免費(fèi)的在線數(shù)據(jù)庫、分子結(jié)構(gòu)庫及工具

1、一些計(jì)算化學(xué)相關(guān)的免費(fèi)的在線數(shù)據(jù)庫、分子結(jié)構(gòu)庫及工具 這是我平常收集的和計(jì)算化學(xué)/分子模擬有關(guān)的免費(fèi)的在線的庫和工具，這類網(wǎng)站是專門有意義的。下列網(wǎng)址于2009年7月8日驗(yàn)證皆可用，若無法訪問可嘗試代 理。前面有的代表比較重要。專門多在線工具需要java運(yùn)行環(huán)境。假如有其它好的免費(fèi)的化學(xué)相關(guān)的在線的庫或工具歡迎回帖補(bǔ)充，我也會在日后逐漸補(bǔ)充。1 在線信息數(shù)據(jù)庫部分 SDBS光譜數(shù)據(jù)庫：http:/riodb01.ibase.aist.go.jp/sdbs/cgi-bin/direct_frame_top.cgi簡介：專門好的有機(jī)化合物光譜數(shù)據(jù)庫，包含六類光譜：EI-MS、FT-IR、H-NMR

2、、C13-NMR、ESR、Raman。含3萬余個(gè)化合物，其中以 商業(yè)化學(xué)試劑為主，約2/3是6碳至16碳的化合物。數(shù)據(jù)大部分是其自行測定的，并不斷添加。能夠通過化合物、分子式、分子量、CAS/SDBS注冊號、 元素組成、光譜峰值位置/強(qiáng)度方式搜索。生物核磁共振數(shù)據(jù)庫：tein.osaka-u.ac.jp/depositCRYSTAL程序基組數(shù)據(jù)庫：http:/www.tcm.phy.cam.ac.uk/mdt26/crystal.html 計(jì)算化學(xué)比較和基準(zhǔn)數(shù)據(jù)庫(CCCBDB)：簡介：此數(shù)據(jù)庫包括各種量子化學(xué)方法、各種基組下對不同分子的各種屬性的計(jì)算結(jié)果，也包含實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)?？捎脕韺Ρ炔煌椒ㄓ?jì)

3、算結(jié)果優(yōu)劣，此數(shù)據(jù)庫內(nèi)容在不斷增加。 量化頻率計(jì)算校正因子：/vibscale.asp簡介：實(shí)際上確實(shí)是CCCBDB的一個(gè)子頁面，比較重要故單獨(dú)列出。IUPAC金屬絡(luò)合物穩(wěn)定常數(shù)數(shù)據(jù)庫：http:/www.acadsoft.co.uk注：需要付費(fèi)，可免費(fèi)下載試用版。 NIST化學(xué)數(shù)據(jù)庫：/chemistry簡介：是美國國家標(biāo)準(zhǔn)與技術(shù)研究院NIST的基于Web的物性數(shù)據(jù)庫。輸入分子查找條件，可獲得分子量、CAS登記號、各種熱力學(xué)數(shù)據(jù)、譜圖等信息，部分分子包含3D結(jié)構(gòu)。RESP ESP charge DDataBase(REDDB)：/REDDB/index.php簡介：分子的RESP電荷的數(shù)據(jù)庫

4、Uppsala Electron Density Server：http:/eds.bmc.uu.se/eds簡介：用于評價(jià)蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中晶體結(jié)構(gòu)電子密度。輸入pdb ID（比如1cbs）進(jìn)入后能夠?qū)Ω鞣N內(nèi)容做圖。點(diǎn)擊EDS Summary下面的Go按鈕能夠自動啟動基于java的電子密度圖可視化程序觀看電子密度圖，注意不要開啟掃瞄器的彈出窗口過濾。 上海有機(jī)所化學(xué)專業(yè)數(shù)據(jù)庫：34/scdb/default.htm簡介：十分有用的數(shù)據(jù)庫，免費(fèi)注冊。可獲得分子的紅外、質(zhì)譜譜圖、結(jié)構(gòu)、物化性質(zhì)、毒性、生物活性以及相關(guān)反應(yīng)等。還包括中英互譯、藥品名稱檢索等功能。 EMSL基組數(shù)據(jù)庫：/bse/port

