Co-IP原理與方法

1、精選優(yōu)質(zhì)文檔-傾情為你奉上免疫沉淀（Immunoprecipitation, IP）原理IP是利用抗原蛋白質(zhì)和抗體的特異性結(jié)合以及細(xì)菌蛋白質(zhì)的“protein A/G"特異性地結(jié)合到抗體（免疫球蛋白）的FC片段的現(xiàn)象開(kāi)發(fā)出來(lái)的方法。目前多用protein A/G預(yù)先結(jié)合在argarose beads上，使之與含有抗原的溶液及抗體反應(yīng)后，beads上的prorein A/G就能達(dá)到吸附抗原的目的。通過(guò)低速離心，可以從含有目的抗原的溶液中將目的抗原與其它抗原分離。 免疫沉淀實(shí)驗(yàn)的操作步驟比較多，同時(shí)由于在非變性條件下進(jìn)行實(shí)驗(yàn)，所以要得到一個(gè)完美的實(shí)驗(yàn)結(jié)果，不僅需要高質(zhì)量的抗體，

2、同時(shí)對(duì)免疫沉淀體系也需要有嚴(yán)格的控制指標(biāo)。免疫沉淀實(shí)驗(yàn)從：蛋白樣品處理；抗體-agarose beads孵育；抗體-agarose beads復(fù)基本實(shí)驗(yàn)步驟(1）收獲細(xì)胞，加入適量細(xì)胞IP裂解緩沖液（含蛋白酶抑制劑），冰上或者4裂解30min， 12,000g離心30 min后取上清；(2) 取少量裂解液以備Western blot分析，剩余裂解液將1g相應(yīng)的抗體和10-50 l protein A/G-beads加入到細(xì)胞裂解液，4°C緩慢搖晃孵育過(guò)夜；(3）免疫沉淀反應(yīng)后，在4°C 以3,000 g速度離心5 min，將protein A/G-beads離心至管底；將上

3、清小心吸去，protein A/G-beads用1ml裂解緩沖液洗34次；最后加入15l的2×SDS 加樣緩沖液，沸水煮10分鐘；(4）SDS-PAGE, Western blotting或進(jìn)行質(zhì)譜分析。一、樣品處理：免疫沉淀實(shí)驗(yàn)成功與否，第一步處理樣品非常關(guān)鍵。免疫沉淀實(shí)驗(yàn)本質(zhì)上是處于天然構(gòu)象狀態(tài)的抗原和抗體之間的反應(yīng)，而樣品處理的質(zhì)量決定了抗原抗體反應(yīng)中的抗原的質(zhì)量，濃度以及抗原是否處于天然構(gòu)象狀態(tài)。所以制備高質(zhì)量的樣品以用于后續(xù)的抗體-agarose beads孵育對(duì)免疫沉淀實(shí)驗(yàn)是否成功非常關(guān)鍵。在這個(gè)環(huán)節(jié)中，除了要控制所有操作盡量在冰上或者4°完成外，最為關(guān)鍵的是裂

4、解液的成份。用于免疫沉淀實(shí)驗(yàn)的樣品一般是原代培養(yǎng)細(xì)胞裂解液或者細(xì)胞系裂解液。我們以常用的RIPA裂解液為例（主要含有pH7.4左右的離子緩沖液，接近生理濃度下的NaCl，一定比例的去垢劑和甘油以及各類蛋白酶抑制劑等）來(lái)說(shuō)明其各主要成份的用途，進(jìn)而幫助我們?nèi)绾吾槍?duì)不同的實(shí)驗(yàn)?zāi)康暮筒煌牡鞍踪|(zhì)特性來(lái)選擇最佳的裂解液。a緩沖液：離子緩沖液常采用pH7.4的Hepes或者Tris-Cl。b NaCl濃度一般習(xí)慣用150 mM，這主要是因?yàn)?50 mM接近生理濃度，不會(huì)破壞蛋白質(zhì)之間的相互作用。然而細(xì)胞內(nèi)部的NaCl濃度并不是均一的，局部NaCl的濃度可以低到50 mM，150 mM的NaCl有可能會(huì)破

