序列比對(duì),構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)

1、1從NCBI上下載某個(gè)基因在其他物種的序列比如，下載caveolin基因在其他物種的序列C NCBINational Library of MedicineNational Institutes of HealthPubMedAll DtabasesBLASTOMIMBooksTaxBrow&er StructureI Search Nuclectide for ceveolinGoNCBI 地址：/NCBI Web SiteHot SpotsSITE M/ Alphabet! Resourcedoes NCBI do?PubMed

2、ProteinAbout NAn introdi 忖CBIGenBarNucleotidsEST"“GSSStructure Genome Booksed in 1988 as a national resource for r biolog'/information, NCBI creates t日bases. conducts research in icnal biolog認(rèn) develops software analyzing genome data, and ates biomedical information - all for Tin dAm tandinn

3、 nf mnlAculAr Clusters of ortholoqous groups# Coffee Break,Genes & Disease, NCBI Handbook在search一欄的下拉列表中選擇Nucleotide,for后面的一欄中輸入自己要查詢的基因。完畢，點(diǎn) 擊 GO 確 認(rèn)可 得 到下 結(jié) 果每一條記錄分別是某個(gè)物種的caveolin的序列，以第10條記錄為例，10： NM 001753ReportsOrder cDNAclone, LinksHomo sapiens caveolin 1, caveolae protein, 22kDa (CAV1 mENA

4、g|l 5451855|refmCOO 1753.3| 15451855L：1 . . 1 ：-；稱為GenBank登錄號(hào)'兒卞-為拉丁文的人類的字母，表示物種, w:一-表示基因名稱（caveolin基因家族共有3個(gè)主要基因，分別稱為 1，2，3）mKNA表示此序列為cDNA,不含內(nèi)含子。F圖中的NEXT表示翻頁(yè)，查看剩余的記錄。DisplaySummary»Show20 *Sort By -Send toItems 1 - 20 of S31of 27 NestPage 1打 開(kāi) 第 10 條 記 錄 可 看 到 下 圖Format; GeriBank FAS建 Grap

5、hdw More FormatsTNCBl Reference Sequence- MV1_001753.3Homo sapiens caveolin 1. caveolae protein. 22kDa (CAV1). mRNACorriniEritF 已自 tur股&3旳11即“LOCUS DEFINITIOM ACCESSIOM VERSION KEYWORDS SOURCE 0RSANI5MNTI_0017532704 bp>RNAlineaxPRI 12-APR-2009Hoao sapiens caveolin 1 caveol&e protein, 22kD

6、a (CAV1)mRNA. 0_001753NhciM7533 SI; 15451355Hcao sap 1 ens (human)Homo sauiensEukaryota; Hetazo且；Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostoni; H&uualia； Eutheria； Ettatchontoelites； Ptiaates; Hap丄orrliini; Caratrhini; Hominida亡；Homo.EEFEREMCEAUTHORS1 (bases 1 to 2704)LufQ., Zhan,J.T AllisonR.f G

7、ayH.r Yang,U.X.y Ehowaick,N.A.f fi;elix7(?. j ShappeLl and ChenYrli,TITLEIdentification of extracellular 吐皀Lts-catenin accumulation for prostate cancer detectionJOURNALPUEMEDREMARKProstate 69 (4), 41L-4L3 (20Q刃19116986GeneRIF: In prostate cancer 亡m丄JLs in culture, delta-catenin was co-localized inti

8、i caveolinl and CD59, sugg-esting its potential excretion into extr.acellular milieu through exosone/prostasom.e associated pathways.FEFERENCE AUTHORS2 (bases 1 to 2704)SotgiaF., Del Galdo,F., CMimiro,M, fianuccelliTG*, Mercier,1*,現(xiàn)在你需要保存下來(lái)得就是上面的這一串（堿基）核酸序列。復(fù)制黏貼（包括上面表示順序的數(shù)字）至U TXT文本中備用。出現(xiàn)下圖打開(kāi) DNAMAN

9、 軟件，左上角點(diǎn)擊 file-new可以把先前從 NCBI下載的序列（保存到TXT文本中得）復(fù)制到箭頭指示處，得到:邂 DNAMAN - DNAMAN?File Edit Sequence Restriction Primer Protein Database Info View WirdowNewOpen.H.Op 即 SpecialCloseSave5avetccaagcatc ccttvgccca gaaagaagat. gggggaggagSend MallPrirtn-print PreviewPage Setup.Ctrl+Praaaag匸attt匸get ggaataagtt c

10、aaattcttcacctgagtcg tacagaaagic tgcctggtat匸gaactcaaaatccaaaajgc1 barrio sapiens caveolin 12出對(duì)j ducav目的段色藹子CMl目的段accaattgt-gattc tgcrtttggg gact-tttct-tact匸段匕tyga. actctgcttg si匸tt-ttgcct&cctgtt.acctact-ttgact ttttgcsitt-taaaccttcagcttccagrctaaaacagaca13141516172401 tatagttttei&匸acttttta2461

