蛋白質(zhì)質(zhì)譜相關(guān)基礎(chǔ)知識課件

蛋白質(zhì)質(zhì)譜相關(guān)知識余慶重慶郵電大學(xué)2014-11-30蛋白質(zhì)質(zhì)譜相關(guān)知識余慶主要內(nèi)容串聯(lián)質(zhì)譜儀構(gòu)造及其工作原理利用質(zhì)譜數(shù)據(jù)鑒定蛋白質(zhì)的基本流程串聯(lián)質(zhì)譜圖（MS/MS）MS/MS質(zhì)譜圖實例肽段碰撞碎裂碰撞誘導(dǎo)解離(CID)產(chǎn)生的碎片離子類型MS/MS質(zhì)譜的解析串聯(lián)質(zhì)譜圖（MS/MS）的大規(guī)模解析串聯(lián)質(zhì)譜圖（MS/MS）的大規(guī)模解析流程主要內(nèi)容串聯(lián)質(zhì)譜儀構(gòu)造及其工作原理串聯(lián)質(zhì)譜儀構(gòu)造及其工作原理串聯(lián)質(zhì)譜儀的構(gòu)造：質(zhì)譜儀是用來測帶電離子質(zhì)量的。串聯(lián)質(zhì)譜工作視頻

質(zhì)譜質(zhì)量掃描三重四級桿工作原理分離系統(tǒng)串聯(lián)質(zhì)譜儀構(gòu)造及其工作原理串聯(lián)質(zhì)譜儀的構(gòu)造：質(zhì)譜儀是用來測帶質(zhì)譜數(shù)據(jù)鑒定蛋白質(zhì)基本流程鳥槍法質(zhì)譜數(shù)據(jù)鑒定蛋白質(zhì)基本流程鳥槍法MS/MS質(zhì)譜圖實例MS/MS質(zhì)譜圖實例肽段碰撞碎裂選定的肽段離子在碰撞室與惰性氣體作用而發(fā)生碰撞誘導(dǎo)解離(collision-induceddissociation,CID)肽段碰撞碎裂選定的肽段離子在碰撞室與惰性氣體作用而發(fā)生碰撞誘碰撞誘導(dǎo)解離(CID)產(chǎn)生的碎片離子類型肽鏈斷裂點與離子類型示意圖N端C端在CID碎裂模式中，主要有三種不同的肽鍵斷裂方式，產(chǎn)生6中不同的碎裂離子：即N端的a,b,c型離子與C端的x,y,z型離子.每種斷裂類型分別生成互補的兩種離子,如a-x,b-y,c-z。最常見的是a型離子、b型離子和y型離子，其他類型離子較少出現(xiàn)離子類型符號右下標的數(shù)字表示該離子所含有的氨基酸殘基數(shù)目.斷裂后的離子還可能丟失一個中性的水分子或氨分子碰撞誘導(dǎo)解離(CID)產(chǎn)生的碎片離子類型肽鏈斷裂點與離子類型MS/MS質(zhì)譜的解析MS/MS質(zhì)譜的解析串聯(lián)質(zhì)譜圖（MS/MS）的大規(guī)模解析分為三類：數(shù)據(jù)庫搜索方法

目前最被廣泛使用的方法。其基本思路是“模板匹配”，將實驗得到的圖譜與從數(shù)據(jù)庫理論酶切產(chǎn)生的肽段的理論預(yù)測圖譜進行比對，按照一定的打分規(guī)則鑒定出匹配最好的肽段從頭測序方法基于肽段序列標簽的方法串聯(lián)質(zhì)譜圖（MS/MS）的大規(guī)模解析分為三類：串聯(lián)質(zhì)譜圖（MS/MS）的大規(guī)模解析流程原始質(zhì)譜數(shù)據(jù)（.raw、.wiff文件）數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫轉(zhuǎn)換為打分軟件(如Mascot)可識別的數(shù)據(jù)格式（如：mgf）UniprotDBensemblDBNCBIDB自構(gòu)蛋白質(zhì)序列肽段圖譜打分比對軟件（如Mascot）得到肽段圖譜比對結(jié)果控制假陽性率（FDR）<1%或5%得到結(jié)果串聯(lián)質(zhì)譜圖（MS/MS）的大規(guī)模解析流程原始質(zhì)譜數(shù)據(jù)（.ra原始質(zhì)譜數(shù)據(jù)不同質(zhì)譜儀產(chǎn)出的質(zhì)譜數(shù)據(jù)格式是不同的，如.raw、.wiff文件。查看這些文件需要專門的軟件，如：ThermoXcaliburBrowserraw文件三維數(shù)據(jù)MS/MS圖譜原始質(zhì)譜數(shù)據(jù)不同質(zhì)譜儀產(chǎn)出的質(zhì)譜數(shù)據(jù)格式是不同的，如.ra原始質(zhì)譜數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換由于原始數(shù)據(jù)一般不能被肽段圖譜比對打分軟件所識別，所以需要經(jīng)過格式轉(zhuǎn)為打分軟件可識別的格式數(shù)據(jù)，如：.mgf格式原始質(zhì)譜數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換由于原始數(shù)據(jù)一般不能被肽段圖譜比對打分軟圖譜肽段打分比對常用軟件如：Mascot圖譜肽段打分比對常用軟件如：Mascot肽段與圖譜匹配情況

