甲基化與液態(tài)活檢課件

1、Identification of methylation haplotype blocks aids in deconvolution of heterogeneous tissue samples and tumor tissue-of-origin mapping from plasma DNA 文章主要內(nèi)容使用甲基化測序解決兩個液態(tài)活檢中兩個重要問題：腫瘤的異質(zhì)性腫瘤的來源問題估算腫瘤細胞載荷背景知識甲基化測序亞硫酸鹽洗脫：C C（甲基化）C U T（未甲基化）DNA甲基化的生物學功能:DNA甲基化與遺傳物質(zhì)的穩(wěn)定性DNA甲基化與基因表達調(diào)控DNA甲基化與表觀遺傳學DNA甲基化與胚胎發(fā)

2、育DNA甲基化與腫瘤DNA甲基化與腫瘤腫瘤細胞的特征： 癌基因低甲基化 被激活； 抑癌基因高甲基化 被沉默腫瘤中普遍存在DNA甲基化狀態(tài)的改變，其特點是總體的甲基化水平降低與局部的甲基化水平升高。 低甲基化可誘導(dǎo)原癌基因和轉(zhuǎn)座子成分活化，基因印跡缺失以及染色體不穩(wěn)定性增加，最終誘發(fā)腫瘤在整體低甲基化的水平下，某些抑癌基因發(fā)生高甲基化，導(dǎo)致基因沉默，對腫瘤抑制能力低下甲基化水平與腫瘤生物學特性密切相關(guān)，DNA甲基化水平越低，染色體越容易發(fā)生功能異常，腫瘤的浸潤能力就越高，臨床分期也愈晚DNA甲基化檢測方法基于芯片：illumina和Agilent二代測序平臺：whole-genome bisul

3、fite sequencing (WGBS) Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)*注 RRBS：利用限制性內(nèi)切酶對基因組進行酶切，可以極大幅度的提高CpG區(qū)域的測序深度，與全基因組甲基化測序相比，測序量將大大減少，并在CpG島、啟動子區(qū)域和增強子元件區(qū)域達到更高精度的分辨率文獻內(nèi)容重要前提條件甲基化具有細胞特異性甲基化單倍型（methylation haplotype block，MHB）能夠有效提高分辨率鑒定MHB共鑒定出147,888 個MHBR2 約等于1在癌癥樣本中，相比于其它樣本，MHB中CpG 緊密度明顯下降（94.

4、8% 91.2% 87.8%）鑒定MHB一個MHB示例基于MHL進行定量分析概念：MHL，methylation haplotype load，用一個矩陣，表現(xiàn)在一個MLB中，不同的CpG島的甲基化模式基于MHL進行定量分析基于MHL進行聚類，顯著區(qū)分不同細胞來源，且優(yōu)于別的定量方法15% most-variable MHB 使用MHB及MHL進行cfDNA分析數(shù)據(jù)來源：Single-cell RRBSBiomarker：cancer-associated highly methylated haplotypes (caHMHs)Cancer DNA載荷分析：deconvolution analysis （基于simulation data）使用MHB及MHL進行cfDNA分析基于MHL，癌癥細胞與正常體細胞存在明顯不同的pattern選取的用于后續(xù)分析的區(qū)域：High MHL in solid tissues from patientsLow MHL in health peopleG