DtiStudio讀梯度表.bvec的方法步驟

1、DtiStudio是DTI數(shù)據(jù)處理的一種常用工具，大家在用DtiStudio讀入數(shù)據(jù)時，要經(jīng)過一個讀入梯度表的過程，如下圖1所示：GracienlTabs0:0.000,0.000,0ODO-1000.0.0000OOD2.-0.89,0.520,O.OOD3:0.1OS0:0.000,0.000,0ODO-1000.0.0000OOD2.-0.89,0.520,O.OOD3:0.1OS5GE.0S18-0.891-0.35,-0.315斤1JD3-073Gr6776.0.868,-0238,0.367:-0.799,0.370,Q.47S6.0.102,0.967,0ODO9:-0.8GG,

2、-0.129,0.133Hints:Thegradientiadeinedas:zGradient(0A0)meansaBOiinaga.(100.100,100)wllexcludtheimagefromtensorcalcuIatonSelectspre-definedgradenttabls不同品牌MRI機型的原始數(shù)據(jù)格式是不同，有的廠商如飛利浦的數(shù)據(jù)的梯度文件.grad可以直接用，用寫字板打開，復(fù)制粘貼，輕松簡單；可其它不少廠商如GE的數(shù)據(jù)的梯度表不能直接讀入，這就不好辦了。DTI實驗一般擴散方向至少要選擇20來個，如果要是手工輸入的話那可老費事了，而且不同被試不同實驗使用的梯度可能都

3、不同，這樣工作量太大了。我花了一些時間上網(wǎng)查資料，總結(jié)出了一套讀梯度的步驟，分享給大家。一、獲取原始梯度表。大家在處理DTI數(shù)據(jù)之前，一般都要先將原始DICOM文件轉(zhuǎn)化成NIfTI格式文件，它包含四個子文件，后綴分別是.bval.bvec.hdr.img。這個.bvec里面就是梯度表信息，用記事本打開發(fā)現(xiàn)是3*N的矩陣，而DtiStudio要求的梯度表卻是N*3的矩陣，這樣就需要一個矩陣轉(zhuǎn)置的過程。二、用MATLAB對原始梯度表進行轉(zhuǎn)置。大家可能有更好的轉(zhuǎn)置方法，而我就會MATLAB，這里我就展示用MATLAB處理的步驟。首先是讀取.bvec文件，在MATLAB命令窗口輸入uiopen，選擇要

4、處理的.bvec文件，會彈出一個文本，顯示一個3*N的矩陣，如下:|1-ld.LdB-4.S34.OLdOd&-4.TQbDliU-OLdM-4.ME-4.EE4.43EOlEM4.E2EOlB-OlKSd.GibSOlM00D.E290.5RI-fl.735-A.23B山570MT-IX.125-0-CLBS2-D.1E2a.7S山M-D-D.D5-fl.075-fl0BP20.74.&43-D.53D.MSQ0Da.Bia-0L31Ga.S?7L4M4.47ED0.4&J丄23-OLfifli0.rD64.192-OlffiO.fM-fl.FEE-fl.flTB-4.EB4-0.366!0

5、L14B-OlTlJ4.202億圈P3為了轉(zhuǎn)置，首先要將上述梯度表變成矩陣，即套上;如下:3a-LYLa.pB-D.3B4乩口2D-E&3-.735fl.162-D_EtaCl2l2-0.066-D-55&.J3SD.53D.6553-i.MTQ.4.L3Q.舶白-D_462L502T.玄N-0.2&7D-Q4Odd.52B0.5fl5-CLT7W-5.23Bft.370.97-ft?-fl.$15-MMT5U-O.-3EE0l7B0.CI3-0.flEB-O.M-fl.OTflD.SEZOiTI0.41T呵0d.31.9.oaao-Bia-目t.別心(lm陰ol；i嗣yl7ua.2020.爼

6、m-d_M7j|然后復(fù)制矩陣賦值給變量a,即輸入命令a=復(fù)制內(nèi)容，接著輸入b=a，就獲得符合要求的N*3轉(zhuǎn)置矩陣b了，見下頁圖4。但是這樣的矩陣直接復(fù)制到DtiStudio的梯度表框內(nèi)是會運行出錯的，因為DtiStudio還要求了梯度表輸入的格式。三、調(diào)整梯度表矩陣格式，使其滿足輸入要求。DtiStudio的梯度表輸入要求是矩陣每行三個變量前要有擴散方向的序號，而且變量之間要有逗號相隔。我就按照這個要求修改矩陣。首先把轉(zhuǎn)置后的梯度表寫入Excel，這樣就方便編輯了。在MATLAB中，矩陣數(shù)據(jù)寫入Excel的命令如下:xlswrite(F:DTIGradientTable.xls,b,Sheet

7、1,A1:C26)(這里要注意修改文件路徑；C26代表有多少個擴散方向，也要注意修改數(shù)值。另外，使用這個命令是有必要的，直接復(fù)制矩陣到Excel的話，更加不好編輯了，大家可以試試。)然后，就是補入序號，冒號和逗號了。如下圖5:-1.0000-0.Sd9O0.1080-0.88400.00300.S6SQ-0.79900.1620-0.S66O0.2120-0.0080-0.55000.43500.69900.52500.6000-0.6530-0.20700.l3O-1.0000-0.Sd9O0.1080-0.88400.00300.S6SQ-0.79900.1620-0.S66O0.2120

8、-0.0080-0.55000.43500.69900.52500.6000-0.6530-0.20700.l3O0.4360-0.46200.SOSO-0.S24O-0.29700.0400O.J0.5fl50-0.3450-0.7360-0.23SO0.37000.9870-0.1290-0.9360-0.S92O-0.5440-0.42200.78000.0300-0.S88O-0.0600-0.0760-0.69900.S22O0.87400.4880-0.53000.34900.3180A10213243546576879B10911LD12111312141315141615171

9、6.817L9LS20L921202221232224232324262b-0.849-0.E660.8180CLR680.162一山S5L00-48B0.3490.31B-0.31500.4J600.47500.23LO一Aid600.1820-0.5310-0.3060ci.sago0.IOS7699a822o,a?4這樣就符合要求了，可是復(fù)制粘貼過去DtiStudio還是不行啊，會運行出錯。我反復(fù)試驗，原來數(shù)值和逗號之間是不能有空格的。這樣的話就要把全部空格去掉，空格也挺多的，一個個刪太麻煩，這里用WORD的批處理方法就容易了。接下來復(fù)制Excel中的梯度表到WORD里（粘貼時選擇“只保留文本”），然后調(diào)入“查找與替換”選