5、壞這個(gè)區(qū)域的蛋白質(zhì)相互作用。因此裂解液配方最佳的NaCl濃度要視所分析的蛋白的亞細(xì)胞定位而定。c甘油由于其粘性，可以對(duì)蛋白質(zhì)之間的相互作用起到一個(gè)很好的保護(hù)作用。一般添加10%的甘油有助于穩(wěn)定蛋白質(zhì)之間的相互作用。d裂解液中的去垢劑可以裂解細(xì)胞質(zhì)膜，也同時(shí)破壞了許多細(xì)胞器的膜，從而釋放了其中儲(chǔ)存的許多蛋白酶。而由于用于免疫沉淀實(shí)驗(yàn)的去垢劑作用比較溫和，因此蛋白酶的活性大部分得以保存。還有一部分蛋白酶來(lái)自胞質(zhì)中，主要由于其抑制蛋白或者其活性抑制環(huán)境受到改變后從而恢復(fù)了蛋白酶活性。因此，添加蛋白酶抑制劑對(duì)于防止目的蛋白的降解從而完成免疫沉淀實(shí)驗(yàn)非常關(guān)鍵。一般主要通過(guò)添加EDTA抑制金屬蛋白酶，通過(guò)

6、Protease Cocktail（多種蛋白酶抑制劑混合物）可以抑制蛋白酶。e去垢劑對(duì)于免疫沉淀實(shí)驗(yàn)尤其是免疫共沉淀實(shí)驗(yàn)是一個(gè)非常關(guān)鍵的因素。不同的去垢劑種類和不同的去垢劑濃度主要通過(guò)影響以下三個(gè)因素來(lái)影響免疫沉淀效果：- 細(xì)胞質(zhì)/器膜的通透性：因?yàn)樵S多目的蛋白都定位在細(xì)胞器中，所以必須先將這些蛋白釋放出來(lái)，抗體才能與之反應(yīng)。- 膜蛋白的釋放：許多膜蛋白的構(gòu)象對(duì)去垢劑種類和濃度非常敏感，因此針對(duì)這類蛋白的免疫沉淀實(shí)驗(yàn)，需要謹(jǐn)慎地嘗試多種去垢劑以及不同濃度。- 蛋白相互作用：不同去垢劑對(duì)不同性質(zhì)的蛋白質(zhì)的相互作用影響程度不一樣，需要根據(jù)具體蛋白的特性進(jìn)行分析選擇去垢劑種類和濃度。而由于何種去垢劑

7、適應(yīng)作用于何種蛋白質(zhì)現(xiàn)在很難精準(zhǔn)預(yù)測(cè)，所以一個(gè)更為切實(shí)可行的辦法就是通過(guò)具體實(shí)驗(yàn)篩選合適的去垢劑種類和濃度。二、抗體-agarose beads孵育裂解細(xì)胞，離心并去除不可溶的膜組份后，上清可以儲(chǔ)存在-80°保存3個(gè)月，但最好能夠使用新鮮制備的細(xì)胞裂解液上清去進(jìn)行抗體-agarose beads孵育實(shí)驗(yàn)?？贵w可以先加入上清中與樣品孵育數(shù)小時(shí)后再加入Protein A或者G beads孵育過(guò)夜，也可以同時(shí)加入抗體和Protein A或者G beads孵育過(guò)夜。一般選擇1mg總蛋白（1mg/ml）對(duì)應(yīng)添加1 ug抗體，最高可以添加至5 ug抗體，過(guò)多的抗體會(huì)產(chǎn)生假陽(yáng)性。這個(gè)步驟中關(guān)鍵因素

