基因工程的酶學(xué)基礎(chǔ)課件

第二章基因工程的酶學(xué)基礎(chǔ)Enzymes1第二章基因工程的酶學(xué)基礎(chǔ)Enzymes1本章節(jié)內(nèi)容第一節(jié)限制性核酸內(nèi)切酶第二節(jié)DNA連接酶

第三節(jié)DNA聚合酶

第四節(jié)DNA修飾酶

第五節(jié)核酸外切酶第六節(jié)單鏈核酸內(nèi)切酶2本章節(jié)內(nèi)容第一節(jié)限制性核酸內(nèi)切酶2本章學(xué)習(xí)內(nèi)容重點(diǎn)討論限制性核酸內(nèi)切酶和DNA連接酶在DNA切割和連接中的應(yīng)用，并簡要介紹其他與基因克隆有關(guān)的其它的重要的酶。

3本章學(xué)習(xí)內(nèi)容重點(diǎn)討論限制性核酸內(nèi)切酶和DNA連接酶在DN一、限制性核酸內(nèi)切酶第一節(jié)限制性核酸內(nèi)切酶是一類能夠識別雙鏈DNA分子中的某種特定核苷酸序列，并由此處切割DNA雙鏈的核酸內(nèi)切酶。

（Restrictionendonuclease）4一、限制性核酸內(nèi)切酶第一節(jié)限制性核酸內(nèi)切酶是一類能夠識別2.性質(zhì)內(nèi)切酶主要來源于原核生物即在核酸分子鏈的內(nèi)部制造切口的酶。形成5’-P和3’-OH末端自我保護(hù)作用3.功能細(xì)菌的限制和修飾系統(tǒng)（R/M體系）1.來源52.性質(zhì)內(nèi)切酶主要來源于原核生物即在核酸分子鏈的內(nèi)部制造切66限制性內(nèi)切酶將侵入細(xì)菌體內(nèi)的外源DNA進(jìn)行分解，切成小片斷。（1）限制（Restriction）7限制性內(nèi)切酶將侵入細(xì)菌體內(nèi)的外源DNA進(jìn)行分解，切成小片斷。細(xì)菌自身的DNA堿基被甲基化酶甲基化修飾所保護(hù)，不能被自身的限制性內(nèi)切酶識別切割。（2）修飾（Modification）①Dam甲基化酶(DNAAdenineMethylase)GATC腺嘌呤N6位置引入甲基②Dcm甲基化酶(DNAcytosineMethylase)CCAGG或CCTGG序列在第二個C上C5位置上引入甲基8細(xì)菌自身的DNA堿基被甲基化酶甲基化修飾所保護(hù)，不能被自身的99（3）限制與修飾系統(tǒng)相關(guān)的三個基因①hsdR:編碼限制性內(nèi)切酶②hsdM:編碼限制性甲基化酶③hsdS:編碼限制性內(nèi)切酶和甲基化酶的協(xié)同表達(dá)這類酶能識別DNA分子上的特定位點(diǎn)，并將雙鏈DNA切斷這類酶使DNA分子特定位點(diǎn)上的堿基甲基化，即起修飾DNA的作用。作用是協(xié)同上述兩種酶識別特殊的作用位點(diǎn)。10（3）限制與修飾系統(tǒng)相關(guān)的三個基因①hsdR:編碼限制1973年H.OSmith和D.Nathans提議的命名系統(tǒng)，命名原則如下：二、限制性內(nèi)切酶的命名用屬名的第一個字母和種名的頭兩個字母組成3個字母的略語表示寄主菌的物種名，組成酶的基本名稱。大腸桿菌（Escherichiacoli）用Eco表示；流感嗜血菌（Haemophilusinfluenzae）用Hin表示111973年H.OSmith和D.Nathans提議的命名2.

如果酶存在于一種特殊的菌株中，則將該菌株名的第一個字母加在基本名稱后，若酶的編碼基因位于噬菌體（病毒）或質(zhì)粒上，則用一個大寫字母表示此染色體外遺傳成分。如HindⅡ：d菌株EcoRI：抗藥性R質(zhì)粒

122.如果酶存在于一種特殊的菌株中，則將該菌株名的第一個字母3.

如果一種特殊的菌株內(nèi)有幾種不同的限制與修復(fù)系統(tǒng)，用羅馬字母表示該菌株中發(fā)現(xiàn)某種酶的先后次序。如HindⅡ：d菌株中發(fā)現(xiàn)的第二個酶4.

所有的限制酶，除以上名稱外還要冠以系統(tǒng)名稱。限制性內(nèi)切酶的系統(tǒng)命名為R，甲基化酶為M。如R.HindⅢ表示限制性內(nèi)切酶M.HindⅢ表示相應(yīng)的甲基化酶實(shí)際應(yīng)用中，R常被省略。133.如果一種特殊的菌株內(nèi)有幾種不同的限制與修復(fù)系統(tǒng)，用羅馬Ⅰ型限制性內(nèi)切酶目前鑒定出四種不同類型的限制性內(nèi)切酶。主要的三種：三、限制性內(nèi)切酶的類型Ⅱ型限制性內(nèi)切酶Ⅲ型限制性內(nèi)切酶14Ⅰ型限制性內(nèi)切酶目前鑒定出四種不同類型的限制性內(nèi)首先由M.Meselson和R.Yuan在1968年從大腸桿菌B株和K株分離的。（1）識別位點(diǎn)序列EcoB：TGA(N)8TGCTEcoK：AAC(N)6GTGC1.Ⅰ型限制性內(nèi)切酶的基本特性如EcoB和EcoK。未甲基化修飾的特異序列。15首先由M.Meselson和R.Yuan在1968年從大腸桿需ATP、Mg2+和SAM（S-腺苷甲硫氨酸）（3）輔助因子在距離特異性識別位點(diǎn)約1000—1500bp處隨機(jī)切開一條單鏈，不產(chǎn)生特異片斷，應(yīng)用不大Recognizesitecut1-1.5kb（2）切割位點(diǎn)16需ATP、Mg2+和SAM（S-腺苷甲硫氨酸）（3）輔助因子首先由H.O.Smith和K.W.Wilcox在1970年從流感嗜血菌中分離出來。（1）識別位點(diǎn)序列未甲基化修飾的雙鏈DNA上的特殊靶序列（多數(shù)是呈典型的旋轉(zhuǎn)對稱型的回文結(jié)構(gòu)）。與DNA的來源無關(guān)，即沒有種的特異性。2.Ⅱ類限制性內(nèi)切酶的基本特性分離的第一個酶是HindⅡ基因工程用途最大17首先由H.O.Smith和K.W.Wilcox在1970稀有切割限制酶（rarecutter）可以識別6個以上的核苷酸序列的少數(shù)的限制內(nèi)切酶。如Not

I（GCGGCCGC）某些限制性內(nèi)切酶的識別序列中，某一個或兩個堿基并非嚴(yán)格專一。如HindⅡ可識別4種核苷酸序列：

Y:C或TR:A或GGTYRAC-3’5’-18稀有切割限制酶（rarecutter）可以識別6個以上的核EcoRI5’-GAATTC-3’3’-CTTAAG-5’PstI5’-CTGCAG-3’3’-GACGTC-5’

產(chǎn)生粘性末端EcoRV5’-GATATC-3’3’-CTATAG-5’

產(chǎn)生平齊末端（2）切割位點(diǎn)切開雙鏈DNA，形成粘性末端（stickyend）或平齊末端（bluntend）。如：識別位點(diǎn)處19EcoRI5’-GAATTC-3’EcoRV含有幾個核苷酸單鏈的末端。分兩種類型：GAATTC

CTTAA

GG

AATTCCTTAAG5’--3’3’--5’5’--3’3’--5’[1]粘性末端（stickyends，cohensiveends）ⅰ）5’端凸出（如EcoRI切點(diǎn)）20含有幾個核苷酸單鏈的末端。分兩種類型：GAATTCCTTACTGCAG

