《同源重組修復(fù)缺陷臨床檢測(cè)與應(yīng)用專家共識(shí)（2021版）》要點(diǎn)匯編

1、 HYPERLINK /s?_biz=MzIzNjYwNzkzNg=&mid=2247487548&idx=6&sn=fda661c6deaced8a784feba081507a38&chksm=e8d41093dfa399859250b4bb66989c33f4e1983bcf89f7c4957340b19a1f94d5d20d3d8c2d39 l rd t _blank 同源重組修復(fù)缺陷臨床檢測(cè)與應(yīng)用專家共識(shí)（2021版）要點(diǎn) 同源重組修復(fù)（HRR）是DNA雙鏈斷裂（DSB）的首選修復(fù)方式。同源重組修復(fù)缺陷（HRD）通常指細(xì)胞水平上的HRR功能障礙狀態(tài)，可由HRR相關(guān)基因胚系突變或體細(xì)胞突

2、變以及表觀遺傳失活等諸多因素導(dǎo)致，常存在于多種惡性腫瘤中，其中在卵巢癌、乳腺癌、胰腺導(dǎo)管癌、前列腺癌等腫瘤中尤其突出。HRD會(huì)產(chǎn)生特定的、可量化的、穩(wěn)定的基因組改變，可通過建立基于基因組特征分析的評(píng)估體系來預(yù)測(cè)腫瘤HRD狀態(tài)及其程度，已成為晚期卵巢癌患者臨床應(yīng)用聚腺苷二磷酸核糖聚合酶PARP抑制劑的新型生物標(biāo)志物，也可能對(duì)乳腺癌、前列腺癌等腫瘤的 PARP 抑制劑和鉑類藥物的臨床用藥具有指導(dǎo)價(jià)值。1 HRD定義描述DNA損傷是通過相互關(guān)聯(lián)的多種途徑修復(fù)的，其中，HRR是負(fù)責(zé)修復(fù)DSB與DNA鏈間交聯(lián)最為準(zhǔn)確且高保真的DNA損傷修復(fù)系統(tǒng)。HRD通常指細(xì)胞水平上的HRR功能障礙狀態(tài)，當(dāng)HRD存在時(shí)

3、，DSB會(huì)過度依賴非同源末端連接（NHEJ）、微同源末端連接（MMEJ）和單鏈退火途徑（SSA）等低保真、高易錯(cuò)的替代性DNA損傷修復(fù)途徑，從而極可能造成核酸序列的插入/缺失，拷貝數(shù)異常，并引起染色體交聯(lián)，造成基因組和染色體不穩(wěn)定。HRD 可由HRR相關(guān)基因胚系突變或體細(xì)胞突變以及表觀遺傳失活等諸多因素導(dǎo)致。HRR是一條涉及多個(gè)步驟的復(fù)雜信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路，其中關(guān)鍵蛋白為乳腺癌易感基因（BRCA）。當(dāng)前仍不斷有新基因或機(jī)制被發(fā)現(xiàn)參與HRR調(diào)控，如UBQLN4、RBBP8等基因。HRD的存在會(huì)使腫瘤細(xì)胞對(duì)誘發(fā)DNA交聯(lián)的鉑類藥物高度敏感，同時(shí)應(yīng)用PARP抑制劑可促發(fā)腫瘤細(xì)胞合成致死。目前HRD正逐步發(fā)

4、展成為新型生物標(biāo)志物并用于腫瘤精準(zhǔn)治療，HRD臨床檢測(cè)也日益受到重視。專家共識(shí)：HRD通常指細(xì)胞水平的HRR障礙狀態(tài)，HRD會(huì)產(chǎn)生可量化的、穩(wěn)定的基因組改變，目前主要通過LOH、TAI和LST3個(gè)指標(biāo)的綜合檢測(cè)得出GIS，臨床實(shí)踐中以BRCA1/2基因致病性突變與GIS評(píng)估腫瘤HRD狀態(tài)。鑒于HRR通路以及細(xì)胞信號(hào)通路的復(fù)雜性，通過臨床檢測(cè)方法實(shí)現(xiàn)腫瘤細(xì)胞 HRD 全面而準(zhǔn)確的評(píng)估仍具挑戰(zhàn)。2 HRD的臨床應(yīng)用2.1 HRD腫瘤臨床病理及分子特征惡性腫瘤中HRD的發(fā)生率與腫瘤部位、組織學(xué)類型及其所采用的檢測(cè)方法密切相關(guān)。HRD陽(yáng)性卵巢癌更多見于高級(jí)別漿液性癌，初診時(shí)常伴有更高水平的血清CA12

