因工程制藥工藝

關(guān)于因工程制藥工藝第一頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日第六章基因工程制藥工藝6.1基因工程制藥微生物表達(dá)系統(tǒng)6.2基因工程大腸桿菌的構(gòu)建6.3基因工程菌的發(fā)酵培養(yǎng)與控制第二頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日基因工程技術(shù)—基因重組示意圖DNA片段經(jīng)酶切、連接，形成重組DNA分子導(dǎo)入宿主細(xì)胞系統(tǒng)中擴(kuò)增目標(biāo)基因表達(dá)，生成新產(chǎn)物，出現(xiàn)新性狀第三頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日6.2基因工程大腸桿菌的構(gòu)建技術(shù)6.2.1構(gòu)建流程6.2.2目標(biāo)基因的克隆6.2.3表達(dá)載體構(gòu)建6.2.4工程菌構(gòu)建第四頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日6.2.1工程菌構(gòu)建流程目標(biāo)基因克隆PCR、文庫(kù)，化學(xué)合成表達(dá)載體構(gòu)建酶切、連接遺傳轉(zhuǎn)化與篩選外源基因?qū)肱c培養(yǎng)工程菌新性狀、功能、物質(zhì)工作內(nèi)容方法第五頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日6.2.2目標(biāo)基因的克隆策略目標(biāo)基因：編碼蛋白質(zhì)或多肽的DNA序列正確克隆的重要性：只要有一個(gè)堿基發(fā)生（錯(cuò)義、無(wú)義、移碼）突變，就導(dǎo)致編碼氨基酸的變化，影響產(chǎn)物蛋白質(zhì)的功能和生物學(xué)活性。只要一個(gè)堿基發(fā)生同義突變，就可能導(dǎo)致生產(chǎn)過(guò)程和效率變化。第六頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日基因克隆方法的選擇方法優(yōu)點(diǎn)缺點(diǎn)PCR擴(kuò)增簡(jiǎn)便快速，高效，數(shù)kb，單基因克隆DNA聚合酶活性和保真性限制文庫(kù)篩選長(zhǎng)片段，無(wú)堿基錯(cuò)誤，未知序列基因克隆繁瑣，過(guò)程復(fù)雜，耗時(shí)，昂貴化學(xué)合成簡(jiǎn)便，準(zhǔn)確，已知序列，引物合成受合成儀器性能限制，長(zhǎng)度很短第七頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日PCR技術(shù)PCR（Polymerasechainreaction，聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)）：由DNA聚合酶催化下，對(duì)特定DNA序列進(jìn)行的復(fù)制反應(yīng)。本質(zhì)：生物體的DNA復(fù)制原理在體外合成基因。發(fā)明者：Mullis，生物技術(shù)革命性象征，1993年獲得諾貝爾化學(xué)獎(jiǎng)。第八頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日在引物指導(dǎo)下，以DNA為模板，由DNA聚合酶催化的擴(kuò)增特定DNA序列聚合延伸形成互補(bǔ)序列的反應(yīng)。