第五講-分子動力學(xué)模擬的Lamms實現(xiàn)

B、使用L-J勢模擬裂紋的擴展L-J無量綱化計算中的單位B、使用L-J勢模擬裂紋的擴展裂紋lowerupperleftupperleftlowerxyLammps計算輸入文件#2dLJcracksimulation(問題的基本初始化)dimension 2#2維分子動力學(xué)模擬boundary ssp#x,y方向不存在周期邊界條件，z方向周期邊界條件。atom_style atomic#原子類型（金屬）Neighbor0.3bin#建近鄰表參數(shù)（rc+0.3）bin表示為近鄰表類型。neigh_modifydelay5#間隔多少載荷步重新形成近鄰表Lammps計算輸入文件#creategeometry創(chuàng)建初始幾何構(gòu)形Latticehex0.93#指定晶格類型（二維hex）和晶格常數(shù)Regionboxblock0100040-0.250.25#定義一個區(qū)域create_box 5box#在指定區(qū)域建立一個simulationbox,5表示原子類型的種類數(shù)create_atoms1box#在simulationbox中創(chuàng)建類型為1的原子（原子位置初始化）Mass11.0Mass21.0Mass31.0Mass41.0Mass51.0#指定單個原子的質(zhì)量Lammps計算輸入文件#LJpotentials(指定原子作用勢)pair_style lj/cut2.5#指定lj勢，截斷半徑為2.5pair_coeff**1.01.02.5#指定lj勢參數(shù)#definegroups（便于加載）Region1blockINFINFINF1.25INFINFGrouplowerregion1#定義lower組（便于施加外加速度）Region2blockINFINF38.75INFINFINFGroupupperregion2#定義upper組（便于施加外加速度）Groupboundaryunionlowerupper#定義總邊界組Groupmobilesubtractallboundary#定義可動原子組（便于統(tǒng)計溫度）Lammps計算輸入文件region leftupperblockINF2020INFINFINFregion leftlowerblockINF20INF20INFINFgroup leftupperregionleftuppergroup leftlowerregionleftlower#定義左上、左下原子組（便于指定裂紋的存在）set groupleftuppertype2set groupleftlowertype3set grouplowertype4set groupuppertype5#指定原子類型（便于指定裂紋的存在）Lammps計算輸入文件#initialvelocities初始化速度compute newmobiletemp#定義溫度的計算（可動區(qū)域內(nèi)統(tǒng)計平均）computenew2mobilestress/atom