GACGTC5’--3’3’--5’5’--3’3’--5’CTGCAG

G

ACGTCⅱ）3’端凸出（如PstI切點(diǎn)）21CTGCAGGACGTC5’--3’3’--5’5’--3i）不同的DNA雙鏈：只要粘性末端堿基互補(bǔ)就可以連接。ii）同一個DNA分子內(nèi)連接：通過兩個相同的粘性末端可以連接成環(huán)形分子。這比連接兩個平齊末端容易得多。[2]粘性末端的意義①連接便利22i）不同的DNA雙鏈：只要粘性末端堿基互補(bǔ)就可以連接。ii）2323B末端可以通過末端轉(zhuǎn)移酶添加幾個多聚核苷酸的尾巴（如dA和dT），即同聚物加尾造成人工粘性末端。A末端可用DNA多核苷酸激酶進(jìn)行32P標(biāo)記。粘性末端可以用DNA聚合酶補(bǔ)平成平齊末端。②末端標(biāo)記③補(bǔ)平成平齊末端24B末端可以通過末端轉(zhuǎn)移酶添加幾個多聚核苷酸的尾巴（如dA和[3]平齊末端（bluntend）在識別序列的對稱軸上同時(shí)切割5’-GATATC-3’3’--5’CTATAG如EcoRV25[3]平齊末端（bluntend）在識別序列的對稱軸上同[4]平齊末端的特點(diǎn)連接困難，連接效率低，只有粘性末端連接效率的1%，這種連接常出現(xiàn)多聯(lián)體連接。粘性末端與平齊末端連接的處理方法?。┨硌a(bǔ)法：利用DNA聚合酶Ⅰ(klenowfragment）將堿基添補(bǔ)到目的基因的粘性末端上。26[4]平齊末端的特點(diǎn)連接困難，連接效率低，只有粘性末端連接ⅱ）削除(平)法利用S1和Bal31等核酸酶將目的基因粘性末端的單鏈突出部分削去，使其成為平齊末端27ⅱ）削除(平)法27不同來源的酶，識別相同的序列，切割方式相同或不同。識別位點(diǎn)和切點(diǎn)完全相同如HindⅢ和HsuIHindⅢ5’-AAGCTT-3’3’-TTCGAA-5’HsuI5’-AAGCTT-3’3’-TTCGAA-5’[5]同裂酶（Isoschizomer)①完全同裂酶：28不同來源的酶，識別相同的序列，切割方式相同或不同。識別位點(diǎn)和XmaI5’-CCCGGG-3’3’-GGGCCC-5’SmaI5’-CCCGGG-3’3’-GGGCCC-5’識別位點(diǎn)相同，但切點(diǎn)不同。如XmaI和SmaI。②不完全同裂酶：29XmaI5’-CCCGGG-3’識別位點(diǎn)相識別的序列不同，但能切出相同的粘性末端。如BamHI、Bgl

Ⅱ、BclI、XhoⅡ等5’-GGATCC-3’3’-CCTAGG-5’BamHIBclI5’-TGATCA-3’3’-ACTAGT-5’

5’-AGATCT-3’3’-TCTAGA-5’BglⅡ5’-UGATCY-3’3’-YCTAGU-5’Xho

ⅡU代表嘌呤；Y代表嘧啶。[6]同尾酶(Isocaudamers）30識別的序列不同，但能切出相同的粘性末端。如BamHI、Bg5’-GATC----3’3’----CTAG-5’

Sau3A同尾酶的粘性末端互相結(jié)合后形成的新位點(diǎn)一般不能再被原來的酶識別。5’-G3’-CCTAGGATCT-3’

A-5’BamHIBglⅡ5’-GGATCT-3’3’-CCTAGA-5’BamHIBglⅡSau3A315’-GATC----3’Sau3A同尾酶的粘性末端互限制性內(nèi)切酶的識別和酶切活性一般在一定的溫度、離子強(qiáng)度、pH等條件下才表現(xiàn)最佳切割能力和位點(diǎn)的專一性。如果改變反應(yīng)條件就會影響酶的專一性和切割效率，稱為星號（*）活性。所以一般使用專一的反應(yīng)緩沖液。

[7]限制酶的酶活性①星號（*）活性32限制性內(nèi)切酶的識別和酶切活性一般在一定的溫度、離子強(qiáng)度、pHEcoRI和BamHI等都有*活性。在低鹽、高pH（>8）時(shí)可識別和切割GAATTA、AAATTC、GAGTTC等GAATTCEcoRI：使用的時(shí)候要特別注意！733EcoRI和BamHI等都有*活性。在低鹽、高pH（>8②誘發(fā)星號（*）活性的原因?。└吒视秃竣ⅲ﹥?nèi)切酶用量過大ⅲ）低離子強(qiáng)度ⅳ）高pHⅴ）含有機(jī)溶劑，如乙醇ⅵ）Mn2+、Mg2+、Cu2+、Zn2+等二價(jià)陽離子的存在酶量不宜過多，盡量遵循生產(chǎn)商推薦的反應(yīng)條件34②誘發(fā)星號（*）活性的原因?。└吒视秃棵噶坎灰诉^多，盡量在離它的不對稱識別位點(diǎn)一側(cè)的特定距離處切割DNA雙鏈。移動切割（shiftedcleavage):GACGCNNNNNHgaICTGCGNNNNNNNNNN5’3’[8]Ⅱs型限制性內(nèi)切酶35在離它的不對稱識別位點(diǎn)一側(cè)的特定距離處切割DNA雙鏈。移動切（3）Ⅱ型限制性內(nèi)切酶不具有甲基化功能Ⅱ型酶的甲基化修飾活性由相應(yīng)的甲基化酶承擔(dān)。它們識別相同的DNA序列，但功能不同。如EcoRI限制性內(nèi)切酶和EcoRI甲基化酶前者：5’-GAATTC-3’

3’-CTTAAG-5’后者：5’-GAA*TTC-3’

3’-CTT*AAG-5作用的位點(diǎn)也不相同36（3）Ⅱ型限制性內(nèi)切酶不具有甲基化功能Ⅱ型酶的甲基化修飾活性（4）II型限制性內(nèi)切酶對單鏈DNA的切割定義為切割雙鏈DNA，但有一些還可以特異識別并切割單鏈DNA的相應(yīng)位點(diǎn)，只是切割效率比較低如：HhaⅠ切割單鏈DNA比切割雙鏈DNA效率低50％37（4）II型限制性內(nèi)切酶對單鏈DNA的切割定義為切割雙鏈D3.Ⅲ類限制性內(nèi)切酶在完全肯定的位點(diǎn)切割DNA，但反應(yīng)需要ATP、Mg2+和SAM（S-腺苷蛋氨酸）。在基因工程操作中用途不大。EcoP1:AGACCEcoP15:CAGCAG383.Ⅲ類限制性內(nèi)切酶在完全肯定的位點(diǎn)切割DNA，但反應(yīng)需核酸限制性內(nèi)切酶的類型及主要特性特性

Ⅰ類內(nèi)切酶Ⅱ類內(nèi)切酶Ⅲ類內(nèi)切酶限制和修飾活性單一多功能的酶內(nèi)切酶和甲基化酶分開共同亞基的雙功能酶內(nèi)切酶的蛋白結(jié)構(gòu)3種不同的亞基單一成分2種不同的亞基限制作用所需要的輔助因子ATP、Mg2+和SAMMg2+ATP、Mg2+和SAM寄主特異性位點(diǎn)識別序列EcoB：TGA(N)8TGCTEcoK：AAC(N)6GTGC回文序列（Ⅱs型除外）EcoP1:AGACCEcoP15:CAGCAG39核酸限制性內(nèi)切酶的類型及主要特性特性Ⅰ類內(nèi)切酶切割位點(diǎn)在距離識別位點(diǎn)至少1000bp處隨機(jī)切開一條單鏈位于寄主特異性位點(diǎn)或其附近距寄主特異性位點(diǎn)3’端24－26bp處酶催轉(zhuǎn)換不能能能DNA易位作用能不能不能甲基化作用的位點(diǎn)寄主特異性位點(diǎn)寄主特異性位點(diǎn)寄主特異性位點(diǎn)識別未甲基化的序列進(jìn)行切割能能能序列特異的切割不是是是基因工程中的用途無用十分有用用處不大40切割位點(diǎn)在距離識別位點(diǎn)至少1000位于寄主特異性位點(diǎn)或其附近四、限制性內(nèi)切酶酶解反應(yīng)條件1.標(biāo)準(zhǔn)酶解體系的建立一個單位（U）的限制性內(nèi)切酶定義：