3’AGCGAGGCATCG5’5’TCGCTCCGTAGC3’第九頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日PCR單反應(yīng)原理與過(guò)程(1)變性（94℃）(2)退火（55℃）(4)完成一個(gè)循環(huán)(3)延伸（72℃）第十頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日PCR擴(kuò)增的反應(yīng)體系組成成分濃度用量作用緩沖液10x5ul提供反應(yīng)環(huán)境dNTPs20mmol/L1ul反應(yīng)的底物正向引物20umol/L2.5ul擴(kuò)增的起始點(diǎn)反向引物20umol/L2.5ul擴(kuò)增的終止點(diǎn)DNA聚合酶1-5U/ul1-2U催化，熱穩(wěn)定性MgCl21.5-5.0mmol/L1ulMg2+是輔酶模板DNA5-10ul含目標(biāo)基因序列H2O27-33ul稀釋總體積50ul第十一頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日PCR擴(kuò)增產(chǎn)物電泳PCR儀水平電泳槽凝膠電泳第十二頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日6.2.2RT-PCR克隆目的基因流程提取RNA轉(zhuǎn)cDNA設(shè)計(jì)合成引物基因片段的3’/5’末端擴(kuò)增RT-PCR擴(kuò)增全長(zhǎng)基因基因片段擴(kuò)增第十三頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日6.2.2RT-PCR克隆目的基因流程第十四頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日1提取RNA從表達(dá)基因的組織中提取總RNA，或mRNA可以用RNA提取kit,Unizol,Trizol大量提取時(shí)可以用傳統(tǒng)的一步法提取--Unizol或Trizol是總RNA提取試劑，在配制過(guò)程中加入了異硫氫酸胍，能夠在組織勻漿過(guò)程中迅速滅活RNA酶，保持RNA的完整性。第十五頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日總RNA提取操作步驟：1、細(xì)胞或組織加Trizol后，室溫放置5min，使其充分裂解。注：此時(shí)可放入-70℃長(zhǎng)期保持。2、12,000rpm離心5min，棄沉淀。3、按200l氯仿/mlTrizol加入氯仿，振蕩混勻后室溫放置15min。注：禁用漩渦振蕩器，以免基因組DNA斷裂。4、4℃12,000g離心15min。5、吸取上層水相，至另一離心管中。注：千萬(wàn)不要吸取中間界面；若同時(shí)提取DNA和蛋白質(zhì)，則保留下層酚相存于4℃冰箱，若只提RNA，則棄下層酚相。第十六頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日6、按0.5ml異丙醇/mlTrizol加入異丙醇混勻，室溫放置5~10min。7、4℃12,000g離心10min，棄上清，RNA沉于管底。8、按1ml75%乙醇/mlTrizol加入75%乙醇，溫和振蕩離心管，懸浮沉淀。9、4℃8,000g離心5min，盡量棄上清。10、室溫晾干或真空干燥5~10min。注：RNA樣品不要過(guò)于干燥，否則很難溶解。11、可用50lH2O，TEbuffer溶解RNA樣品，55~60℃,5~10min。注：H2O、TE須用DEPC處理并高壓。第十七頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日RNA提取注意事項(xiàng)嚴(yán)格防止RNA酶污染1.佩戴一次性手套2.玻璃器皿可以在250℃烘箱中烘烤3小時(shí)3.槍頭、Eppendorf管用0.1%DEPC（攪拌攪勻）水中浸泡。通風(fēng)櫥中室溫過(guò)夜，扣去液體，高壓滅菌30分鐘。DEPC(diethypyrocarbonate，焦碳酸二乙酯)為劇毒物，活性很強(qiáng)，小心在通風(fēng)柜中使用。4.DEPC處理的水：0.1%DEPC處理，高壓滅菌30分鐘脫毒5.防止環(huán)境中RNA酶污染第十八頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日2.轉(zhuǎn)cDNA（防RNA酶）逆轉(zhuǎn)錄:

