NGS結(jié)果分析流程課件

1、NGS結(jié)果分析流程第1頁，共22頁。一、測序數(shù)據(jù)初步分析第2頁，共22頁。第3頁，共22頁。第4頁，共22頁。第5頁，共22頁。二、結(jié)果下載，文件按要求命名打印1，與實(shí)驗記錄裝訂一起，為實(shí)驗整體情況記錄2，與每個樣本結(jié)果分析表裝訂一起，為每個樣本分析情況記錄實(shí)驗結(jié)果文件夾input文件夾下的相應(yīng)bam、bai、vcf分別命成“項目名簡寫及樣本號”的形式（如圖）第6頁，共22頁。三、生物信息學(xué)分析上完機(jī)，在fenziyichuan-06電腦“E/NGS_Results/NGS實(shí)驗結(jié)果分析記錄表”中記錄實(shí)驗材料編號（即上機(jī)時間）、樣本號、項目等內(nèi)容，如圖： 欲進(jìn)行結(jié)果分析者，需先到這個表中登記領(lǐng)取

2、，填寫“分析者”、“領(lǐng)取日期”。第7頁，共22頁。輸入命令重點(diǎn)關(guān)注4個文件第8頁，共22頁。圖注：1，顏色及對應(yīng)意義：黑，5UTR;深藍(lán)，外顯子；淡藍(lán)，內(nèi)含子；灰，3UTR。第9頁，共22頁。第10頁，共22頁。結(jié)果分析表第11頁，共22頁。 流程總結(jié)： 1,先找是不是有stop gain、frameshift或splicing mutation（GTAG規(guī)則），因為這些突變形式是公認(rèn)的致病突變形式，極有可能是致病的； 2,其次我們看missense mutation，結(jié)合看是不是SNP（dbSNP，1000 genomic），有沒有文獻(xiàn)報道（HGMD和google），或者預(yù)測得分（此處應(yīng)清楚

3、一般預(yù)測軟件的預(yù)測打分原理：包括氨基酸的理化性質(zhì)、保守性等；這也表明得分高的不一定致病，因為氨基酸的變化也有可能使蛋白功能更強(qiáng)，雖然這種可能性較小，但像ABCC8、KCNQ1的激活突變導(dǎo)致高胰島素血癥低血糖癥）； 3,再次，我們看內(nèi)含子區(qū)的變異，我們應(yīng)給它一個命名然后去serach HGMD數(shù)據(jù)庫或google，因為我們知道除了GTAG外，剪接體識別的保守序列還有其他的位置，比如分支點(diǎn)等等，其他點(diǎn)的突變也可能產(chǎn)生新的剪接位點(diǎn)；我們還要看同義突變，雖然不影響蛋白但可能影響剪接。 4,最后，我們要注意是不是可能有大片段的缺失/重復(fù)突變的可能，或者其他的復(fù)雜突變形式（如內(nèi)含子倒位），染色體結(jié)構(gòu)上的變

4、異等。在分析結(jié)果的整個過程中，分析者一定要在心里時刻記著兩點(diǎn)：1.這個基因可能發(fā)生的任何突變形式，防止漏檢；2.測序平臺方法的局限性：如homopolymeric stretches的測序問題、ins/del測不準(zhǔn)的問題，隨讀長延伸信號衰減的問題等。 第12頁，共22頁。ACMG recommendations for standards for interpretation and reporting of sequence variations:Revisions 2007(1)sequence variation is previously reported and is a recog

5、nized cause of the disorder;已經(jīng)報道和公認(rèn)的為致病原因的變異；(2) sequence variation is previously unreported and is of the type which is expected to cause the disorder; 未報道的但預(yù)計是致病因素的變異；(3) sequence variation is previously unreported and is of the type which may or may not be causative of the disorder; 未報道的且可能是也可能不是

6、致病因素的變異；(4) sequence variation is previously unreported and is probably not causative of disease;未見報道的和可能的非致病性變異； (5) sequence variation is previously reported and is a recognized neutral variant; 已報道的和公認(rèn)的中性非致病性的變異；(6)sequence variation is previously not known or expected to be causative of disease,

7、 but is found to be associated with a clinical presentation. 未知的或預(yù)計不是致病因素但與某一臨床表現(xiàn)相關(guān)的變異。第13頁，共22頁。第14頁，共22頁。案例分享1第15頁，共22頁。第16頁，共22頁。第17頁，共22頁。第18頁，共22頁。974697479748?9749c.11153+5GC,hetc.11153+5GC,hetc.11153+5GC,hetwt第19頁，共22頁。一、結(jié)果解釋：1，未檢測到受檢者PKD1，PKD2，PKHD1基因外顯子編碼區(qū)的致病突變。c.11153+5GC變異未見文獻(xiàn)報道，臨床意義不明，建議

8、結(jié)合臨床表現(xiàn)綜合判斷。2，由于NGS測序方法的局限性，本檢測尚存在一定可能性漏檢某些突變位點(diǎn)，詳見“方法及局限性”。3，本檢測結(jié)果不能排除大片段缺失/重復(fù)突變，若受檢者臨床表現(xiàn)及其他檢測結(jié)果強(qiáng)力支持多囊腎病診斷，可考慮進(jìn)行多囊腎病相關(guān)基因MLPA檢測。二、結(jié)果解釋：1，c.11153+5GC變異未見文獻(xiàn)報道，對10個正常人樣本的該位點(diǎn)進(jìn)行檢測未發(fā)現(xiàn)此變異。同時，該變異經(jīng)剪接位點(diǎn)預(yù)測，認(rèn)為其可能致病。綜合分析，該變異極可能致病。2，PKD1基因突變引起的多囊腎通常以常染色體顯性的方式遺傳。綜合判斷，受檢者及其父親和爺爺可能符合多囊腎患者的基因特征。但由于該變異未見文獻(xiàn)報道，故不能排除大片段缺失/重復(fù)突變引起多囊腎癥狀，若受檢者臨床表現(xiàn)及其他檢測