11、aatgtaaagactttgtgatt2521 caatctgtaaagtccctcat25S1 gcaaatcaatata匸&匸匸匸匸&26叱1 caatcttttacttttaaactacttgtatttactggtccagtgtacataa etgaaaatgttttatatgaa gaaaatcactccaagacatg tctgttctecaaagattget gaaatttcatcccgtaaag ttacaagcct并按照上圖左上角file-save as（注意此文件得保存名稱為保存的此物中得名稱DNAMAN軟件中seq序列格式的保存方法。getataetget

12、aggaaeitggatagatgettaegettaetggcacaataaa），已上是18按照 1，2，3 得順序依次打開(kāi)，得到下圖2序列編輯和比對(duì)（DNAMA軟件）你們實(shí)驗(yàn)PCR得到的序列只是某個(gè)基因上的一部分， 所以為了進(jìn)行不同物種間的比對(duì), 要把下載下來(lái)的其他物種的某個(gè)基因的序列進(jìn)行刪減，以使兩段基因是大約相同長(zhǎng)度的片段進(jìn)行比對(duì)。以人類 caveoli n1 基因?yàn)槔f(shuō)明一下DNAMANFile EditBestrlction Primer Prob&in Database Info View Window Help2345678910111213點(diǎn)擊上圖中的1，你會(huì)得到下圖

13、，點(diǎn)擊 2是清楚所有剛才選進(jìn)比對(duì)的序列（為了重新選擇序 列），3是有選擇的刪除某個(gè)序列。打開(kāi)。再點(diǎn)下圖中得確定鍵。圖OutfiuillidmnUi如二 fl 1.95% 旳mw2S0303103£03 卸340350MO3703S0和 04! cavca 1±tl 1f aavl目的民匚 aiL3CTL3UJUTMgHAAATMGTWCTCMJLGCGJLCATeTC 丁心WGTTC0T<XGGG斗rw騎畑acngggcsacatQt-ajc-aAgccc-&anacEika c Hgocaga gg匸tg ur aagJlCJlGGGCAACAICTACAA

14、KCCIJlCIICA AClGGGCAJLCA-KTACjLAGCeCllCJLXCl當(dāng)然，把你的所有準(zhǔn)備的序列保存好以后，從查找范圍這個(gè)下拉列表中尋找你要比對(duì)的序列?？梢园醋trl點(diǎn)擊你要比對(duì)的幾個(gè)序列（同時(shí)選中）選完點(diǎn)擊Multiple AlignmentMethod fast Alignment Optimal AlirunentOptimd. Allgmii«ntQuput srder* Full Aligrmient* InputAliProfile AllgxdnentTypeTranslationHew Sequencee on Pro-£FroteiFa

15、st AllFast Ali gnment II E1TAFile： 2Segueiv:電；2File :C : VfiocujTients :arid Se：ttiriL£sAdnriiikL stAddC MJocumftnts SettingsXAditinistEeiiiove凰】Selected7 Lad entire file if format確定取消幫助得至U下，然后打開(kāi)你保存的seq格式的找好這兩個(gè)物種重合的那個(gè)核苷酸的序號(hào)（前后兩段都是）序列，數(shù)出剛才比對(duì)重合部分的后端的堿基數(shù)，把這個(gè)堿基后面的序列刪掉，再用此方法把比對(duì)重合部分前段得序列刪掉，保存。注：此處比對(duì)得

16、兩個(gè)序列一個(gè)是你實(shí)驗(yàn)得到的基因序列，另一個(gè)是從NCBI下載的其他物種的序列， 一般情況下你試驗(yàn)得到的測(cè)序序列會(huì)短于下 載的其他物種的序列，所以要在這里進(jìn)行下載的序列的編輯。把你已經(jīng)編輯好的序列按照上述比對(duì)方法（用你的實(shí)驗(yàn)得到的序列和同基因在其他物種的序列（并且是你已經(jīng)掐頭去尾編輯過(guò)的）兩兩比對(duì)，可以得出某個(gè)基因在兩兩物種之間的同源性）如下圖：Outputasvl目的氐橢圓中的數(shù)字就是某基因在兩個(gè)物種間的同源性。是：打的方法http:/www. ncbi. nlm. /另一種獲得兩物種某基因之間同源性 開(kāi)NCBISITE MAPAlphabetical ListResource G

17、uide What does NCBI do?HotEstablished in 1988 as a national resource for molecular biology information, NCBI creates Cluster ortholagoV NCBINational Librarv of Medicine¥National Institutes ofPubMed All DatabasesBL/3TMIMBo 口 ksTaxBrowser1 Search All Databases forGo|Choose a BLAST pro gram to run

18、iho憶iu hl"或blast ，Basic BLASTSearch a nucleotide database using a nucleotide queryAlgorithms' blasln, rmegablat, discontiguousSearch ixatein database using a piotin queryAlgorithms, blastp, psi-blast.卩hi-blast r .f n.'db n >Ln v n 4* ： is . jn鼻 l. tn l” u n a. m II ”p斗 >rx> .1

