基因芯片在生物醫(yī)藥應(yīng)用中的價值研討

基因芯片在

生物醫(yī)藥應(yīng)用中的

新價值李奇研發(fā)部經(jīng)理基因芯片與生物信息領(lǐng)域從業(yè)9年什么是基因芯片為什么需要基因芯片丟失的鑰匙不一定在燈下解決的目標(biāo)基因表達研究的目標(biāo)發(fā)現(xiàn)疾病形成的全局信號通路……

上調(diào)基因下調(diào)基因基因芯片掃描圖“傳統(tǒng)”表達譜芯片探針的設(shè)計8月促銷，買3送1，買6送2，買9送3?????單價7300元，買的越多，送的越多3’IVT ~60,000probesets11probes/gene5’3’Exon ~1,400,000probesets4probes/exon,~40probes/gene(10exons)Tiling ~46,000,000probes1probe/35nt,~1000probes/gene(35kb)新一代表達譜芯片Exon芯片，8月促銷，買3送1，買6送2，買9送3?????單價7900元，買的越多，送的越多疾病形成的全局信號通路Genome-WideCopyNumberAnalysesIdentifiedNovelCancerGenesinHepatocellularCarcinomaHepatology2011長鏈非編碼RNA

的全局信號網(wǎng)絡(luò)基因表達譜芯片/miRNA芯片篩選診斷標(biāo)志物Hepatolgy2011癌組織正常重癥肝炎惡化進程中的特征基因BMCGenomics2010,11:240發(fā)現(xiàn)藥物治療的靶點導(dǎo)致細胞體積增大的表達調(diào)控網(wǎng)絡(luò)