5、alClarkson大學(xué)相對論有效勢數(shù)據(jù)庫：/pac/reps.html含重原子全電子STO基組數(shù)據(jù)庫：/Downloads/zorabasis/Welcome.html原子間勢參數(shù)數(shù)據(jù)庫：http:/www.dfrl.ucl.ac.uk/PotentialsStuttgart贗勢參數(shù)數(shù)據(jù)庫：http:/www.theochem.uni-stuttgar . ls/clickpse.en.htmlChemBioFinder：http:/chembiofinder.cambridgeso . r/SimpleSearch.aspx簡介：依照分子質(zhì)量、名稱或者自行繪制結(jié)構(gòu)，從幾十萬分子中搜索，得到

6、二維結(jié)構(gòu)、Smiles、InCHI字符串、分子量等簡單信息。Sigma-Aldrich公司產(chǎn)品數(shù)據(jù)庫：/Area . /United_States.html簡介：要緊用來獲得化合物IR、NMR譜圖。右上角輸入化合物的名字，搜索到后進(jìn)入相應(yīng)條目，假如在左側(cè)有FT-IR Raman、FT-NMR字樣，就能夠進(jìn)入察看，沒有則講明此化合物無光譜數(shù)據(jù)。也能夠獲得化合物的一些物性數(shù)據(jù)，但不全面。差不多物理常數(shù)數(shù)據(jù)庫：/cuu/Constants/index.html簡介；能夠查到精確的計(jì)算化學(xué)中涉及的物理常數(shù)及換算關(guān)系，如hartree-eV百奧知識數(shù)據(jù)庫：/html/sites/database/ind

7、ex.htm簡介：一個(gè)生物信息數(shù)據(jù)庫的比較全的列表，每個(gè)數(shù)據(jù)庫有簡單官方介紹。=2 結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫部分GLYCAM寡糖數(shù)據(jù)庫：/CCRC/Library/index.jsp ICSD無機(jī)晶體數(shù)據(jù)庫：http:/icsd.ill.fr/icsd/index.php簡介：免費(fèi)在線提供部分晶體結(jié)構(gòu)信息及cif文件。 NDB核酸數(shù)據(jù)庫：簡介：依照NDB ID，獲得核酸坐標(biāo)文件、出處等信息，類似RCSB蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫。PDBbind-CN：/index.asp簡介：收集了pdb數(shù)據(jù)庫中的生物分子復(fù)合物。給出受體、配體名稱、親和性、序列等信息，可在線觀看或下載結(jié)構(gòu)，可依照配體名稱、結(jié)構(gòu)搜索含有此配體的復(fù)合物。P

8、DB Wiki：/index.php/Main_Page簡介：基于PDB數(shù)據(jù)庫，對蛋白質(zhì)進(jìn)行了簡單分類，訪問者能夠給每個(gè)蛋白添加注釋。sc-PDB：http:/bioinfo-pharma.u-strasbg.fr/scPDB簡介：收集了PDB數(shù)據(jù)庫中含有能夠?yàn)樗幬锝Y(jié)合的位點(diǎn)的蛋白?？梢勒张潴w、蛋白、結(jié)合方式為特征進(jìn)行搜索。 RCSB PDB數(shù)據(jù)庫：/pdb/home/home.doHPDB蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫：簡介：河北大學(xué)的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫，可通過此庫間接下載到RCSB蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫的文件。有中文PDB文件格式的介紹，比較有用，還有另外一介紹蛋白質(zhì)的些文章。 ZINC化合物虛擬篩選數(shù)據(jù)庫：/index.

9、shtml簡介：依照自定義的化合物的性質(zhì)，在800萬種以上可買到的產(chǎn)品中進(jìn)行篩選。能夠下載到結(jié)構(gòu)文件。 PubChem：簡介：NCBI下屬的小分子數(shù)據(jù)庫，包括化合物、物質(zhì)、生物活性三大數(shù)據(jù)庫，含上千萬條目并不斷增加。可通過分子結(jié)構(gòu)、名稱、分子式、分子量、 XLogP、氫鍵信息方式查詢。能夠得到分子的簡介、化學(xué)結(jié)構(gòu)、XLogP（自動計(jì)算）、同義詞、生物活性、毒性、藥理學(xué)信息及分類、SMILE和 InChI/key字符串、相似化合物、2D的SDF文件。一些結(jié)構(gòu)還有3D SDF結(jié)構(gòu)文件，進(jìn)入條目后可在頁面最下面點(diǎn)SDF按鈕保存，可被一些軟件直接讀取，如ChemBio3D。是一個(gè)專門有用的獲得小分子三