8、在于選擇合適的陰性對(duì)照。一般選用加同樣量的IgG，但更為妥當(dāng)?shù)姆椒ㄊ沁x擇針對(duì)胞內(nèi)其它無(wú)關(guān)目的蛋白的一抗做對(duì)照。例如，做膜蛋白A的免疫沉淀，選擇膜蛋白B來(lái)做陰性對(duì)照，只要確認(rèn)二者之間沒(méi)有相互作用；而做胞質(zhì)可溶性蛋白C的免疫沉淀，則選擇另外一個(gè)可溶性蛋白D來(lái)做陰性對(duì)照。同時(shí)，為避免Protein A或者G beads有（非）特異性吸附從而造成免疫沉淀實(shí)驗(yàn)結(jié)果的假陽(yáng)性，一般在加入目的蛋白抗體之前，預(yù)先將Protein A或者G beads與細(xì)胞裂解液孵育數(shù)小時(shí)，然后取上清用于后續(xù)的抗體-agarose beads孵育。同時(shí)，Protein A或者G beads對(duì)不同類型的抗體親和力不同，結(jié)合一抗的種

9、屬和Ig亞型，選擇合適的Protein A或者G beads也是決定免疫沉淀實(shí)驗(yàn)成功與否的一個(gè)重要因素。一般推薦使用Protein A和Protein G beads的混合物，這樣可以達(dá)到最佳實(shí)驗(yàn)效果，而且省去了許多選擇的煩惱。三、抗體-agarose beads復(fù)合物洗滌：除了選擇特異性好的抗體以及選擇合適的陰性對(duì)照外，去除免疫沉淀實(shí)驗(yàn)非特異性的一個(gè)辦法是對(duì)抗體-agarose beads復(fù)合物進(jìn)行多次洗滌。一般洗滌緩沖液使用和裂解液一樣的配方，但去除甘油，以減少由于甘油的粘性帶來(lái)的非特異性吸附。針對(duì)不同的實(shí)驗(yàn)要求，還可以通過(guò)更改NaCl的濃度以及去垢劑的比例，種類來(lái)達(dá)到去除非特異性吸附的效

10、果。例如，針對(duì)單純的免疫沉淀而非免疫共沉淀實(shí)驗(yàn)或者雖然是進(jìn)行免疫共沉淀實(shí)驗(yàn)，但蛋白質(zhì)之間的結(jié)合比較牢靠，可以考慮使用低濃度（0.2-0.5%）的SDS洗滌抗體-agarose beads復(fù)合物，這樣可以去除絕大部分非特異性相互作用。四、鑒定免疫沉淀實(shí)驗(yàn)用途非常廣泛（見(jiàn)IP： Q&A），而且基于最基本的免疫沉淀實(shí)驗(yàn)衍生出了許多免疫沉淀相關(guān)實(shí)驗(yàn)手段（比如免疫共沉淀，染色質(zhì)免疫沉淀和RNA-蛋白免疫沉淀），因此，免疫沉淀實(shí)驗(yàn)的鑒定方法主要視實(shí)驗(yàn)?zāi)康亩?。我們?cè)诒臼謨?cè)中主要簡(jiǎn)單概述常見(jiàn)的免疫沉淀之后的WB檢測(cè)需要注意的實(shí)驗(yàn)環(huán)節(jié)。由于免疫沉淀實(shí)驗(yàn)使用目的蛋白抗體加Protein A/G bead

11、s與樣品孵育，因此在最后離心獲得抗體-agarose beads復(fù)合物后，eppendorf管中主要含有抗體，目的蛋白，Protein A/G beads以及一些其它非特異性作用蛋白。其中，抗體和目的蛋白以及Protein A/G beads三者之間是以非共價(jià)健結(jié)合在一起，只有Protein A/G與agarose beads是共價(jià)結(jié)合在一起的。因此，最后經(jīng)過(guò)添加含巰基乙醇的加樣緩沖液以及煮沸變性并離心出去Protein A/G beads后，eppendorf管只有抗體和目的蛋白以及少量非特異性吸附蛋白。這樣SDS-PAGE中就含有目的蛋白和抗體二種蛋白，由于加樣緩沖液中含有巰基乙醇從而導(dǎo)致

