ChemD常用功能使用教程實用教案

1、1Chem3D起始(q sh)界面第1頁/共106頁第一頁，共107頁。2主界面(jimin)Chem3D起始(q sh)界面第2頁/共106頁第二頁，共107頁。3工具欄模型(mxng)窗口模型(mxng)類型三維視圖(sht)ChemDraw切換圖標工具欄模型數(shù)據(jù)窗口擴大（縮?。┐翱谙⒋翱跔顟B(tài)欄第3頁/共106頁第三頁，共107頁。4選擇(xunz)軌跡球單鍵(dn jin)雙鍵(shun jin)三鍵虛鍵文本橡皮大小調(diào)整第4頁/共106頁第四頁，共107頁。5顯示(xinsh)設(shè)置第5頁/共106頁第五頁，共107頁。6視頻(shpn)設(shè)置模型(mxng)顯示設(shè)置立體(lt)顯示彈出信

2、息配體顯示結(jié)構(gòu)顯示原子標記原子顯示色彩選項第6頁/共106頁第六頁，共107頁。7顯示設(shè)置(shzh)屬性Model Type線狀模型(mxng)棒狀模型(mxng)球棍模型圓柱鍵模型比例模型第7頁/共106頁第七頁，共107頁。8帶狀模型(mxng)第8頁/共106頁第八頁，共107頁。9View/Setting/Model Dispaly 菜單菜單(ci dn)或或F6鍵：五種鍵：五種Wire FrameSticksBall-SticksCylindrical BondsSpace Filling 第9頁/共106頁第九頁，共107頁。10帶狀模型(mxng)常用于生物分子第10頁/共10

3、6頁第十頁，共107頁。11代表用紅藍兩種色彩(sci)的立體顯示代表用深色顯示模型，就是對于模型的部分按觀察者的角度(jiod)不同著色代表顯示兩個(lin )立體結(jié)構(gòu)完全相同的模型代表模擬現(xiàn)實的角度觀察模型，使模型更接近真實代表顯示模型的時候?qū)⒑竺娴牟糠忠躁幱靶问奖硎?，這樣模型的立體感更強。第11頁/共106頁第十一頁，共107頁。12第12頁/共106頁第十二頁，共107頁。13選擇【單鍵】工具，在模型(mxng)窗口向右按動圓柱(yunzh)鍵模型1. 利用(lyng)鍵工具建立模型建立3D模型第13頁/共106頁第十三頁，共107頁。14線狀模型(mxng)第14頁/共106頁第十四

4、頁，共107頁。15棒狀模型(mxng)第15頁/共106頁第十五頁，共107頁。16球棍模型(mxng)第16頁/共106頁第十六頁，共107頁。17比例(bl)模型第17頁/共106頁第十七頁，共107頁。18選擇(xunz)【軌跡球】工具，使分子模型在模型窗口沿X、Y軸旋轉(zhuǎn) X、Y軸旋轉(zhuǎn)(xunzhun)指示第18頁/共106頁第十八頁，共107頁。19選擇【軌跡球】工具并按“Alt”鍵，使分子模型(mxng)在模型(mxng)窗口沿Z軸旋轉(zhuǎn) Z軸旋轉(zhuǎn)(xunzhun)指示第19頁/共106頁第十九頁，共107頁。20模型結(jié)構(gòu)(jigu)信息 光標位于原子上，自動顯示(xinsh)原子信

5、息第20頁/共106頁第二十頁，共107頁。21工具欄顯示原子的符號(fho)和標號第21頁/共106頁第二十一頁，共107頁。22光標位于鍵上，自動顯示(xinsh)鍵信息模型(mxng)結(jié)構(gòu)信息 第22頁/共106頁第二十二頁，共107頁。23模型(mxng)的進一步信息 顯示(xinsh)鍵長變化顯示鍵角(jin jio)變化顯示二面角顯示所有沒有相鄰的原子的距離第23頁/共106頁第二十三頁，共107頁。24模型(mxng)的鍵長數(shù)據(jù) 第24頁/共106頁第二十四頁，共107頁。25模型的鍵長和鍵角(jin jio)數(shù)據(jù) 第25頁/共106頁第二十五頁，共107頁。26乙烯模型(mxn

6、g)中的雙鍵信息 第26頁/共106頁第二十六頁，共107頁。27鍵級改動(gidng) 第27頁/共106頁第二十七頁，共107頁。28顯示(xinsh)氫及孤對電子 第28頁/共106頁第二十八頁，共107頁。29不顯示(xinsh)氫及孤對電子的環(huán)己烷原子(yunz)名稱及序數(shù)第29頁/共106頁第二十九頁，共107頁。30選擇(xunz)工具，雙擊原子，按順序改變原子序號第30頁/共106頁第三十頁，共107頁。31隱藏或顯示(xinsh)其它原子居中(jzhng)移動到色彩調(diào)節(jié)顯示元素符號顯示元素編號顯示實心球顯示點陣表面調(diào)整鍵長破壞鍵調(diào)整鍵級就近結(jié)合(jih)添加質(zhì)心顛倒調(diào)整矩陣隱