5、5，其臨床預(yù)后較好。HRD陽(yáng)性乳腺癌具有更高的組織學(xué)分級(jí)，更高的Ki-67指數(shù)，也更傾向于PR陰性，更多見于三陰性乳腺癌（TNBC），對(duì)其亞型進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn)，腔型/雄激素受體亞型（LAR）相較其他亞型的HRD評(píng)分低。HRD 是較穩(wěn)定的惡性腫瘤分子標(biāo)記。專家共識(shí)：HRD是惡性腫瘤較為常見的分子標(biāo)記，卵巢癌、乳腺癌、前列腺癌、胰腺癌發(fā)生率較高；HRD陽(yáng)性卵巢癌、乳腺癌表現(xiàn)出一定的臨床病理學(xué)特征，BRCA相關(guān)的遺傳性乳腺癌和卵巢癌表現(xiàn)更顯著。HRD是較穩(wěn)定的惡性腫瘤分子標(biāo)記，其評(píng)估通常不受腫瘤取材部位（同一部位不同病灶或原發(fā)和轉(zhuǎn)移病灶）影響。2.2 HRD臨床檢測(cè)的應(yīng)用價(jià)值目前全球已有多種 PARP

6、 抑制劑獲批上市，如由FDA批準(zhǔn)的奧拉帕利（Olaparib），魯卡帕利（Rucaparib），尼拉帕利（Niraparib），他拉唑帕利（Talazoparib）以及近期由NMPA批準(zhǔn)的氟唑帕利（Fluzoparib）和帕米帕利（Pamiparib）等，已相繼在卵巢癌、前列腺癌、乳腺癌、胰腺癌等腫瘤中獲批諸多適應(yīng)證，與此同時(shí)，HRD臨床檢測(cè)作為PARP抑制劑重要的療效預(yù)測(cè)標(biāo)志物也得以迅速發(fā)展。專家共識(shí)： HRD臨床檢測(cè)在PARP抑制劑治療晚期卵巢癌療效預(yù)測(cè)中具有重要的應(yīng)用價(jià)值，可對(duì)卵巢癌患者進(jìn)行分層，優(yōu)化相應(yīng)治療決策，最大限度擴(kuò)大PARP抑制劑臨床獲益人群；在乳腺癌、胰腺癌、前列腺癌中，其對(duì)

7、 PARP抑制劑或含鉑類藥物的臨床應(yīng)用可能也具有潛在的指導(dǎo)價(jià)值，相關(guān)研究尚在探索中。另外，我國(guó)尚無獲批的HRD檢測(cè)試劑，臨床實(shí)施檢測(cè)時(shí)應(yīng)依據(jù)患者腫瘤類型、分期與診療史，并在患者充分知情同意前提下，選擇與適應(yīng)證和（或）擬應(yīng)用的PARP抑制劑種類最匹配且經(jīng)嚴(yán)格性能驗(yàn)證的商業(yè)試劑盒。3 HRD臨床檢測(cè)規(guī)范化3.1 HRD檢測(cè)樣本要求3.1.1 檢測(cè)樣本選擇 HRD檢測(cè)樣本為腫瘤組織，分為甲醛固定石蠟包埋組織和新鮮組織，建議優(yōu)先選擇石蠟樣本。3.1.2 核酸提取與質(zhì)控建議 檢測(cè)前需評(píng)估核酸純度、濃度和核酸片段化程度。專家共識(shí)： HRD檢測(cè)優(yōu)先選擇3年以內(nèi)的石蠟包埋腫瘤組織，并觀察腫瘤細(xì)胞的含量和數(shù)量，

8、以保證有足夠的腫瘤細(xì)胞用于檢測(cè)；若含量不足，應(yīng)進(jìn)行富集，盡可能避免出血和壞死區(qū)域。新鮮組織不推薦作為常規(guī)檢測(cè)樣本類型，若使用需先評(píng)估其腫瘤細(xì)胞含量。建議提供患者配對(duì)外周血作為非腫瘤對(duì)照樣本，這有助于了解胚系BRCA1/2以及其他HRR相關(guān)基因突變情況。3.2 檢測(cè)技術(shù)選擇與確認(rèn)HRD的臨床檢測(cè)方法可分為三大類：HRR相關(guān)基因突變檢測(cè)，基因組瘢痕與突變譜系分析以及HRD功能性檢測(cè)。3.2.1 HRR相關(guān)基因檢測(cè) BRCA1/2基因突變是引起 HRD最明確的 HRR基因，也是迄今為止最理想的PARP抑制劑療效預(yù)測(cè)標(biāo)志物。3.2.2 基于SNPs的“基因組瘢痕”分析 目前也可以基于SNPs分型評(píng)估整