12、抗體的重鏈與輕鏈之間的二硫鍵被破壞從而使得抗體分子變成重鏈分子（55KD）和輕鏈分子（25KD）。因此，WB顯色反應(yīng)中除了能檢測(cè)到目的蛋白外，如果所使用的二抗與用于免疫沉淀實(shí)驗(yàn)的抗體分子屬于同一種屬的話，還能檢測(cè)到重鏈和輕鏈分子。通常用于免疫沉淀的抗體量非常大（1ug），所以當(dāng)目的蛋白的大小接近重鏈或者輕鏈分子時(shí)，重鏈或者輕鏈分子的WB信號(hào)常常由于信號(hào)過(guò)強(qiáng)而導(dǎo)致影響對(duì)目的蛋白的WB結(jié)果判斷。針對(duì)上述情況，通常有二種解決辦法：a選擇不同種屬的抗體分別進(jìn)行免疫沉淀實(shí)驗(yàn)和WB實(shí)驗(yàn)，這樣再選擇一個(gè)種屬交叉反應(yīng)比較弱或者無(wú)種屬交叉反應(yīng)的二抗進(jìn)行WB實(shí)驗(yàn)，就可以大大減弱重鏈和輕鏈分子的WB信號(hào)。b使用交聯(lián)

13、劑將抗體和Protein A/G beads交聯(lián)，然后通過(guò)添加不含巰基乙醇的加樣緩沖液處理目的蛋白-抗體-agarose beads復(fù)合物，最后離心去除抗體-agarose beads復(fù)合物，上清中只留下目的蛋白。 免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation）是以抗體和抗原之間的專一性作用為基礎(chǔ)的用于研究蛋白質(zhì)相互作用的經(jīng)典方法，是確定兩種蛋白質(zhì)是否在生理?xiàng)l件下有相互作用的有效方法。其原理是：當(dāng)細(xì)胞在非變性條件下被裂解時(shí)，完整細(xì)胞內(nèi)存在的許多蛋白質(zhì)蛋白質(zhì)間的相互作用被保留了下來(lái)。如果用蛋白質(zhì)X的抗體免疫沉淀X，那么與X在體內(nèi)結(jié)合的蛋白質(zhì)Y也能沉淀下來(lái)。這種方法常用于測(cè)定兩種目標(biāo)蛋

14、白質(zhì)是否在體內(nèi)結(jié)合；也可用于確定一種特定蛋白質(zhì)的新的作用蛋白。染色質(zhì)免疫沉淀（Chromatin immunoprecitation，ChIP）是研究體內(nèi)DNA與蛋白質(zhì)相互作用的重要工具。它的基本原理是在生理狀態(tài)下把細(xì)胞內(nèi)的蛋白質(zhì)和DNA交聯(lián)在一起，超聲波將其打碎為一定長(zhǎng)度范圍內(nèi)的染色質(zhì)小片段，然后通過(guò)所要研究的目的蛋白質(zhì)特異性抗體沉淀此復(fù)合物，特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DNA片段，通過(guò)對(duì)目的片斷進(jìn)行PCR檢測(cè)，可以知道目的蛋白與那些基因作用。RNA免疫沉淀是研究體內(nèi)RNA與蛋白質(zhì)相互作用的重要手段。它的基本原理是在生理狀態(tài)下針對(duì)可以結(jié)合RNA的蛋白質(zhì)進(jìn)行免疫沉淀，然后通過(guò)分離抗體-Prote

