分子生物學(xué)第九章遺傳重組

概述第一節(jié)同源重組第二節(jié)位點(diǎn)專(zhuān)一性重組第三節(jié)細(xì)菌中的轉(zhuǎn)座成分第四節(jié)真核生物中的轉(zhuǎn)座成分現(xiàn)在是1頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四概述：?

只要有DNA，就會(huì)發(fā)生重組減數(shù)分裂溫和噬菌體轉(zhuǎn)座子轉(zhuǎn)座?生存→變異→進(jìn)化?廣義遺傳重組：任何造成基因型變化的基因交流過(guò)程現(xiàn)在是2頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四?

重組可分為四類(lèi)（DNA序列、蛋白質(zhì)因子）?狹義遺傳重組：涉及到DNA分子內(nèi)斷裂-復(fù)合的基因交流?遺傳重組與重組DNA技術(shù)類(lèi)型需同源序列需RecA蛋白需序列特異性酶位點(diǎn)特異性+-+同源++-轉(zhuǎn)座--+異常--?現(xiàn)在是3頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四第一節(jié)同源重組現(xiàn)在是4頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四1、

同源重組（homologousrecombination）:發(fā)生在同源DNA序列之間一、特征2、

特征：?涉及同源序列間的聯(lián)會(huì)配對(duì)，且交換的片段較大?涉及DNA分子在特定的交換位點(diǎn)發(fā)生斷裂和連接的生化過(guò)程

?存在重組熱點(diǎn)?需要重組酶?單鏈DNA分子或單鏈DNA末端是交換發(fā)生的重要信號(hào)現(xiàn)在是5頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四細(xì)線(xiàn)期合線(xiàn)期粗線(xiàn)期雙線(xiàn)期終變期?e.g.Euk.減數(shù)分裂時(shí)的染色單體之間的交換細(xì)菌的轉(zhuǎn)化，轉(zhuǎn)導(dǎo)，接合，噬菌體重組現(xiàn)在是6頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四雙倍體染色體交換現(xiàn)在是7頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四二、同源重組的機(jī)制1、

斷裂復(fù)合及Holliday中間體的形成?

Holliday結(jié)構(gòu)同源重組中連接兩個(gè)DNA雙鏈的交換中間物含有4股DNA鏈，在連接處為了轉(zhuǎn)換配對(duì)所形成交叉鏈的連接點(diǎn)為…?Holliday結(jié)構(gòu)形成的分子機(jī)制（斷裂復(fù)合起始機(jī)制）有雙鏈侵入模型、單鏈侵入模型、雙鏈斷裂修復(fù)模型等多種?同源重組都涉及到DNA分子內(nèi)的－－斷裂—復(fù)合現(xiàn)在是8頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四3‘5‘5‘3‘Meselson-Radding模型單鏈入侵模型（鏈轉(zhuǎn)移模型）置換侵入Loop切除同化異構(gòu)化分支遷移5’切割現(xiàn)在是9頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四5‘5‘（1）（2）其中－－所有模型和假說(shuō)都包括切斷、鏈置換、連接等過(guò)程雙鏈侵入模型

現(xiàn)在是10頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四雙鏈斷裂修復(fù)模型現(xiàn)在是11頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四2、分枝遷移和Holliday結(jié)構(gòu)的拆分?分枝遷移（branchmigaration）－－雙螺旋形成的交叉連接以拉鏈?zhǔn)叫?yīng)擴(kuò)散現(xiàn)在是12頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四Holliday的異構(gòu)化產(chǎn)生重組體的拆分Holliday結(jié)構(gòu)一經(jīng)生成即可不斷地處于異構(gòu)化－－異源雙鏈heteroduplexDNA重組結(jié)果取決于拆分時(shí)配對(duì)鏈上的切口位置現(xiàn)在是13頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四（1）（2）（1）（2）?Holliday結(jié)構(gòu)的拆分產(chǎn)生含異源雙鏈的親本DNA分子產(chǎn)生重組體現(xiàn)在是14頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四“親本鏈”“重組體”現(xiàn)在是15頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四三、原核同源重組（E.coli）?發(fā)生在雙方DNA的同源區(qū)域

部分復(fù)制的染色體DNA之間或染色體DNA與外源DNA之間細(xì)菌的轉(zhuǎn)化、結(jié)合和轉(zhuǎn)導(dǎo)

