植物蛋白質(zhì)組學(xué)學(xué)習(xí)教案

1、會(huì)計(jì)學(xué)1第一頁(yè)，共36頁(yè)。第1頁(yè)/共36頁(yè)第二頁(yè)，共36頁(yè)。第2頁(yè)/共36頁(yè)第三頁(yè)，共36頁(yè)。第3頁(yè)/共36頁(yè)第四頁(yè)，共36頁(yè)。第4頁(yè)/共36頁(yè)第五頁(yè)，共36頁(yè)。第5頁(yè)/共36頁(yè)第六頁(yè)，共36頁(yè)。第6頁(yè)/共36頁(yè)第七頁(yè)，共36頁(yè)。第7頁(yè)/共36頁(yè)第八頁(yè)，共36頁(yè)。第8頁(yè)/共36頁(yè)第九頁(yè)，共36頁(yè)。第9頁(yè)/共36頁(yè)第十頁(yè)，共36頁(yè)。 ReadyPrep 產(chǎn)品線包含一系列2-DE樣品制備試劑盒，不僅適用于通用樣品（總蛋白）處理，而且可以將復(fù)雜樣品按特定方法(fngf)分級(jí)。處理通用樣品的試劑盒包括總蛋白抽提和蛋白凈化（clean-up）。樣品分級(jí)試劑盒可用來(lái)降低樣品復(fù)雜程度，同時(shí)有助于低豐度蛋白的

2、富集和鑒定。這類試劑盒又分為兩種，一種是基于蛋白不同的亞細(xì)胞定位來(lái)分離，另一種是對(duì)細(xì)胞總蛋白進(jìn)行分級(jí)。下面的流程圖將幫您確定哪種試劑盒對(duì)您更適合。 一.對(duì)樣品(yngpn)進(jìn)行前期分級(jí)第10頁(yè)/共36頁(yè)第十一頁(yè)，共36頁(yè)。第11頁(yè)/共36頁(yè)第十二頁(yè)，共36頁(yè)。試劑(shj)一試劑(shj)二試劑三第12頁(yè)/共36頁(yè)第十三頁(yè)，共36頁(yè)。第13頁(yè)/共36頁(yè)第十四頁(yè)，共36頁(yè)。 pH范圍(fnwi) 310 47 5.06.0上樣量 40ug 80ug 120ug第14頁(yè)/共36頁(yè)第十五頁(yè)，共36頁(yè)。第15頁(yè)/共36頁(yè)第十六頁(yè)，共36頁(yè)。第16頁(yè)/共36頁(yè)第十七頁(yè)，共36頁(yè)。偶聯(lián)反應(yīng)偶聯(lián)反應(yīng)(fny

3、ng)環(huán)化斷裂環(huán)化斷裂(dun li)反應(yīng)反應(yīng)轉(zhuǎn)化轉(zhuǎn)化(zhunhu)反反應(yīng)應(yīng)第17頁(yè)/共36頁(yè)第十八頁(yè)，共36頁(yè)。離心(lxn)源質(zhì)量(zhling)分析器離子(lz)檢測(cè)器基質(zhì)輔助激光解吸電離（MALDI）電噴霧電離（ESI）飛行時(shí)間（TOF）四級(jí)桿（Q）離子阱（IT）常用的質(zhì)譜儀有：MALDI-TOF-MS ESI-Q-MS ESI-IT-MS 傅里葉變換離子回旋共振么質(zhì)樸（FTMS）第18頁(yè)/共36頁(yè)第十九頁(yè)，共36頁(yè)。進(jìn)樣系統(tǒng)(xtng)離子源質(zhì)量(zhling)分析器檢測(cè)器 質(zhì)譜分析質(zhì)譜分析(fnx)原理原理第19頁(yè)/共36頁(yè)第二十頁(yè)，共36頁(yè)。第20頁(yè)/共36頁(yè)第二十一頁(yè)，共36

4、頁(yè)。 trypticdigestionGelProteinDatabase?123compare:? is identical to ?massspectrometrystored data or theoretical? peptides第21頁(yè)/共36頁(yè)第二十二頁(yè)，共36頁(yè)。Bottom-up蛋白質(zhì)組學(xué)：需要(xyo)將蛋白質(zhì)樣品進(jìn)行蛋白酶水解。如：MALDI-TOF-MS ESI-Q-MS ESI-IF-MSTop-down蛋白質(zhì)組學(xué)：可以直接分析完整的蛋白質(zhì)樣品(yngpn)，不需要經(jīng)過(guò)2-DE的前處理。如：FTMS第22頁(yè)/共36頁(yè)第二十三頁(yè)，共36頁(yè)。 蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)擬南芥數(shù)據(jù)庫(kù)擬南