10、維結(jié)構(gòu)的方法。SuperNature天然產(chǎn)物數(shù)據(jù)庫：http:/bioinformatics.charite.de/supernatural簡介：幾萬種天然產(chǎn)物數(shù)據(jù)庫，可通過名稱、結(jié)構(gòu)、相似度、LogP、分子量、分子式等信息搜索，也能夠繪制結(jié)構(gòu)或依照結(jié)構(gòu)模版搜索，可在線觀看結(jié)構(gòu)，并獲得凈電荷、偶極矩、手形中心數(shù)目、可旋轉(zhuǎn)鍵數(shù)目、氫鍵受/配體等信息。蛋白質(zhì)pKa數(shù)據(jù)庫(PPD)：http:/www.jenner.ac.uk/PPD蛋白質(zhì)分類數(shù)據(jù)庫(CATH)：簡介：其中結(jié)構(gòu)來自PDB數(shù)據(jù)庫，半自動地對每個(gè)結(jié)構(gòu)依照二級結(jié)構(gòu)、形狀、拓?fù)?、同源性進(jìn)行了分類，能夠依照這些特點(diǎn)進(jìn)行分類查詢。蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類

11、數(shù)據(jù)庫(SCOP)：http:/scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop簡介：和CATH的功能類似，包含幾萬個(gè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)。然而是人工對每個(gè)蛋白結(jié)構(gòu)進(jìn)行分類，比CATH的分類更為合理。結(jié)構(gòu)分類基于四個(gè)層次：class、fold、superfamily、family。結(jié)構(gòu)相似蛋白質(zhì)家族數(shù)據(jù)庫(FSSP)：http:/srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi- . i2u1RffMj+-lib+FSSP簡介：此數(shù)據(jù)庫對pdb數(shù)據(jù)庫中的結(jié)構(gòu)使用Dali算法進(jìn)行了相似度計(jì)算，用以找到相似蛋白質(zhì)。=3 在線工具部分 Dali server：http:/ekhidna.biocente

12、r.helsinki.fi/dali_server簡介：輸入PDB ID或者上傳PDB，服務(wù)器會對此結(jié)構(gòu)與PDB數(shù)據(jù)庫中的結(jié)構(gòu)用dali算法計(jì)算，將其中有一定結(jié)構(gòu)相似度的PDB列出。通過復(fù)選框選擇幾個(gè)結(jié)構(gòu)，能夠?qū)Ρ刃蛄?，以及在線觀看它們重疊后的3D結(jié)構(gòu)。Dali Database(http:/ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali/start)每年更新兩次，假如是在更新日期往常公布的pdb，能夠直接在Dali Database里面查詢之前已算好的結(jié)果，而不必在Dali server里面重新計(jì)算。在線生成金剛石結(jié)構(gòu)（包括同晶體結(jié)構(gòu)的硅、鍺）：/research/di

13、amondonline.html在線生成石墨結(jié)構(gòu)：/research/graphiteonline.html在線生成碳納米管結(jié)構(gòu)：/research/tubegenonline.htmlADIT蛋白質(zhì)檢查工具：/adit簡介：能夠自行上傳pdb文件，通過Validate操作，自動通過PROCHECK程序繪制出各種圖表用以檢查蛋白質(zhì)。包括ramachandran 圖，chi1-chi2圖，主鏈/側(cè)鏈信息圖（解析度標(biāo)準(zhǔn)偏差、不合理接觸等）、二級結(jié)構(gòu)圖、扭轉(zhuǎn)角分布、鍵長距離分布、側(cè)鏈上平面結(jié)構(gòu)偏差分布、主鏈鍵 長鍵角扭曲情況。webPIPSA(Protein Interaction Property

