生物信息學(xué)實(shí)驗(yàn)報(bào)告2

1、二實(shí)驗(yàn)項(xiàng)目名稱：雙序列比對(duì)實(shí)驗(yàn)?zāi)康模壕毩?xí)使用動(dòng)態(tài)規(guī)劃算法進(jìn)行雙序列比對(duì)；理解打分矩陣和參數(shù)對(duì)雙序列比對(duì)結(jié)果的影響；理解動(dòng)態(tài)規(guī)劃算法的原理。教學(xué)基本要求：動(dòng)態(tài)規(guī)劃算法是序列比對(duì)最基本的算法，可以確保找到最優(yōu)比對(duì)。分為全局比對(duì)（ Needleman-Wunch algorithm ） 和局部比對(duì)算法（Smith-Waterman algorithm）。通過(guò)本實(shí)驗(yàn)的練習(xí)，更好的理解動(dòng)態(tài)規(guī)劃算法。實(shí)驗(yàn)內(nèi)容提要：對(duì)如下的兩條序列進(jìn)行雙序列比對(duì)分析：> Drosophila Sex-lethal proteinASNTNLIVNYLPQDMTDRELYALFRAIGPINTCRIMRDYKTGYSY

2、GYAFVDFTSEMDSQRAIKVLNG> Mouse Huc RBDMDSKTNLIVNYLPQNMTQDEFKSLFGSIGDIESCKLVRDKITGQSLGYGFVNYSDPNDADKAINTLNGL這些蛋白質(zhì)包含一個(gè) RNA 識(shí)別模體（RNA Recognition Motif，RRM）。該模體包含兩個(gè)高度保守的兩個(gè)功能區(qū)RNP1 和RNP2（已用紅色標(biāo)記）。通過(guò)ebi 網(wǎng)站的在線工具完成練習(xí)（ :/ ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_needle/）。1. RNP1 和RNP2 是否得到比對(duì)？選擇至少三個(gè)（差別大的）空位罰分和延伸值來(lái)進(jìn)行比對(duì)，1) .

3、空位罰分： 1 延伸值：0.00052）空位罰分：100 延伸值：0.00053）空位罰分：1，延伸值：10RNP1得到了對(duì)比，RNP2沒(méi)有得到對(duì)比。2a. 算法是否找到RNP1 和 RNP2 的正確比對(duì)？1是2否b. 當(dāng)空位開(kāi)啟罰分高時(shí)，結(jié)果發(fā)生什么變化？沒(méi)變化，空位罰分由10升到100時(shí)，序列對(duì)比情況完全一樣。c. 當(dāng)空位延伸罰分高時(shí)，結(jié)果發(fā)生什么變化？沒(méi)變化，延伸值由0.5升到10時(shí)，d. 為什么k 個(gè)連續(xù)的空位罰分要小于k 個(gè)間隔的空位罰分？使用PAM250 矩陣重復(fù)上述過(guò)程。1） 空位1罰分0.00052） 空位100罰分0.00053） 空位1罰分103. 比對(duì)結(jié)果是否發(fā)生變化？有變化繼續(xù)進(jìn)行這兩條序列的局部比對(duì)，通過(guò)ebi 網(wǎng)站的在線工具完成練習(xí)，（ :/ ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_water/）1） 空位：1 延伸：0.00052） 空位：100 延伸：0.00053） 空位：1 延伸：104a. RNP1 和RNP2 是否在局部比對(duì)中得到比對(duì)？是b. 局部比對(duì)的生物學(xué)意義是什么？c. 為什么在這種比對(duì)中我們選擇局部比對(duì)而不是全局比對(duì)？采用不同的打分參數(shù)和其它打分矩陣。采用PAM