5、芥蛋白(dnbi)數(shù)據(jù)庫(kù)PAT苜蓿數(shù)據(jù)庫(kù)DOME3.4.2 蛋白質(zhì)鑒定分析軟件 例如 ：2-DE成像分析軟件：Melanie ,QUEST 蛋白質(zhì)鑒定軟件：MASCOT ,PROWL第23頁(yè)/共36頁(yè)第二十四頁(yè)，共36頁(yè)。雙子葉植物(zhw)：開(kāi)展了根、莖、葉、花、種子和果實(shí)的蛋白質(zhì)組學(xué)組研究課題。單子葉植物：增加了葉鞘、花藥、胚、胚乳等蛋白質(zhì)組的研究課題細(xì)胞器：細(xì)胞壁、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)、細(xì)胞膜、葉綠體、線粒體等第24頁(yè)/共36頁(yè)第二十五頁(yè)，共36頁(yè)。環(huán)境因素環(huán)境因素非生物因素(yn s)：厭氧、冷、熱、干旱、鹽、重金屬等生物逆境：植物真菌(zhnjn)、病毒植物激素：生長(zhǎng)素、赤霉素、脫落酸、乙烯等 研

6、究與環(huán)境因素相關(guān)的蛋白質(zhì)，觀察它們?cè)谀婢抄h(huán)境條件下表達(dá)量的變化，并研究它們是如何抵抗外界不利的生長(zhǎng)環(huán)境，維持細(xì)胞的生命活動(dòng)環(huán)境蛋白質(zhì)組學(xué)：環(huán)境蛋白質(zhì)組學(xué)：第25頁(yè)/共36頁(yè)第二十六頁(yè)，共36頁(yè)。第26頁(yè)/共36頁(yè)第二十七頁(yè)，共36頁(yè)。第27頁(yè)/共36頁(yè)第二十八頁(yè)，共36頁(yè)。第28頁(yè)/共36頁(yè)第二十九頁(yè)，共36頁(yè)。 基因組基因組(DNA) 轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)錄(zhun l)組組(RNA)蛋白質(zhì)組蛋白質(zhì)組(PROTEIN)Citrate Cycle代謝代謝(dixi)組組(biochemical molecular )第29頁(yè)/共36頁(yè)第三十頁(yè)，共36頁(yè)。第30頁(yè)/共36頁(yè)第三十一頁(yè)，共36頁(yè)。pH3 pH

7、10100KD10KD物種：水稻組織名稱：根部制備(zhbi)方法：液氮研磨 + TCA-丙酮沉淀法上樣量：500g電泳種類：pH值3-10 NL，13cm，12.5%染色方法：膠體考馬斯亮藍(lán)染色法IPG第31頁(yè)/共36頁(yè)第三十二頁(yè)，共36頁(yè)。顯色方法 靈敏度優(yōu)點(diǎn)缺點(diǎn)考染200ng操作簡(jiǎn)便，價(jià)格低廉，便于后續(xù)鑒定靈敏性差，所需上樣量大銀染0.1ng靈敏性好，所需樣品少操作復(fù)雜，不利于后續(xù)鑒定熒光法1ng線性動(dòng)態(tài)范圍大，定量及定性較好，便于后續(xù)鑒定儀器及試劑昂貴第32頁(yè)/共36頁(yè)第三十三頁(yè)，共36頁(yè)。消除(xioch)蛋白質(zhì)疏水基團(tuán)之間的相互作用，增強(qiáng)蛋白質(zhì)在其PI值處的溶解性 兼性離子型去污劑：CHAPS，濃度2-4%；SB3-10 、ASB-14 非離子型去污劑：NP-40 和Triton-X-100 陰離子型去污劑：SDS，濃度低于0.25%（一）離液劑也稱變性劑，主要為尿素和硫脲，破壞(phui)蛋白分子間形成的氫鍵，防止由氫鍵引起的蛋白質(zhì)聚集及蛋白遷移中二級(jí)結(jié)構(gòu)的形成。（二）表面(biomin)去垢劑第33頁(yè)/共36頁(yè)第三十四頁(yè)，共36頁(yè)。1，表達(dá)量一致，綠，表達(dá)量一致，綠色色(l s)熒光與紅色熒光與紅色熒光重疊后表現(xiàn)為黃熒光重疊后表現(xiàn)為黃色色2. 表達(dá)量不同的，仍表達(dá)量不同的，仍顯示紅色和綠色顯示紅色和綠色(l s