Linux-機(jī)群及工作站使用-20130328

Linux常用操作指令、工作站與集群使用及LAMMPS軟件安裝簡介趙梓源2012-12-7一、賬戶管理Root：新建用戶：useradd

rendantong(新建名為rendantong的用戶)創(chuàng)建密碼：passwd

rendantong(為名為rendantong的用戶創(chuàng)建或修改密碼)刪除用戶：userdel-rrendantong(刪除名為rendantong的用戶和相關(guān)文件)User：修改密碼：passwd

切換用戶：suusername登陸(user):按鈕退出(user):exit關(guān)機(jī)(root):shutdown–hnow shutdown–h20:25 shutdown+10(mins)

poweroff–f重啟(root):shutdown–rnow shutdown–r+30‘thesystemwillrebootin30minites’ (系統(tǒng)立刻彈出提示語并于30分鐘后重啟) reboot二、系統(tǒng)常用開關(guān)機(jī)、登陸與退出方法三、Linux文件系統(tǒng)簡介四、路徑的查看、切換、新建與刪除絕對路徑：從根目錄（/）開始的路徑。相對路徑：相對于當(dāng)前路徑的路徑。一般由./或者../開始。注：./表示當(dāng)前目錄，../表示上一層目錄，~/表示用戶家目錄。查看當(dāng)前絕對路徑：pwd新建路徑（新建文件夾）：mkdir[-p]dirname刪除路徑（刪除文件夾）：rm–rdirname切換路徑：cd

dirname注：dirname可以是絕對路徑或者相對路徑五、復(fù)制，移動，重命名，刪除文件與文件夾復(fù)制文件：cpdirname1/file1dirname2/效果:file2被復(fù)制到dirname2里面復(fù)制文件夾：cp–rdirname1/dirname2/效果:dirname1被復(fù)制到dirname2里面移動文件：mvdirname1/file1dirname2/移動文件夾：mvdirname1/dirname2dirname3/效果：dirname2被移動到dirname3中重命名：mvdirname1/file1dirname1/file2

復(fù)制為另一個名稱的文件：cpdirname1/file1dirname2/file2

移動并重命名：mvdirname1/file1dirname2/file2刪除文件或文件夾：rmfilename六、文件類型和權(quán)限查看文件類型和權(quán)限：ll修改文件權(quán)限：chmod644filename

chmodu=rwx,go=rxfilename

chmod

a+wfilename修改文件所屬組用戶和組：chown[-R]username:groupnamefilenamer=4w=2x=1七、查看文件內(nèi)容catfilename（catfilename|less）合并文件 catfile1>>file2 catfile1file2>file3head[-n]filename看文件的前n行tail[-n]filename看文件的后n行

e.g.tail-10text1看文件的后10行morefilenamespace向下翻頁

enter向下翻行

/string尋找字符串

q退出

b向上翻頁lessfilename space向下翻頁 pageup

向上翻頁

pagedown

向下翻頁

/string向下查找字符串 ?string向上查找字符串

n順向查找下一字符串 N逆向查找下一字符串

q退出八、編輯文件Vi/vim打開文件：vifilename vimfilenameVi有三種模式：一般模式，編輯模式，命令行模式。打開文件后，處于一般模式，一般按i進(jìn)入編輯模式（左下角出現(xiàn)INSERT字符），編輯后按esc退至一般模式，再用命令模式中的:q!或者:wq退出。退出： :q!不保存退出

:wq保存退出Vim常用快捷鍵(一般模式)：光標(biāo)移動 ctrl+f

向下翻頁 ctrl+b

向上翻頁

gg

光標(biāo)移動到第一行 G光標(biāo)移動到最后一行

nG

光標(biāo)移動到第n行查找 /word查找某個詞 n向下查找 N向上查找復(fù)制粘貼、刪除

x刪除光標(biāo)所在字符 nx

向后連續(xù)刪除n個字符

dd

刪除光標(biāo)所在整行 ndd

刪除n行

d1G刪除光標(biāo)所在行到第一行所有數(shù)據(jù) dG

刪除到最后一行

d$刪除光標(biāo)所在處到該行最后一個字符 d0刪除光標(biāo)所在處到行首

yy

復(fù)制光標(biāo)所在一行 nyy

向下復(fù)制n行

y1G復(fù)制光標(biāo)所在行到第一行所有數(shù)據(jù) yG

復(fù)制到最后一行

p粘貼于光標(biāo)下一行 P粘貼與光標(biāo)上一行恢復(fù)操作 u重復(fù)操作 ctrl+rVim多文件編輯

vimfile1file2(同時打開兩個文件)

查看vim正在編輯的文件，命令行:files

切換到下一個文件 命令行:n

切換到上一個文件 命令行:N可實現(xiàn)跨文件的復(fù)制粘貼Vim多窗口模式命令行輸入:spfilename(若不寫filename則打開當(dāng)前文件)向上切換ctrl+w+上箭頭向下切換ctrl+w+下箭頭Ctrl+雙擊w切換到另一個文件九、C/C++程序編譯與運(yùn)行

gcc/g++編譯器編譯C/C++程序

gcc

file.c

生成默認(rèn)名為a.out的可執(zhí)行文件

gcc

file.c–lm

gcc

file.c–lm–o可執(zhí)行文件名(生成指定名稱的可執(zhí)行文件)

同理g++對應(yīng)file.cpp./a.out或./可執(zhí)行文件名運(yùn)行程序十、查找文件，查找關(guān)鍵詞find[path]–namefilename e.g.find/home/rendantong-namea