在合適的溫度和緩沖液中，在20μl的反應(yīng)體系中，1h完全酶解1μgDNA所需要的酶量。推薦：稍過量的酶（2-5倍）和較長的反應(yīng)時(shí)間41四、限制性內(nèi)切酶酶解反應(yīng)條件1.標(biāo)準(zhǔn)酶解體系的建立2.酶解過程

配酶解體系混勻反應(yīng)終止酶解結(jié)果鑒定422.酶解過程配酶解體系42①酶解體系一般20μl，保證酶液體積不超過反應(yīng)總體積的10%前提下，盡量降低反應(yīng)總體積。加樣順序一般是：ddH2ObufferDNA酶43①酶解體系一般20μl，保證酶液體積不超過反應(yīng)總體積的10大部分II型核酸內(nèi)切酶需要相似的反應(yīng)條件：Tris-HCl50mMpH7.5MgCl210mMNaCl0-150mMDTT1mM0-50mM低鹽酶100mM中鹽酶150mM高鹽酶Volume20-100mlTT37℃1-1.5hr44大部分II型核酸內(nèi)切酶需要相似的反應(yīng)條件：Tris-HCl②混勻移液槍吹打或手指輕彈管壁若底物分子很大（如基因組DNA），應(yīng)避免強(qiáng)烈振蕩。混勻后微量高速離心機(jī)進(jìn)行短暫離心，使管壁液體全部下沉。45②混勻移液槍吹打或手指輕彈管壁若底物分子很大（如基因組DN③反應(yīng)終止三種方法：?。┘右叶匪囊宜幔‥DTA）至終濃度10mmol/L;加十二烷基硫酸鈉（SDS）至終濃度0.1%(W/V)ⅱ）65℃加熱20min或者70℃加熱10minⅲ）酚/氯仿抽提46③反應(yīng)終止三種方法：ⅰ）加乙二胺四乙酸（EDTA）至終濃度ⅱ④酶解結(jié)果鑒定快速進(jìn)行微型瓊脂糖凝膠電泳觀察然后決定是否終止反應(yīng)47④酶解結(jié)果鑒定快速進(jìn)行微型瓊脂糖凝膠電泳47酶切后發(fā)現(xiàn)除了目的DNA條帶外，還有其它條帶酶存在“星號”活性，造成非特異性切割；不正確的操作，導(dǎo)致其它內(nèi)切酶污染；底物DNA中可能存在其它DNA污染。電泳后電泳條帶擴(kuò)散，電泳條帶移動距離異常

底物DNA不純；內(nèi)切酶不純；酶蛋白自身或其它雜蛋白與DNA結(jié)合在一起使電泳條帶移動距離異常48酶切后發(fā)現(xiàn)除了目的DNA條帶外，還有其它條帶酶存在“星號”活3.限制性內(nèi)切酶對DNA分子的消化1986年J.A.McClarin等通過X射線晶體衍射發(fā)現(xiàn)Ⅱ型限制酶是以同型二聚體的形式與靶序列結(jié)合。CTTAAGGAATTC（1）內(nèi)切酶與識別序列的結(jié)合模式

493.限制性內(nèi)切酶對DNA分子的消化1986年J.A內(nèi)切酶在DNA上的所有識別位點(diǎn)都被切開12341234（2）完全消化50內(nèi)切酶在DNA上的所有識別位點(diǎn)都被切開12341234（2）只有有限數(shù)量的酶切位點(diǎn)被切開通過縮短保溫時(shí)間、降低反應(yīng)溫度、增大反應(yīng)體積或減少酶量可達(dá)到局部消化的目的。123414（3）局部消化51只有有限數(shù)量的酶切位點(diǎn)被切開通過縮短保溫時(shí)間、降低反應(yīng)溫度、（4）幾種常用限制酶識別位點(diǎn)52（4）幾種常用限制酶識別位點(diǎn)525353AATTACGTAGCTATATCATGCCGG********MaeIIHpaⅡcMspIc

****AluI****A****TNlaⅢA****TApoI

HindⅢAflIII

AgeIBsrFIA****TA****TSspIA****T（5）限制性內(nèi)切酶識別序列的交叉列表54AATTACGTAGCTATATCATGCCGGAATTACGTAGCTATATCATGCCGGA****TNsp7524C****GNcoIStyIDsaI

XmaIAvaIC****GNdeIC****GPmlIBsaAIPvuIINspBII

SmaIC****GC****GG****CEcoRIApoINgoMIBsrFI55AATTACGTAGCTATATCATGCCGGAATTACGTAGCTATATCATGCCGGG****CBseHIG****CEcl136IIEcoRV

NaeIG****CG****CAatIISacIBanIIHgiAIBsp1286

SphINsp7524T****ABspHIBspMIIT****AT****ASnaBIBsaAI

T****AT****A56AATTACGTAGCTATATCATGCCGGCGCGCTAGGATCGCGCGGCC****MboIcSau3AIc

****BfaIHinpI****BstUIDpnIHaeIII****HhaIA****TA****TMluIAflIIISpeIBglIIBstYIA****TA****TEco47IIIStuIA****T

57CGCGCTAGGATCGCGCGGCC****CGCGCTAGGATCGCGCGGCCA****THaeIIC****GDsaIAvrIIStyIEagIEaeIGdiII

C****GC****GNspBIIC****GSacIIPvuIC****GBsiEIBsiEIG****CBssHIINheIBamHIBstYIKasIBanIBsp120I58CGCGCTAGGATCGCGCGGCCA****CGCGCTAGGATCGCGCGGCCG****CNarIBsaHIG****CG****CG****CT****ABbeIHaeIIApaIBanIIBsp1286

T****AXbaIBclIEaeIT****ANruIFspIMscIT****AT****A59CGCGCTAGGATCGCGCGGCCG***GTACTATATCGATGCATTAA********Csp61TaqIMseI****RsaI****A****TA****TA****TClaIAseIA****TScaIA****T60GTACTATATCGATGCATTAA****GTACTATATCGATGCATTAAA****TNsiIC****GBsiWISfcIXhoIAvaIAvaISfcIC****GC****GC****GC****GPstIG****CAsp718BanISalIApaLI61GTACTATATCGATGCATTAAA****GTACTATATCGATGCATTAAG****CAccIAccI

