腫瘤研究分子生物學數據庫資源

一篇論文的題目ZhuF,ZykovaTA,KangBS,WangZ,EbelingMC,AbeY,MaWY,BodeAM,DongZ.BidirectionalsignalstransducedbyTOPK-ERKinteractionincreasetumorigenesisofHCT116colorectalcancercells.Gastroenterology.2007;133(1):219-31.第一頁，共93頁。主要內容NCBI的相關數據庫資源腫瘤學和血液學的細胞遺傳學ExPASy的數據庫資源和工具第二頁，共93頁。NCBI的相關資源NationalCenterforBiotechnologyInformation第三頁，共93頁。第四頁，共93頁。第五頁，共93頁。Genesanddisease單基因遺傳病的站點介紹多個系統(tǒng)的遺傳病，可下載PDF文件。圖示遺傳病相關基因在染色體的定位與相關數據庫相互鏈接第六頁，共93頁。Genesanddisease頁面第七頁，共93頁。染色體的圖譜第八頁，共93頁。SKY—SpectralKaryotyping多色標記的探針與染色體雜交M-FISH—MultiplexFluorescenceInSituHybridizationCGH—ComparativeGenomicHybridization腫瘤和對照細胞的基因組DNA標記不同顏色熒光探針等量混合后分別與腫瘤和對照細胞的染色體雜交。第九頁，共93頁。SKY的原理第十頁，共93頁。第十一頁，共93頁。CGH的原理第十二頁，共93頁。CGH比較工具輸入染色體片段和得失，如：7[gain]或3p[loss].第十三頁，共93頁。比較工具第十四頁，共93頁。比較結果第十五頁，共93頁。CGH圖示第十六頁，共93頁。大規(guī)模分析基因表達的方法對某一組mRNA中基因表達定量檢測

一群mRNA中的每一個mRNA的同一位置取9-10bp的一段序列，（從統(tǒng)計學上說這樣的序列可以代表95%的人類基因），每一種9-10bp的序列的拷貝數則代表基因表達的拷貝數，也就可以說明基因表達活性的高低。第十七頁，共93頁。方法RNA反轉錄為cDNA，同時用生物素標記cDNA末端隨后用一種限制性內切酶（NlaIII(CATG)）切割cDNA分離酶切位點3‘端的序列另一種酶再切割cDNA片段，去除帶生物素的3’端用PCR擴增每一個標簽片段，將30-50個不同的標簽片段連成一個單一的DNA分子最后克隆并測序這些分子酶切位點3'端的序列出現的拷貝數就代表了基因表達活性的高低第十八頁，共93頁。

流程圖選擇細胞磁珠分離RNA并合成cDNA錨定內切酶（NlaIII）酶切NlaIII3’端序列為標簽，再用BsmF1酶切后釋放標簽將標簽相互連接并連入質粒載體測序并計算標簽的拷貝數計算機分析第十九頁，共93頁。查詢方式...bytag...bysequence...bylibrary...bygenename第二十頁，共93頁。輸入序列先查詢序列中的Tag根據Tag來查詢在SAGE文庫中出現的頻率第二十一頁，共93頁。輸入GenBank號或序列進行查詢第二十二頁，共93頁。查詢結果第二十三頁，共93頁。查詢結果第二十四頁，共93頁。CancerGenomeAnatomyProject

(/)由NationalCancerInstitute（NCI）管理

目的是研究腫瘤細胞的分子改變第二十五頁，共93頁。CGAP主頁第二十六頁，共93頁。Genes第二十七頁，共93頁。每個基因————一個Geneinfo頁面UniGene、LocusLink、OMIM、DTPsearch、cDNALibraries、ClusterAssemblies、和SNPs等數據庫的鏈接

細胞遺傳學定位和Mitelman斷裂點信息

蛋白相似性人類和小鼠的同源組IMAGE（IntegratedMolecularAnalysisofGenomesandtheirExpression）協(xié)議來源的序列鏈接全長MGC（MammalianGeneCollection）克隆鏈接GeneOntology功能分類

第二十八頁，共93頁。Genes工具列表

Genefinder：按照特定標準查找單個或多個基因的工具GeneOntologyBrowser：通過分子功能、生物學過程和細胞組分對人和小鼠的基因分類NucleotideBLAST：通過CGAP界面，查找給定核苷酸序列的代表基因ListsofCandidate,Validated,andConfirmedSNPs：包含單核苷酸多態(tài)性的基因信息CGAPSNPIndex：通過基因名稱、符號和GenBank序列號查找代表SNPsSNPGeneViewer：將人類SNPs定位于參考序列和MGC序列，預測蛋白編碼的變化