#定義原子應(yīng)力的計算（整個區(qū)域）Velocitymobilecreate0.01887723tempnew#按指定的溫度（0.01）計算方法，初始化原子的速度Velocityupperset0.00.30.0#upper原子組y方向的速度為0.3Velocitymobilerampvy0.00.3y1.2538.75sumyes#mobile原子的速初始度從0到0.3線性變化#fixes施加約束fix 1allnve#nve系綜的積分算法fix 2boundarysetforceNULL0.00.0#邊界boundary上力條件，鋼化原子，便于加載?。ammps計算輸入文件#run運行計算timestep 0.003#時間間隔步Thermo200#每200步輸出熱動力學(xué)統(tǒng)計量thermo_modifytempnew#計算溫度通過new指示的方法計算neigh_modifyexcludetype23#原子2，3之間作用取消（也就是通過不使他們在近鄰表中出現(xiàn)實現(xiàn)）Dump1allatom500dump.crack#每隔500步將原子信息寫入文件dump.crackDump2mobilecustom500dump2.cracktagxyzc_new2[2]run 5000#進行5000步的模擬C.使用EAM勢模擬Ni的循環(huán)行為uuuzxy常溫30K條件下金屬接材料集模擬吧中L繡am棕mp吸s的圖單位#厭3d面m帖et揚al懼拉午伸模昏擬#模搬擬條掘件的未初始鐵化Un穴it偏s消me淺ta巾l#指控定模參擬中農(nóng)的單午位類敲型bo登un親da殃ry卵s白s另s#指妄定模癢擬的菊邊界織條件at閃om橫_s約ty展le玻a播to尺mi儲c#指焦定原神子類夕型，矩原子園的屬皂性La音tt對ic襪e齡fc誓c蹈3.過52#指持定材麥料的鳳晶格蠟類型干和晶夾格常桿數(shù)re指gi機on貧b夏ox忘b到lo禮ck政-猾5石5半-5蘆5襪-禁15末1過5#x革lo妹,x花hi苦,y幼lo橡,y點hi址,z宜lo趟,z級hi唯=神區(qū)域妄bo智x的銹上下怕限cr俊ea踩te吩_b胳ox健1晶b穗ox#建幫立只蟻有1沾中原蚊子類犁型的喜si驅(qū)mu智la擁ti席on錄b暖oxcr愈ea筑te年_a赤to孫ms島1駝b非ox#在拾si竭mu表la硬ti畢on謀b胡ox閥中創(chuàng)姻建類末型為甲1的狂原子太（原皂子位上置初跨始化婚）La層mm走ps供計算懲輸入牲文件pa坑ir紗_s哪ty狗le怕e調(diào)am#定橋義原饅子之柳間相蘆互作信用勢pa凝ir顫_c靠oe對ff敗*教*赤N潤i_犯u3閘.e纖am#定朽義作說用勢緩的參奇數(shù)，勤通過徒文件傲輸入Ne領(lǐng)ig績hb因or會2艷.0償b攤in#定參義近互鄰表駁參數(shù)裕(r促+r彎c)潮,r孕c=饒2.背0埃ne鵲ig什h_襯mo催di望fy袋d灰el利ay暗5#定妻義更算新近劍鄰表指的加懂載步姨間隔La帥mm廳ps蠢計算巖輸入屯文件re導(dǎo)gi貌on閉l猶ow寧er登b帝lo李ck綱I丑NF缺I直NF眨I涂NF知I岔NF溪I盆NF央-漂13#生帝成l限ow槐er曾區(qū)域盆，便爪于加前載re敵gi埋on線u巧pp障er讓b裝lo再ck橫I維NF頁I么NF呀I役NF挨I辮NF伯1修3村IN升F#生疏成u纏pp頁er拌區(qū)域杯，便銜于加篇載gr跟ou隱p乞lo報we具r煉re巖gi旱on象l浩ow通er#定附義l竭ow脆er禿組gr舊ou欠p治up銜pe糠r新re挎gi介on舊u胞pp慶er#定專義u營pp婦er卸組gr哈ou密p灰bo哪un尊da守ry渾u凍ni絡(luò)on明l斤ow古er恥u重pp坐er#定逃義b容ou扯nd折ar悄y組gr限ou球p次mo院bi躺le騰s躬ub襲tr霉ac向t牙al呆l扛bo雪un箭da布ry#定池義m究ob即il扇e組輔，便慨于計秀算統(tǒng)形計溫培度（懇調(diào)溫俗）La疏mm鳥ps烈計算虧輸入音文件#定砌義計柴算和癥邊界吐鋼化co噸mp盟ut叢e慮ne折w2莊a處ll得c雪en拋tr走o/五at貢om#定曬義計巨算原賺子的困適配建度（宣針對錄所有狀的原緣瑞子）co架mp鳥ut低e聲ne明w3廁m修ob梳il稅e下te見mp定義限計算盞統(tǒng)計愁溫度概（針齊對可礎(chǔ)動原錢子）Fi螺x滋1勢al稼l男nv西e#時栗間積只分算橫法（桑微正捐則系南綜）fi毛x還2哥lo廣we詠r辮se會tf朽or迫ce鍛N嶄UL鋤L謙NU刻LL謀0使.0#使始得l學(xué)ow帝er沾g年ro吃up俗之間卵沒有哪z方態(tài)向的控力，堪z方掉向鋼晴化fi銀x俗3謹(jǐn)up朋pe刮r禽se餅tf攀or猜ce吉N化UL斑L結(jié)NU意LL附0譽.0#使吼得u鐘pp籌er潮g史ro齒up奶之間規(guī)沒有怒z方嫂向的副力，擊z方漫向鋼遷化La殺mm載ps門計算購輸入泥文件#定玩義控欺溫和勾原子谷速度粉初始懂化fi臨x喇4墓mo鋪bi下le璃t豪em碰p/案re讀sc艘al域e穿10狗3炭0.矛0阿30垂.0夜5濃.0倒1追.0#使窗用直界接調(diào)熟溫法釣調(diào)整財mo割bi組le皇原子哀的速游度，強每1很0步改一調(diào)#使撇得目路標(biāo)溫秘度為漂30候+-走1K綁，溫孟度在到30營+-嶄5r江es亭ca駐le錦之外寧調(diào)fi各x_另mo鄰di須fy竭4另t嬌em鳥p睜ne澡w3#調(diào)壩溫時挨，計跌算溫飾度采畏用n布ew囑s計章算Ve率lo查ci友ty皆m緒ob默il孟e圖cr矮ea牲te沫3匠0縣88輪77陵23縫t成em街p租ne花w3#初牽始化悅mo罷bi珠le筆g鵲ro圾up清中原判子的般初速尚度#通拔過溫侵度3發(fā)0K虎初始隆化，州溫度渴通過奇ne悲w3秩計算睡，8兼87閱72灑3為蜓隨機搞數(shù)La糞mm景ps籍計算州輸入英文件du度mp窄2把a窮ll捎c英us級to內(nèi)m段20矮0外d_斯t.購tx評t癢ta儲g堂x擠y異z偉c_鹽ne你w2#定累義輸?shù)壮觯棵績啥０俨綌噍敵鰤岩淮?t歷ag念為原肯子標(biāo)歇號#x酬，y直，z愈為原陪子坐駐標(biāo)#c群_n巡壽ew蜓2為袖ne吊w2地所計兔算的代原子行適配葡度#這那一參澇數(shù)可完以判察斷原直子是滋否是護理想打晶格#或犬者在迅位錯丸和堆直垛層抱錯上ti糾me險st絹ep盯0窮.0檔01#時掩間步繳長間逗隔（信ps摟=1烈0e啞-1紫2秒恰）#時王間步競長在術(shù)飛秒佳量級晝10搞e-怪15春秒#小繳于原義子自腔振周策期的由十分別之一懇（0尊.1辦ps故/1則0）La培mm舍ps嗓計算蠶輸入褲文件La牧mm國ps檢計算界輸入憂文件th則er申mo咐_s雖ty居le嚇c獎us就to著m俯st泊ep霸t百em時p油pe循e態(tài)to燥ta粱l夏pr賣es疾s右vo扶l#屏剛幕輸康出梁莊的控違制，街st趨ep限加載盲步#t遼em丸p溫慎度，梁pe假總勢助能，菜et戀ot妻al蒜總能師量#p康re備ss向為壓累強,敢vo施l為燭si惹mu繩la追ti歪on啄b暴ox抬的體傾積th瘡er登mo領(lǐng)1邀00#睬每1榴00協(xié)步在糖屏幕絨上打悅印統(tǒng)談計熱相動力遼學(xué)量th漏er豆mo泡_m生od具if被y膀te港mp反n孕ew愈3#輸峽出的壇溫度銳為n夠ew志3的堂計算叮值#弛健豫和作循環(huán)椒加載ru層n蔬20們00#不坐加任曠何載卻荷計院算2興00削0步ve浙lo奇ci育ty踢u哄pp井er寒s遙et姻0抵0什0.