NTSYS軟件使用詳細說明資料講解

NTSYS軟件使用詳細

說明Ntsys2.1軟件使用詳細說明一.數(shù)據(jù)處理方法：excel5/95格式數(shù)據(jù)1）首先得到0/1數(shù)據(jù)，輸入excel中，格式如圖所示：其中1表示數(shù)據(jù)格式為rectangulardatamatrix，12表示數(shù)據(jù)共12行（本例中表示12個個體），30表示數(shù)據(jù)共30列（本例中表示30個位點），0表示無aflp01.xls。3）采用NTedit數(shù)據(jù)編輯器打開所保存的文件file>openfileinagrid，在文件類型中選擇excel格式，找到要分析的文件并打開，查看是否有錯誤，或需要修改的地方，沒有問題后，保存為.nts格式。:txt格式數(shù)據(jù)1）另一種數(shù)據(jù)處理方法，首先在excel中得到數(shù)據(jù)，如下圖（注意：第一行與第一種方法不同，1表示數(shù)據(jù)格式為rectangulardatamatrix；12B表示共12行（本例中表示12個個體，行標簽位于數(shù)據(jù)主體的開始，B表示Beginningofeachrow），30L表示共30列（本例中表示30個位點，L:label表示列標簽），0表示無缺失）

或者如下圖格式（其中第一行為112L30L0,解釋略；第二行為每行的行標簽；第三行為每列的列標簽；第四行起為數(shù)據(jù)主體。）：2） 格式及數(shù)據(jù)都處理好之后，點文件另存為，保存為文本文件.txt格式。3） 得到txt格式文件后，即可直接用ntsys進行分析（只要格式正確，ntsys可以對txt文件進行分析，而不用再轉(zhuǎn)換或保存成.nts格式）。:直接采用NTedit進行數(shù)據(jù)的輸入和保存1）對于數(shù)據(jù)量不大的數(shù)據(jù)，可以直接采用NTedit進行數(shù)據(jù)的輸入，如圖所示：2）數(shù)據(jù)輸入好后，點擊file>savefile將數(shù)據(jù)保存.nts格式。二計算遺傳距離矩陣或相似性矩陣（distancematrixorsimilaritymatrix）對于0/1數(shù)據(jù)和定性數(shù)據(jù)：打開ntsys軟件，在similarity模塊中選擇simqual,inputfile中輸入要分析的文件名稱，如aflp01.nts,計算方法中矩陣系數(shù)coefficient選擇dice，outputfile命名輸出文件名稱如aflp01-dice。之后點compute，得到相似性矩陣。注：1.本例中由于個體是按行排列的，所以要在Byrows?進行勾選（□表選中）。如果個體是按列進行排列的，則不勾選。系數(shù)可根據(jù)要求選擇不同的系數(shù)，如DICE，J，SM，PHI等。DICE，J只能得到相似性矩陣，可以采用1-dice系數(shù)，或者1-J系數(shù)得到距離矩陣。simqual只針對定性數(shù)據(jù)或二元數(shù)據(jù)（0/1），對于其它數(shù)據(jù)如DNA數(shù)據(jù)則采用simgend進行遺傳距離計算，對于定量數(shù)據(jù)或間隔數(shù)據(jù)則采用simint計算距離矩陣。三.聚^分析（clustering）3.1SAHN進行upgma聚類分析1）在得到相似性矩陣或距離矩陣文件之后，采用clustering模塊中的SAHN，inputfile選擇相似性矩陣文件，如aflp01-dice.nts，outputfile命名輸出文件的名稱，如aflp01-dice-upgma.nts，聚類方法中選擇upgma，incaseofties選擇find或者warn，點擊compute得到結(jié)果，在程序左下角可以看到三圖標，點擊即可得到聚類結(jié)果。2)點擊即可得到聚類結(jié)果。2)Upgma聚類結(jié)果如圖所示，在該圖中可點擊options菜單對聚類圖的文ComputeJLLlDsePmm帽歡新A博頗抑杖lupiiriirftetlewput€(wh.llle^tlbodUtlramelrlcDlsCai^ienc4GYduc$ComputeJLLlDsePmm帽歡新A博頗抑杖lupiiriirftetlewput€(wh.llle^tlbodUtlramelrlcDlsCai^ienc4GYduc$Closeoutput&lran￡tClustering?HelpOuhwt&g傾.Cli^lenngGraphics?HelpDlpopulabonQenetcsan^iDlpopulabonQenetcsan^iIff字格式和線條樣式等進行修改，以得到滿意的圖片。Cophenetic相關(guān)性檢驗Upgma聚類分析之后，為了檢驗聚類結(jié)果的好壞，一般要進行copheneticcorrelation分析，操作如下：在clustering模塊中選擇Coph，如下圖，inputtree中輸入聚類分析得到的結(jié)果文件，如aflp01-dice-upgma.nts，在輸出文件中命名aflp01-coph.nts，點擊compute，得到cophenetic值文件。計算完成后在graphics模塊中選擇MxComp，在inputfile1(x)中選擇相似性矩陣文件，如aflp01-dice.nts，在inputfile2(y)中選擇coph計算得到的文件，如aflp01-coph.nts,numberofpermutation可選擇1000次，或不選。點擊computeoirsTSpc：—LCusfiE.il*SigMrFiliOpticasIfAlpE.il*SigMr計算結(jié)束后得到分析結(jié)果，會出現(xiàn)矩陣比較圖matrixcomparison和correlationtest結(jié)果，如下面的兩個圖所示（相關(guān)性系數(shù)為r=0.842,說明聚類結(jié)果較好）。S-wapHaowlWifft-■■S-wapHaowlWifft-■■method4）upgma聚類分析batch4）upgma聚類分析batch崗就頂*- n,6i501WSm- 0,.5431：站iS5.￥■ 0.SSy- 0.763STairlui'fax1■axa-ziBt.ion:Mht.ELx：-CiSEE■!fe-faiDI3： :U= 0_H424i$(=TuscnklisadKun-tilxfcjitiaticu]盎PIPE5dma.0e>胃白蟬上爵Lt-tffifftit-■6.3Z30Btoli.riiEejIaaS反ohff.31p-L.DODCOutC'tlOQE?Ji￡JaM.peoautatdoniBi1DDW4Ee<Zrnwsris■3^,割四0>Saba?E：'i'&decfipArisoEiLanat:Ln旦EWinrhasa±ouEitsi.3rha]orui^'Lii1pE-sImliilibyx3:p[r■ndanZ>=-sIixbrvwdS|= 0-0,19SEndinqdHkaiStirun:2Q12~i=i-51.7:4i$:3￡上述的分析步驟可以采用batch進行批處理分析，命令如下（將下面的命令保存到文本文件，再保存成*.ntb格式）："Computeadistancematrix*simqualo=aflp01.ntsr=dice.ntsc=diced=row"Doaclusteranalysisofthedistancematrix*sahno=dice.ntsr=tree.ntscm=upgma"Displayphenogram*treeo=tree.nts"Computecopheneticvalues*copho=tree.ntsr=coph.nts"Computethecopheneticcorrelation*mxcompx=coph.ntsy=dice.nts3.2NJ聚類分析-Njoin1）得到距離矩陣：Simqual只能得到各種相似性矩陣，如DICE或J相似性矩陣，但進行NJ聚類分析是，需要距離矩陣數(shù)據(jù)，可以采用1-相似性矩陣的方法得到距離矩陣（采用excel進行，但比較麻煩，還沒有找到快捷的方法。transf命令中好像沒有1-矩陣的操作，只有矩陣-1的操作，好像也沒有負值變成正值的操作）。當然也可以采樣其它的命令如simgend或simint得到DIST、歐

