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(優(yōu)選)數(shù)據(jù)庫(kù)的使用與功能介紹現(xiàn)在是1頁(yè)\一共有35頁(yè)\編輯于星期五NCBI分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)
美國(guó)國(guó)立醫(yī)學(xué)圖書館(NLM)于1988年11月4日建立國(guó)家生物技術(shù)信息中心(NationalCenterofBiotechnologyInformation,簡(jiǎn)稱NCBI)現(xiàn)在是2頁(yè)\一共有35頁(yè)\編輯于星期五NationalCenterofBiotechnologyInformationNCBI的任務(wù):建立關(guān)于分子生物學(xué),生物化學(xué),和遺傳學(xué)知識(shí)的存儲(chǔ)和分析的自動(dòng)系統(tǒng)實(shí)行關(guān)于用于分析生物學(xué)重要分子和復(fù)合物的結(jié)構(gòu)和功能的基于計(jì)算機(jī)的信息處理的先進(jìn)方法的研究加速生物技術(shù)研究者和醫(yī)藥治療人員對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)和軟件的使用全世界范圍內(nèi)的生物技術(shù)信息收集的合作努力現(xiàn)在是3頁(yè)\一共有35頁(yè)\編輯于星期五NCBI首先創(chuàng)建GenBank數(shù)據(jù)庫(kù),在重點(diǎn)開發(fā)GenBank的同時(shí),又于1991年開發(fā)了Entrez數(shù)據(jù)庫(kù)檢索系統(tǒng)。該系統(tǒng)整合了GenBank、EMBL、PIR和SWISS-PROT等數(shù)據(jù)庫(kù)的序列信息以及MEDLINE有關(guān)序列的文獻(xiàn)信息,并通過相關(guān)鏈接,將他們有機(jī)地結(jié)合在一起。NationalCenterofBiotechnologyInformation現(xiàn)在是4頁(yè)\一共有35頁(yè)\編輯于星期五現(xiàn)在是5頁(yè)\一共有35頁(yè)\編輯于星期五以IL6基因?yàn)槔喝绾尾檎一蛐蛄?、mRNA、Promoter如何查找連續(xù)的mRNA、cDNA、蛋白序列現(xiàn)在是6頁(yè)\一共有35頁(yè)\編輯于星期五Mapviewer是NCBI網(wǎng)站上提供的一個(gè)非常有用的尋找基因的工具,通過Mapviewer你可以了解你感興趣基因在基因組中所處的位置、基因序列、內(nèi)含子及外顯子的排列、基因的細(xì)胞遺傳學(xué)圖、EST、SNP等等許多有用的信息。利用Mapviewer查找基因序列、mRNA序列、啟動(dòng)子Promoter現(xiàn)在是7頁(yè)\一共有35頁(yè)\編輯于星期五利用Mapviewer查找基因序列、mRNA序列、啟動(dòng)子Promoter現(xiàn)在是8頁(yè)\一共有35頁(yè)\編輯于星期五現(xiàn)在是9頁(yè)\一共有35頁(yè)\編輯于星期五現(xiàn)在是10頁(yè)\一共有35頁(yè)\編輯于星期五現(xiàn)在是11頁(yè)\一共有35頁(yè)\編輯于星期五現(xiàn)在是12頁(yè)\一共有35頁(yè)\編輯于星期五現(xiàn)在是13頁(yè)\一共有35頁(yè)\編輯于星期五現(xiàn)在是14頁(yè)\一共有35頁(yè)\編輯于星期五如何查找連續(xù)的mRNA、cDNA、蛋白序列現(xiàn)在是15頁(yè)\一共有35頁(yè)\編輯于星期五現(xiàn)在是16頁(yè)\一共有35頁(yè)\編輯于星期五蛋白序列:mRNA序列:現(xiàn)在是17頁(yè)\一共有35頁(yè)\編輯于星期五已知一基因序列:CCCCTGCCTGGCAGCCCTTTCTCAAGGACCACCGCATCTCTACATTCAAGAACTGGCCCTTCTTGGAGGGCTGCGCCTGCACCCCGGAGCGGATGGCCGAGGCTGGCTTCATCCACTGCCCCACTGAGAACGAGCCAGACTTGGCCCAGTGTTTCTTCTGCTTCAAGGAGCTGGAAGGCTGGGAGCCAGATGACGACCCCATAGAGGAACATAAAAAGCATTCGTCCGGTTGCGCTTTCCTTTCTGTCAAGAAGCAGTTTGAAGAATTAACCCTTGGTGAATTTTTGAAACTGGACAGAGAAAGAGCCAAGAACAAAATTGCAAAGGAAACCAACAATAAGAAGAAAGAATTTGAGGAAACTGCGGAGAAAGTGCGCCGTGCCATCGAGCAGCTGGCTGCCATGGATTGAGGCCTCTGGC1、這是哪個(gè)基因?2、編碼的蛋白質(zhì)序列是怎么樣的?3、有沒有保守的功能結(jié)構(gòu)域?4、它的功能是怎樣的?5、有沒有三級(jí)結(jié)構(gòu)?現(xiàn)在是18頁(yè)\一共有35頁(yè)\編輯于星期五現(xiàn)在是19頁(yè)\一共有35頁(yè)\編輯于星期五BLAST可以對(duì)核酸和蛋白的多種數(shù)據(jù)庫(kù)操作。有幾種比較方法可選擇:Blastp:一個(gè)氨基酸序列與一個(gè)蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)比較Blastn:一個(gè)核酸序列與一個(gè)核酸數(shù)據(jù)庫(kù)比較。Blastx:一個(gè)核酸的所有讀框與一個(gè)蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)比較,可以用來發(fā)現(xiàn)未知核酸可能的蛋白產(chǎn)物。Tblastn:一個(gè)蛋白序列與翻譯成所有讀框的核酸數(shù)據(jù)庫(kù)比較。Tblastx:一個(gè)核酸的六種讀框與一個(gè)核酸據(jù)庫(kù)的六種讀框比較,但由于計(jì)算太復(fù)雜在網(wǎng)頁(yè)中不能應(yīng)用?,F(xiàn)在是20頁(yè)\一共有35頁(yè)\編輯于星期五現(xiàn)在是21頁(yè)\一共有35頁(yè)\編輯于星期五現(xiàn)在是22頁(yè)\一共有35頁(yè)\編輯于星期五現(xiàn)在是23頁(yè)\一共有35頁(yè)\編輯于星期五現(xiàn)在是24頁(yè)\一共有35頁(yè)\編輯于星期五Geneinfo:17號(hào)染色體現(xiàn)在是25頁(yè)\一共有35頁(yè)\編輯于星期五功能注釋:GeneOntology該基因定位于人體第17條染色體,基因表示符為:NM-001168.2初步的功能分析:細(xì)胞周期,caspase酶的抑制因子等現(xiàn)在是26頁(yè)\一共有35頁(yè)\編輯于星期五獲取蛋白質(zhì)的序列信息該蛋白質(zhì)中包含142個(gè)氨基酸,序列標(biāo)識(shí)符為:NP-001159.2現(xiàn)在是27頁(yè)\一共有35頁(yè)\編輯于星期五獲取FASTA序列現(xiàn)在是28頁(yè)\一共有35頁(yè)\編輯于星期五Finddomain現(xiàn)在是29頁(yè)\一共有35頁(yè)\編輯于星期五填入蛋白質(zhì)的FASTA序列并提交現(xiàn)在是30頁(yè)\一共有35頁(yè)\編輯于星期五BIRdomain具
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