第二十九頁，共93頁。Geneinfo第三十頁，共93頁。第三十一頁，共93頁。Chromosomes

第三十二頁，共93頁。MitelmanDatabaseofChromosomeAberrationsinCancer（腫瘤染色體畸變數據庫）RecurrentChromosomeAberrationsSearcher用來查找重復出現的染色體畸變SNP500CancerDatabase用于查找SNP的工具可以通過基因名稱、SNP號、染色體和基因功能查詢第三十三頁，共93頁。查找腫瘤重復出現的染色體畸變第三十四頁，共93頁。Tissues

來源于組織的基因表達信息

LibraryFinder工具可以幫助查找組織特異性的文庫。GeneLibrarySummarizer（GLS）：在特定的cDNA文庫中查找所有基因。cDNAxProfiler：用于在兩個cDNA文庫之間比較基因表達。DifferentialGeneExpressionDisplayer（DGED）：用于在兩個cDNA文庫之間比較基因表達的統(tǒng)計學差異。

SAGEmapxProfiler：xProfiler程序比較一個cDNA在不同cDNA文庫中的表達情況。SAGEmapVirtualNorthern：以圖形形式顯示一個基因在不同cDNA文庫中出現的頻率，代表其表達豐度。

第三十五頁，共93頁。第三十六頁，共93頁。cDNAxProfiler第三十七頁，共93頁。SAGE第三十八頁，共93頁。SAGEAnatomicViewer第三十九頁，共93頁。查詢結果第四十頁，共93頁。Tissueonly查詢結果第四十一頁，共93頁。SAGE的數據第四十二頁，共93頁。RNAi第四十三頁，共93頁。第四十四頁，共93頁。第四十五頁，共93頁。第四十六頁，共93頁。PATHWAYS第四十七頁，共93頁。BioCarta公司信號轉導途徑圖譜

KEGG代謝途徑和信號轉導途徑圖譜

PathwaySearcher第四十八頁，共93頁。第四十九頁，共93頁。第五十頁，共93頁。CGAP基因表達分析工具的匯總

Tools第五十一頁，共93頁。第五十二頁，共93頁。腫瘤學和血液學的細胞遺傳學

第五十三頁，共93頁。收集了各種在腫瘤中具有染色體異常的基因，包括其基因名稱、產物、在腫瘤中的異常情況，以及與各種數據庫的鏈接收集了白血病、實體瘤、癌前病變的細胞遺傳學數據以染色體來分類描述各種腫瘤中的染色體異常包括了許多高水平的綜述(DeepInsight)和病例報告第五十四頁，共93頁。22號染色體第五十五頁，共93頁。t(9;22)(q34;q11)第五十六頁，共93頁。第五十七頁，共93頁。第五十八頁，共93頁。t(2;8)(p12;q24)t(8;22)(q24;q11)IGKChr2IGLChr22t(8;14)(q24;q32)MYCChr8IGHChr14BurkittLymphoma第五十九頁，共93頁。PromoterCodingsequencesPromoterCodingsequencesPromoterCodingsequencesDeregulatedgeneConsequencesofBalancedChromosomeRearrangementsIGH,IGK,IGL

MYC

Deregulatedtranscription第六十頁，共93頁。ETV6/NTRK346FusionGenesinBenignandMalignantSoftTissueTumors

19921993199419951996199719981999EWSR1/ATF1FUS/DDIT3PAX3/FOXO1AEWSR1/ERGEWSR1/WT1PAX7/FOXO1ASS18/SSX2EWSR1/NR4A3HMGA2/LPPSS18/SSX1EWSR1/DDIT3EWSR1/ETV4COL1A1/PDGFBEWSR1/FEVEWSR1/FLI1