G****CBsrl107IHincIIHpaIHincIIG****CG****CKpnIBsp1286HgiAIT****AT****ABstBIT****ADraIT****AT****A62GTACTATATCGATGCATTAAG***4.限制性內(nèi)切酶酶解反應(yīng)中的注意事項(xiàng)①大多數(shù)廠家供應(yīng)的限制內(nèi)切酶為濃縮液1U的酶液足以在1h內(nèi)消化10μgDNA，酶和底物比例2-10U/ugDNA,避免使用過高的酶濃度②濃縮液使用前可用1×限制酶緩沖液稀釋③限制性內(nèi)切酶在含50%的甘油的緩沖液中，于-20℃穩(wěn)定保存634.限制性內(nèi)切酶酶解反應(yīng)中的注意事項(xiàng)①大多數(shù)廠家④酶分裝成小份，避免反復(fù)凍融⑤反應(yīng)中盡可能少加水，使反應(yīng)體積減到最低⑥通常增加反應(yīng)時(shí)間，可降低酶量64④酶分裝成小份，避免反復(fù)凍融⑤反應(yīng)中盡可能少加水，使反應(yīng)DNA中的雜質(zhì)如蛋白質(zhì)、酚、氯仿、乙醇、SDS、EDTA等都會影響酶的活性。1.DNA的純度五、影響限制性內(nèi)切酶活性的因素①純化DNA②加大酶的用量，1ugDNA用10U酶③延長保溫時(shí)間④擴(kuò)大反應(yīng)體積（>20l）一般采取65DNA中的雜質(zhì)如蛋白質(zhì)、酚、氯仿、乙醇、SDS、EDTA等都需要合適的底物：底物（DNA）純度要高.不能含有RNA和蛋白質(zhì);也不能含有過高的EDTA。更不能含有酚、氯仿、乙醇、SDS和其他有機(jī)試劑。DNA的濃度不宜過高，高濃度的DNA會使溶液的粘度增加從而抑制酶分子的擴(kuò)散導(dǎo)致酶切反應(yīng)不徹底。常為50ul內(nèi)含1ugDNA。66需要合適的底物：底物（DNA）純度要高.不能含有RNA和蛋白大腸桿菌一般有兩種甲基化酶修飾質(zhì)粒：2.DNA的甲基化程度DNA腺嘌呤甲基化酶（DNAadeninemethylas,dam)（修飾GATC中的A）；DNA胞嘧啶甲基化酶（DNAcytosineethylas,dcm)（修飾CCA/TGG的C）?；蚬こ讨斜仨毷褂眉谆甘Щ钔蛔兊木?。67大腸桿菌一般有兩種甲基化酶修飾質(zhì)粒：2.DNA的甲基化程度不同的限制性內(nèi)切酶的最適反應(yīng)溫度不同。大多數(shù)是37oC，少數(shù)要求40-65oC。每微克DNA用1～5單位的酶，保溫1~2小時(shí)。酶最適溫度oC酶最適溫度oC酶最適溫度oCApaIBclIMaeIITaqI30505065ApyIBstEIIMaeIII306055BanIMaeISmaI5045253.溫度68不同的限制性內(nèi)切酶的最適反應(yīng)溫度不同。大多數(shù)是37oC，少是影響限制酶活性的重要因素4.緩沖液(Buffer)（1）緩沖液的化學(xué)組成MgCl2、NaCl/KCl：提供Mg2+和離子強(qiáng)度Tris-HCl：維持pH,大多數(shù)為7-7.6二硫蘇糖醇（DTT）：防止酶氧化,保持酶穩(wěn)定性牛血清白蛋白（BSA）等：中性蛋白質(zhì),防止酶在低濃度的蛋白質(zhì)溶液中變性商品化的限制酶一般都帶有專用緩沖液69是影響限制酶活性的重要因素4.緩沖液(Buffer)（2）兩種或兩種以上的酶切割DNA樣品①在相同的緩沖液中反應(yīng)同時(shí)進(jìn)行②若需要不同的緩沖液,采用3種方法ⅰ)先用要求低離子強(qiáng)度的酶切割（低鹽酶）,再加NaCl調(diào)節(jié)離子強(qiáng)度,并用第二種酶切割（高鹽酶）；ⅱ)先用一種酶切割,然后用2.5倍體積的乙醇沉淀酶解產(chǎn)物,再重懸于另一種緩沖液中進(jìn)行第二種酶切割；ⅲ)使用所有限制性酶的通用buffer,如KGB(谷氨酸鉀buffer),經(jīng)適當(dāng)稀釋可達(dá)到各種限制性酶要求的buffer條件。70（2）兩種或兩種以上的酶切割DNA樣品①在相同的緩沖液中反練習(xí)題何為限制性內(nèi)切酶？有哪些類型，各有什么作用和特點(diǎn)什么是限制性內(nèi)切酶的星號活性？受哪些因素影響？限制性核酸內(nèi)切酶是由細(xì)菌產(chǎn)生的，其生理意義是【】

Ａ修復(fù)自身的遺傳缺陷

Ｂ促進(jìn)自身的基因重組

Ｃ強(qiáng)化自身的核酸代謝

Ｄ提高自身的防御能力

Ｅ補(bǔ)充自身的核苷酸消耗71練習(xí)題何為限制性內(nèi)切酶？有哪些類型，各有什么作用和特點(diǎn)71從細(xì)菌DNA環(huán)化現(xiàn)象推測，必定存在一種能把兩條DNA雙鏈連接到一起的酶。第二節(jié)DNA連接酶一、DNA連接酶（ligase)的發(fā)現(xiàn)DNA復(fù)制一定有斷口72從細(xì)菌DNA環(huán)化現(xiàn)象推測，必定存在一種能把兩條DNA雙鏈連接DNA連接酶:一種能夠催化在兩條DNA鏈之間形成磷酸二酯鍵的酶1967年，世界上數(shù)個實(shí)驗(yàn)室?guī)缀跬瑫r(shí)發(fā)現(xiàn)了一種能夠催化在2條DNA鏈之間形成磷酸二酯鍵的酶，即DNA連接酶。

73DNA連接酶:一種能夠催化在兩條DNA鏈之間形成磷酸二酯鍵的（1）大腸桿菌連接酶1.兩種共價(jià)連接DNA限制片段的DNA連接酶只能連接粘性末端，背景低，準(zhǔn)確性高二、DNAligase的特點(diǎn)（2）T4噬菌體的連接酶不但能連接粘性末端；還能連接齊平末端74（1）大腸桿菌連接酶1.兩種共價(jià)連接DNA限制片段的DNA（1）必須是兩條雙鏈DNA（2）DNA3’端有游離的-OH，5’端有一個磷酸基團(tuán)（P）（3）需要能量動物或噬菌體中：ATP大腸桿菌中：NAD+2.連接條件75（1）必須是兩條雙鏈DNA（2）DNA3’端有游離的-OH，（4）DNA連接酶的反應(yīng)條件Tris-HCl50-100mM，pH7.5MgCl210mMATP0.5-1mMDTT5mMVolume10-20mlTT4-15℃，4-16hr1UDNA連接酶的酶活性：在最佳反應(yīng)條件下15℃反應(yīng)1小時(shí)，完全連接1mgl-DNA（Hind

Ⅲ片段）所需的酶量。76（4）DNA連接酶的反應(yīng)條件Tris-HCl50-1001.ATP（NAD+)提供激活的AMP。三、連接反應(yīng)的機(jī)理2.AMP與連接酶形成共價(jià)“連接酶-AMP”復(fù)合物，并釋放出焦磷酸PPi（NMN）

。3.AMP與連接酶的賴氨酸-氨基相連。OC-C-CH2-CH2-CH2-CH2-NH2++H3NAMPATPPPi771.ATP（NAD+)提供激活的AMP。三、連接反應(yīng)的機(jī)理4.AMP隨后從連接酶的賴氨酸-氨基轉(zhuǎn)移到DNA一條鏈的5’端P

上，形成“DNA-腺苷酸”復(fù)合物。-OHHO-P-AMP-OHO-P-AMP784.AMP隨后從連接酶的賴氨酸-氨基轉(zhuǎn)移到DNA一-OH5.3’-OH對磷原子作親核攻擊，形成磷酸二酯鍵，釋放出AMP。795.3’-OH對磷原子作親核攻擊，形成磷酸二酯鍵，釋放出A如何連接由限制性內(nèi)切酶切割形成片斷的末端？80如何連接由限制性內(nèi)切酶切割形成片斷的末端？80連接酶反應(yīng)的最佳溫度是37C。四、連接反應(yīng)的溫度1.最佳溫度但在37℃下粘性末端的結(jié)合很不穩(wěn)定。2.實(shí)用溫度所以一般采用4~16C81連接酶反應(yīng)的最佳溫度是37C。四、連接反應(yīng)的溫度1.最佳增加插入片段與載體的接觸機(jī)會，減少同一個分子末端自我連接的現(xiàn)象。1.DNA末端的濃度五、影響連接反應(yīng)的因素10~20倍2.插入片段與載體的濃度比例兩種構(gòu)型：線狀分子和環(huán)狀分子與DNA濃度及DNA分子長度相關(guān)82增加插入片段與載體的接觸機(jī)會，減少同一個分子末端自我連接的現(xiàn)3.反應(yīng)溫度黏性末端：12～16℃平頭末端：10～20℃4.ATP濃度一般，ATP最適的終濃度為0.5mmol/L.ATP濃度高至5mmol/L，影響平頭末端的連接ATP濃度高至7.5mmol/L，抑制粘性末端及平頭末端的連接。833.反應(yīng)溫度黏性末端：12～16℃4.ATP濃度一般，A六、DNA連接的反應(yīng)體系酶切純化后的DNA片斷連接緩沖液DNA連接酶84六、DNA連接的反應(yīng)體系酶切純化后的DNA片斷84從分子動力學(xué)的角度講，由限制性核酸內(nèi)切酶創(chuàng)造的粘性末端的連接屬于分子內(nèi)部的連接，而平頭末端的連接則屬于分子間的連接，因此后者反應(yīng)速度要慢得多。七、平頭雙鏈DNA片段的連接操作85從分子動力學(xué)的角度講，由限制性核酸內(nèi)切酶創(chuàng)造的粘性末端的連接加大連接酶用量（10倍大于粘性末端的連接）