式或其它距離矩陣之后進行NJ分析；或者采用其它的分析軟件如Genalex軟件得到距離矩陣用于ntsys分析。2）打開ntsys的clustering模塊，選擇Njoin命令，inputfile中輸入距離矩陣文件，命名保存的tree和graph文件，incaseofties中選擇find，maximumno.tiedtrees中的數(shù)字不能小于OTUs的個數(shù)。點擊compute，即得到nj聚類樹。comoutePai帛帥刖。聆;iiwt伽伽眄RIGHTEDD.DOODOOODRci^iiiiui毗llimdMIDPOIMTOiHumii，O1FUDcomoutePai帛帥刖。聆;iiwt伽伽眄RIGHTEDD.DOODOOODRci^iiiiui毗llimdMIDPOIMTOiHumii，O1FUDG由DrdinaliDnOutputS：1ransTClustering四.PCoA分析或PCA分析lieQol@idiK；e4.1PCoA分析1）在得到相似性或距離矩陣之后，在output&transf模塊中選擇Dcenter命令，input和output中分別輸入要分析的數(shù)據(jù)和結(jié)果文件的名稱。點擊compute進行分析，將數(shù)據(jù)進行Dcenter轉(zhuǎn)換。之后在ordination模塊中選擇eigen，選擇要分析的文件，如dcent.nts，numerofdimensions中選擇3或者2（分別得到三維或二維圖形，），命名eigenvactor和eigenvalue文件名稱，點擊compute，得到分析結(jié)果。分析完成后界面上會出現(xiàn)圖標，點擊進去可查看二維和三維圖形，并可進行修改保存等操作。