15、in A/G beads復(fù)合物中的RNA成份，最后通過(guò)基因芯片或者其它手段檢測(cè)目的RNA。由此可見(jiàn)，CO-IP和CHIP以及RIP都是基于IP的基本原理去實(shí)現(xiàn)不同的研究目的，CO-IP主要是研究目的蛋白X和與之發(fā)生相互作用的蛋白Y之間的作用關(guān)系；而CHIP主要是研究目的蛋白X和與之發(fā)生相互作用的DNA片段Y之間的作用關(guān)系；RIP主要是研究RNA結(jié)合蛋白和RNA之間的結(jié)合。這也就決定了在進(jìn)行IP，CO-IP和CHIP以及RIP實(shí)驗(yàn)時(shí)時(shí)操作步驟和涉及的緩沖液配方都有所不同。 免疫沉淀：因?yàn)槊庖叱恋淼哪康闹饕峭ㄟ^(guò)抗體和目的蛋白相互作用從而捕獲目的蛋白，所以實(shí)驗(yàn)中要注意的關(guān)鍵點(diǎn)是抗體和目的蛋白相互作

16、用的效果。其主要受抗體的結(jié)合能力，目的蛋白和抗體的可接觸性兩個(gè)因素影響。所以免疫沉淀實(shí)驗(yàn)中的關(guān)鍵因素是抗體的選擇以及裂解緩沖液中的配方。對(duì)于前者而言，抗體所針對(duì)的作用表位必須處于目的蛋白表面，對(duì)抗體結(jié)合力的要求和免疫印跡或者免疫熒光相比要高得多；對(duì)于后者而言，主要考慮因素是緩沖液中的去垢劑成分能否在不破壞目的蛋白天然構(gòu)象的情況下（不影響目的蛋白和抗體的相互作用效果）將目的蛋白從細(xì)胞局部定位（比如位于某些細(xì)胞器中）中有效釋放出來(lái)。免疫共沉淀：免疫共沉淀的目的是通過(guò)抗體和目的蛋白的相互作用從而捕獲目的蛋白復(fù)合物，最終檢測(cè)目的蛋白復(fù)合物中各成分之間的相互作用。所以實(shí)驗(yàn)中要注意的關(guān)鍵點(diǎn)和免疫沉淀相比，

17、除了要注意抗體和目的蛋白相互作用的效果外，還要注意目的蛋白復(fù)合物的完整性。后者主要考慮因素是緩沖液中的去垢劑成分能否在有效釋放目的蛋白復(fù)合物進(jìn)入可溶相的情況下不破壞目的蛋白復(fù)合物中各成分之間的相互作用。所以，免疫共沉淀實(shí)驗(yàn)中的關(guān)鍵因素除了抗體的選擇外，裂解緩沖液配方中的去垢劑的成分和濃度對(duì)免疫共沉淀實(shí)驗(yàn)的成功與否至關(guān)重要，其選擇相比免疫沉淀實(shí)驗(yàn)而言，要求更嚴(yán)格。染色質(zhì)免疫共沉淀：染色質(zhì)免疫沉淀的主要目的通過(guò)抗體和目的蛋白的相互作用從而捕獲和目的蛋白有相互作用的DNA片段，最終檢測(cè)目的蛋白和DNA片段的相互作用。因此，實(shí)驗(yàn)中要注意的關(guān)鍵點(diǎn)和前二者（免疫沉淀和免疫共沉淀）有所不同。因?yàn)樵趯?shí)驗(yàn)中中蛋

18、白質(zhì)-DNA復(fù)合物的維持需要依靠多聚甲醛的交聯(lián)作用，所以目的蛋白的許多表面表位也在交聯(lián)過(guò)程中喪失。因此，除了后續(xù)的基本操作和免疫沉淀以及免疫共沉淀有些許不同，有額外需要注意的是向外，其對(duì)抗體的要求要比免疫沉淀和免疫共沉淀高得多，相對(duì)而言，裂解緩沖液的成份并不是關(guān)鍵因素。 免疫共沉淀實(shí)驗(yàn)由于在非變性實(shí)驗(yàn)條件性進(jìn)行，這樣蛋白質(zhì)之間的天然相互作用得以最大程度的保留，因此可以比較真實(shí)的反應(yīng)蛋白質(zhì)之間的相互作用。但也基于此點(diǎn)，免疫共沉淀并不能顯示蛋白質(zhì)之間的相互作用是直接還是間接的，因?yàn)橥ㄟ^(guò)目的蛋白抗體共沉淀下來(lái)的是一個(gè)蛋白復(fù)合物，而不僅僅是和目的蛋白直接相互作用的蛋白。而GST-Pull down實(shí)驗(yàn)