加大平頭末端底物的濃度，增加分子間碰撞機(jī)會加入10%PEG8000，促進(jìn)大分子之間的有效作用加入單價(jià)陽離子（NaCl），最終濃度150-200mM提高平頭末端連接效率的方法包括：86加大連接酶用量（10倍大于粘性末端的連接）加大平頭末端底物第三節(jié)DNA聚合酶DNA聚合酶（DNApolymerase)能在引物和模板的存在下，把脫氧核糖多核苷酸連續(xù)地加到雙鏈DNA分子引物鏈的3’－OH末端，催化核苷酸的聚合作用.87第三節(jié)DNA聚合酶DNA聚合酶（DNApolymera一、基因工程中常用的DNA聚合酶大腸桿菌DNA聚合酶2.Klenowfragment3.T7DNA聚合酶4.T4DNA聚合酶5.修飾過的T7DNA聚合酶6.逆轉(zhuǎn)錄酶7.TaqDNA聚合酶88一、基因工程中常用的DNA聚合酶大腸桿菌DNA聚合酶881.共同特點(diǎn)把dNTPs連續(xù)地加到引物的3’－OH端2.主要區(qū)別T7DNA聚合酶可以連續(xù)添加數(shù)千個dNTPs而不從模板上掉下來。其它幾種DNA聚合酶只能連續(xù)添加10多個dNTPs就會從模板上解離下來。二、常用的DNA聚合酶的特點(diǎn)持續(xù)合成能力和外切酶活性不同。891.共同特點(diǎn)把dNTPs連續(xù)地加到引物的3’－OH端2.DNA聚合酶3’5’外切酶活性5’3’外切酶活性聚合速率持續(xù)能力大腸桿菌DNA聚合酶低有中低Klenowfragment低無中低T4DNA聚合酶高無中低T7DNA聚合酶高無快高化學(xué)修飾T7DNA聚合酶低無快高遺傳修飾T7DNA聚合酶無無快高逆轉(zhuǎn)錄酶無無低中TaqDNA聚合酶無有快高3.常用DNA聚合酶的特性比較90DNA聚合酶3’5’外5’3’外切酶活性聚合速率持續(xù)能力三、DNA聚合酶在基因工程中的用途1.大腸桿菌DNA聚合酶Ⅰ主要用來制備帶放射性標(biāo)記的DNA探針（32P標(biāo)記）。（1）大腸桿菌DNA聚合酶Ⅰ的性質(zhì)①一條單鏈多肽②5’3’外切酶活性位于N端③用枯草桿菌蛋白酶處理可以切掉N端的5’3’外切酶活性部分,就成為Klenowfragment。91三、DNA聚合酶在基因工程中的用途1.大腸桿菌DNA聚合酶①底物：dNTPs（dATP、dGTP、dCTP、dTTP）②Mg2+③帶有3’-OH游離端的引物④DNA模板（2）DNA聚合酶I（PolI）的反應(yīng)條件-OH5’3’dNTPs92①底物：dNTPs（dATP、dGTP、dCTP、dTTP標(biāo)記①核酸探針（probe）能夠同某種被研究的核酸序列特異性結(jié)合的，帶有標(biāo)記的寡聚核酸分子。（3）用DNA聚合酶Ⅰ制備探針已知序列的核酸片斷顯示位置與互補(bǔ)的待測序列雜交93標(biāo)記①核酸探針（probe）能夠同某種被研究的核酸序列特異標(biāo)記已知序列的核酸片斷②探針的標(biāo)記方式標(biāo)記已知序列的核酸片斷帶有放射性的已知序列的核酸片斷5’3’94標(biāo)記已知序列的核酸片斷②探針的標(biāo)記方式標(biāo)記已知序列的核酸片③DNA聚合酶I對探針序列的標(biāo)記切口平移法(nicktranslation)：放射性同位素標(biāo)記：當(dāng)存在dNTP時(shí)，DNA聚合酶I同時(shí)具備5’3’外切酶活性和5’3’的聚合酶活性。95③DNA聚合酶I對探針序列的標(biāo)記切口平移法(nickt5’3’外切酶活性從DNA缺口的下一段DNA5’端除去一個核苷酸后，聚合酶活性就會在缺口的上一段DNA的3’一側(cè)補(bǔ)上一個新的核苷酸。缺口缺口5’5’3’3’5’3’5’3’965’3’外切酶活性從DNA缺口的下一段DNA5’端除去一個純化的DNA片斷DNaseI制造單鏈缺口DNAPolI進(jìn)行切口轉(zhuǎn)移一種-32P-dNTP和dNTPs5’5’5’5’5’5’5’5’3’3’3’3’3’3’3’3’32P-dNTP32P-dNTP從頭至尾都被標(biāo)記97純化的DNA片斷DNaseI制造單鏈缺口DNAPolI2.Klenowfragment具有5’3’聚合酶活性和3’5’外切酶活性。（失去了5’3’外切酶活性）。（1）Klenowfragment的性質(zhì)DNAPolIKlenowfragment(76KD）枯草桿菌蛋白酶982.Klenowfragment具有5’3’聚合酶活性①3’端補(bǔ)平5’5’klenow②DNA3’末端標(biāo)記補(bǔ)平限制性內(nèi)切酶切后形成的3’隱蔽端。在3’隱蔽端加上放射性標(biāo)記的dNTP。klenow（2）主要用途99①3’端補(bǔ)平5’5’klenow②DNA3’末端標(biāo)記補(bǔ)3’隱蔽末端的DNA片斷Klenowfragment補(bǔ)平根據(jù)末端的順序選擇一種-32P-dNTPs末端標(biāo)記的DNA限制性內(nèi)切酶切5’----G3’3’----CTTAA5’5’----GAA3’3’----CTTAA5’5’----GAATT3’3’----CTTAA5’5’----G3’3’----CCTAG5’5’----GG3’3’----CCTAG5’5’----GGATC3’3’----CCTAG5’EcoRIBamHI-32P-dATP-32P-dGTP25oC1h1003’隱蔽末端的DNA片斷Klenowfragment補(bǔ)平根③cDNA第二鏈的合成mRNAcDNA第一鏈逆轉(zhuǎn)錄cDNA第二鏈klenow5’3’3’5’5’3’引物101③cDNA第二鏈的合成mRNAcDNA第一鏈逆轉(zhuǎn)錄cDNA（1）T4DNA聚合酶的性質(zhì)3.T4DNA聚合酶從T4噬菌體感染后的大腸桿菌培養(yǎng)物中分離純化，由噬菌體基因43編碼。有5’3’聚合酶活性和3’5’外切酶活性（降解單鏈更快）。①來源②酶活性102（1）T4DNA聚合酶的性質(zhì)3.T4DNA聚合酶從T③特點(diǎn)A當(dāng)沒有dNTP時(shí)，T4DNA聚合酶行使3’5’外切酶功能，制造出3’隱蔽端。B如果只有一種dNTP，則降解到該dNTP的位置。C在四種dNTP均存在時(shí)，聚合活性占主導(dǎo)地位。103③特點(diǎn)A當(dāng)沒有dNTP時(shí)，T4DNA聚合酶行使3’55’5’3’3’5’5’3’3’T4DNA聚合酶無dNTPsT4DNA聚合酶有dNTPs5’5’1045’5’3’3’5’5’3’3’T4DNA聚合酶無dNTP（2）T4DNA聚合酶的用途標(biāo)記末端（取代合成法或置換合成法）用3’5’外切酶活性作用于所有末端形式的3’端（平端、3’隱蔽端、5’隱蔽端）制造出3’隱蔽端。再利用它的5’3’聚合酶活性補(bǔ)平，并加入放射性標(biāo)記的dNTP。①補(bǔ)平隱蔽末端②DNA3’末端標(biāo)記105（2）T4DNA聚合酶的用途標(biāo)記末端（取代合成法或置換合酶切中間產(chǎn)生兩個末端標(biāo)記加入某種32P-dNTP和dNTPsT4DNA聚合酶（3’5’外切）DNA酶切片斷T4DNA聚合酶（5’3’聚合）5’5’3’3’5’5’3’3’5’5’3’3’5’5’3’3’5’5’3’3’內(nèi)切酶切無dNTPs106酶切中間產(chǎn)生兩個末端標(biāo)記加入某種32P-dNTP和dNTPsa.放射性標(biāo)記的優(yōu)缺點(diǎn)：制作簡單高比放射性放射自顯影效果好優(yōu)點(diǎn)：缺點(diǎn)：半衰期短（32P只有14.3天）不易保存對人體有害要求在專門實(shí)驗(yàn)室操作107a.放射性標(biāo)記的優(yōu)缺點(diǎn)：制作簡單優(yōu)點(diǎn)：缺點(diǎn)：半衰期短（32b.非放射性標(biāo)記i）生物素標(biāo)記生物素（biotin），又稱維生素H、輔酶R可以與dNTP?；Y(jié)合成為biotin-1,6-dUTP、biotin

-1,4-dATP、biotin

-1,1-dUTP等。CH2-CH-NH-CO-NH-CH-(CH2)4-COOH也可以被生物素連接酶（biotinligase）催化與蛋白質(zhì)共價(jià)結(jié)合。108b.非放射性標(biāo)記i）生物素標(biāo)記生物素（biotin），又稱純化的DNA片斷DNaseI制造單鏈缺口DNAPolI進(jìn)行缺口轉(zhuǎn)移biotin

-dTTP和dNTPs5’5’5’5’5’5’5’5’3’3’3’3’3’3’3’3’生物素-dTTP生物素-dTTP利用切口轉(zhuǎn)移法將生物素?fù)饺隓NA探針中109純化的DNA片斷DNaseI制造單鏈缺口DNAPolii）地高辛標(biāo)記：可以與dNTP連接成地高辛-dUTP等，參入DNA合成過程，形成地高辛標(biāo)記的DNA探針。生物素和地高辛標(biāo)記的探針都有商品化的試劑盒(kit)。地高辛的結(jié)合物是抗地高辛抗體。110ii）地高辛標(biāo)記：可以與dNTP連接成地高辛-dUTP等，參4.T7DNA聚合酶（1）來源從T7噬菌體感染大腸桿菌細(xì)胞中純化出來的，由兩個亞基組成：①T7噬菌體基因5編碼的大亞基：T7噬菌體5蛋白。有5’3’聚合酶和3’5’外切酶活性。②大腸桿菌編碼的小亞基：硫氧還蛋白。增加大亞基對模板的親和性。1114.T7DNA聚合酶（1）來源從T7噬菌體感染大腸桿菌細(xì)（2）T7DNA聚合酶的特點(diǎn)①持續(xù)合成能力強(qiáng)一旦與模板結(jié)合就會不間斷地合成互補(bǔ)鏈。②3’5’外切酶活性高單鏈和雙鏈都能降解。③不受DNA二級結(jié)構(gòu)的影響其它DNA聚合酶受DNA二級結(jié)構(gòu)的阻礙112（2）T7DNA聚合酶的特點(diǎn)①持續(xù)合成能力強(qiáng)一旦與模板結(jié)②進(jìn)行末端標(biāo)記①催化大分子量DNA為模板的合成如M13噬菌體③補(bǔ)平隱蔽末端（3）T7DNA聚合酶的用途合成補(bǔ)平3’隱蔽末端；水解修平3’突出末端。113②進(jìn)行末端標(biāo)記①催化大分子量DNA為模板的合成如M135.修飾后的T7DNA聚合酶（1）T7DNA聚合酶的化學(xué)修飾去除3’5’外切酶活性，使DNA聚合能力和聚合速率提高了3倍。（2）修飾后的T7DNA聚合酶的用途①DNA測序雙脫氧法。②標(biāo)記DNA3’隱蔽末端③更有效地補(bǔ)平末端1145.修飾后的T7DNA聚合酶（1）T7DNA聚合酶的化學(xué)6.逆轉(zhuǎn)錄酶最普遍使用的是來源于鳥類骨髓母細(xì)胞瘤病毒（avianmyeloblastosisvirus,AMV）：依賴RNA的DNA聚合酶（RNA指導(dǎo)的DNA聚合酶）。（1）來源RNA腫瘤病毒。（2）AMV的性質(zhì)由和兩條多肽鏈組成，最適反應(yīng)溫度為41～45℃1156.逆轉(zhuǎn)錄酶最普遍使用的是來源于鳥類骨髓母細(xì)胞瘤病毒（av①鏈有反轉(zhuǎn)錄活性和RNaseH活性。RNaseH：以5’3’或3’5’方向特異地水解RNA-DNA雜交雙鏈中的RNA鏈。RNaseHRNADNARNADNA116①鏈有反轉(zhuǎn)錄活性和RNaseH活性。RNaseH：RN（3）逆轉(zhuǎn)錄酶的用途②鏈RNA-DNA雜交雙鏈中5’3’DNA外切酶活性。①合成cDNA以oligodT為引物（與mRNA的polyA尾巴互補(bǔ)結(jié)合）。AAAAATTTTT5’3’mRNA5’cDNA117（3）逆轉(zhuǎn)錄酶的用途②鏈RNA-DNA雜交雙鏈中5’3②合成DNA探針用隨機(jī)引物（randomprimer）或oligodT做引物。隨機(jī)引物：隨機(jī)順序形成的寡聚DNA片斷。（理論上它能與各種序列的模板結(jié)合）118②合成DNA探針用隨機(jī)引物（randomprimer）或第四節(jié)DNA修飾酶一、末端脫氧核苷酸轉(zhuǎn)移酶1.來源小牛胸腺。2.組成大小兩個亞基。3.特性5’3’DNA聚合酶活性（terminaltransferase）119第四節(jié)DNA修飾酶一、末端脫氧核苷酸轉(zhuǎn)移酶1.來源?、诓恍枰０澹、傩枰?’—OH、二甲胂酸緩沖液。③底物可以是單鏈DNA、是3’—OH突出的雙鏈DNA、平末端需Co2+激活，但反應(yīng)效率低。④隨機(jī)添加的dNTPs。如果只有一種dNTP，就添加上同聚物。DNA5’3’TTTdTTP，末端轉(zhuǎn)移酶120②不需要模板?、傩枰?’—OH、二甲胂酸緩沖液。③底物4.末端轉(zhuǎn)移酶的用途（1）同聚物加尾給外源DNA片斷和載體分子分別加上互補(bǔ)的同聚物尾巴，以使它們有效地連接。外源DNA載體DNA5’3’5’3’CCCCCCGGGGGGdGTPdCTP末端轉(zhuǎn)移酶1214.末端轉(zhuǎn)移酶的用途（1）同聚物加尾給外源DNA片斷和載體（2）再生酶切位點(diǎn)便于回收克隆片斷。AAGCTTTTCGAA5’5’HindⅢ酶切ATTCGAAGCTTAKlenow補(bǔ)平122（2）再生酶切位點(diǎn)便于回收克隆片斷。AAGCTT5’5’HiAAGCTTTCGAAGCTTTCGAAAAGCATTTTTCGAAGCTTTTTTCGAA末端轉(zhuǎn)移酶dTTPAAAAAA外源DNA123AAGCTAGCTTAAGCATTTAGC（3）DNA3’－OH末端標(biāo)記AAGCTTTTTTCGAAGCTTTTTTCGAAAAAAAAHindⅢ位點(diǎn)HindⅢ位點(diǎn)連接催化非放射性或放射性標(biāo)記物摻入DNA片斷的3’端。（生物素-11-dUTP等）124（3）DNA3’－OH末端標(biāo)記AAGCTTTT二、T4多核苷酸激酶1.來源T4噬菌體的pseT基因編碼。從T4感染大腸桿菌細(xì)胞中分離出來。多種哺乳動物細(xì)胞中也發(fā)現(xiàn)這種酶。2.功能其激酶活性位于N－端附近，磷酸酶活性位于C－端附近。催化-磷酸從ATP轉(zhuǎn)給雙鏈或單鏈DNA或RNA的5’-OH端。不論5’-OH端突出與否。125二、T4多核苷酸激酶1.來源T4噬菌體的pseT基因編碼。5’3’HO--OH5’3’HO--OH3’P--OH5’3’HO--P5’ATPT4多核苷酸激酶如果ATP的-磷酸帶有32P標(biāo)記，就可見被轉(zhuǎn)移到DNA的5’端。但天然的DNA的5’端都是磷酸化的。1265’3’HO--OH5’3’HO--OH3’P--OH5’33.多核苷酸激酶的用途DNA5’-OH端磷酸化、標(biāo)記DNA的5’端。5’3’HO--OH5’3’HO--OH3’32P--OH5’3’HO--32P5’(-32P)ATP多核苷酸激酶3’P--OH5’3’HO--P5’堿性磷酸酶（1）正向反應(yīng)（forwardreaction）1273.