圖譜與最終鑒定得到的肽段間的匹配情況可以用plabel軟件查看(plabel生成質(zhì)譜圖時所需信息的是從.mgf格式文件中提取的)肽段與圖譜匹配情況圖譜與最終鑒定得到的肽段間的匹配情況可以謝謝?。≈x謝??！蛋白質(zhì)質(zhì)譜相關(guān)知識余慶重慶郵電大學(xué)2014-11-30蛋白質(zhì)質(zhì)譜相關(guān)知識余慶主要內(nèi)容串聯(lián)質(zhì)譜儀構(gòu)造及其工作原理利用質(zhì)譜數(shù)據(jù)鑒定蛋白質(zhì)的基本流程串聯(lián)質(zhì)譜圖（MS/MS）MS/MS質(zhì)譜圖實例肽段碰撞碎裂碰撞誘導(dǎo)解離(CID)產(chǎn)生的碎片離子類型MS/MS質(zhì)譜的解析串聯(lián)質(zhì)譜圖（MS/MS）的大規(guī)模解析串聯(lián)質(zhì)譜圖（MS/MS）的大規(guī)模解析流程主要內(nèi)容串聯(lián)質(zhì)譜儀構(gòu)造及其工作原理串聯(lián)質(zhì)譜儀構(gòu)造及其工作原理串聯(lián)質(zhì)譜儀的構(gòu)造：質(zhì)譜儀是用來測帶電離子質(zhì)量的。串聯(lián)質(zhì)譜工作視頻

質(zhì)譜質(zhì)量掃描三重四級桿工作原理分離系統(tǒng)串聯(lián)質(zhì)譜儀構(gòu)造及其工作原理串聯(lián)質(zhì)譜儀的構(gòu)造：質(zhì)譜儀是用來測帶質(zhì)譜數(shù)據(jù)鑒定蛋白質(zhì)基本流程鳥槍法質(zhì)譜數(shù)據(jù)鑒定蛋白質(zhì)基本流程鳥槍法MS/MS質(zhì)譜圖實例MS/MS質(zhì)譜圖實例肽段碰撞碎裂選定的肽段離子在碰撞室與惰性氣體作用而發(fā)生碰撞誘導(dǎo)解離(collision-induceddissociation,CID)肽段碰撞碎裂選定的肽段離子在碰撞室與惰性氣體作用而發(fā)生碰撞誘碰撞誘導(dǎo)解離(CID)產(chǎn)生的碎片離子類型肽鏈斷裂點與離子類型示意圖N端C端在CID碎裂模式中，主要有三種不同的肽鍵斷裂方式，產(chǎn)生6中不同的碎裂離子：即N端的a,b,c型離子與C端的x,y,z型離子.每種斷裂類型分別生成互補的兩種離子,如a-x,b-y,c-z。最常見的是a型離子、b型離子和y型離子，其他類型離子較少出現(xiàn)離子類型符號右下標的數(shù)字表示該離子所含有的氨基酸殘基數(shù)目.斷裂后的離子還可能丟失一個中性的水分子或氨分子碰撞誘導(dǎo)解離(CID)產(chǎn)生的碎片離子類型肽鏈斷裂點與離子類型MS/MS質(zhì)譜的解析MS/MS質(zhì)譜的解析串聯(lián)質(zhì)譜圖（MS/MS）的大規(guī)模解析分為三類：數(shù)據(jù)庫搜索方法

目前最被廣泛使用的方法。其基本思路是“模板匹配”，將實驗得到的圖譜與從數(shù)據(jù)庫理論酶切產(chǎn)生的肽段的理論預(yù)測圖譜進行比對，按照一定的打分規(guī)則鑒定出匹配最好的肽段從頭測序方法基于肽段序列標簽的方法串聯(lián)質(zhì)譜圖（MS/MS）的大規(guī)模解析分為三類：串聯(lián)質(zhì)譜圖（MS/MS）的大規(guī)模解析流程原始質(zhì)譜數(shù)據(jù)（.raw、.wiff文件）數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫轉(zhuǎn)換為打分軟件(如Mascot)可識別的數(shù)據(jù)格式（如：mgf）UniprotDBensemblDBNCBIDB自構(gòu)蛋白質(zhì)序列肽段圖譜打分比對軟件（如Mascot）得到肽段圖譜比對結(jié)果控制假陽性率（FDR）<1%或5%得到結(jié)果串聯(lián)質(zhì)譜圖（MS/MS）的大規(guī)模解析流程原始質(zhì)譜數(shù)據(jù)（.ra原始質(zhì)譜數(shù)據(jù)不同質(zhì)譜儀產(chǎn)出的質(zhì)譜數(shù)據(jù)格式是不同的，如.raw、.wiff文件。查看這些文件需要專門的軟件，如：ThermoXcaliburBrowserraw文件三維數(shù)據(jù)MS/MS圖譜原始質(zhì)譜數(shù)據(jù)不同質(zhì)譜儀產(chǎn)出的質(zhì)譜數(shù)據(jù)格式是不同的，如.ra原始質(zhì)譜數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換由于原始數(shù)據(jù)一般不能被肽段圖譜比對打分軟件所識別，所以需要經(jīng)過格式轉(zhuǎn)為打分軟件可識別的格式數(shù)據(jù)，如：.mgf格式原始質(zhì)譜數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換由于原始數(shù)據(jù)一般不能被肽段圖譜比對打分軟圖譜肽段打分比對常