9、個(gè)基因組層面的3種“基因組瘢痕”現(xiàn)象（LOH、TAI、LST）的總體情況，并進(jìn)行HRD評(píng)分。3.2.3 基于突變譜系特征的分析 基于全基因組的突變譜系分析可完整反映腫瘤細(xì)胞內(nèi)源性與外源性的突變進(jìn)程，且每個(gè)突變進(jìn)程包含了DNA損傷、修復(fù)以及復(fù)制等各組件，通過生物信息學(xué)技術(shù)還可以得到與其對(duì)應(yīng)的突變譜系特征。專家共識(shí)： 基于SNPs的“基因組瘢痕”分析是當(dāng)前最具應(yīng)用前景的HRD臨床檢測(cè)方法，能從BRCA野生型腫瘤患者中有效篩選出PARP抑制劑治療的潛在獲益人群。當(dāng)前亟待推進(jìn)我國(guó)相應(yīng)合規(guī)試劑盒的開發(fā)與驗(yàn)證工作，其SNPs位點(diǎn)選擇與Panel設(shè)計(jì)應(yīng)著重把握我國(guó)人群的分子遺傳學(xué)特征，并積極倡導(dǎo)聯(lián)合開展PA

10、RP抑制劑前瞻性多中心臨床研究驗(yàn)證。3.3 HRD算法的標(biāo)準(zhǔn)化及精準(zhǔn)化3.3.1 基于全基因組范圍內(nèi)高密度SNP位點(diǎn)檢測(cè)的HRD評(píng)分計(jì)算 目前在臨床檢測(cè)中HRD評(píng)分主要應(yīng)用基于高密度全基因組SNP-array或NGS基因組 SNP骨架探針檢測(cè)結(jié)果，并結(jié)合與HRD 相關(guān)基因變異與基因組不穩(wěn)定的程度進(jìn)行分析。3.3.2 基于WGS或WES的HRD評(píng)分計(jì)算 基于高密度全基因組SNP-array或NGS基因組SNP骨架探針的檢測(cè)結(jié)果可以對(duì)基因組瘢痕進(jìn)行檢測(cè)及計(jì)算而得到基因組不穩(wěn)定狀態(tài)的評(píng)分，基于基因組全面覆蓋的WGS或WES方法的檢測(cè)結(jié)果還能同時(shí)分析得到高HRD評(píng)分腫瘤樣本所具有的微同源缺失、COSM

11、IC 突變特征結(jié)構(gòu)變異等基因組學(xué)特征。3.3.3 人工智能模型輔助HRD評(píng)估分析 基于統(tǒng)計(jì)學(xué)、機(jī)器學(xué)習(xí)等方法，充分利用基因組的變異、表達(dá)及表觀遺傳等信息特征，結(jié)合預(yù)后、鉑類敏感等指標(biāo)建立HRD評(píng)估的人工智能分析模型，可有效解決傳統(tǒng)HRD評(píng)分計(jì)算方法存在的準(zhǔn)確性和泛化性不足等問題。專家共識(shí)：在HRD臨床檢測(cè)中，基于SNPs位點(diǎn)信息進(jìn)行HRD評(píng)分計(jì)算的準(zhǔn)確度主要依賴于對(duì)SCNV的準(zhǔn)確分析；同時(shí)，通過WGS、WES等檢測(cè)技術(shù)獲取更多的基因組信息，有助于進(jìn)一步提升HRD評(píng)分計(jì)算的準(zhǔn)確度；應(yīng)用人工智能技術(shù)輔助分析HRD的多維度特征，已展示出高效識(shí)別HRD陽(yáng)性人群的潛在優(yōu)勢(shì)。必須強(qiáng)調(diào)的是，任何一種檢測(cè)方法、評(píng)分計(jì)算方法和判斷標(biāo)準(zhǔn)在臨床正式應(yīng)用前，都需要經(jīng)過嚴(yán)格的性能分析與臨床效能驗(yàn)證。3.4 HRD報(bào)告建議3.4.1 HRD報(bào)告應(yīng)包含的內(nèi)容3.4.2 HRD報(bào)告臨床解讀建議專家共識(shí)：HRD臨床檢測(cè)報(bào)告內(nèi)容除重點(diǎn)描述BRCA1/2等HRR相關(guān)基因變異情況以及GIS計(jì)算數(shù)值外，還應(yīng)針對(duì)相應(yīng)癌種的PARP抑制劑療效預(yù)測(cè)價(jià)值進(jìn)行解讀；HRD評(píng)分閾值判定與不同癌種、不同PARP抑制劑及其相應(yīng)適應(yīng)證有關(guān)。同時(shí)，目前尚缺乏HRD評(píng)分應(yīng)用于中國(guó)人群PARP抑制劑療效預(yù)測(cè)的大樣本臨床研究數(shù)據(jù)，報(bào)告應(yīng)著重闡述其檢測(cè)的局限性。4 HRD臨床檢測(cè)和應(yīng)用的問題與展