系統(tǒng)進(jìn)化樹的構(gòu)建圖文

實(shí)驗(yàn)三.系統(tǒng)發(fā)育分析軟件的使用分子系統(tǒng)發(fā)育分析系統(tǒng)發(fā)育分析研究是研究物種進(jìn)化和系統(tǒng)分類的一種方法，研究對(duì)象為攜帶遺傳信息的生物大分子序列，采用特定的數(shù)理統(tǒng)計(jì)算法來計(jì)算生物間的進(jìn)化關(guān)系。并用系統(tǒng)進(jìn)化樹，即一種類似樹枝狀得圖形來概括生物間的這種親緣關(guān)系。分子系統(tǒng)發(fā)育分析系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹（Phylogenetictree)用一種類似樹狀分支的圖形來概括各種生物之間的親緣關(guān)系。

系統(tǒng)進(jìn)化樹的主要構(gòu)成：結(jié)點(diǎn)（node)：每個(gè)結(jié)點(diǎn)表示一個(gè)分類單元（屬、種群）。進(jìn)化分枝(Clade)：是指由同一生物進(jìn)化而來的單一系統(tǒng)群。

實(shí)體抽象為節(jié)點(diǎn)，實(shí)體間的進(jìn)化關(guān)系抽象為連接

分子系統(tǒng)發(fā)育的核心為構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹人猩猩狒狒外群分支長(zhǎng)度根進(jìn)化支結(jié)點(diǎn)系統(tǒng)進(jìn)化樹（1）系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹示例

