NGS用于指導(dǎo)晚期惡性腫瘤治療2016年2016年-6-19

基因檢測(cè)一覽第一頁(yè)，共56頁(yè)。PresentedByClaudineIsaacsat2016ASCOAnnualMeeting遺傳性腫瘤重疊表型同病異治異病同治第二頁(yè)，共56頁(yè)。Sequencingis…PresentedByDavidHayesat2016ASCOAnnualMeeting測(cè)序的優(yōu)勢(shì)價(jià)格更低廉品質(zhì)更高適用范圍更廣

—機(jī)器

—試劑盒

—軟件組織靈活性更高

—石蠟標(biāo)本

—無(wú)需細(xì)胞

—甚至RNA！第三頁(yè)，共56頁(yè)。近8年，ASCO年會(huì)上與NGS相關(guān)的摘要數(shù)目投稿第四頁(yè)，共56頁(yè)。內(nèi)容：NGS指導(dǎo)下的腫瘤免疫治療cfDNA檢測(cè)與腫瘤治療NGS在多種實(shí)體腫瘤治療中的應(yīng)用第五頁(yè)，共56頁(yè)。Cancerisadiseaseof…PresentedByDavidHayesat2016ASCOAnnualMeeting癌癥是一種……的疾病?DNA胚系

—家族性腫瘤綜合征

—藥物基因組學(xué)體系

—單核苷酸變異（突變）

—短序列插入/缺失

—長(zhǎng)序列缺失/擴(kuò)增

—結(jié)構(gòu)的變異（易位）免疫系統(tǒng)B細(xì)胞受體—克隆和多樣性（DNA或RNA）T細(xì)胞受體—克隆和多樣性（DNA或RNA）

突變負(fù)荷（RNA或DNA）腫瘤亞克隆RNA特征第六頁(yè)，共56頁(yè)。PresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting以雜交捕獲法為基礎(chǔ)的二代基因測(cè)序法可作為預(yù)測(cè)抗PD-1/PD-L1治療黑色素瘤療效的標(biāo)記物第七頁(yè)，共56頁(yè)。IntroductionPresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting簡(jiǎn)介在進(jìn)展期黑色素瘤患者中，抗PD-1治療有30-45%的有效率；反應(yīng)可能持續(xù)存在；較難辨別有效人群；因此需要有效預(yù)測(cè)標(biāo)記物。第八頁(yè)，共56頁(yè)。Candidatebiomarkersforanti-PD-1/PD-L1PresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting抗PD-1/PD-L1的候選標(biāo)記物克隆性增殖，突變或新的抗原第九頁(yè)，共56頁(yè)。第十頁(yè)，共56頁(yè)。AimsPresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting目標(biāo)：假設(shè)：小片段基因能精確地代替基因突變負(fù)荷以雜交捕獲法為基礎(chǔ)的二代基因測(cè)序法檢測(cè)236-315個(gè)基因編碼區(qū)序列