紛4ve雹lo笑ci源ty腔l斃ow移er草s桌et慢0止0皇-0寨.4ru態(tài)n釋10遷00柴0ve想lo坡ci貧ty內(nèi)u嶺pp寒er背s疫et努0禾0尤-0伴.4ve逮lo陽ci導(dǎo)ty科l來ow燃er懶s接et歸0勾0餅0.繭4ru免n莊20教00擔(dān)0ve甲lo紐奉ci用ty納u冷pp聞er翠s器et萌0總0踢0.蹦4ve古lo帝ci治ty臂l團ow翼er浴s粒et碼0項0溜-0悅.4ru架n闊10題00慕0#循殘環(huán)載恢荷模芬擬La塞mm您ps揀計算古輸入血文件D.鑼使用咱EA喜M勢援模擬允Ni割的剪喉切行贊為vup皮pe熄rlo蝦we呀rmo皺bi婆lezxy<1即00夕><0騎11煎><0器11茂>Ni冒F是CC蒼晶格D.厭使用質(zhì)EA狐M勢節(jié)模擬機Ni跳的剪拔切行簡為Z‘xY’<1判00穴><0弓10伏><0柴01女><0翻11典><011>yz#鼻3d澤m杠et鄉(xiāng)豐al株s牧he英ar隊s質(zhì)im砌ul種at季io簡n哨3維槍金屬礦剪切知模擬Un會it祥s乓me掏ta甘l#采換用金之屬材蘆料單葵位bo紡un主da序ry東s伙s膨p#施遲加z具方向犧的周襯期邊善界條瞧件at糟om剝_s痛ty秤le狐at懶om告ic#定冒義原孟子之仰間的沖相互顏作用勸（沒援有鍵肆鍵作大用）La佳tt電ic父e系fc環(huán)c賄3.示52#指螺定晶遙格為擴fc身c，協(xié)晶格疲常數(shù)賀3.歲52撒埃Re濕gi心on總b催ox問b亮lo宇ck尺0膚1許6.奇0豪0籠10狼.0申0蒙2猶.8獵28興42蔬7#定析義區(qū)宗域b匹ox奔（鋪x上伍下限幸，y逮上下洪限，掙z上償下限棄）cr除ea棟te確_b析ox周3匪bo熟x#在龜bo記x區(qū)仍域內(nèi)挎創(chuàng)建雪包含瞎3種嗽原子解類型職的s糊im牙ul醋at短io狗n秒bo塊xLa蹲mm鐮ps擴計算逝輸入芒文件La誤mm象ps口計算隊輸入林文件La伙tt蹦ic寒e公fc羅c便3.早52筆o慕ri劫en崇t撐x士1邀0膚0醬or授ie辮nt腐y確0您1獲1晉o梳ri錫en煙t龜z壓&鋼0禿-1董1構(gòu)o捏ri報gi辮n傻0.眼5捷0畜0#指涂定晶番格類淚型、蝦晶格給常數(shù)度、x饅,y枕,z劉坐標(biāo)奶的晶潮向#蹤蝶&續(xù)還行符撿、晶假胞的震起始框點（習(xí)0.愛5表骨示半性個晶日格常隸數(shù)）cr宋ea夕te喪_a撫t(yī)o坑ms嚇1抹b砌ox#在肥bo文x區(qū)鎖域內(nèi)飼建立娛類型趕為1衫的原恒子pa犯ir旗_s庸ty至le而e椅am#定青義原壺子之領(lǐng)間作忙用勢贈為嵌怒入原做子勢pa赴ir宴_c師oe你ff烈*裁*靜N競i_錫u3揮.e派am#指宴定嵌幣入勢乞參數(shù)汽文件La擠mm程ps去計算應(yīng)輸入泰文件ne虜ig銜hb姓or抱0腐.3羅b教in#指蘿定原臣子近曲鄰列京表參亂數(shù)r程c+怎r1出中的雪r1ne賭ig曉h_漠mo期di軌fy比d賤el盜ay導(dǎo)5#指堪定近革鄰表禍更新驢頻率re撞gi革on腦lo歷we巾r虜bl肚oc捎k雖IN鍛F蘇IN序F般IN并F綁0.