多核苷酸激酶的用途DNA5’-OH端磷酸化、標(biāo)記DN（2）交換反應(yīng)標(biāo)記法反應(yīng)混合物中具有超量(-32P)ATP和ADP時(shí)，多核苷酸激酶能催化(-32P)ATP的-32P與DNA5’端的磷酸交換。3’P--OH5’3’HO--P5’3’32P--OH5’3’HO--32P5’(-32P)ATP、ADP多核苷酸激酶反應(yīng)效果不理想。128（2）交換反應(yīng)標(biāo)記法反應(yīng)混合物中具有超量(-32P)ATP三、堿性磷酸酶1.堿性磷酸酶種類從大腸桿菌中分離出來。Bacterialalkalinephosphatase，BAP（1）細(xì)菌性堿性磷酸酶（2）小牛腸堿性磷酸酶Calfintestinalalkalinephosphatase，CIP從小牛腸中純化出來。具有抗熱性。SDS中加熱68oC可完全失活。129三、堿性磷酸酶1.堿性磷酸酶種類從大腸桿菌中分離出來。2.堿性磷酸酶的特性催化脫掉DNA（或RNA）5’端的磷酸根。3’P--OH5’3’HO--P5’5’3’HO--OH5’3’HO--OH堿性磷酸酶3.堿性磷酸酶的功能（1）防止線性化的載體份子自我連接1302.堿性磷酸酶的特性催化脫掉DNA（或RNA）5’端的磷酸單一酶切口的載體的粘性末端容易自我連接。AAGCTTTTCGAAHindⅢ酶切A-OHTTCGA-PP-AGCTTHO-A堿性磷酸酶5’5’5’131單一酶切口的載體的粘性末端容易自我連接。AAGCTTHindA-OHTTCGA-OHHO-AGCTTHO-AOH與OH不能形成磷酸二酯鍵，所以不能自我連接。同一酶切后的外源DNA的5’端有P，能與脫磷酸的載體OH連接。132A-OHHO-AGCTTOH與OH不能形成磷酸二酯鍵，所以不ATTCGAAGCTTAAGCTTAATTCGA連接酶-OH與-OH連不住其中每條鏈上都有一個nick，但轉(zhuǎn)入細(xì)菌后會被修復(fù)。3’P-AGCTTA-OH5’3’HO-ATTCGA-P5’外源DNA133AAGCTTAGCTTAATTCGA連接酶-OH與-OH連不第五節(jié)核酸外切酶（Exonucleases）是一類從多核苷酸鏈的一頭開始催化降解核苷酸的酶。一、單鏈DNA外切酶1.大腸桿菌核酸外切酶I（exoI）5’3’外切識別5’-OH2.大腸桿菌核酸外切酶Ⅶ（exoⅦ）5’3’、3’5’外切識別3’-OH、5’-P134第五節(jié)核酸外切酶（Exonucleases）是一類從二、雙鏈DNA外切酶1.核酸外切酶Ⅲ（exoⅢ）3’5’外切識別3’-OH主要用途：在DNA雙鏈的末端產(chǎn)生出單鏈區(qū)域。5’5’5’5’exoⅢ與klenow配合進(jìn)行3’端標(biāo)記-OHHO-135二、雙鏈DNA外切酶1.核酸外切酶Ⅲ（exoⅢ）3’52.核酸外切酶（exo）5’3’外切。主要用途：使DNA雙鏈變成單鏈（短）。5’P--P5’5’5’exo成為測序模板。識別5’-P（但不能降解5’-OH）1362.核酸外切酶（exo）5’3’外切。主要用途：使3.T7基因6核酸外切酶5’3’外切。用途與exo一樣。既能識別5’-P，又能識別5’-OH。5’5’5’5’已被克隆到大腸桿菌中表達(dá)。1373.T7基因6核酸外切酶5’3’外切。用途與exo一DNA外切酶切割方式識別位點(diǎn)單鏈大腸桿菌核酸外切酶I（exoI）5’3’5’-OH大腸桿菌核酸外切酶Ⅶ（exoⅦ）5’3’3’5’5’-P3’-OH雙鏈核酸外切酶Ⅲ（exoⅢ）3’5’3’-OH核酸外切酶（exo）5’3’5’-PT7基因6核酸外切酶5’3’5’-P5’-OH138DNA外切酶切割方式識別位點(diǎn)單鏈大腸桿菌核酸外切酶I（exo第六節(jié)單鏈DNA內(nèi)切酶一、S1核酸酶1.來源稻谷曲霉（Aspergillusoryzae）。2.特性（1）高度單鏈特異性（2）反應(yīng)條件①低水平Zn2+②pH4.0~4.3139第六節(jié)單鏈DNA內(nèi)切酶一、S1核酸酶1.來源稻谷曲霉3.S1核酸內(nèi)切酶的功能（1）催化單鏈RNA或DNA降解。（2）切掉雙鏈核酸中的單鏈區(qū)。S1S1發(fā)卡或有缺口的部位。1403.S1核酸內(nèi)切酶的功能（1）催化單鏈RNA或DNA降解。（4）幾乎不能降解雙鏈DNA或RNA-DNA雜交鏈ATGCATGCATGCTACGTACGTACGT甚至能識別單個核苷酸的單鏈區(qū)！（3）降解限制酶切形成的單鏈突出端。141（4）幾乎不能降解雙鏈DNA或RNA-DNA雜交鏈ATGCA4.S1核酸酶的用途（1）定位RNADNARNAS1S1200bp400bp某限制酶切后再與RNA雜交某限制酶位點(diǎn)（參照物）內(nèi)切酶位點(diǎn)不能位于內(nèi)含子序列中！RNA1424.S1核酸酶的用途（1）定位RNADNARNAS1S12RNA位于某限制酶位點(diǎn)左200bp和右400bp。RNA位置不能配對的內(nèi)含子區(qū)域形成的單鏈環(huán)被S1切掉。mRNADNA（2）用mRNA測定基因中的外顯子序列143RNA位于某限制酶位點(diǎn)左200bp和右400bp。RNA位置二、Bal31核酸酶1.來源埃氏交替單胞菌（Alteromonoasespejiana）2.功能既有單鏈特異的DNA（RNA）內(nèi)切酶；又有雙鏈特異的DNA外切酶。降解雙鏈DNA或其上的單鏈缺口、未配對的單鏈區(qū)域。144二、Bal31核酸酶1.來源埃氏交替單胞菌（Altero4.Bal31的用途定位測定DNA片斷中的限制酶位點(diǎn)分布。3.反應(yīng)條件Mg2+、Ca2+EGTA（乙二醇雙四乙酸）專一性螯合Ca2+，可終止反應(yīng)。EcoRIEcoRIBamHIHindIII1454.Bal31的用途定位測定DNA片斷中的限制酶位點(diǎn)分布。②與對照組（不用Bal31消化）只用相同的酶切的電泳比較。③根據(jù)酶切片斷消失的先后順序，判斷這些片斷在原DNA中的位置。①用Bal31消化線性DNA，并在不同的時(shí)間加入EGTA終止反應(yīng)，再酶切電泳。Bal31控制消化法：146②與對照組（不用Bal31消化）只用相同的酶切的電泳比較。①EcoRIEcoRIBamHIHindIII分別用各個內(nèi)切酶切后電泳，記錄片斷數(shù)目和大小。EcoRIBamHIHindIIIMarker147EcoRIEcoRIBamHIHindIII分別用各EcoRIEcoRIBamHIHindIIIEcoRIEcoRIBamHIHindIIIBal31分別用原內(nèi)切酶切后電泳，判斷片斷數(shù)目和大小。HindIIIEcoRIBamHIMarker148EcoRIEcoRIBamHIHindIIIEcoR149149150150演講完畢，謝謝觀看！演講完畢，謝謝觀看！第二章基因工程的酶學(xué)基礎(chǔ)Enzymes152第二章基因工程的酶學(xué)基礎(chǔ)Enzymes1本章節(jié)內(nèi)容第一節(jié)限制性核酸內(nèi)切酶第二節(jié)DNA連接酶

