幾個區(qū)域內(nèi)(編碼結構蛋白及非編碼區(qū))的回文,由統(tǒng)計結果得出,3′UTR內(nèi)的回文結構與其它幾個區(qū)域內(nèi)回文有顯著差異.進一步分析了3′UTR內(nèi)的回文結構,發(fā)現(xiàn)其長度L=4的回文有17個,其中,前面的10個中有7個左回文序列為TTTC,其余3個為CCTT.而且有研究表明3′UTR對病毒的復制及其基因表達具有重要作用.在兩種病毒中,基于AT含量