19、可以通過(guò)體外實(shí)驗(yàn)條件，去除其它蛋白的影響，從而確定目的蛋白和待檢測(cè)蛋白是否可以發(fā)生直接相互作用。 實(shí)驗(yàn)名稱研究目的研究用途備注免疫沉淀研究目的蛋白的理化特性蛋白純化利用抗體和抗原的特異性結(jié)合達(dá)到純化抗原的目的去除目的蛋白利用抗體和抗原的特異性結(jié)合達(dá)到從含有抗原的反應(yīng)液中去除優(yōu)化免疫印跡（WB）效果通過(guò)IP可以對(duì)目的抗原進(jìn)行富集（最高可以富集10，000倍），然后進(jìn)行WB。由于對(duì)目的抗原進(jìn)行了富集，提高了抗原濃度，這樣可以解決許多抗體WB實(shí)驗(yàn)效果不好（包括特異性不好和背景嚴(yán)重）的問(wèn)題測(cè)定蛋白修飾位點(diǎn)信息可以通過(guò)免疫沉淀純化抗原去進(jìn)行質(zhì)譜鑒定從而測(cè)定蛋白的修飾位點(diǎn)的信息（磷酸化，甲基化，

20、乙?；吞擎溞揎椀龋y(cè)定蛋白的降解速度通過(guò)免疫沉淀純化經(jīng)由放線菌酮處理的細(xì)胞樣品中的抗原再通過(guò)WB測(cè)定不同樣品中目的抗原的含量；或者對(duì)細(xì)胞進(jìn)行同位素脈沖標(biāo)記然后進(jìn)行免疫沉淀實(shí)驗(yàn)再通過(guò)放射自顯影測(cè)定目的抗原的含量測(cè)定酶活經(jīng)免疫沉淀純化待測(cè)酶后再進(jìn)行酶活測(cè)定（包括激酶測(cè)定等）免疫共沉淀研究蛋白與蛋白的相互作用尋找新的相互作用蛋白經(jīng)由免疫共沉淀然后通過(guò)質(zhì)譜或者WB鑒定新的相互作用蛋白驗(yàn)證目的蛋白和待測(cè)蛋白是否有相互作用經(jīng)由免疫共沉淀然后通過(guò)使用待測(cè)蛋白的抗體進(jìn)行WB實(shí)驗(yàn)可以確定目的蛋白和待測(cè)蛋白是否有相互作用染色質(zhì)免疫沉淀研究蛋白與DNA的相互作用研究蛋白與DNA的動(dòng)態(tài)作用通過(guò)對(duì)經(jīng)由免疫共沉淀而得到

21、的DNA片段進(jìn)行PCR實(shí)驗(yàn)可以獲得DNA片段的序列信息以及目的蛋白與DNA之間的動(dòng)態(tài)作用信息研究組蛋白的各種共價(jià)修飾與基因表達(dá)之間的關(guān)系通過(guò)使用針對(duì)組蛋白不同修飾位點(diǎn)的抗體進(jìn)行染色質(zhì)免疫沉淀實(shí)驗(yàn)去檢測(cè)組蛋白的不同修飾狀態(tài)和目的基因啟動(dòng)子之間的動(dòng)態(tài)相互作用，從而研究組蛋白修飾與目的基因表達(dá)之間的關(guān)系研究蛋白與RNA的相互作用基于CHIP的原理發(fā)展出來(lái)的RIP（RNA-IP）技術(shù)可以用來(lái)研究目的蛋白與RNA之間的相互作用信息 在所有免疫沉淀相關(guān)實(shí)驗(yàn)中，抗原的起始濃度相對(duì)其它免疫相關(guān)實(shí)驗(yàn)（WB和IF等）要低得多，所以對(duì)抗體的親和力相對(duì)其它實(shí)驗(yàn)(WB和IF等)提出了很高的要求，這就需要使用高親和力的抗

