Q91ZN7 基因生物分析

1、編號(hào) 名稱(chēng) 網(wǎng)址 主要功能1 ProtParam http:/ /webexpasyorg/protparam/ 對(duì)蛋白質(zhì)理化性質(zhì)的預(yù)測(cè)2 NCBI http:/ /wwwncbinlmnihgov/gorf/orfigcgi 分析并找到序列的 OF 區(qū)3 NCBIhttp:/ /wwwncbinlmnihgov/Structure/cdd/wrpsbcgi 保守結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)http:/ /blastst- vancbinlmnihgov/Blastcgi 氨基酸序列相似性分析4 PSOT 7 http:/ /psorthgcjp/formhtml 亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)5 SignalP 8 http

2、:/ /wwwcbsdtudk/services/SignalP/ 信號(hào)肽預(yù)測(cè)6 TMHMM 9 http:/ /wwwcbsdtudk/services/TMHMM/ 跨膜結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)7 ProtScale http:/ /webexpasyorg/protscale/ 親水性/疏水性分析8 KinasePhos 10 http:/ /kinasephos2mbcnctuedutw/indexhtml 激酶磷酸化修飾位點(diǎn)分析9 ProtFun 11 http:/ /wwwcbsdtudk/services/ProtFun/ 蛋白質(zhì)功能預(yù)測(cè)10 PSIPED 12 http:/ /bioinfc

3、suclacuk/psipred/ 蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)2.1 F1MEY1 基因序列2.2Q91ZN7氨基酸一級(jí)結(jié)構(gòu)及理化性質(zhì)預(yù)測(cè)通過(guò) ExPASy ProtParam 在線(xiàn)預(yù)測(cè) Q91ZN7基因編碼的氨基酸序列的組成成分和理化質(zhì)。結(jié)果顯示這2430個(gè)氨基酸原子組成式為C2430H3822N668O708S22共7650 原子， 相對(duì)分子質(zhì)量為165453.8 Da。其帶正電荷氨基酸數(shù)目(65)大于其帶負(fù)電荷氨基酸數(shù)目61，偏酸性。Q91ZN7在280 nm 的波長(zhǎng)下的消系數(shù)為 71890MM1·cm1 ， 其半衰期為 30小時(shí)， 不穩(wěn)定系數(shù)分值為41.45， 大于40， 推測(cè)此蛋白

4、質(zhì)結(jié)構(gòu)不穩(wěn)定。.3 Q91ZN7 信號(hào)肽預(yù)測(cè)根據(jù) Signal P41 Server 軟件預(yù)測(cè)Q91ZN7 信號(hào)肽的結(jié)果如表 2 所示。其中 C 代表剪切位點(diǎn)的記分， 越高表示出現(xiàn)剪切位點(diǎn)的可能性就越大。S 表示信號(hào)肽記分， 高分位置表示相應(yīng)的氨基酸位于信號(hào)肽部分概率較大， 低分位置表示位于成熟蛋白部分。Y 是基于 C 和 S 的綜合記分， 通常被視為最理想的剪切位點(diǎn)， 具有最高的 C 值， 同時(shí)又是 S 值由高轉(zhuǎn)低的位點(diǎn)。D 記分值是 S 和 Y 的加權(quán)平均值。ELOVL7 的 C、 S 和 Y 的最高得分分別為 0、32、 0.82和 0.33， 均遠(yuǎn)低于 05， 因此可以推測(cè)出 Q91Z

5、N7 基因所編碼的蛋白不存在信號(hào)肽。根據(jù)信號(hào)肽假說(shuō)，可以推測(cè)出此蛋白不是分泌蛋白。表2 Q91ZN7 信號(hào)肽預(yù)測(cè)指標(biāo) 位點(diǎn) 分值 Max C 22 0.32 Max Y 22 0.33 Max S 2 0.82Mean S 1-21 0.48 D 1-21 0.43.4 Q91ZN7保守結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)通過(guò) NCBI 保 守 結(jié) 構(gòu) 域 數(shù) 據(jù) 庫(kù) ( ConservedDomainDatabase， CDD)， 分析 Q91ZN7 中的保守結(jié)構(gòu)域， 結(jié)果顯示 Q91ZN7 只含有 1 個(gè)屬于 GNS1/SU4家族的保守結(jié)構(gòu)域(見(jiàn)圖2)。 2.6Q91ZN7跨膜結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)和分析 跨膜結(jié)構(gòu)域是膜內(nèi)在蛋

6、白與膜脂相結(jié)合的主要部位，它固著于細(xì)胞膜上起錨定作用， 一般由 1641個(gè)左右的 疏 水 氨 基 酸 組 成。通 過(guò) Expasy 軟 件 中 的TMHMM Server v 2 0 工具預(yù)測(cè)Q91ZN7基因的跨膜螺旋區(qū)(見(jiàn)圖 6)。預(yù)測(cè)結(jié)果顯示， Q91ZN7基因氨基酸序列中不存在跨膜螺旋區(qū)， 蛋白質(zhì)整體1476個(gè)氨基酸殘基全部在膜外， 為非跨膜蛋白。27 Q91ZN7親水性/疏水性分析通過(guò) ExPASy ProtScale 在線(xiàn)軟件， 對(duì) Q91ZN7氨基酸序列的疏水性/親水性預(yù)測(cè)結(jié)果如圖 4， 通過(guò)分析發(fā)現(xiàn)， 在整條鏈中， 最高的分值為 4.500， 為排在位的ILe， 代表其疏水性最強(qiáng)

7、;最低的分值為 -4.500， 為排在 123 位的Arg， 代表其 親 水 性 最 強(qiáng)。 GAVY ( Grand average ofhydropathicity)值為 0。GAVY 是測(cè)蛋白質(zhì)的親疏水性標(biāo)準(zhǔn)， 其定義為序列中所有氨基酸親水值的總和與氨基酸數(shù)量的比值，通常 GAVY 值分布在 2 至 2 之間， 負(fù)值越大表示親水性越好， 正值越大表示疏水性越強(qiáng)另外從整體看整條肽鏈的疏水性氨基酸殘基多于親水性氨基酸殘基， 因此可以推測(cè)出Q91ZN7 是一種非溶性蛋白。28 Q91ZN7 激酶磷酸化修飾位點(diǎn)分析 蛋白質(zhì)的磷酸化則是指在蛋白激酶催化作用下把 ATP 或 GTP 的磷酸基轉(zhuǎn)移到底物蛋白質(zhì)氨基酸殘基的過(guò)程。蛋白質(zhì)鏈的磷酸化一般只發(fā)生在絲氨酸( serine， S)， 蘇 氨 酸 ( threonine， T) 或 酪 氨 酸(tyrosine， Y)這三個(gè)殘基上。通過(guò) KinasePhos 網(wǎng)站預(yù)測(cè)， 結(jié)果顯示 Q91ZN7 有0個(gè)絲氨酸激酶、0個(gè)蘇氨酸激酶和0個(gè)酪氨酸激酶潛在磷酸化位點(diǎn)。210 Q91ZN7二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)的二級(jí)結(jié)構(gòu)是指多肽鏈主鏈骨架盤(pán)繞折疊而形成的構(gòu)象， 借氫鍵維系。主要有 螺旋、 折疊、 轉(zhuǎn)角、 無(wú)規(guī)卷曲。3結(jié)論：本研究通過(guò)生物信息學(xué)手段， 系統(tǒng)地研究了野豬Q91ZN7基因及其編碼蛋白質(zhì)的特征， 為野豬脂肪酸調(diào)控網(wǎng)絡(luò)提供理論依據(jù)。Q91