7、藏所選部分隱藏非選部分顯示所有原子顯示鄰近原子顯示背面定義基團第31頁/共106頁第三十一頁，共107頁。32利用【鍵】工具(gngj)建立的結(jié)構(gòu)，鍵角及鍵長可能不正常，應(yīng)【整理結(jié)構(gòu)】第32頁/共106頁第三十二頁，共107頁。33環(huán)己烷的椅式構(gòu)象(u xin)第33頁/共106頁第三十三頁，共107頁。34使用(shyng)【文本】工具輸入結(jié)構(gòu)式2. 利用(lyng)文本工具建立模型第34頁/共106頁第三十四頁，共107頁。35按【Enter】自動(zdng)轉(zhuǎn)化為模型第35頁/共106頁第三十五頁，共107頁。36括號(kuho)表示支鏈第36頁/共106頁第三十六頁，共107頁。37第

8、37頁/共106頁第三十七頁，共107頁。38整理(zhngl)結(jié)構(gòu)第38頁/共106頁第三十八頁，共107頁。39簡單(jindn)優(yōu)化觀察分子變化第39頁/共106頁第三十九頁，共107頁。404-甲基-2-戊醇模型(mxng)第40頁/共106頁第四十頁，共107頁。41建立(jinl)1，2-雙甲基環(huán)戊烷模型第41頁/共106頁第四十一頁，共107頁。42第42頁/共106頁第四十二頁，共107頁。43整理(zhngl)結(jié)構(gòu)第43頁/共106頁第四十三頁，共107頁。44建立(jinl)Ibuprofen(布洛芬)模型H3CCHCH3CH2CHCOOHCH3第44頁/共106頁第四十四

9、頁，共107頁。45第45頁/共106頁第四十五頁，共107頁。46建立(jinl)十肽菌素模型第46頁/共106頁第四十六頁，共107頁。47第47頁/共106頁第四十七頁，共107頁。48建立十二(sh r)丙氨酸醇分子模型第48頁/共106頁第四十八頁，共107頁。49第49頁/共106頁第四十九頁，共107頁。50改變(gibin)顯示方式模型類型(lixng)窗口：第50頁/共106頁第五十頁，共107頁。51設(shè)為線狀模型(mxng)第51頁/共106頁第五十一頁，共107頁。52第52頁/共106頁第五十二頁，共107頁。53設(shè)為帶狀模型(mxng)第53頁/共106頁第五十三頁，

10、共107頁。54a-螺旋(luxun)模型第54頁/共106頁第五十四頁，共107頁。55使用子結(jié)構(gòu)建立(jinl)模型3. 利用(lyng)子結(jié)構(gòu)建立模型第55頁/共106頁第五十五頁，共107頁。56子結(jié)構(gòu)模型庫第56頁/共106頁第五十六頁，共107頁。57選擇(xunz)所需的子結(jié)構(gòu)，然后復(fù)制第57頁/共106頁第五十七頁，共107頁。58粘貼復(fù)制(fzh)結(jié)果第58頁/共106頁第五十八頁，共107頁。59在子結(jié)構(gòu)上進行(jnxng)編輯第59頁/共106頁第五十九頁，共107頁。604. 使用模板(mbn)建立模型第60頁/共106頁第六十頁，共107頁。61第61頁/共106頁第

11、六十一頁，共107頁。62ChemDraw中畫出的分子結(jié)構(gòu)(fn z ji u)復(fù)制粘貼到Chem3D中5. ChemDraw和Chem3D信息(xnx)轉(zhuǎn)換第62頁/共106頁第六十二頁，共107頁。63Chem3D中畫出的分子(fnz)模型復(fù)制粘貼到ChemDraw中第63頁/共106頁第六十三頁，共107頁。64（1）查找原子的范德瓦爾斯半徑 【View】【Atom 】窗口，找到各種元素(yun s)在不同環(huán)境的半徑計算(j sun)功能演示第64頁/共106頁第六十四頁，共107頁。65第65頁/共106頁第六十五頁，共107頁。66第66頁/共106頁第六十六頁，共107頁。67（2

12、）觀察分子的大小建立苯模型。執(zhí)行【View】【Connolly Molecular】彈出Suface對話框；【solid】選項可以選擇分子表面的類型；【Resolution】滑動(hudng)到右邊，其值為100 第67頁/共106頁第六十七頁，共107頁。68第68頁/共106頁第六十八頁，共107頁。69第69頁/共106頁第六十九頁，共107頁。70第70頁/共106頁第七十頁，共107頁。71第71頁/共106頁第七十一頁，共107頁。72View/Solvent Accessible 菜單菜單甲苯甲苯(ji bn)結(jié)構(gòu)結(jié)構(gòu) 第72頁/共106頁第七十二頁，共107頁。73（3）計算(