第三節(jié)DNA聚合酶

第四節(jié)DNA修飾酶

第五節(jié)核酸外切酶第六節(jié)單鏈核酸內(nèi)切酶153本章節(jié)內(nèi)容第一節(jié)限制性核酸內(nèi)切酶2本章學(xué)習(xí)內(nèi)容重點(diǎn)討論限制性核酸內(nèi)切酶和DNA連接酶在DNA切割和連接中的應(yīng)用，并簡要介紹其他與基因克隆有關(guān)的其它的重要的酶。

154本章學(xué)習(xí)內(nèi)容重點(diǎn)討論限制性核酸內(nèi)切酶和DNA連接酶在DN一、限制性核酸內(nèi)切酶第一節(jié)限制性核酸內(nèi)切酶是一類能夠識別雙鏈DNA分子中的某種特定核苷酸序列，并由此處切割DNA雙鏈的核酸內(nèi)切酶。

（Restrictionendonuclease）155一、限制性核酸內(nèi)切酶第一節(jié)限制性核酸內(nèi)切酶是一類能夠識別2.性質(zhì)內(nèi)切酶主要來源于原核生物即在核酸分子鏈的內(nèi)部制造切口的酶。形成5’-P和3’-OH末端自我保護(hù)作用3.功能細(xì)菌的限制和修飾系統(tǒng)（R/M體系）1.來源1562.性質(zhì)內(nèi)切酶主要來源于原核生物即在核酸分子鏈的內(nèi)部制造切1576限制性內(nèi)切酶將侵入細(xì)菌體內(nèi)的外源DNA進(jìn)行分解，切成小片斷。（1）限制（Restriction）158限制性內(nèi)切酶將侵入細(xì)菌體內(nèi)的外源DNA進(jìn)行分解，切成小片斷。細(xì)菌自身的DNA堿基被甲基化酶甲基化修飾所保護(hù)，不能被自身的限制性內(nèi)切酶識別切割。（2）修飾（Modification）①Dam甲基化酶(DNAAdenineMethylase)GATC腺嘌呤N6位置引入甲基②Dcm甲基化酶(DNAcytosineMethylase)CCAGG或CCTGG序列在第二個C上C5位置上引入甲基159細(xì)菌自身的DNA堿基被甲基化酶甲基化修飾所保護(hù)，不能被自身的1609（3）限制與修飾系統(tǒng)相關(guān)的三個基因①hsdR:編碼限制性內(nèi)切酶②hsdM:編碼限制性甲基化酶③hsdS:編碼限制性內(nèi)切酶和甲基化酶的協(xié)同表達(dá)這類酶能識別DNA分子上的特定位點(diǎn)，并將雙鏈DNA切斷這類酶使DNA分子特定位點(diǎn)上的堿基甲基化，即起修飾DNA的作用。作用是協(xié)同上述兩種酶識別特殊的作用位點(diǎn)。161（3）限制與修飾系統(tǒng)相關(guān)的三個基因①hsdR:編碼限制1973年H.OSmith和D.Nathans提議的命名系統(tǒng)，命名原則如下：二、限制性內(nèi)切酶的命名用屬名的第一個字母和種名的頭兩個字母組成3個字母的略語表示寄主菌的物種名，組成酶的基本名稱。大腸桿菌（Escherichiacoli）用Eco表示；流感嗜血菌（Haemophilusinfluenzae）用Hin表示1621973年H.OSmith和D.Nathans提議的命名2.

如果酶存在于一種特殊的菌株中，則將該菌株名的第一個字母加在基本名稱后，若酶的編碼基因位于噬菌體（病毒）或質(zhì)粒上，則用一個大寫字母表示此染色體外遺傳成分。如HindⅡ：d菌株EcoRI：抗藥性R質(zhì)粒

1632.如果酶存在于一種特殊的菌株中，則將該菌株名的第一個字母3.

如果一種特殊的菌株內(nèi)有幾種不同的限制與修復(fù)系統(tǒng)，用羅馬字母表示該菌株中發(fā)現(xiàn)某種酶的先后次序。如HindⅡ：d菌株中發(fā)現(xiàn)的第二個酶4.

所有的限制酶，除以上名稱外還要冠以系統(tǒng)名稱。限制性內(nèi)切酶的系統(tǒng)命名為R，甲基化酶為M。如R.HindⅢ表示限制性內(nèi)切酶M.HindⅢ表示相應(yīng)的甲基化酶實(shí)際應(yīng)用中，R常被省略。1643.如果一種特殊的菌株內(nèi)有幾種不同的限制與修復(fù)系統(tǒng)，用羅馬Ⅰ型限制性內(nèi)切酶目前鑒定出四種不同類型的限制性內(nèi)切酶。主要的三種：三、限制性內(nèi)切酶的類型Ⅱ型限制性內(nèi)切酶Ⅲ型限制性內(nèi)切酶165Ⅰ型限制性內(nèi)切酶目前鑒定出四種不同類型的限制性內(nèi)首先由M.Meselson和R.Yuan在1968年從大腸桿菌B株和K株分離的。（1）識別位點(diǎn)序列EcoB：TGA(N)8TGCTEcoK：AAC(N)6GTGC1.Ⅰ型限制性內(nèi)切酶的基本特性如EcoB和EcoK。未甲基化修飾的特異序列。166首先由M.Meselson和R.Yuan在1968年從大腸桿需ATP、Mg2+和SAM（S-腺苷甲硫氨酸）（3）輔助因子在距離特異性識別位點(diǎn)約1000—1500bp處隨機(jī)切開一條單鏈，不產(chǎn)生特異片斷，應(yīng)用不大Recognizesitecut1-1.5kb（2）切割位點(diǎn)167需ATP、Mg2+和SAM（S-腺苷甲硫氨酸）（3）輔助因子首先由H.O.Smith和K.W.Wilcox在1970年從流感嗜血菌中分離出來。（1）識別位點(diǎn)序列未甲基化修飾的雙鏈DNA上的特殊靶序列（多數(shù)是呈典型的旋轉(zhuǎn)對稱型的回文結(jié)構(gòu)）。與DNA的來源無關(guān)，即沒有種的特異性。2.Ⅱ類限制性內(nèi)切酶的基本特性分離的第一個酶是HindⅡ基因工程用途最大168首先由H.O.Smith和K.W.Wilcox在1970稀有切割限制酶（rarecutter）可以識別6個以上的核苷酸序列的少數(shù)的限制內(nèi)切酶。如Not

I（GCGGCCGC）某些限制性內(nèi)切酶的識別序列中，某一個或兩個堿基并非嚴(yán)格專一。如HindⅡ可識別4種核苷酸序列：

Y:C或TR:A或GGTYRAC-3’5’-169稀有切割限制酶（rarecutter）可以識別6個以上的核EcoRI5’-GAATTC-3’3’-CTTAAG-5’PstI5’-CTGCAG-3’3’-GACGTC-5’

產(chǎn)生粘性末端EcoRV5’-GATATC-3’3’-CTATAG-5’

產(chǎn)生平齊末端（2）切割位點(diǎn)切開雙鏈DNA，形成粘性末端（stickyend）或平齊末端（bluntend）。如：識別位點(diǎn)處170EcoRI5’-GAATTC-3’EcoRV含有幾個核苷酸單鏈的末端。分兩種類型：GAATTC

CTTAA

GG

AATTCCTTAAG5’--3’3’--5’5’--3’3’--5’[1]粘性末端（stickyends，cohensiveends）ⅰ）5’端凸出（如EcoRI切點(diǎn)）171含有幾個核苷酸單鏈的末端。分兩種類型：GAATTCCTTACTGCAG

GACGTC5’--3’3’--5’5’--3’3’--5’CTGCAG

G

ACGTCⅱ）3’端凸出（如PstI切點(diǎn)）172CTGCAGGACGTC5’--3’3’--5’5’--3i）不同的DNA雙鏈：只要粘性末端堿基互補(bǔ)就可以連接。ii）同一個DNA分子內(nèi)連接：通過兩個相同的粘性末端可以連接成環(huán)形分子。這比連接兩個平齊末