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文檔簡(jiǎn)介
1、化學(xué)物質(zhì)爆炸下限定量構(gòu)效關(guān)系研究 研究意義 QSPR基本原理和基本研究步驟 研究概況 本論文研究工作 模型預(yù)測(cè) 結(jié)果比較分析及結(jié)論主要內(nèi)容主要內(nèi)容 爆炸下限是物質(zhì)爆炸危險(xiǎn)性的重要評(píng)價(jià)參數(shù),但實(shí)際工業(yè)的爆炸下限數(shù)據(jù)庫(kù)空白很多,傳統(tǒng)的實(shí)驗(yàn)方式無(wú)法保證所獲結(jié)果的可靠性、準(zhǔn)確性、一致性,而且往往測(cè)量昂貴且費(fèi)時(shí)。 運(yùn)用定量構(gòu)效關(guān)系(QSPR)預(yù)測(cè)的方法既能夠方便迅速獲得爆炸下限數(shù)據(jù),而且能保證結(jié)果的可靠性,還能通過(guò)已有的預(yù)測(cè)模型獲得新物質(zhì)的爆炸下限值,同時(shí)能得到分子結(jié)構(gòu)中影響爆炸下限的主要因素。研究意義英文全稱為:Quantitative Structure-property Relationship,
2、QSPR中文簡(jiǎn)稱定量構(gòu)效關(guān)系兩條基本假設(shè): 分子性質(zhì)的變化依賴于其結(jié)構(gòu)的變化; 分子的結(jié)構(gòu)可以用反映分子結(jié)構(gòu)特征的各種參 數(shù)來(lái)描述,即化合物的性質(zhì)可以用化學(xué)結(jié)構(gòu)的函數(shù)來(lái)表示。 QSPR基本原理QSPR基本原理 可見(jiàn),可見(jiàn),QSPRQSPR方法是一個(gè)不完全歸納法的分析過(guò)程:由方法是一個(gè)不完全歸納法的分析過(guò)程:由已知的結(jié)構(gòu)性質(zhì)樣本出發(fā)先建立模型,再利用所建立的模已知的結(jié)構(gòu)性質(zhì)樣本出發(fā)先建立模型,再利用所建立的模型對(duì)新樣本進(jìn)行預(yù)測(cè)。型對(duì)新樣本進(jìn)行預(yù)測(cè)。圖1 QSPR基本原理 所需要僅僅是分子的結(jié)構(gòu)信息分子的結(jié)構(gòu)信息及目標(biāo)性質(zhì)的實(shí)驗(yàn)數(shù)目標(biāo)性質(zhì)的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)據(jù),通過(guò)對(duì)計(jì)算出來(lái)的分子的各種結(jié)構(gòu)參數(shù)和實(shí)驗(yàn)性質(zhì)進(jìn)
3、行統(tǒng)計(jì)分析統(tǒng)計(jì)分析,建立分子的結(jié)構(gòu)參數(shù)和所研究的性質(zhì)之間的定定量關(guān)系量關(guān)系 ,達(dá)到預(yù)測(cè)的目的。 QSPR基本原理 QSPR基本步驟數(shù)據(jù)的獲得和整理(DIPPR)預(yù)測(cè)模型的建立(HM,B-MLR,SVM) 模型的檢驗(yàn)(R2,AARD(%),RMSE,Q2ext) 分子結(jié)構(gòu)的輸入和優(yōu)化(Hyperchem8.0)分子描述符的計(jì)算 (Codessa)分子描述符的選擇(HM,B-MLR)圖2 QSPR研究的基本步驟 QSPR基本步驟分子描述符的計(jì)算分子描述符的計(jì)算分子描述符:即分子結(jié)構(gòu)參數(shù),是一個(gè)分子的數(shù)學(xué)表征,可 以以數(shù)學(xué)的方式表示了每一個(gè)分子的特征,包含了分子的各種結(jié)構(gòu)信息。描述符計(jì)算其實(shí)就是把分
4、子結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)換為數(shù)值信息的過(guò)程 主要有六種:組成描述符,幾何描述符,拓?fù)涿枋龇o電描述符,量子化學(xué)描述符,熱力學(xué)描述符 QSPR基本步驟分子描述符的選擇分子描述符的選擇增加計(jì)算復(fù)雜性,偶然相關(guān),不穩(wěn)健,自相關(guān)造成內(nèi)部冗余關(guān)鍵問(wèn)題關(guān)鍵問(wèn)題:從大量的描述符中選擇出與目標(biāo)性質(zhì)最緊密相關(guān)的參數(shù),最好是用盡可能少的變量來(lái)表征盡可能多的結(jié)構(gòu)信息。常用篩選方法:?jiǎn)l(fā)式方法(HM),逐步回歸法,遺傳算法,變量最優(yōu)子集回歸法,神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)法,模擬退火法等。QSPR基本步驟預(yù)測(cè)模型的建立預(yù)測(cè)模型的建立訓(xùn)練集和測(cè)試集的劃分 訓(xùn)練集用于建立預(yù)測(cè)模型,測(cè)試集用于測(cè)試所建立的模型的預(yù)測(cè)能力。建模方法 (線性關(guān)系,非線性關(guān)系)