（查找所有在/home下的名為a的文件）grep‘string’filename(在文件中查找某字符串，并把所在行屏幕輸出)grep–v‘string’filename(在文件中查找某字符串，把不包含該字符串的行輸出)十一、壓縮，解壓縮

tar：tar[-cxjzvf]tarfilenamefiles/dirname -c創(chuàng)建一個新的tar文件

-v顯示運(yùn)行過程信息

-f指定文件名

-z:調(diào)用gzip壓縮文件

-j:調(diào)用bzip2壓縮文件

-x:解壓縮

e.g.tar–cjvflammps.tar.bz2lammps/ tar–xjvflammps.tar.bz2 tar–czvf

lammps.tar.gz

lammps/ tar–xzvf

lammps.tar.gz

其他常見壓縮與解壓縮命令十二、硬盤使用和剩余空間查看

df–h查看已用空間和剩余空間

du–hs

dirname

查看某個目錄大小

(-h以KB,MB,GB單位顯示) (-s但不顯示子目錄大小) (-S計算不包含子目錄)十三、Windows字符界面遠(yuǎn)程登陸Linux——PUTTY：注：Linux遠(yuǎn)程登錄Linux ssh

username@ip十四、圖形化界面遠(yuǎn)程登錄Linux———VNC第一步：申請vnc桌面號：在字符界面輸入vncserver首次申請需要按照提示輸入用vnc登錄密碼（和要登錄的賬戶密碼不一定相同）得到窗口號為2，如下圖。第二步：打開vnc客戶端軟件，輸入ip:桌面號打開后界面如圖，需要修改vnc配置文件第三步：在putty中vim~/.vnc/xstartup按照下圖所示修改并保存退出。第四步：殺掉當(dāng)前vnc。在putty中vncserver–kill:桌面號第五步：重新開啟vnc，如步驟一。十五、Windows-Linux文件傳輸工具———Winscp注：Linux之間文件傳輸 scp

scp

username@ip:dirname/filenamelocal_dirname

下載

scp

local_dirname/filenameusername@ip:dirname

上傳十六、作業(yè)提交—工作站第一步：準(zhǔn)備提交作業(yè)所需文件，lmp_g++,in.file

以及in.file

中所需調(diào)用的文件和文件夾。第二步：前臺提交指令：mpiexec–np8./lmp_g++<in.file

（前臺提交，按ctrl+c隨時中斷程序）后臺提交指令：mpiexec–np8./lmp_g++<in.file&（前臺提交，滾屏?xí)r輸入exit，退出登錄，程序繼續(xù)運(yùn)行。按ctrl+c不能中斷程序）第三步：查看或終止程序：top（查看系統(tǒng)進(jìn)程）(q或者ctrl+c退出top)topkPID十七、作業(yè)提交—h3集群第一步：準(zhǔn)備提交作業(yè)所需文件，pbs.lammps

in.file

以及in.file

中所需調(diào)用的文件和文件夾。第二步：修改pbs.lammps腳本。注：in.file之后同行若寫>&log.lammps則運(yùn)算數(shù)據(jù)會實時添加到log.lammps文件末，可隨時查看。若不寫則可用qpeek指令查看實時數(shù)據(jù)。第三步：作業(yè)提交：qsub

pbs.lammps

查看作業(yè)狀態(tài)：qstat

（運(yùn)行R，排隊Q，終止E）查看排隊情況：showq

查看當(dāng)前資源使用情況： pestat(pestat|less) 如圖1 (查看可利用資源) pestat|grepfree 如圖2

查看可利用節(jié)點數(shù) pestat|grepfree|wc–l 如圖3

查看某用戶所有作業(yè) pestat|grepusername 如圖4圖1圖2圖3圖4查看實時數(shù)據(jù)：qpeek–f作業(yè)號(ctrl+c退出查看)殺掉作業(yè)：qdel

作業(yè)號步驟一：下載軟件包：FFTW傅里葉變換庫MPI并行計算接口LAMMPS分子動力學(xué)軟件十八、LAMMPS軟件安裝步驟2：安裝FFTW#解壓#進(jìn)入解壓后的文件夾#檢測以來環(huán)境并制定安裝路徑#編譯#安裝步驟3：安裝openmpi#解壓進(jìn)入解壓后的文件夾#檢測以來環(huán)境并制定安裝路徑#編譯#安裝#編輯相關(guān)文件修改環(huán)境變量#在文件底部寫入上面兩句話，意在加入openmpi的可執(zhí)行文件路徑和動態(tài)庫路徑#執(zhí)行腳本使環(huán)境變量生效步驟4：安裝LAMMPS#解壓#進(jìn)入解壓后的文件夾#繼續(xù)進(jìn)入文件夾#修改相應(yīng)Makefile文件#添加fftw和openmpi安裝路徑的include和lib路徑#編譯#安裝

十九、atomeye的使用1)下載atomeye軟件http:///Archive/Graphics/A/2)上傳至所需目錄3)重命名 mvA.i686atomeye修改文件權(quán)限 chmod755atomeye./atomeye

xxx.cfgThankyouh3集群簡介及用戶基本操作趙梓源2013-3-28H3高性能計算集群一個I/O節(jié)點；一個登陸管理節(jié)點（node56）；55個計算節(jié)點(node1-node55，每個節(jié)點12個核心)；一個胖節(jié)點smp（24核）。H3硬件資源需要作業(yè)調(diào)度系統(tǒng)第一步：準(zhǔn)備提交作業(yè)所需文件，pbs.script

in.file

以及in.file

中所需調(diào)用的文件和文件夾。第二步：修