20002001200220032004200520062007HMGA2/LHFPSS18/SSX4TAF15/NR4A3COL1A2/PLAG1EWSR1/ZNF278FUS/ATF1HAS2/PLAG1TCF12/NR4A3TPM3/ALKTPM4/ALKASPSCR1/TFE3CLTC/ALKLPP/C12ORF9CARS/ALKHMGA2/CMKOR1ATIC/ALKFUS/CREB3L2FUS/ERGRANBP2/ALKSS18L1/SSX1ACTB/GLITGF/NR4A3PAX3/NCOA1FUS/CREB3L1CIC/DUX4COL6A3/CSF1EWSR1/CREB1HMGA2/EBFSEC31A/ALKEWSR1/SP3第六十一頁，共93頁。19921993199419951997199820002001200320042006EwingtumorAlveolarRMS,Clearcellsarcomaofsofttissue,MyxoidliposarcomaDesmoplasticsmallroundcelltumor,SynovialsarcomaExtraskeletalmyxoidchondrosarcoma,LipomaDermatofibrosarcomaprotuberansInfantilefibrosarcomaAFH,Lipoblastoma,InflammatorymyofibroblastictumorAlveolarsoftpartsarcomaLowgradefibromyxoidsarcoma,SofttissuechondromaPericytomaTenosynovialgiantcelltumorSoftTissueTumorswithSpecificGeneFusions第六十二頁，共93頁。FrequenciesoffusiongenesinAMLt(8;21)(q22;q22) RUNX1/RUNX1T1 4.3%t(15:17)(q22;q21) PML/RARA 4.1%der(11)(q23) MLLrearrangement 2.4% inv(16)(p13q22) CBFB/MYH11 2.3%t(9;22)(q34;q11) BCR/ABL1 0.7%inv(3)(q21q26) RPN1/EVI1 0.6%t(6;9)(p22;q34) DEK/NUP214 0.3%t(1;22)(p13;q13) RBM15/MKL1 0.2%t(8;16)(p11;p13) MYST3/CREBBP 0.1%t(7;11)(p15;p15) NUP98/HOXAgenes

<0.1%第六十三頁，共93頁。DeepInsight第六十四頁，共93頁。ExPASy(ExpertProteinAnalysisSy綜合的蛋白質分析工具網站大量、使用的蛋白質分析工具鏈接第六十五頁，共93頁。第六十六頁，共93頁。Databases本地服務器維護的數據庫與其他大型數據庫的鏈接ToolsandsoftwarepackagesProteomicsandsequenceanalysistools綜合了大量的蛋白質分析軟件Melanie4——二維電泳的分析軟件（商業(yè)）RocheAppliedScience'sBiochemicalPathways精美的代謝途徑和細胞分子處理過程第六十七頁，共93頁。EducationandservicesExPASy的FTP服務和日內瓦大學提供的蛋白組學方法培訓DocumentationLinkstolistsofmolecularbiologyresourcesLinkstosomemajormolecularbiologyservers第六十八頁，共93頁。SWISS-2DPAGE查詢SWISS-2DPAGE的數據第六十九頁，共93頁。Humanlymphocyte第七十頁，共93頁。PROSITEDatabaseofproteinfamiliesanddomainsEnzymeEnzymenomenclatureCD40LbaseCD40liganddefectsCD40配體缺陷與X連鎖的IgM增多第七十一頁，共93頁。ExPASyProteomicstoolsProteinidentificationandcharacterization多種蛋白質分析軟件，主要計算蛋白質的等電點、分子量、氨基酸組成、序列標簽、可能的蛋白酶切割位點、可能的糖基化位點、可能的翻譯后修飾等信息。大部分通過輸入氨基酸序列可實現。第七十二頁，共93頁。DNA->Protein從DNA序列翻譯成蛋白序列從蛋白質序列翻譯成核酸序列蛋白序列與基因組序列比較內含子和讀框的錯誤Similaritysearches序列相似性比較工具主要有BLAST和FASTA第七十三頁，共93頁。Patternandprofilesearches查找蛋白序列中基序、結構域等的工具主要查找Prosite和Pfam數據庫多種查找工具Post-translationalmodificationprediction翻譯后修飾的預測工具預測蛋白質糖基化、線粒體錨定位點、信號肽切割位點、磷酸化位點等第七十四頁，共93頁。Dif14蛋白的prosite分析（ScanProsite）第七十五頁，共93頁。Topologyprediction蛋白質定位預測工具包括了預測蛋白質的定位（細胞膜、漿、核等）跨膜區(qū)預測第七十六頁，共93頁。Dif14蛋白的跨膜區(qū)預測（SOSUI）第七十七頁，共93頁?？缒ぢ菪慕M成第七十八頁，共93頁。預測的跨膜結構第七十九頁，共93頁。Dif14蛋白的跨膜區(qū)預測（TMpred）第八十頁，共93頁。Primarystructureanalysis預測蛋白質的物理化學參數：如氨基酸組成、等電點、分子量等Paircoil：預測螺旋區(qū)結構PESTfind：蛋白質的半衰期預測，富于Proline(P),glutamicacid(E),serine(S)and