5、判別分析,主成分分析,因子分析,線性回歸,主成分回歸分析,偏最小二乘法,人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò),遺傳算法,支持向量機(jī)以及投影尋蹤回歸等。 本次研究建模采用線性回歸方法里的啟發(fā)式回歸本次研究建模采用線性回歸方法里的啟發(fā)式回歸(HM)(HM)和和最佳多元線性回歸以及非線性方法里的支持向量機(jī)最佳多元線性回歸以及非線性方法里的支持向量機(jī)(SVM)(SVM)。 QSPR基本步驟模型的檢驗(yàn)?zāi)P偷臋z驗(yàn)內(nèi)檢驗(yàn):通過(guò)訓(xùn)練集檢驗(yàn)?zāi)P偷慕D芰D芰Γ〝M合能力和穩(wěn)健能力);外檢驗(yàn):通過(guò)測(cè)試集檢驗(yàn)?zāi)P偷念A(yù)測(cè)能力預(yù)測(cè)能力,即用已建立的訓(xùn)練模型來(lái)預(yù)測(cè)未參與模型訓(xùn)練的物質(zhì)的性質(zhì)。“留一法”交互驗(yàn)證(LOO-CV)RMSE,AARD
6、泛化能力及預(yù)測(cè)精度泛化能力及預(yù)測(cè)精度;F檢驗(yàn)值、t檢驗(yàn)值模型的顯著性問(wèn)模型的顯著性問(wèn)題題(公式見(jiàn)論文第9頁(yè))。 20022200iiiiyyyyRyyyy2021211trainingiilootrainingiiiyyQyy 20212()11testiiexttestii triyyQyy 研究概況研究概況 爆炸下限預(yù)測(cè)模型研究概況 與燃燒熱、化學(xué)計(jì)量濃度等關(guān)聯(lián), 人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)方法(臨界溫度、臨界壓力等) 基團(tuán)貢獻(xiàn)法 預(yù)測(cè)方法研究概況 基團(tuán)貢獻(xiàn)法,經(jīng)驗(yàn)公式法,QSPRQSPR 不足 優(yōu)勢(shì)優(yōu)勢(shì)目前預(yù)測(cè)理化性質(zhì)的趨勢(shì)目前預(yù)測(cè)理化性質(zhì)的趨勢(shì) 本論文研究工作 擬對(duì)113種烴類物質(zhì)進(jìn)行定量構(gòu)效關(guān)系研
7、究,建立烴類物質(zhì)的爆炸下限預(yù)測(cè)模型,并探究影響物質(zhì)爆炸下限性質(zhì)的主要結(jié)構(gòu)因素。主要研究?jī)?nèi)容有: 分別用QSPR的三種建模方法建立預(yù)測(cè)模型 計(jì)算各參數(shù),評(píng)價(jià)模型效果(R2、RMSE、 AARD、Q2ext ) 比較分析三個(gè)預(yù)測(cè)模型 探究分子結(jié)構(gòu)中影響爆炸下限的主要因素 模型預(yù)測(cè) HM模 B-MLR模型 SVM模型 線性建模及分子描述符計(jì)算在CODESSA軟件中完成,而SVM的建模及相關(guān)計(jì)算在MATLAB軟件中完成。最后在MATLAB軟件中計(jì)算各個(gè)模型的R2、AARD、Q2loo、Q2ext,RMSE,并將三個(gè)預(yù)測(cè)模型進(jìn)行比較討論分析。 HM模型啟發(fā)式回歸(啟發(fā)式回歸(HMHM)方法篩選描述符原則
8、)方法篩選描述符原則: 1)不是每個(gè)化合物都有的參數(shù); 2)對(duì)所有化合物來(lái)說(shuō),數(shù)值變化比較小的描述符; 3)在一個(gè)參數(shù)相關(guān)方程中,F(xiàn)檢驗(yàn)值小于1.0的參數(shù); 4)t檢驗(yàn)值小于某一定義值的描述符。 HM模型 具有4個(gè)描述符的集合為最佳描述符集,其所對(duì)應(yīng)的模型即為最佳模型 圖3 HM方法篩選最佳描述符集HM模型表2 HM方法的分子描述符篩選結(jié)果信息 表3 HM模型中的分子描述符統(tǒng)計(jì)學(xué)參數(shù) HM模型所得訓(xùn)練模型:LFL=1.4230+0.0218X1-0.3074X2-0.02085X3-0.01227X4 內(nèi)部檢驗(yàn)內(nèi)部檢驗(yàn): R2=0.9773 Q2loo=0.9773 AARD=4.3483%