窄9舒IN悠F沈IN垮Fre利gi本on淘up警pe攜r感bl蘇oc利k壁IN脆F文IN住F傾6.芹1野IN尾F散IN烏F顫IN怪Fgr丸ou遍p昌l愈ow紀(jì)er它r掛eg姐io逼n帽lo粱we協(xié)rgr稠ou睛p汗u病pp衣er谷r澇eg海io況n叢up浴pe嘗rgr障ou府p侮b喜ou嚷nd喉ar差y技un響io鴿n披lo扇we弄r致up筍pe百r#指噴定邊慈界組構(gòu)，用返于施蒜加邊冒界條擊件gr棵ou揭p威m姨ob碗il寇e鋼su聚bt秀ra蚊ct棚a棄ll凳b鋼ou子nd幅ar貼y#指沸定可昌動部歪分組托，用叨于計歡算溫努度La鑒mm國ps瘦計算親輸入沾文件se剩t捐g同ro藝up神l肚ow虧er系t贏yp俘e網(wǎng)2se湖t兆g風(fēng)ro肉up畝u領(lǐng)pp范er魚t崗yp泄e牢3#設(shè)申置原拌子類呆型l擔(dān)ow樹er咬為2譯，u蘇pp獻er奏為3Co膜mp拳ut凝e平ne叢w3擾d撕mo疫bi拼le塵t搞em魚p#設(shè)孤定溫裹度計廈算n葵ew昂3dCo扔mp僵ut劇e悠ne票w2制d遲mo妥bi輕lete武mp左/p虎ar陪ti屠al0們1房誠1#設(shè)覆定溫夜度計誕算n樂ew疊2d供，忽忠略x烘方向輪速度co劈燕mp非ut棋e傍ne斷w1頃d成al慈l粒st貫re籍ss晶/a訂to店m#設(shè)售定原曉子應(yīng)百力計歉算Ve廁lo張ci莊ty第m佳ob拴il笨e械cr區(qū)ea紹te巾3坐00亦.0摸5銀81趕27片75盾t炒em藝p檢ne廉w3磁d#初某始化命mo沿bi桃le耗區(qū)域?qū)⒃雨P(guān)的速才度#使住ne沸w3予d方煙法計藥算的龍溫度緣瑞為3歉00箭k？號？Fi干x必1說al中l(wèi)眨nv陸e#使扯系綜殼為n兄ve頑系綜針，同蝦時確扮定了喂方程渠的積朱分方觀法Fi膽x悠2忙bo逼un籌da耐ry背s抗et脾fo傻rc頂e鈴0.童0末0.進0強0.灣0#使烤邊界雁上原這子x駁，y屆，z槐方向裂的受回力均描為0Fi燙x宵3閉mo宜bi柴le師t抗em該p/昨re兇sc摟al莊e狼10魯3奔00核.0魔3療00風(fēng).0去1件0.谷0圈1.汽0#使新用直多接調(diào)介溫法箏，每腹10享步準(zhǔn)物備調(diào)屈一次#如或果在贏30承0+呆-1港0k慘內(nèi)不材調(diào)#如縫調(diào)的劉話要宣求其站范圍紛在3埋00浩+-病1k倍之內(nèi)fi張x_查mo霞di手fy要3紀(jì)t長em餅p扒ne良w3出d#f促ix志3湖調(diào)賢溫時問采用漿ne賞w3剩d的非計算知方案La肢mm載ps若計算丑輸入樓文件La材mm明ps狗計算震輸入遙文件#以否下為煩弛豫環(huán)過程th耕er毅mo攀25#每煙25角步在鐵屏幕畜上打甘印熱沃動力榨學(xué)統(tǒng)誓計量th蝦er旺mo問_m喪od報if舊y墾te肉mp摸n榜ew責(zé)3d#輸白出的撒溫度喚按n唇ew豪3d盜方案逝計算ti膽me螞st銷ep瓦0捐.0餓01#時歡間步仔長為梨0.咱00圈1p浩sru舌