轉(zhuǎn)錄前調(diào)控AffymetrixPromoterArrayAffymetrixTilingArray

轉(zhuǎn)錄后調(diào)控AffymetrixmiRNA芯片基因表達調(diào)控芯片AffymetrixmiRNA2.0ArraymiRNA與靶基因作用方式全物種miRNA2.0芯片F(xiàn)eatureV1V2miRNAVersion1115Organisms71131MaturemiRNAProbeSets6,70315,644Pre-miRNAProbeSets-2,202snoRNA&scaRNAProbeSets9222,334單價4700元基因調(diào)控預(yù)測microRNA芯片轉(zhuǎn)錄前基因表達調(diào)控模式轉(zhuǎn)錄調(diào)華控的檢芽測——以ER轉(zhuǎn)錄因子慕為例35b燙pre敞solu驚tion雜交探豆針的設(shè)哄計策略——基因表達栽調(diào)控芯片基因組DNATiling芯片啟動子全Pro供mot移er芯片啟動子區(qū)悅域10kb覆蓋堿基之間全基因組臭拷貝數(shù)變但異分析全基因組征甲基化分繳析全基因組寸轉(zhuǎn)錄因子窗結(jié)合位點售分析全基因組繼非編碼RNA檢測全基因非組可變鋼剪切分硬析Aff踏yme剩tri牽x啟動子芯憑片35間bp銜res傷olu勇tio光n650桿0元，檢倦測全基慶因甲基儉化；650過0元，檢測惱轉(zhuǎn)錄因子倉調(diào)控；全基因組蠢轉(zhuǎn)錄因子漿結(jié)合基因濟篩選全基因捧甲基化哈檢測使用MeDI迅P/MB理D抗體甲基化富芯片檢測發(fā)現(xiàn)基扣因表達妻調(diào)控方芬式高甲基銅化低甲基趴化甲基化戚芯片DNA結(jié)構(gòu)變異剛情況LOHSNP突變對困蛋白3級結(jié)構(gòu)的股變化Affy路metr辟ixS旋NP芯片特班征拷貝數(shù)廁變異特平征——以拷貝數(shù)謹擴增為例SNP肺+拷貝數(shù)叼變異芯李片發(fā)現(xiàn)疾態(tài)病遺傳注特征腫瘤組高頻擴增儉區(qū)Hep忍ato貧lgy201庫1與基因表司達無關(guān)不知道目厭標(biāo)基因序候列目標(biāo)基唯因明確圾，且檢倒測數(shù)量僅較少快速檢測——當(dāng)日獲得膜檢測結(jié)果何時不荒需要基導(dǎo)因芯片基因注釋換查詢方法NCB猛I-G勸ene數(shù)據(jù)庫——基因功能平綜合注釋冤數(shù)據(jù)庫KEGG數(shù)據(jù)庫——信號通路條數(shù)據(jù)庫Gen盛eO施nto晚log氏y數(shù)據(jù)庫——基因功能勇分類數(shù)據(jù)鐵庫dbSN飄P數(shù)據(jù)庫——S歐NP數(shù)據(jù)庫UCSC基因組瀏鑼覽器——基因、基滾因調(diào)控元圣件定位瀏啦覽器基本統(tǒng)億計術(shù)語t-t樂est已——兩類樣抱本間差條異基因類分析方差分握析——單因素多并類樣本間襲差異基因避分析相關(guān)系蛇數(shù)——樣本間、閑基因間相啄似程度分鞠析應(yīng)用基奶因芯片悼的知識嚼基礎(chǔ)使用基因律芯片的關(guān)挽鍵點——防止實驗喪失敗樣本樣本采犁集須嚴常格遵守低溫原則快速原則清潔原則樣本信息愿登記問題紙質(zhì)樣本河單填寫潦貸草，樣本奔管標(biāo)潦草，兩者白無法對中應(yīng)——整個項目受樣本對應(yīng)依錯亂，全部失棍敗前后送蒙樣的樣眠本管重繪復(fù)標(biāo)記未標(biāo)記樣惕本類型樣本——采集問題無樣本賽重復(fù)節(jié)約費誕用僅篩選基繞因，不能播發(fā)表論文結(jié)果隨機徒性強，驗艷證失敗率芒高兩次樣獄本重復(fù)——性價比虎最差3～5次樣本夸重復(fù)普遍采奸用組內(nèi)樣酒本一致?lián)屝暂^好合時最佳5～10次樣本貪重復(fù)——差異基因刊驗證準(zhǔn)確率較耗高10次以上撐樣本重肚復(fù)組內(nèi)樣本績一直性較點好時，可確用于篩選疾病診斷薪標(biāo)志物樣本——重復(fù)問題(表達譜/甲基化適檢測)9個樣本每3個混合味為一組篇，每組錦檢測一嗽張芯片脈，共檢脂測3張芯片——生物學(xué)重從復(fù)9個樣本，糧每個樣本肺檢測一張離芯片，共滔檢測9張芯片——生物學(xué)重下復(fù)9個樣本混若合為一組化，等量分謝為3份，分筐別檢測升一張芯呀片，共臂檢測3張芯片——技術(shù)重筑復(fù)9個樣本混作合為一組搬，檢測一枯張芯片，碑共檢測1張芯片樣本混合曉重復(fù)策略SNP檢測家系：乒需要患或病雙親驢均入組疾病對哭照研究瘋：須通島過流行截病樣本泛量估計釣的方法愛預(yù)測拷貝數(shù)變賴異分析等同于族表達譜肢檢測的葉樣本量尿估計樣本——重復(fù)問駕題(SNP與拷貝形數(shù)分析)錯誤思暮想——對照組數(shù)雀量可以少泛于實驗組正確設(shè)計云：對照組仔與實驗組陜樣本平衡值得參碧考的方差法使用公返開的基琴因芯片隔數(shù)據(jù)——他人對味照組樣渾本背景裕與本課夸題一致樣本——對照組問理題從NCB宇I(lǐng)下載公醫(yī)開數(shù)據(jù)——G距EO基因芯片毅質(zhì)量控制檢出率——芯片檢姓測的性雖價比如機何每張芯片耗檢出率樣本重揪復(fù)性評借價2——芯片間伶相關(guān)系辜數(shù)實驗組對照組其明信鼻息公司鵝實驗室碰主管悅羅燕青其明信坦息公司誰北方區(qū)濁經(jīng)理乎李林其明信前息公司擠服務(wù)部浩項目管嶄理工程嗽師暑孫之翰其明信息短公司開發(fā)穿部開發(fā)工杜程師張泳永強致謝李奇電話1390蒙1619臘675Ema壇il:liqi淹@gen小mini餐x.co墾m;genm源inix生@gma倚il.c堪om公司電話乞：021-捐5133剖2125悄-801付5公司網(wǎng)血址：..gm淹inix廢.com全國統(tǒng)一吩服務(wù)電話協(xié)：4006事0-40所030Than繞kYo鵝uFo盒rYo縱urA虹tten麥tion謝謝觀看/歡迎下載BYF巨AITH節(jié)IM背EAN遼AVI竹SION災(zāi)OF虹GOOD繡ONE