9、RMSE=0.05 F=902.61 n=89穩(wěn)健性、擬合能力及穩(wěn)健性、擬合能力及精度均較好精度均較好圖4 HM方法的訓(xùn)練模型的預(yù)測(cè)值和實(shí)驗(yàn)值的比較 圖5 HM模型對(duì)測(cè)試集所得預(yù)測(cè)值與實(shí)驗(yàn)值的比較 HM模型 HMHM預(yù)測(cè)模型效果令人滿意預(yù)測(cè)模型效果令人滿意外部檢驗(yàn)外部檢驗(yàn):R2=0.9534,AARD=4.4828%,RMSE=0.0685,Q2ext=0.9564 預(yù)測(cè)能力、泛化能力、預(yù)測(cè)精度均較好預(yù)測(cè)能力、泛化能力、預(yù)測(cè)精度均較好B-MLR模型B-MLRB-MLR篩選描述符原則:篩選描述符原則: 1)對(duì)剩余的描述符做相關(guān)分析,搜取所有計(jì)算出的正交描述符i,j 2)用這些描述符與性質(zhì)關(guān)聯(lián)得到
10、二元線性方程,篩選出Nc(=400)個(gè)方程(有較大判定系數(shù))進(jìn)行進(jìn)一步的回歸分析; 3)向方程中加入非共線描述符k成為三參數(shù)模型,如果三參數(shù)模型的F值小于最佳的兩參數(shù)模型的F值,兩參數(shù)模型為最后結(jié)果,反之,保存最佳三參數(shù)模型(最大判定系數(shù))并用于下一步計(jì)算; 4)向方程中再次加入非共線性描述符,類似于第三步,把得到的(n+1)參數(shù)模型F值與最佳的兩參數(shù)模型的F值比較。 B-MLR模型圖6 B-MLR方法篩選最佳描述符集 具有4個(gè)描述符的集合為最佳描述符集,其所對(duì)應(yīng)的模型即為最佳模型 表5 B-MLR模型中的分子描述符統(tǒng)計(jì)學(xué)參數(shù) B-MLR模型表4 B-MLR方法的分子描述符篩選結(jié)果信息 B-M
11、LR模型所得訓(xùn)練模型:LFL=1.4565-0.3145Y1+6.5291Y2-0.02048Y3-0.002037Y4 內(nèi)部檢驗(yàn)內(nèi)部檢驗(yàn): R2=0.9777 Q2loo=0.9777 AARD=4.3437% RMSE=0.0496 F=919.04 n=89穩(wěn)健性、擬合能力及穩(wěn)健性、擬合能力及精度均較好精度均較好圖7 B-MLR方法的訓(xùn)練模型的預(yù)測(cè)值和實(shí)驗(yàn)值的比較B-MLR模型外部檢驗(yàn)外部檢驗(yàn):R2=0.9522,AARD=4.5851%,RMSE=0.0696,Q2ext=0.9549 預(yù)測(cè)能力、泛化能力、預(yù)測(cè)精度均較好預(yù)測(cè)能力、泛化能力、預(yù)測(cè)精度均較好B-MLRB-MLR預(yù)測(cè)模型效果
12、預(yù)測(cè)模型效果 令人滿意令人滿意圖8 B-MLR模型對(duì)測(cè)試集所得預(yù)測(cè)值與實(shí)驗(yàn)值的比較SVM模型 重要參數(shù): 核函數(shù)的類型、懲罰常數(shù)C、-不敏感損失函數(shù)中、核函數(shù)寬度參數(shù)及它們的組合。本次研究中支持向量機(jī)分析主要采用改進(jìn)的svm加強(qiáng)工具箱結(jié)合MATLAB2009來(lái)運(yùn)行,以B-MLR方法所選擇的4個(gè)分子描述符作為輸入?yún)?shù)。選擇RBFRBF徑向基函數(shù)徑向基函數(shù)作為核函數(shù),烴類物質(zhì)的爆炸下限數(shù)據(jù)先經(jīng)過(guò)0,1范圍的歸一化處理,采用格點(diǎn)搜索的方法格點(diǎn)搜索的方法選擇最佳的參數(shù)組合。 SVM模型最優(yōu)參數(shù)為:懲罰系數(shù)C=22.6274,核函數(shù)的寬度=0.0032725, -不敏感損失函數(shù)=0.125 訓(xùn)練模型:R2=0.9782,Q2loo=0.9782,AARD=3.8031%,RMSE=0.0490,n=89 測(cè)試集外部驗(yàn)證:R2=0.9559,AARD=4.6680%,RMSE=0.0696,Q2ext=0.9549。圖9 SVM訓(xùn)練模型的預(yù)測(cè)
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