—突變負(fù)荷和特殊突變與臨床結(jié)果的相關(guān)性

—與全外顯子測(cè)序所得突變負(fù)荷相比較T細(xì)胞受體測(cè)序與結(jié)果的相關(guān)性第十一頁(yè)，共56頁(yè)。MethodsPresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting方法：第十二頁(yè)，共56頁(yè)。MutationloadandresponsePresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting突變負(fù)荷和反應(yīng)第十三頁(yè)，共56頁(yè)。MutationloadandresponsePresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting突變負(fù)荷和反應(yīng)第十四頁(yè)，共56頁(yè)。MutationloadandresponsePresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting突變負(fù)荷和反應(yīng)第十五頁(yè)，共56頁(yè)。MutationloadandsurvivalPresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting突變負(fù)荷和生存率第十六頁(yè)，共56頁(yè)。SpecificmutationsPresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting特定突變第十七頁(yè)，共56頁(yè)。SpecificmutationsPresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting特定突變第十八頁(yè)，共56頁(yè)。MutationloadcomparisonsPresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting突變負(fù)荷比較第十九頁(yè)，共56頁(yè)。MutationloadandsurvivalinunselectedpatientsPresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting在未選擇患者中的突變負(fù)荷及生存率在未選擇患者中突變負(fù)荷與生存率無(wú)關(guān)第二十頁(yè)，共56頁(yè)。TCRclonalityPresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeetingTCR克隆第二十一頁(yè)，共56頁(yè)。PotentialimplicationsPresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting潛在臨床價(jià)值及意義第二十二頁(yè)，共56頁(yè)。ConclusionsPresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting結(jié)論二代雜交捕獲法為基礎(chǔ)的NGS檢測(cè)突變負(fù)荷與抗PD-1/PD-L1療效相關(guān)236-315個(gè)基因突變負(fù)荷的檢測(cè)結(jié)果與全外顯子測(cè)序結(jié)果一致通過(guò)此法檢測(cè)突變負(fù)荷可能有助于臨床的治療決策和預(yù)測(cè)療效。第二十三頁(yè)，共56頁(yè)。內(nèi)容：NGS指導(dǎo)下的腫瘤免疫治療cfDNA檢測(cè)與腫瘤治療NGS在多種實(shí)體腫瘤治療中的應(yīng)用第二十四頁(yè)，共56頁(yè)。ctDNAPPVvs.tissuebiopsy(NSCLC,CRC,Breast,Others)PresentedByDavidHayesat2016ASCOAnnualMeeting背景：第二十五頁(yè)，共56頁(yè)。SerialNextGenerationSequencing(NGS)ofcellfreeDNA(cfDNA)revealsclonalevolutionofAKT1E17Kmutanttumors:analysesfrompatientsenrolledonaphaseIbasketstudyofanAKTinhibitor(AZD5363)PresentedByLillianSmythat2016ASCOAnnualMeeting血漿游離DNA（cfDNA)的NGS揭示AKT1

E17K突變腫瘤的克隆演變：一項(xiàng)AKT抑制劑（AZD5363）I期籃子研究的患者分析第二十六頁(yè)，共56頁(yè)。Background–TargetableDriverOncogenesPresentedByLillianSmythat2016ASCOAnnualMeeting背景靶向驅(qū)動(dòng)致癌基因大量的腫瘤基因型分析已顯著提高了腫瘤驅(qū)動(dòng)基因的認(rèn)識(shí)，其中一部分已成為靶向基因其中一個(gè)驅(qū)動(dòng)基因，AKT1

E17K突變

—反復(fù)的（~2%），人類癌癥的致癌事件

—一項(xiàng)研究治療意義的I期籃子研究正在進(jìn)行中，其中一種pan-AKT抑制劑（AZD5363）的靶向治療具有較好的前景

—當(dāng)然，目前還不清楚是否同時(shí)存在其他突變，導(dǎo)致腫瘤細(xì)胞對(duì)AKT1

E17K依賴的改變。第二十七頁(yè)，共56頁(yè)。Background-LiquidbiopsiesPresentedByLillianSmythat2016ASCOAnnualMeeting背景液體活檢對(duì)腫瘤發(fā)展及耐藥產(chǎn)生的理解很大程度上依賴于取得新鮮腫瘤組織而單個(gè)病灶的活檢存在很多挑戰(zhàn)（異質(zhì)性，局限的可行性，侵襲性以及價(jià)格昂貴）都可能被液體活檢克服[腫瘤來(lái)源的血漿游離DNA]第二十八頁(yè)，共56頁(yè)。Background-LiquidbiopsiesPresentedByLillianSmythat2016ASCOAnnualMeeting檢測(cè)腫瘤基因組的改變發(fā)現(xiàn)疾病基因組的復(fù)雜性（異質(zhì)性）監(jiān)測(cè)治療中的腫瘤動(dòng)力學(xué)追蹤現(xiàn)實(shí)中耐藥機(jī)制的演變（監(jiān)測(cè)分子性疾病）背景液體活檢第二十九頁(yè)，共56頁(yè)。ObjectivesPresentedByLillianSmythat2016ASCOAnnualMeeting目標(biāo)在基因富集（含有AKT1

E17K突變）的人群中，正在接受靶向治療，嘗試運(yùn)用cfDNA以：1.發(fā)現(xiàn)及追蹤AKT1

E17K突變2.描述具有AKT1

E17K突變的腫瘤中同時(shí)發(fā)生的突變3.監(jiān)測(cè)分子耐藥機(jī)制的演變，通過(guò)

—平行追蹤所有腫瘤突變

—辨別新近獲得的突變的出現(xiàn)第三十頁(yè)，共56頁(yè)。StudydesignPresentedByLillianSmythat2016ASCOAnnualMeeting研究設(shè)計(jì)前瞻性，單中心，相關(guān)性研究合適的患者