將mRNA轉(zhuǎn)錄成為cDNA逆轉(zhuǎn)錄酶：依賴于RNA的DNA聚合酶(反轉(zhuǎn)錄酶)

禽類成髓細(xì)胞病毒(AMV)逆轉(zhuǎn)錄酶

鼠白血病病毒(MLV)反轉(zhuǎn)錄酶,降解RNADNA雜交體中的RNA的能力較弱,對(duì)熱的穩(wěn)定性較AMV反轉(zhuǎn)錄酶差cDNA合成:1.總RNA2.底物，dNTPmix：含dATP、dCTP、dGTP、dTTP3.引物,起始DNA的合成,oligo(dT)4.逆轉(zhuǎn)錄酶

5.DEPC處理水溫浴，按試劑盒說(shuō)明書。第十九頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日3.引物設(shè)計(jì)特異性引物設(shè)計(jì)Specificprimer簡(jiǎn)并引物設(shè)計(jì)Degeneratedprimer嵌套引物Nested

Primer第二十頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日1）長(zhǎng)度15~30bp2）AT:GC約50%，兩引物Tm值接近，55~88℃之間。退火溫度＝Tm(4GC＋2AT)－53）引物3’末端以G/C結(jié)尾較好4）不形成引物二聚體5）特異性,作BLAST搜索6）簡(jiǎn)并引物：保守序列；簡(jiǎn)并度低；具單一密碼子的氨基酸放在3’端7）逆向引物要用互補(bǔ)序列引物設(shè)計(jì)原則第二十一頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日1）特異性引物設(shè)計(jì)基因序列已知時(shí),可以設(shè)計(jì)特異性引物特異性引物：有準(zhǔn)確的堿基序列第二十二頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日第二十三頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日第二十四頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日

F：XXXF，5’-XXXXXXatggccgcttcgcgtgcaacg-3’atggccgcttcgcgtgcaacgtttgttgcgctcgtgtgcgctctcgcgctcgccgccgccgatgtgcagaatccgctcagtgacgatttcatcaatctcatcaacacaaagcaaaactctaacgaagtcagggaccagggatcttgtggtagctgctggggttcggtgctgtggaggccatgaccgaccggtactgtacatactccaatggaactcaac

acttccatttctccgctga

tcagcggagaaatggaagtgt-3’R：XXXR，5’-

XXXXXX第二十五頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日2）根據(jù)蛋白質(zhì)同源序列設(shè)計(jì)簡(jiǎn)并引物DNAMAN當(dāng)基因序列未知時(shí),利用軟件進(jìn)行同源比對(duì),設(shè)計(jì)間并引物第二十六頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日第二十七頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日用DNAMAN進(jìn)行同源比對(duì),設(shè)計(jì)引物將蛋白質(zhì)序列保存為seq文件格式比對(duì)、系統(tǒng)樹拷貝、保存第二十八頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日4.RT-PCR擴(kuò)增目的基因cDNA模板RNA/mRNAPCR擴(kuò)增目的基因cDNAPrimerFPrimerR第二十九頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日PCR循環(huán)94°C2’94°C30’’55°C45’’72°C1’72°C10’

25lvolume10Xbuffer(含MgCl2)，2.5l

2.5mMdNTP，2lTemplatecDNA，1

lForwardPrimer，1l

ReversePrimer，1lDistilledWater，17.375l

Taq酶，0.125l

35第三十頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日6.2.3酶切、連接、轉(zhuǎn)化、篩選1.酶切反應(yīng)概念：在特異位點(diǎn)上催化雙鏈DNA分子的斷裂，產(chǎn)生相應(yīng)的限制性片段。5’突出端3’突出端平末端第三十一頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日分析基因的限制性內(nèi)切酶譜，確定插入質(zhì)粒的限制性內(nèi)切酶位點(diǎn)