14、 Similarity Analysis)：/pipsa簡介：上傳pdb/pqr或輸入pdb ID，自動調(diào)用APBS/UHBD計(jì)算它們的靜電勢，依照一定規(guī)則繪制成距離矩陣，并做簇分析。能夠分析不同蛋白質(zhì)在相互作用上的相似性。能夠下載到運(yùn)行 期間的中間文件，包括轉(zhuǎn)化后的pqr和計(jì)算得到的grid格點(diǎn)文件，可被vmd等軟件讀取。CASTp：/castp/calculation.php簡介：找出某蛋白所有口袋或孔洞，并得到它們的容積和表面積，有助于研究潛在的配體結(jié)合位點(diǎn)。SFoldRate預(yù)測蛋白質(zhì)折疊速率：/lab/tools/foldingrate/fr0.htmlALOGPS：/lab/alo

15、gps簡介：在線上傳分子結(jié)構(gòu)，計(jì)算LogP、水溶性、PKa、SMILE字符串等信息。支持分子結(jié)構(gòu)格式十分多。CORINA：/online_demos/corina_demo.html簡介：通過SMILE字符串得到分子的結(jié)構(gòu)文件一些有用的晶體學(xué)工具：http:/www.cryst.ehu.esGETAREA：/getarea.html簡介：計(jì)算分子SASA和溶解能，服務(wù)器不太穩(wěn)健DockingServer：/web/?簡介：在線分子對接，須注冊，對免費(fèi)用戶功能有限制GLYCAM在線構(gòu)建糖、糖蛋白結(jié)構(gòu)：/ccrc/biombuilder/biomb_index.jspMolEdit：1/moled

16、it.htm簡介：在線繪制2D結(jié)構(gòu)，自動轉(zhuǎn)化為三維坐標(biāo)文件，支持格式專門多。 E-Babel：/lab/babel簡介：相當(dāng)于在線版的Babel，能夠支持幾十種結(jié)構(gòu)文件格式的轉(zhuǎn)換。注意不要打開掃瞄器彈出窗口過濾功能。 Opal Dashboard：/opal2/GetServicesList.do簡介：一大批軟件的在線計(jì)算工具，包括MEME（搜索一組DNA/蛋白序列中的基序），APBS（解PB方程得到靜電勢分布、溶解自由 能），PDB2PQR（往pdb格式中添加原子半徑信息，轉(zhuǎn)為apbs等軟件所需的pqr文件），Prepare receptor/GPF（創(chuàng)建pdbqt、GPF文件），Autog

17、rid（計(jì)算autodock所需的格點(diǎn)文件），Autodock（分子對 接），F(xiàn)IMO，GLAM2，GLAM，GOMO。在線版PDB2PQR：/pdb2pqrProdrg 2.5：http:/davapc1.bioch.dundee.ac.uk/cgi-bin/prodrg_beta簡介：輸入結(jié)構(gòu)或者在線繪制結(jié)構(gòu)，生成gromacs等軟件的拓?fù)湮募?，以及加過氫的pdb、gro、mol結(jié)構(gòu)文件。支持gromos87/96力場，支持結(jié)構(gòu)優(yōu)化。Karlsberg+：http:/agknapp.chemie.fu-berlin.de/karlsberg/index.php簡介：基于線性PB方程在線計(jì)算

18、蛋白質(zhì)PkaPROPKA：http:/propka.ki.ku.dk簡介：輸入PDB ID或者上傳pdb文件，計(jì)算PKa。輸出結(jié)果包括每個(gè)殘基的Pka，不同PH下的蛋白去折疊化能、最穩(wěn)定時(shí)的PH值，折疊與去折疊時(shí)在不同PH下所帶電 荷、等電點(diǎn)PH、緩沖能力。盡管獨(dú)立狀態(tài)的氨基酸的PKa是已知的，但在蛋白中由于受到周圍其它氨基酸的阻礙PKa會發(fā)生改變，故此程序有助于正確推斷在 不同PH環(huán)境下模擬蛋白質(zhì)時(shí)氨基酸所應(yīng)處的質(zhì)子化態(tài)。H+：/H+簡介：通過隱式溶劑(GB/PB)和分子力學(xué)模型計(jì)算Pk，并依照指定PH自動將結(jié)構(gòu)質(zhì)子化ProBuilder：1/probuilder.htm簡介：輸入蛋白質(zhì)序列