13、 j sun)分子體積建立苯模型。執(zhí)行【Analyze】【Compute Properties】在【Available Properties】選框中雙擊【Connolly Solvent-Excluded Volume SVE-ChemPropStd】選項，使之加入到【Selected Properties】框中。單擊ok， 第73頁/共106頁第七十三頁，共107頁。74第74頁/共106頁第七十四頁，共107頁。75第75頁/共106頁第七十五頁，共107頁。76第76頁/共106頁第七十六頁，共107頁。77第77頁/共106頁第七十七頁，共107頁。78第78頁/共106頁第七十八頁，

14、共107頁。79(4) 檢查結(jié)構(gòu)(jigu)能量第79頁/共106頁第七十九頁，共107頁。80模型(mxng)旋轉(zhuǎn)對位(du wi)交叉第80頁/共106頁第八十頁，共107頁。81總能量(nngling)計算第81頁/共106頁第八十一頁，共107頁。82空間(kngjin)位阻能：計算結(jié)果第82頁/共106頁第八十二頁，共107頁。83模型(mxng)的二面角數(shù)據(jù)第83頁/共106頁第八十三頁，共107頁。84數(shù)據(jù)(shj)與模型對應(yīng)第84頁/共106頁第八十四頁，共107頁。85顯示(xinsh)原子符號及序號第85頁/共106頁第八十五頁，共107頁。86按動旋轉(zhuǎn)(xunzhun)數(shù)

15、據(jù)相應(yīng)(xingyng)改變第86頁/共106頁第八十六頁，共107頁。87(5) 分子(fnz)軌道(HOMO及LUMO)首先用雙鍵(shun jin)畫出乙烯分子第87頁/共106頁第八十七頁，共107頁。88顯示軌道(gudo)時必須選擇第88頁/共106頁第八十八頁，共107頁。89選擇(xunz)分子軌道第89頁/共106頁第八十九頁，共107頁。90選擇(xunz)HOMO軌道HOMO軌道(gudo)顯示軌道(gudo)選項HOMO和LUMO各6個能量隨所選軌道不同而不同實心顯示（絲網(wǎng)顯示圓點顯示半透明顯示）第90頁/共106頁第九十頁，共107頁。91乙烯分子(fnz)的HOMO

16、軌道第91頁/共106頁第九十一頁，共107頁。92選擇(xunz)LUMO軌道LUMO軌道(gudo)顯示第92頁/共106頁第九十二頁，共107頁。93乙烯(y x)分子的LUMO軌道第93頁/共106頁第九十三頁，共107頁。94第94頁/共106頁第九十四頁，共107頁。95第95頁/共106頁第九十五頁，共107頁。96第96頁/共106頁第九十六頁，共107頁。97第97頁/共106頁第九十七頁，共107頁。98第98頁/共106頁第九十八頁，共107頁。99第99頁/共106頁第九十九頁，共107頁。100第100頁/共106頁第一百頁，共107頁。101從頭算程序從頭算程序(c

17、hngx)：Gamess Gaussian 需另外安裝這兩個程序需另外安裝這兩個程序(chngx)。半經(jīng)驗或分子力學計算半經(jīng)驗或分子力學計算 Mechanics Mopac (Am1, Mindo/3, Mndo, PM3)計算方式：計算性質(zhì)，最小能，過渡態(tài)優(yōu)化，光譜分析計算方式：計算性質(zhì)，最小能，過渡態(tài)優(yōu)化，光譜分析第101頁/共106頁第一百零一頁，共107頁。102 模型的輸入和輸出：以NaCl晶體為例： 【File】【Template】選擇【NaCl Crystal.C3T】選擇以【Space filling】顯示模型?？杀４娑喾N格式，默認格式.c3t。可存為jpg等。 還有動畫顯示功能(gngnng)，可讓其繞x軸、y軸、z軸轉(zhuǎn)動，這樣可以從不同角度顯示結(jié)構(gòu)，更具立體感。【Analyze】【Spin About Y Axis】，可通過左下角調(diào)整框放大、縮小、播放、暫停、錄制等，還可存成 Windows AVI Movie（*.avi）格式。第102頁/共106頁第一百零二頁，共107頁。103第103頁/共106頁第一百零三頁，共107頁。104放大(fngd)、縮小播放(b fn)、暫停、錄制滑動(hudng)塊第104頁/共106頁第一百零四頁，共107頁。105第105頁/共106頁第一百零五頁，共107頁。106感謝您的觀