atgaactgtgtttgccgcctggtcctggtcgtgctgagcctgtggccagatacagctgtcgcccctgggccaccacctggcccccctcgagtttccccagaccctcgggccgagctggacagcaccgtgctcctgacccgctctctcctggcggacacgcggcagctggctgcacagctgagggacaaattcccagctgacggggaccacaacctggattccctgcccaccctggccatgagtgcgggggcactgggagctctacagctcccaggtgtgctgacaaggctgcgagcggacctactgtcctacctgcggcacgtgcagtggctgcgccgggcaggtggctcttccctgaagaccctggagcccgagctgggcaccctgcaggcccgactggaccggctgctgcgccggctgcagctcctgatgtcccgcctggccctgccccagccacccccggacccgccggcgcccccgctggcgcccccctcctcagcctgggggggcatcagggccgcccacgccatcctgggggggctgcacctgacacttgactgggccgtgaggggactgctgctgctgaagactcgg第三十二頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日第三十三頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日第三十四頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日酶切反應(yīng)操作酶切體系組成：DNA，緩沖液，限制性內(nèi)切酶反應(yīng)條件：適宜溫度（37℃），1小時(shí)以上終止反應(yīng)：加熱，加入EDTA，螯合鎂離子電泳檢查：酶切完全性超螺旋第三十五頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日3.連接反應(yīng)概念：在連接酶的催化下，將DNA雙鏈上相鄰的3’羥基和5’磷酸基團(tuán)共價(jià)結(jié)合形成3-5磷酸二酯鍵，使兩條斷開的DNA鏈重新連接起來(lái)。第三十六頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日連接反應(yīng)操作連接體系：載體片段與基因片段，緩沖液，連接酶連接反應(yīng)：16~26℃，數(shù)小時(shí)，或過(guò)夜終止反應(yīng)：在70℃加熱10分鐘第三十七頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日4.轉(zhuǎn)化概念：把外源基因?qū)胨拗骷?xì)胞的過(guò)程。第三十八頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日大腸桿菌轉(zhuǎn)化—CaCl2法感受態(tài)細(xì)胞融化：置冰上，緩慢加入連接反應(yīng)產(chǎn)物：混勻，置冰上30min熱擊：42℃，90s置冰上，1~2min擴(kuò)增培養(yǎng)：加入LB培養(yǎng)基，37℃，45min涂平板：含有抗生素的LB固體培養(yǎng)基上篩選培養(yǎng)：倒置平板，37℃，出現(xiàn)菌落。第三十九頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日5.篩選與鑒定轉(zhuǎn)化后的細(xì)胞類型非轉(zhuǎn)化子：沒有導(dǎo)入外源DNA的非轉(zhuǎn)化宿主細(xì)胞轉(zhuǎn)化子：導(dǎo)入外源DNA的轉(zhuǎn)化細(xì)胞非重組子：僅含有空載體分子的轉(zhuǎn)化子重組子：含有重組DNA分子的轉(zhuǎn)化子非目標(biāo)重組子：連接不正確的重組子目標(biāo)重組子：含有連接正確的重組子（目的）第四十頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日（1）篩選策略與方法基于載體抗生素篩選法抗生素抗性基因氨芐青霉素被Bla基因編碼產(chǎn)物β-內(nèi)酰胺酶分泌到培養(yǎng)基水解。衛(wèi)星菌落：大菌落具有抑制抗性，周圍產(chǎn)生了相對(duì)抗性區(qū)，允許一些沒有抗性的原菌生長(zhǎng)。第四十一頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日藍(lán)白斑篩選-α互補(bǔ)原理質(zhì)粒lacZ標(biāo)記基因，編碼產(chǎn)物為

β-半乳糖苷酶N端146aa，無(wú)活性，α受體。大腸桿菌染色體DNA：編碼C端部分序列，無(wú)酶活性，α供體。受體與供體結(jié)合，恢復(fù)β-半乳糖苷酶的活性，從而將無(wú)色X-gal底物水解成藍(lán)色產(chǎn)物。有外源基因，白色菌落；無(wú)外源基因，藍(lán)色菌落.第四十二頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日（2）鑒定方法菌落PCR：含有目標(biāo)基因載體大?。弘娪緳z測(cè)酶切鑒定：目標(biāo)基因插入及插入方向測(cè)序驗(yàn)證：目標(biāo)基因的序列準(zhǔn)確無(wú)誤，閱讀框通讀。第四十三頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日6.2.3表達(dá)載體構(gòu)建表達(dá)載體設(shè)計(jì)目標(biāo)基因的定位克隆DNA重組篩選與鑒定這里重點(diǎn)介紹表達(dá)載體的設(shè)計(jì)（構(gòu)建過(guò)程與技術(shù)與目標(biāo)基因克隆相似）。第四十四頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日表達(dá)載體的設(shè)計(jì)表達(dá)載體概念：在質(zhì)粒載體的基礎(chǔ)上，在多克隆位點(diǎn)處插入外源基因表達(dá)盒所構(gòu)成。外源基因表達(dá)盒（操縱子模型）：?jiǎn)?dòng)子目標(biāo)基因終止子第四十五頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日大腸桿菌lac啟動(dòng)子受環(huán)腺苷酸（cAMP）激活蛋白（CAP）的正調(diào)控和lac