22、體去進(jìn)行免疫沉淀相關(guān)實(shí)驗(yàn)。同時(shí)，由于免疫沉淀相關(guān)實(shí)驗(yàn)主要是在生理?xiàng)l件性進(jìn)行，所以需要抗體識(shí)別蛋白的天然表面構(gòu)象，因此選擇的抗體其針對(duì)的抗原決定蔟需要暴露在蛋白表面。這些因素對(duì)制備能成功應(yīng)用于IP實(shí)驗(yàn)的抗體提出了很高的要求：a用于免疫的蛋白抗原其構(gòu)象需要盡量接近目的蛋白的天然構(gòu)象或者用于免疫的多肽盡量暴露在目的蛋白的表面。獲得接近天然構(gòu)象的蛋白抗原的途徑有很多，主要有天然提取，原核表達(dá)重組蛋白以及真核表達(dá)重組蛋白三種方式。這其中，就蛋白構(gòu)象角度而言，天然提取是最佳途徑，但這種方法受材料來(lái)源限制和純化方法復(fù)雜等多因素影響，一般很少采用。原核表達(dá)因?yàn)槌杀镜土?，操作方便最為受歡迎，但其受表達(dá)環(huán)境與大部

23、分蛋白天然存在環(huán)境差別巨大，構(gòu)象失真情況嚴(yán)重，抗原的構(gòu)象質(zhì)量有嚴(yán)重問(wèn)題。大規(guī)模瞬時(shí)真核表達(dá)是近期新興的表達(dá)系統(tǒng)，具有表達(dá)環(huán)境接近天然，操作方便等諸多優(yōu)點(diǎn)，是獲取具有天然構(gòu)象蛋白抗原的首選工具。b親和力要比普通的抗體應(yīng)用要求高得多。多克隆抗體由于可以結(jié)合目的抗原的多個(gè)抗原決定簇，所以在親和力方面是首選。但考慮到特異性，獲得單克隆抗體群是更好的選擇。具體優(yōu)缺點(diǎn)總結(jié)如下表。 多克隆抗體單克隆抗體單克隆抗體群（由一個(gè)免疫原產(chǎn)生的多個(gè)單克隆抗體混合物）抗體抗原作用信號(hào)強(qiáng)度極佳由抗體的親和力決定（極佳或者極弱）極佳特異性通常很好，但有時(shí)會(huì)有非特異性相互作用極佳，但有時(shí)會(huì)有交叉反應(yīng)極佳（由于選擇可

24、以進(jìn)行IP且沒(méi)有交叉反應(yīng)的抗體組成單克隆抗體群）優(yōu)點(diǎn)親和力高（由于抗體可以與目的蛋白的多個(gè)抗原決定蔟相互作用）特異性好，且可以無(wú)限量供應(yīng)特異性好，親和力高（由于選擇可以進(jìn)行IP且沒(méi)有交叉反應(yīng)的抗體組成單克隆抗體群）缺點(diǎn)非特異性相互作用很難去除需要篩選親和力高的抗體；抗原表位可能會(huì)被相互作用蛋白遮蔽能夠篩選得到的符合條件的單克隆并不多，所以單克隆抗體群也就不容易獲得免疫沉淀效果極佳（由于親和力高）由抗體的親和力決定（極佳或者極弱）極佳（由于選擇可以進(jìn)行IP且沒(méi)有交叉反應(yīng)的抗體組成單克隆抗體群）免疫共沉淀效果通常很好，但有時(shí)非特異性相互作用會(huì)帶來(lái)假陽(yáng)性由抗體的親和力決定和抗原表位是否被相互作用蛋白