19、nx s.1 un> <n< 臺(tái)JI點(diǎn)擊箭頭指示處在1空白處黏貼上你的測(cè)序序列，2處選中，點(diǎn)擊下面的blast“ Low complexity regions 址Species-specific repeats for Human 嗚MaskMask for lookup table only 越 /BLA>T )Search database nr using Mab 1 asr(0ptimize f(Show results in j nev* window你將得到一個(gè)你測(cè)序序列與多個(gè)物種間某個(gè)基因的同源性。如下圖:Lfigmd for links to> o

20、lher fesourceg Q (OiGgne Ol GEO EDI Gene； B SthjetiMe 仙 Map ViewerDRrrlHiQniMum 暑匚oreTotalEOCTA<|E-E walme"Mam iia%nE:Llinks |U315B2.1Chickem c-aveolin mRNA5M100%Lfl-15794%EE 1XM 002192:346.1PREDICTED: Taefiiopyqis quttta simil-sr to cawodiri 1 (LOC1DD22D：52734帕2ft-14697%EfiUZHMdFoscicul尹i*

21、b嘗oin cQNA cIqti OmgA 11145 wimilpr* M hunt42§100%fte-Lld07%囚XM 001101323.1PREDICTED: Macac* mulrtt* wiilrto CavMlin-1. frwscxipt 丫胡刨100%&e-llriiE九rmXM Q011Q1417 JPREDICTED； Maca&a mulMta s-milar t& Caveclin-l. trwswirt v«riai4Z5100%&V416XM 001101509,1PREDICTED; M-scaca mul

22、lt-a snnil-ar to C-aveulin-li tramsorip: vari-ai425100%&9-11607%Z12161.1亡.f arriiliaria 口亡Die far VCP2142499%Zfi-115a?%E4706D.1匚anis familbaris caveolin-l mRNA, compJete cd42499%2e-115a?%XM Qdll 0126.1PREDICTED; Macac«i«<nil*rtQ Cawtulin-1. ir*n-5crjpt v*nar422射帕7e-lH柿蚯EEAB4B9179.1S

23、YntheUi: cnnstruict. DNA. done: DFlkEQ21fii Honw sapiens CAV1 屮420100%3S-114B7%St（ueii|icc-fl pHodcHng fiiqnifiCiWnt iqnnutnl曹： I：丄!匸k上1巴巴,日亡匸3 七口 呂口工匕匚口丄I.UT1 口巴）1為物種名稱及描述，2為同源性為了進(jìn)行比對(duì)，要把序列格式轉(zhuǎn)化成FASTA格式。轉(zhuǎn)化方法：新建TXT格式文檔,文件（日編輯（或格式©查看幫助>anas第一排開(kāi)始先寫一個(gè)大于號(hào)（>），緊接著是寫上物種名稱。如上圖。另起一行，把該物種的某基因的序列拷貝上。注

24、：這里的要拷貝過(guò)來(lái)的序列是經(jīng)過(guò)上一步的掐頭去尾的序列，得到：文件舊編輯（或格式 查看加幫助（出>andsACAGGGCAACATCTACAAGCCCAACAACAAGATI TCAACGACGACGTGGTCAAGATTGATTTTGAAGi TGGTTTTATCGTTTACTGTCfiGCfiATCTTTGGCl CTACCTGATTGAGATCCAGTGCA然后保存。方法：文件-另存為-保存類型選所有文件-文件名：物種名稱 Fasta擊添加序列就可載入第二條序列，后面要載入更多的序列也是點(diǎn)擊添加序列。載入完你要比為了進(jìn)行比對(duì)，要把序列格式轉(zhuǎn)化成FASTA格式。轉(zhuǎn)化方法：新建TXT格式

25、文檔,擊添加序列就可載入第二條序列，后面要載入更多的序列也是點(diǎn)擊添加序列。載入完你要比為了進(jìn)行比對(duì)，要把序列格式轉(zhuǎn)化成FASTA格式。轉(zhuǎn)化方法：新建TXT格式文檔,3序列比對(duì)與進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建，打開(kāi)Clustaxl軟件，（可拷貝到你的論文中的圖片）擊添加序列就可載入第二條序列，后面要載入更多的序列也是點(diǎn)擊添加序列。載入完你要比為了進(jìn)行比對(duì)，要把序列格式轉(zhuǎn)化成FASTA格式。轉(zhuǎn)化方法：新建TXT格式文檔,擊添加序列就可載入第二條序列，后面要載入更多的序列也是點(diǎn)擊添加序列。載入完你要比為了進(jìn)行比對(duì)，要把序列格式轉(zhuǎn)化成FASTA格式。轉(zhuǎn)化方法：新建TXT格式文檔,退出 nustal-RaindyftJQ文件（日漏極（日比對(duì)（茁樹(shù)（I）預(yù)色©虎量幫助（也載入序列心添加序列個(gè)） 序列另存為（也 戟入輪廓輪I廓1另存輪廓2另存為（E） 將比對(duì)寫入肯PostScript（S）單擊在左上角的文件，載入序列，就可載入一條fasta格式的序列了。載入