1、RecBCD（外切核酸酶Ⅴ）和Chi位點(diǎn)?具有解旋酶（再旋）活性、ATPase活性、核酸外切酶活性、

序列特異性的單鏈內(nèi)切酶活性?單鏈內(nèi)切酶活性和解旋酶活性使DNA產(chǎn)生具有游離末端的單鏈－－－RecA的作用位點(diǎn)?RecBCD有固定切割位點(diǎn)現(xiàn)在是16頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四3‘?RecBCD的識(shí)別和切割位點(diǎn)a、RecBCD結(jié)合在DNA的平頭末端（產(chǎn)生機(jī)制不清楚）b、外切、解鏈、移動(dòng)（ATP）c、兔耳狀loop結(jié)構(gòu)產(chǎn)生（再旋酶活性低于解旋酶活性）d、RecBCD在loop單鏈區(qū)的

chi位點(diǎn)3‘方4～6NT處切斷單鏈（單鏈內(nèi)切酶）?

chi位點(diǎn)：GCTGGTGG目前發(fā)現(xiàn)的重組熱點(diǎn)

E.coli含1000個(gè).現(xiàn)在是17頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四e、RecBCD切割產(chǎn)生3’單鏈末端現(xiàn)在是18頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四

2、RecA蛋白

（1）

活性a、RecA有單、雙鏈DNA

結(jié)合活性b、RecA有NTPase活性（底物差異活性）與單鏈DNA結(jié)合時(shí)活性最大---依賴(lài)于DNAc、RecA有啟動(dòng)一個(gè)分子的單鏈侵入到另一雙螺旋分子的能力，即聯(lián)會(huì)同源DNA

（但其靶DNA必須有缺口－－結(jié)合DNA）現(xiàn)在是19頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四現(xiàn)在是20頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四RecA入侵單鏈被置換連RecA引發(fā)鏈侵入模型現(xiàn)在是21頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四RecApromotestheassimilationofinvadingsinglestrandsintoduplexDNAsolongasoneofthereactingstrandshasafreeend.

RecA啟動(dòng)的單鏈入侵現(xiàn)在是22頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四RecA引起的鏈交換和Holliday結(jié)構(gòu)的生成

現(xiàn)在是23頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四

（2）RecA蛋白催化雙鏈和單鏈DNA的反應(yīng)階段a、聯(lián)會(huì)前階段（緩慢）

RecA與單鏈結(jié)合b、單鏈與雙螺旋的互補(bǔ)鏈迅速配對(duì)，形成雙鏈連接分子Holliday（5‘侵入）c、從雙螺旋結(jié)構(gòu)中緩慢置換一條鏈產(chǎn)生一段長(zhǎng)的異源雙鏈DNA反應(yīng)結(jié)束時(shí)，RecA結(jié)合到雙鏈上?其中—單鏈同化有固定的方向入侵單鏈為5’－3‘雙鏈DNA的互補(bǔ)鏈?zhǔn)?’－5‘現(xiàn)在是24頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四現(xiàn)在是25頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四?RecBCD和

RecA的共同作用現(xiàn)在是26頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四

3、原核同源重組的其它蛋白

需要E.coli中三個(gè)基因ruvA,ruvB和ruvC的產(chǎn)物a、RuvA識(shí)別Holliday結(jié)構(gòu)的連接點(diǎn)b、RuvB為分枝遷移提供動(dòng)力（ATPase10～20bp/s）c、RuvC核酸內(nèi)切酶---專(zhuān)一性識(shí)別Holliday結(jié)構(gòu)的連接點(diǎn)體外切段連接點(diǎn)以拆分重組體現(xiàn)在是27頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四?E.coli重組的各階段（損傷修復(fù)）損傷DNA復(fù)制產(chǎn)生缺口RecA鏈交換第二次鏈交換DNApol通過(guò)DNA合成填滿(mǎn)缺口RuvA,B分枝遷移RuvC切割Holliday連接點(diǎn)現(xiàn)在是28頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四第二節(jié)位點(diǎn)專(zhuān)一性重組現(xiàn)在是29頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四一、位點(diǎn)專(zhuān)一性重組（site-specificrecombination）1、概念：發(fā)生在專(zhuān)一序列而順序極少相同的DNA分子間的重組2、特征：?在特定的結(jié)合序列部位，有專(zhuān)一的酶催化斷裂重接----產(chǎn)生精確的DNA重排?都具有整合作用的兩個(gè)基本特征a、典型的保守性重組---交換是相互的和保存原先的DNAb、發(fā)生在噬菌體和細(xì)菌DNA短同源序列的專(zhuān)一性核苷酸上Euk.中專(zhuān)一性抗體基因的構(gòu)建現(xiàn)在是30頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四二、λphage的整合與切除1、實(shí)現(xiàn)機(jī)制：均是通過(guò)---細(xì)菌DNA和λDNA上特定位點(diǎn)之間的重組2、特定位點(diǎn)-----附著位點(diǎn)（attachmentsiteatt）?E.coliattB含BOB’三序列23bp?λphage