19、和預(yù)期的二級結(jié)構(gòu)生成蛋白結(jié)構(gòu)文件PDBsum：http:/www.ebi.ac.uk/pdbsum簡介：輸入PDB ID或者序列，顯示蛋白質(zhì)信息、差不多結(jié)構(gòu)特征、結(jié)構(gòu)出處的文獻(xiàn)摘要，可調(diào)用PROCHECK分析結(jié)構(gòu)，可在線觀看3D結(jié)構(gòu)。 PLATINUM：http:/model.nmr.ru/platinum簡介：此程序基于分子疏水勢的概念。上傳受體/配體結(jié)構(gòu)文件后計(jì)算，會顯示分子總面積、極性面積、非極性面積的大小。得到的疏水勢格點(diǎn)文件可保存也能夠在 線自動調(diào)用Jmol觀看，以不同顏色描述分子的疏水/親水性質(zhì)，能夠直觀了解受、配體不同方式的的結(jié)合能力。關(guān)于脂體系能夠顯示2D疏水圖。 Marvin

20、Sketch：/marvin/sketch/index.jsp簡介：一款功能強(qiáng)大的繪制分子結(jié)構(gòu)、反應(yīng)式并計(jì)算相關(guān)性質(zhì)的軟件的在線版，需要java運(yùn)行環(huán)境，載入較慢?？勺孕欣L制也能夠直接通過名字生成結(jié)構(gòu) (edit-import name)，能夠直接從模版庫/基團(tuán)庫中插入結(jié)構(gòu)(insert-template library/group)，能夠保存結(jié)構(gòu)文件到本地。能夠顯示周期表(view-periodic table)，獲得smile字符串(選中分子，edit-save as smile，然后隨便找個(gè)文本框paste)，顯示3D結(jié)構(gòu)(view-Open MarvinView3D/Space)，給出

21、結(jié)構(gòu)的名字(tools-Naming)，得到分子式、分子量、元素組成(tools-Elemental analysis)，繪制滴定曲線、計(jì)算PKa、等電點(diǎn)、獲得指定PH環(huán)境下的被質(zhì)子化/去質(zhì)子化后的結(jié)構(gòu)(tools-Protonation)，計(jì)算 LogP、LogD(tools-partitioning)，計(jì)算原子電荷、極化率、軌道電負(fù)性(tools-charge)，獲得互變異構(gòu)體、立體異 構(gòu)體(tools-isomers)，計(jì)算各個(gè)異構(gòu)體的能量、做簡單分子動力學(xué)(tools-conformation)，結(jié)構(gòu)拓?fù)浞治?、?yōu)化并計(jì)算能 量、計(jì)算SASA(tools-geometry)，顯示氫鍵供體

22、/受體原子數(shù)目、Huckel分析、計(jì)算折射率、顯示共振結(jié)構(gòu)、獲得結(jié)構(gòu)框架 (tools-other)。在程序下方文本框中能夠使用Chemical term語言編寫表達(dá)式來通過性質(zhì)篩選分子、計(jì)算屬性。亦可免費(fèi)下載此軟件的單機(jī)版。MarvinSpace：/marvinspace/applet.html簡介：在線的基于java的分子可視化程序，使用Opengl庫，支持pdb、mol和cub格點(diǎn)文件?？捎肗ewCartoon等方式顯示蛋白質(zhì)骨架結(jié)構(gòu)，能夠用幾種方式顯示分子表面，并在上面用顏色顯示包括靜電勢在內(nèi)的幾種信息。缺點(diǎn)是程序載入專門慢。REDS(RESP ESP charge Derive Server)：/REDS簡介：在線計(jì)算RESP電荷，注冊十分苦惱。計(jì)算RRKM反應(yīng)速率：/rrkm.htmlDynDom：http:/fizz.cmp.uea.ac.uk/dyndom/runDescription.jsp簡介：輸如蛋白質(zhì)分子的兩個(gè)構(gòu)象，可分析出構(gòu)象變化所繞著的旋轉(zhuǎn)軸，以及導(dǎo)致結(jié)構(gòu)變化的關(guān)鍵殘基。結(jié)果能夠用rasmol程序顯示。StrucTools：/structbio/basic.html簡介：能夠繪制蛋白質(zhì)二級序列圖，計(jì)算主鏈氫鍵，繪制B因子-殘基圖，計(jì)算殘基所占體積并繪圖，計(jì)算殘基SASA，做Ramachand