25、遮蔽決定（極佳或者極弱）極佳（由于選擇可以成功進(jìn)行IP且沒(méi)有交叉反應(yīng)的抗體組成單克隆抗體群）染色質(zhì)免疫沉淀效果通常很好，但有時(shí)非特異性相互作用會(huì)帶來(lái)假陽(yáng)性由抗體的親和力決定和抗原表位是否被遮蔽或者以及抗原表位是否被交聯(lián)實(shí)驗(yàn)所破壞決定（極佳或者極弱）極佳（由于選擇可以成功進(jìn)行IP且沒(méi)有交叉反應(yīng)的抗體組成單克隆抗體群） Troubleshooting for IP, CO-IP，RIP and CHIP免疫沉淀產(chǎn)生的問(wèn)題產(chǎn)生問(wèn)題的原因解決辦法沒(méi)有得到目的蛋白或者得到的目的蛋白太少1.目的蛋白在樣品中含量太低或者檢測(cè)樣品中沒(méi)有目的蛋白更換樣品或者在細(xì)胞中過(guò)表達(dá)目的基因2.加入的protei

26、nA/G-beads太少或者與一抗的結(jié)合屬性不匹配增加proteinA/G-beads至60ul/mg總蛋白；檢查proteinA/G-beads與一抗的結(jié)合屬性3.抗體或者proteinA/G-beads與樣品作用時(shí)間太短正確按照protocol操作，抗體或者proteinA/G-beads與樣品作用時(shí)間最短不能少于2小時(shí)4.蛋白發(fā)生降解盡量使用新鮮制備樣品進(jìn)行免疫沉淀實(shí)驗(yàn)；將樣品至于冰上或者在冷庫(kù)中操作5.雜蛋白太多加入抗體和proteinA/G-beads前100，000g離心細(xì)胞30 min以去除膜成分或者不可溶蛋白6.目的蛋白沒(méi)有溶解或者溶解不充分針對(duì)目的蛋白的特性選擇合適的裂解液7

27、.抗體使用濃度太低提高抗體使用濃度8.抗體親和力差更換親和力更高的抗體9.抗體所識(shí)別的抗原表位被相互作用蛋白所遮蔽,無(wú)法與目的蛋白相互作用更換抗體10.抗體選擇不合適,所選擇的抗體不能識(shí)別處于天然構(gòu)象的蛋白更換抗體11.抗體或者proteinA/G-beads與樣品作用時(shí)間太短正確按照protocol操作，抗體或者proteinA/G-beads與樣品作用時(shí)間最短不能少于2小時(shí)12.洗滌條件過(guò)于劇烈減少洗滌次數(shù)；降低洗滌緩沖液中的鹽濃度或者更換更溫和的去垢劑13.檢測(cè)靈敏度不夠更換檢測(cè)試劑(針對(duì)WB檢測(cè))或者提高檢測(cè)水平(針對(duì)質(zhì)譜檢測(cè))有非特異性相互作用或者嚴(yán)重的交叉反應(yīng)1.Protein A/G-beads對(duì)蛋白的非特異性吸附或者樣品中有其它蛋白與Protein A/G-beads有交叉反應(yīng)用ProteinA/G-beads對(duì)細(xì)胞進(jìn)行預(yù)處理去除非特異性吸附蛋白,然后再加入抗體；加入2%BSA于ProteinA/G-beads中對(duì)beads進(jìn)行預(yù)封閉2.抗體特異性不好更換抗體或者設(shè)立陰性對(duì)照(IgG或者其它無(wú)關(guān)抗體)3.裂解液配方過(guò)于溫和使用條件更加劇烈的裂解液配方 (比如RIPA緩沖液)4.洗脫條件過(guò)于溫和使用高鹽(大于150nM NaCl)或者其它強(qiáng)表面活性劑洗脫目的蛋白大小與I