attP含POP’三序列240bp?核心序列“O”完全一致

（同源部分）---位點(diǎn)特異性重組發(fā)生的地方?B,B’,P,P’---臂現(xiàn)在是31頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四3、整合過(guò)程?整合后的附著位點(diǎn)為attL（BOP’）attR（POB’）?整合位點(diǎn)---attB、attP切除位點(diǎn)---attL、attR?整合過(guò)程需要λ整合酶

（integraseInt）（λ編碼）和寄主的整合宿主因子IHF（integrationhostfactor）共同作用現(xiàn)在是32頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四溶源性細(xì)菌(lysogen)溶菌周期（lysis）原噬菌體現(xiàn)在是33頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四現(xiàn)在是34頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四4、整合分子機(jī)制?核心序列O全長(zhǎng)15bp，富含A-T?發(fā)生在O內(nèi)的重組交換位點(diǎn)相距7bp?整合酶的結(jié)合位點(diǎn)：attP240bp、attB23bp(兩者的作用不同)?attP位點(diǎn)的負(fù)超螺旋為重組所必須---加強(qiáng)了Int和IHF的親和力-----高劑量的蛋白維持單鏈重組所必需的結(jié)構(gòu)?Int結(jié)合----核心序列的反向位點(diǎn)（切割位置）----結(jié)合在att臂上（臂與核心區(qū)靠近）現(xiàn)在是35頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四?整合體及其作用整合體（intasome）---Int和IHF結(jié)合到attP時(shí)的復(fù)合物?整合體捕獲attB說(shuō)明-----

a、attB和attP的最初識(shí)別靠Int識(shí)別兩序列的能力b、兩序列的同源性在鏈交換時(shí)為重要因素現(xiàn)在是36頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四?Int蛋白能切斷DNA，并使它重新連接，近而使holliday結(jié)構(gòu)拆分?重組時(shí)attP和attB部位交叉斷裂，互補(bǔ)單鏈末端進(jìn)行交叉雜交現(xiàn)在是37頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四5、整合與切除的控制（1）整合?CⅡ---促使阻遏蛋白CⅠ的產(chǎn)生---與intgene的PI結(jié)合，轉(zhuǎn)錄產(chǎn)生Int蛋白---且PI位于xis基因內(nèi)，CⅡ與PI結(jié)合導(dǎo)致xisgene失活（2）切除?寄主SOS反應(yīng)時(shí)---RecA大量產(chǎn)生，促使阻遏蛋白CⅠ的水解

---把OL和OR從阻遏狀態(tài)釋放出來(lái)---從PL轉(zhuǎn)錄使int和xis表達(dá)現(xiàn)在是38頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四四、依賴(lài)于同源重組的位點(diǎn)特異性的序列代換

-----酵母MAT序列的轉(zhuǎn)換1、酵母結(jié)合型的轉(zhuǎn)變---DNA序列的代換，而不是互換---依賴(lài)于序列的同源性（被代換的序列命運(yùn)是被降解調(diào)---突變?cè)囼?yàn)）現(xiàn)在是39頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四2、同源序列匣子WXYZ1Z2totalHML723704747