進(jìn)化拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)：進(jìn)化樹中不同枝的拓?fù)鋱D形。根：所有分類的共同祖先。結(jié)點(diǎn)：表示一個(gè)分類單元。進(jìn)化支：兩種以上生物（DNA序列）及其祖先組成的樹枝。進(jìn)化分支：進(jìn)化關(guān)系的圖形表示進(jìn)化分支長(zhǎng)度：用數(shù)值表示的進(jìn)化枝的變化程度（遺傳距離）距離標(biāo)尺：生物體或序列之間差異的的數(shù)字尺度。外群：與分析序列相關(guān)的生物序列且具有較遠(yuǎn)的親緣關(guān)系距離標(biāo)尺一個(gè)單位結(jié)點(diǎn)多序列比對(duì)（自動(dòng)比對(duì)，手工校正）選擇建樹方法建立進(jìn)化樹進(jìn)化樹評(píng)估系統(tǒng)發(fā)育樹重建分析步驟1.距離法(distance）適用序列有較高相似性時(shí)2.最大簡(jiǎn)約法(maximumparsimony,MP)適用序列有很高相似性時(shí)3.最大似然法(maximumlikelihood,ML)可用于任何相關(guān)序列集合1.基于序列距離特征2+3基于序列離散特征計(jì)算速度：距離法>最大簡(jiǎn)約法>最大似然法系統(tǒng)發(fā)育樹重建的基本方法系統(tǒng)發(fā)育樹重建分析過程直系同源序列合理的外群點(diǎn)陣法動(dòng)態(tài)規(guī)劃法字串法系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建的相關(guān)軟件ClustalX（序列比對(duì)軟件）Modeltest&MrModeltest(堿基替換模型篩選軟件)PHYLIPMEGAPHYMLPAUPBEASTFigtree(樹形顯示軟件）TreeView（樹形顯示軟件）系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建軟件構(gòu)建ＮＪ樹，可以用PHYLIP或者M(jìn)EGA構(gòu)建MP樹，可以使用PHYLIP或者M(jìn)EGA構(gòu)建ML樹可以使用PHYML，速度快，同時(shí)構(gòu)建ML樹還可以用PHYLIP，貝葉斯的算法以MrBayes為代表，不過速度比較慢關(guān)于系統(tǒng)發(fā)育分析的更多知識(shí)請(qǐng)參閱：/biology/bioinfo2/78842.shtml實(shí)例講解下面的內(nèi)容將教大家如何來構(gòu)建自己的系統(tǒng)進(jìn)化樹。首先我們需要回憶一個(gè)很重要的問題，什么是Fasta格式?在生物信息學(xué)中，F(xiàn)ASTA格式（又稱為Pearson格式），是一種基于文本用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在這種格式中堿基對(duì)或氨基酸用單個(gè)字母來編碼，且允許在序列前添加序列名及注釋。序列文件的第一行是由大于號(hào)“>”或分號(hào)“;”打頭的任意文字說明（習(xí)慣常用“>”作為起始），用于序列標(biāo)記。從第二行開始為序列本身，只允許使用既定的核苷酸或氨基酸編碼符號(hào)。構(gòu)建我們自己的Fasta文件Fasta文件是直接可以從數(shù)據(jù)庫(kù)中下載得到的，但是根據(jù)實(shí)際要求的不同，有時(shí)候我們需要自己構(gòu)建Fasta文件。如果您已近有了想用來構(gòu)建進(jìn)化樹的序列，您可以如右圖所示構(gòu)建自己的文件，文件的保存格式是：文件名.txt實(shí)例講解下面我們以版納病毒為例，構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹。首先我們要下載我們所需的序列。/實(shí)例講解文件下載完之后，這里我們采用事先準(zhǔn)備好的序列。將Fasta文件直接用ClustalX1.83打開實(shí)例講解在進(jìn)行多序列比對(duì)之前我們需要對(duì)軟件進(jìn)行一些設(shè)置1.選擇Alignment標(biāo)簽2.選擇OutputformatoptionsPHYLIP軟件：PHYLIPMEGA軟件：FASTA點(diǎn)擊DoCompleteAlignment,選擇保存路徑之后點(diǎn)擊ALIGN，。實(shí)例講解實(shí)例蘆講解序列做比對(duì)吊結(jié)束奴后，丈比對(duì)亞結(jié)果壤自動(dòng)晉跳出仗。在督保存復(fù)的路登徑，索獲取算預(yù)設(shè)文的保歌存格墨式。Ba獅nn艷av壁ir樹us孔.F姿AS朽TA彼B出an矩na用vi貪ru伶s.郵ph挽yME里GA念(隊(duì)Mo相l(xiāng)e摧cu變la租r憐Ev替ol世ut回io響na調(diào)ry絕G獅en桌et布ic割s映An暖al旅ys寬is況)該軟點(diǎn)件是渣由Ku編ma何r等編便寫的汽進(jìn)行滅分子去進(jìn)化根遺傳妻分析嘩的免厲費(fèi)軟帽件包腥，能跳對(duì)DN司A、mR浸NA、氨假基酸皮序列殺及遺抓傳距接離進(jìn)帥行系饅統(tǒng)發(fā)咳生分秘析。門在建殃樹方唉法上婦，提牽供了刺目前供最常秧用的UP誼GM僵A，ML，NJ及MP法，吹對(duì)所衫獲得粘樹也帳可進(jìn)嚼自舉短值檢居驗(yàn)及帖標(biāo)準(zhǔn)拾誤估辱計(jì)可述靠性硬檢驗(yàn)玩。優(yōu)點(diǎn)暖為：紐奉簡(jiǎn)單宰易用最新洋版本西下載/地址船為：ht垮tp：/w的ww禿.m選eg般as膨of綱tw賓ar筋e.貼ne兔t實(shí)例補(bǔ)講解_ME丙GA軟件逼構(gòu)建綱系統(tǒng)較進(jìn)化冰樹實(shí)例布講解下一魚步我氏們將存介紹痕如何梁用ME貞GA構(gòu)建授我們尋的進(jìn)腎化樹細(xì)，首廈先請(qǐng)忠大家套用ME拉GA軟件巾將我挽們之頸前保延留的Fa攤st儉a文件妄打開被這時(shí)袍候會(huì)生有兩榨個(gè)窗苗口，選準(zhǔn)擇Fi猶le標(biāo)簽--香>C己on朽ve遼rt狡f那il嗚e壓fo傘rm田at逃t哈o臘Me龜ga毫.菜單欄工具條實(shí)例院講解選擇Fi贏le標(biāo)簽--詠>C方on錫ve犬rt受f搜il廣e飾fo榆rm勉at艦t告o仿Me喇ga版.當(dāng)給而出相母應(yīng)的富文件友路徑品之后換點(diǎn)擊ok顯示股文件專已經(jīng)捧轉(zhuǎn)化督為ME東GA爭(zhēng)F牙or揮ma毯t,點(diǎn)擊OK驢.將文穩(wěn)件保吵存，卡牢記傳路徑實(shí)例哀講解點(diǎn)擊逼，載熄入ME溜GA格式關(guān)的分紙析序沫列實(shí)例罵講解選擇牽數(shù)據(jù)牧類型哨，在著本次咸測(cè)試話中我宰們用渡的是釘核苷撿酸序針列。根據(jù)良實(shí)際待的情劉況我辜們這鍵里選守?fù)馳E才S選項(xiàng)實(shí)例角講解下一穩(wěn)步進(jìn)溝入建漂樹的馳最后櫻階段在Pl鄰yl綿og瀉en動(dòng)y中選僻擇建齒樹方仔法，妻這里雁我們身選擇NJ法。參數(shù)忽設(shè)置咬好之具后點(diǎn)憶擊co淋mp輪ut語e.蛋白院質(zhì)序葬列一太般選繼擇Po塔is膚so參n宇Co反rr束ec株ti壓on（泊福松校巖正）,對(duì)于帝核苷庫(kù)酸序儀列一繳般采籮用P-劫di谷st恐an運(yùn)ce模型實(shí)例僅講解根據(jù)Me拉ga的計(jì)正算最扇終我潑們得晨到了沉序列老中的耍進(jìn)化廈關(guān)系猴。如果罩結(jié)點(diǎn)位的Bo戀ot改st佛ra乓p咳Va授lu填e活>7董0我們賽認(rèn)為第這個(gè)株分支迷是可帖靠的BANNAchBJ9575YN6YN0556LN0684LN0688LN0689JKT6969JKT6423JKT7043LNVNE971294100811008899681000.05優(yōu)化圖標(biāo)優(yōu)化選項(xiàng)欄第一劃步：爐雙擊打開PA恒RT撥2，SE輩QB秘OO步T,SE揮QB抗OO我T生產(chǎn)脾隨機(jī)害樣本府的程邊序。按路螺徑輸烤入剛轉(zhuǎn)才生額成的碎*.PH贈(zèng)Y文件；為痛了避醉免輸述入路繡徑的敏繁瑣驕，可踢以直享接將申文件CO荷PY至PA司RT藝2文件咸夾中敞。第二撒步：冶點(diǎn)擊適回車抗，出紅現(xiàn)參訴數(shù)設(shè)未置頁(yè)輛面。肌設(shè)定適當(dāng)遭參數(shù)扮；輸當(dāng)出ou餃tf貿(mào)il欄e文件極。Ra唯nd捉om寸n以u(píng)m匹be撐r習(xí)se廚ed肺:進(jìn)化戴樹進(jìn)吐行抽脂樣時(shí)忙從