2）在得到eigenvactor文件后，可采用graphics模塊下的mod3d命令，顯示pcoa分析圖，inputfile中選擇保存的eigenvactor文件，plotbyrows不選，進行分析，如下圖所示。3）進行mod3d分析時可以在plotsymbolinputfile中可輸入樣本分組文件，如下圖所示（其中1120L0表示數(shù)據(jù)類型為1；共1行，20列數(shù)據(jù)；0表無缺失，數(shù)據(jù)主體為1111111222222等，表示哪個個體定義的分組為1，那個為分組2等等）。1120L0BHJSD3HEiJSLSHBJSL4HEiLCDSHE：LCD7HE：LCL2HEiWTL?HNDFDLHNDFD2HNDFD4HNDP36HNDF07HNDP3BHNDF121111LLI222222在定義分組進行分析后，得到的二維或三維plot圖中，可以在plotoption中對各個分組顯示采用的圖標以及字體大小等參數(shù)進行修改，如圖所示。當然plotsymbolinputfile也可以不輸入，即全部個體為同一分組。

注：上述分析采用的是0/1或者定性數(shù)據(jù)，在采用數(shù)量或連續(xù)數(shù)據(jù)進行分析時，要先采用output&transf模塊中的stand命令對數(shù)據(jù)進行標準化處理，然后在采用simint命令分析得到相似或不相似矩陣，然后采樣Dcenter命令對數(shù)據(jù)進行中心化處理，之后在采用eigen命令進行分析。Outpulfiiransf.(^iListenTig.phominatonSimilarlynCompute器Cancel魚Close?-二n*CompuieWcane"Outpulfiiransf.(^iListenTig.phominatonSimilarlynCompute器Cancel魚Close?-二n*CompuieWcane"j*Lm?-?H?一UPdiiinieters;Aiyiiuwrits:ruputiff#Arguments:I叩utfiletiieniciienfOiitpiiflikSulilniiclopli<iiiOMU。1}陽倒li頃血lit□1ST4)4)PCoA分析batch命令■'isju.antvmatrix叫加:】叩”出*siiiqiial{Fdatuntsi^dice.nts■'Double-<entcrthedistancenatiK*dwi加'Afewi-dcenfnt?■'eigeuvcclDiscorrespondtopmjcctiousofobjects+eigeii(F<fceLintslf3i-projnts-"Display-NotethatdirectionisW-如傭d叮mj出d=《MlrSUndardi摩dataifindiffie代nfuniB*staiido^clata:rs[=sthhntsirCmip’.r亡distaikcsamongobjects喻go=sd3tantsi-dist.iih?1 DoLible-cenlerIhedistmicemaIrix-?dcenterc^disf.ntsrdeent.ntso"eigeii\tclcjscoiTeipoiail:；iprueclj；!nss*cigcno=dccii.Liispfjnts1Displfly-NotethatdirEdiouishcclh'niodid(fjji'Oj.cJs^-col五.相關(guān)性分析(manteltest)分析結(jié)果如下圖所示:分析結(jié)果如下圖所示:1）Manteltest可對兩個矩陣的相關(guān)關(guān)系進行檢驗，這是由于對于某一特點的研究對象，可能有不同角度的特征描述，如根據(jù)表型數(shù)據(jù)得到表型距離矩陣，根據(jù)分子數(shù)據(jù)得到遺傳距離矩陣，或者根據(jù)樣本間地理位置得到地理距離矩陣，得到這些矩陣數(shù)據(jù)之后，我們可能會想了解不同描述間有沒有相關(guān)關(guān)系（如遺傳距離與地理距離之間相關(guān)性），這時即可進行矩陣的相關(guān)性分析。2）具體操作如下：首先根據(jù)其它的軟件如AFLPdat或Genalex等軟件根據(jù)地理位置計算地理距離矩陣（例如X），打開ntsys軟件，根據(jù)simint命令計算遺傳距離矩陣（如Y），之后在graphics模塊下選擇MxComp，inputfile中選擇要比較的距離矩陣文件，進行分析。E.il?Qptic!Di3t￡?lp「CompulH;彳II,:MSHitEix.geEiecjjc■占匚占ilNirff.ixiput-!!:\pnpular±m(xù) 北氐war罰HTEfif凱境以務(wù)新片件bNbrrixtijfp*■E,—5byLFrii^aliigvalueeiade■■'Eii3ni：rEjri.trix:CaBAien.