239882501MAT723704747

239882501MATa723704642239882369HMRa704642239881585現(xiàn)在是40頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四3、轉(zhuǎn)換過(guò)程?內(nèi)切酶(HO)識(shí)別、切割--Y/Z1交界處---起始MAT序列的轉(zhuǎn)換(雙鏈斷裂)［HM匣子受Sir阻遏蛋白的保護(hù)］①現(xiàn)在是41頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四?Y區(qū)域被降解，直到Y(jié)α和Ya相同的部分或一直到X區(qū)域①②現(xiàn)在是42頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四?四個(gè)斷頭侵入供體匣子的同源部分并與其中互補(bǔ)鏈配對(duì)?以供體DNA為模板復(fù)制Y區(qū)域，holliday結(jié)構(gòu)形成③④現(xiàn)在是43頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四?Holliday結(jié)構(gòu)的拆分，產(chǎn)生新的MAT匣子和這次轉(zhuǎn)換中的供體匣子現(xiàn)在是44頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四4、特征---同源重組和位點(diǎn)特異性重組特征都具有?需要大范圍的同源序列?需要重組酶系（rad52基因產(chǎn)物、位點(diǎn)特異性的HO內(nèi)切酶）現(xiàn)在是45頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四第三節(jié)細(xì)菌中的轉(zhuǎn)座成分現(xiàn)在是46頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四一、轉(zhuǎn)座成分概述1、轉(zhuǎn)座子(元)或轉(zhuǎn)座元件(transposonortransposableelement):基因組上不必借助于同源序列就可以移動(dòng)的DNA片段，它們可以直接從基因組的一個(gè)位點(diǎn)移到另一個(gè)位點(diǎn)（供體和受體）轉(zhuǎn)座（transposition）：轉(zhuǎn)座元的轉(zhuǎn)移過(guò)程（不十分確切）2、發(fā)現(xiàn)和發(fā)展?1914A.Emerson1936Marcus.M.Rhoabes玉米果皮、糊粉層花斑突變玉米籽粒糊粉層色素不穩(wěn)定遺傳機(jī)理跳躍基因（jumpinggene）?1947冷泉港實(shí)驗(yàn)室（美）BarbaraMcClintock現(xiàn)在是47頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四?基因轉(zhuǎn)座現(xiàn)象的再次發(fā)現(xiàn)與證實(shí)

在一個(gè)操縱子中，與操縱基因毗連的結(jié)構(gòu)基因發(fā)生終止突變后，它除了影響該基因本身產(chǎn)物的翻譯外，還影響其后結(jié)構(gòu)基因多肽的翻譯，并且具有極性梯度的特征。

插入型極性突變的發(fā)現(xiàn)與機(jī)理Operon&PolarityMutation極性突變的基本概念現(xiàn)在是48頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四A酶活性

OgeneZ基因終止突變位

點(diǎn)離O基因的距離

IpoZYA現(xiàn)在是49頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四a)不依賴(lài)供體序列與靶位點(diǎn)間序列的同源性b)轉(zhuǎn)座不是簡(jiǎn)單的轉(zhuǎn)移，涉及轉(zhuǎn)座子的復(fù)制Hotspots(熱點(diǎn))Regionalpreference(在3kb區(qū)域內(nèi)的隨機(jī)插入)d)某些轉(zhuǎn)座因子（Tn3）對(duì)同類(lèi)轉(zhuǎn)座因子的插入具有排他性

（免疫性）e)靶序列在轉(zhuǎn)座因子兩側(cè)會(huì)形成正向重復(fù)f)轉(zhuǎn)座因子的切除與轉(zhuǎn)座將產(chǎn)生復(fù)雜的遺傳學(xué)效應(yīng)3、轉(zhuǎn)座重組的特點(diǎn)c)轉(zhuǎn)座插入的靶位點(diǎn)并非完全隨機(jī)（插入專(zhuān)一型）現(xiàn)在是50頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四二、Prok.轉(zhuǎn)座子種類(lèi)?兩種類(lèi)型：簡(jiǎn)單轉(zhuǎn)座子（simpletransposon）（插入序列insertionsequenceIS）復(fù)合轉(zhuǎn)座子（compositetransposon）?共同特征：a）兩端有20～40bp的IRb）具有編碼轉(zhuǎn)座酶（transposase）的基因1、插入序列?最簡(jiǎn)單，是細(xì)菌染色體、質(zhì)粒和某些噬菌體的正常組分?命名：IS＋編號(hào)（鑒定類(lèi)型）長(zhǎng)度700～2000bp現(xiàn)在是51頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四?特點(diǎn)：a）兩端IR為轉(zhuǎn)座酶的識(shí)別位點(diǎn)（突變）b）插入靶位點(diǎn)后會(huì)出現(xiàn)靶位點(diǎn)的正向重復(fù)（3～9bp）現(xiàn)在是52頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四?IS可以正反方向插入到DNA（宿主、質(zhì)?；蚰承┦删w），常對(duì)插入位點(diǎn)后面的基因表達(dá)功能產(chǎn)生極性效應(yīng)現(xiàn)在是53頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四a)Tn/TnAfamily