Ⅰ負(fù)調(diào)控。CAP-cAMP復(fù)合物與操縱子結(jié)合，促進(jìn)了RNA聚合酶與啟動(dòng)子結(jié)合，開啟基因轉(zhuǎn)錄。lacⅠ形成四聚體，與操縱基因結(jié)合，阻止轉(zhuǎn)錄起始。lac操縱子的誘導(dǎo)物：IPTG（異丙基-β-D-硫代半乳糖苷）等乳糖類似物IPTG與lacⅠ結(jié)合，解除了lacⅠ的阻遏作用，激活基因轉(zhuǎn)錄。LacⅠCAP-BSPromoterOperatorlacZlacYlacATerminatorRNA聚合酶lacⅠ糖苷酶，轉(zhuǎn)移酶，透過(guò)酶阻遏蛋白第四十六頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日啟動(dòng)子功能：?jiǎn)?dòng)子與RNA聚合酶結(jié)合，起始基因轉(zhuǎn)錄最關(guān)鍵的元件：決定著表達(dá)的類型和產(chǎn)量序列特點(diǎn)：-35位，TTGACA序列；-10位，TATAAT序列；強(qiáng)啟動(dòng)子：UP元件第四十七頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日終止密碼設(shè)計(jì)UAA/TAA，UAG/TAG，UGA/TGATAA：真核和原核，廣泛使用，高效TGA：高效過(guò)量表達(dá)時(shí)，能被tRNAtrp通讀。TGAT可阻止通讀。為了防止通讀，在終止密碼子之后的加強(qiáng)序列，成為四聯(lián)終止密碼子：TAAT>TAAG>TAAA和TAAC第四十八頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日6.2.4基因工程菌的建立過(guò)程：適宜宿主菌的轉(zhuǎn)化篩選鑒定，遺傳穩(wěn)定性等目標(biāo)：獲得質(zhì)粒能穩(wěn)定遺傳、基因能高效和定向表達(dá)的載體，確保藥物的生物活性。第四十九頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日表達(dá)篩選與產(chǎn)物鑒定不同菌種的表達(dá)篩選誘導(dǎo)表達(dá)時(shí)間和誘導(dǎo)強(qiáng)度的篩選產(chǎn)物存在形式和存在場(chǎng)所的鑒定

--胞外，周質(zhì)，胞內(nèi)；包涵體，可溶性蛋白表達(dá)產(chǎn)物結(jié)構(gòu)與活性鑒定

--電泳，SDS，等電點(diǎn)電泳

--免疫雜交，末端測(cè)序，質(zhì)譜分析

--分析與目標(biāo)產(chǎn)物的同一性第五十頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日1、不同菌株的表達(dá)能力不同同一菌種的不同轉(zhuǎn)化細(xì)胞之間存在表達(dá)差異。對(duì)宿主菌必需進(jìn)行篩選目的：獲得最大表達(dá)量的菌種對(duì)轉(zhuǎn)化細(xì)胞的對(duì)數(shù)期進(jìn)行誘導(dǎo)，收集菌體，裂解，提取總蛋白質(zhì)，進(jìn)行SDS電泳。第五十一頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日2、不同誘導(dǎo)時(shí)間下的表達(dá)在不同誘導(dǎo)時(shí)間，取樣，電泳隨著誘導(dǎo)時(shí)間的延長(zhǎng)，表達(dá)量增加第五十二頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日3、蛋白質(zhì)存在形式分析大腸桿菌M109結(jié)果：在上清，可溶性蛋白質(zhì)可溶性表達(dá)第五十三頁(yè)，共六十一頁(yè)，2022年，8月28日大腸桿菌DH5α結(jié)果：蛋白質(zhì)