—AKT1

E17K突變陽(yáng)性的實(shí)體腫瘤

—入組參加AZD5363的1期多中心籃子研究，一種口服的催化性pan-AKT抑制劑，作用于AKT1突變的進(jìn)展期實(shí)體腫瘤（NCT01226316）

-已知具有RAS/RAF突變的腫瘤患者被排除

-根據(jù)RECISTv1.1標(biāo)準(zhǔn)定義，具有可測(cè)量病灶第三十一頁(yè)，共56頁(yè)。StudySchemaPresentedByLillianSmythat2016ASCOAnnualMeeting研究綱要第三十二頁(yè)，共56頁(yè)。SampleCollectionPresentedByLillianSmythat2016ASCOAnnualMeeting血樣本收集第三十三頁(yè)，共56頁(yè)。PatientdemographicsPresentedByLillianSmythat2016ASCOAnnualMeeting患者統(tǒng)計(jì)學(xué)資料第三十四頁(yè)，共56頁(yè)。<br/>AKT1E17KdetectedandmonitoredincfDNAbyddPCRPresentedByLillianSmythat2016ASCOAnnualMeeting在22/25個(gè)（88%）患者中，

ddPCR檢測(cè)到AKT1在D21，AKT1的減少預(yù)示PFS的升高以ddPCR檢測(cè)及監(jiān)控cfDNA中的AKT1

E17KAKT1追蹤腫瘤反應(yīng)持續(xù)的（≥21天）AKT1清除與持續(xù)的RECIST反應(yīng)相關(guān)（P=0.025）第三十五頁(yè)，共56頁(yè)。AKT1mutantallelefraction(MAF)incfDNAhighlyconcordantbetweenddPCRandNGSPresentedByLillianSmythat2016ASCOAnnualMeetingcfDNA的AKT1突變等位基因分?jǐn)?shù)（MAF）在ddPCR和NGS中高度一致第三十六頁(yè)，共56頁(yè)。NGSofPre-treatmentcfDNA(n=25)capturedtumorheterogeneityPresentedByLillianSmythat2016ASCOAnnualMeeting治療前cfDNA（n=25）的NGS發(fā)現(xiàn)腫瘤異質(zhì)性在8個(gè)（38%）病人中檢測(cè)到17種額外的改變（共21個(gè)病人具有可比較的治療前腫瘤）發(fā)現(xiàn)3個(gè)（12%）病人中同時(shí)出現(xiàn)了相關(guān)的突變（ARAF，RAF1，KRAS），但是所有都對(duì)藥物治療沒(méi)有反應(yīng)第三十七頁(yè)，共56頁(yè)。Slide13PresentedByLillianSmythat2016ASCOAnnualMeeting治療前最常見(jiàn)的突變基因第三十八頁(yè)，共56頁(yè)。Pre-treatmentcfDNAcapturedtumorheterogeneityPresentedByLillianSmythat2016ASCOAnnualMeeting治療前的cfDNA發(fā)現(xiàn)腫瘤異質(zhì)性第三十九頁(yè)，共56頁(yè)。ConclusionsPresentedByLillianSmythat2016ASCOAnnualMeeting結(jié)論在這項(xiàng)探索性研究中，對(duì)通過(guò)基因panel捕獲的cfDNA進(jìn)行二代測(cè)序是可行的，并且與ddPCR得到的結(jié)果高度一致發(fā)現(xiàn)疾病異質(zhì)性能夠監(jiān)測(cè)腫瘤克隆動(dòng)力學(xué)/發(fā)現(xiàn)克隆演變/突出反應(yīng)的不同模式辨別在治療過(guò)程中獲得的或富集的潛在相關(guān)的基因組改變?yōu)榍捌诜肿影邢蛩幬锏难邪l(fā)提供了一種有效方法。

第四十頁(yè)，共56頁(yè)。內(nèi)容：NGS指導(dǎo)下的腫瘤免疫治療cfDNA檢測(cè)與腫瘤治療NGS在多種實(shí)體腫瘤治療中的應(yīng)用第四十一頁(yè)，共56頁(yè)。二代基因測(cè)序在未治療、轉(zhuǎn)移性EGFR突變肺癌中發(fā)現(xiàn)并發(fā)的基因改變第四十二頁(yè)，共56頁(yè)。第四十三頁(yè)，共56頁(yè)。[TITLE]二代基因測(cè)序膽管腫瘤揭示腫瘤體系變異和化療耐藥