l具有IR、轉(zhuǎn)座酶基因、調(diào)節(jié)基因（解離酶）、抗抗生素基因

l

Tn1(AmpR)Tn2(AmpR)Tn3(AmpR)Tn4(AmpRStrR)Tn5(KanR)Tn6(kanR)Tn7(StrRTmpR)Tn9(CamR)Tn10(TetR)

2.5kb20kb

Tn3IRTnpAResTnpRAmpRIR38bp38bp轉(zhuǎn)座酶

regulatorβ-內(nèi)酰胺酶

2、復(fù)合轉(zhuǎn)座子?兩種類(lèi)型現(xiàn)在是54頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四b）兩端重復(fù)序列為IS的復(fù)合轉(zhuǎn)座子

e.g.

IS插入到功能基因兩端，可能形成復(fù)合轉(zhuǎn)座因子ISISISISLISR臂中心區(qū)臂transposition現(xiàn)在是55頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四?當(dāng)兩個(gè)IS組件相同時(shí)，其中任一個(gè)都可行使轉(zhuǎn)座功能?不同時(shí)，主要依靠一個(gè)?兩側(cè)的IS既可以是IR，又可以是DR狀態(tài)（IR多）現(xiàn)在是56頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四3轉(zhuǎn)座噬菌體Muphage

（巨型轉(zhuǎn)座子）

C

repressorforA,BB33kd與轉(zhuǎn)座有關(guān)A70kd轉(zhuǎn)座酶U,S毒性蛋白attL,attR與寄主同源，反向重復(fù)，轉(zhuǎn)座必需GinG區(qū)倒位酶attLCABSUattR150bp1.5kb

G倒位區(qū)38kbPgin?以E.coli為寄主的溫和型噬菌體（溶源、裂解）現(xiàn)在是57頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四?Mu的插入途徑a）侵入的Mu在溶源化過(guò)程中任意插入寄主DNA（兩側(cè)各5bp的靶位點(diǎn)序列重復(fù)）b）進(jìn)入裂解生長(zhǎng)后，復(fù)制產(chǎn)生后代MuDNA幾乎全部插入寄主DNA中，并可繼續(xù)轉(zhuǎn)座（形成寄主DNA和Mu的共合體），噬菌體成熟時(shí)，切段共合體包裝現(xiàn)在是58頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四三、轉(zhuǎn)座子的轉(zhuǎn)作機(jī)制及模式?三種類(lèi)型：復(fù)制型、非復(fù)制型和保守型1、復(fù)制型轉(zhuǎn)座模式?實(shí)質(zhì)：轉(zhuǎn)座子元件被復(fù)制并被移動(dòng)到受體位點(diǎn)，最終轉(zhuǎn)座過(guò)程擴(kuò)增了轉(zhuǎn)座子的拷貝（供、受點(diǎn)）?需兩種酶：轉(zhuǎn)作酶（作用于原拷貝兩末端）解離酶（作用于復(fù)制后的拷貝）?模式：現(xiàn)在是59頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四?兩大步a)共合體形成切口－連接－復(fù)制現(xiàn)在是60頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四b)拆分靶位點(diǎn)的DR形成現(xiàn)在是61頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四現(xiàn)在是62頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四2、非復(fù)制型轉(zhuǎn)座模式?供體上最終產(chǎn)生雙鏈斷裂?供體位點(diǎn)如不能被修復(fù)則有致死效應(yīng)現(xiàn)在是63頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四3、保守型轉(zhuǎn)座模式?另一種非復(fù)制型?與λ整合機(jī)制相似其轉(zhuǎn)座酶與λ整合酶家族有關(guān)現(xiàn)在是64頁(yè)\一共有73頁(yè)\編輯于星期四4、TnA轉(zhuǎn)座模式?復(fù)制型轉(zhuǎn)座轉(zhuǎn)座酶(tnpA)、解離酶(tnpR)?解離酶需要特異的內(nèi)部位點(diǎn)雙重功能：解離功能