向GenBank提交序列

1、序列的提交/WebSub/?tool=genbankGenBank 序列提交要求序列提交要求向向GenBank提交的序列應(yīng)該是由提交者確定和注釋的新序列。提交的序列應(yīng)該是由提交者確定和注釋的新序列。來(lái)源于或用于構(gòu)建非來(lái)源于或用于構(gòu)建非GenBank 的第三方數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)據(jù)也可能用的第三方數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)據(jù)也可能用Bankit提交。提交。以下幾種情形不允許提交到數(shù)據(jù)庫(kù)以下幾種情形不允許提交到數(shù)據(jù)庫(kù) 序列長(zhǎng)度小于序列長(zhǎng)度小于200bp，除非它是完整的外顯子、非編碼，除非它是完整的外顯子、非編碼RNA （ncRNA）、微衛(wèi)星或古）、微衛(wèi)星或古DNA。人工拼

2、接的不連續(xù)的序列：例如拼接了多個(gè)外顯子而沒(méi)有內(nèi)含子序人工拼接的不連續(xù)的序列：例如拼接了多個(gè)外顯子而沒(méi)有內(nèi)含子序 列，或者內(nèi)含子區(qū)域有誤。列，或者內(nèi)含子區(qū)域有誤。僅有引物序列僅有引物序列僅有蛋白質(zhì)序列僅有蛋白質(zhì)序列單條序列標(biāo)注多種分子類型，例如即標(biāo)注為基因組序列，又標(biāo)注為單條序列標(biāo)注多種分子類型，例如即標(biāo)注為基因組序列，又標(biāo)注為mRNA序列序列表達(dá)序列標(biāo)簽（表達(dá)序列標(biāo)簽（EST），），ESTs應(yīng)當(dāng)通過(guò)應(yīng)當(dāng)通過(guò)dbEST系統(tǒng)進(jìn)行提交。系統(tǒng)進(jìn)行提交。基因組勘測(cè)序列（基因組勘測(cè)序列（GSS），），GSSs應(yīng)當(dāng)通過(guò)應(yīng)當(dāng)通過(guò)dbGSS系統(tǒng)提交。系統(tǒng)提交。序列標(biāo)簽位點(diǎn)（序列標(biāo)簽位點(diǎn)（STS），），STSs應(yīng)

3、當(dāng)通過(guò)應(yīng)當(dāng)通過(guò)dbSTSA系統(tǒng)提交。系統(tǒng)提交。GenBank序列提交需要的條件 通過(guò)登錄系統(tǒng)注冊(cè)MyNCBI 序列可以通過(guò)復(fù)制粘貼或文本形式上傳（多條序列必須是FASTA格式） 提交序列公布的期限（是立即公布還是指定特定日期） 序列提交者、文章作者、題名等相應(yīng)的參考文獻(xiàn)等基本信息。 序列來(lái)源物種名稱等描述信息 序列特征（例如CDS，gene，rRNA，tRNA，內(nèi)含子，產(chǎn)物名稱等）依次填入：名、姓、部門、機(jī)構(gòu)、街道地址、城市、省份、郵編、國(guó)家、電話、傳真、電子郵箱信息。點(diǎn)擊繼續(xù) continue參考文獻(xiàn)信息：填寫序列提交者姓名、文章題名、發(fā)表狀態(tài)等在該頁(yè)面中，可以指定序列信息公布時(shí)間、說(shuō)明序列

4、是否為16S rRNA，序列分子類型、拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)、基因組信息完整性。分子類型分為基因組DNA，由cDNA到mRNA，基因組RNA，RNA前體，轉(zhuǎn)運(yùn)RNA，非編碼RNA，小胞漿RNA，cRNA，其他RNA和其他DNA。拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)為線性或環(huán)形。點(diǎn)擊Continue后會(huì)跳出一個(gè)確認(rèn)窗口，如果信息準(zhǔn)確無(wú)誤，則可以點(diǎn)繼續(xù)，如果部分信息有誤，則會(huì)指出錯(cuò)誤位置。選擇提交數(shù)據(jù)類型：Original 是由提交者直接提交，Third Party Annotation 是從其它數(shù)據(jù)庫(kù)中第三方進(jìn)行注釋的序列。測(cè)序技術(shù)的選擇傳統(tǒng)的桑格的雙脫氧測(cè)序方法，一般單條短序列測(cè)定都采用此方法。羅氏公司的高通量測(cè)序平臺(tái)ABI公司的高通量測(cè)序平臺(tái)線粒體線粒體線粒體：動(dòng)質(zhì)體線粒體：動(dòng)質(zhì)體質(zhì)體：葉綠體、質(zhì)體：葉綠體、apicoplast（原生動(dòng)物（原生動(dòng)物質(zhì)體樣細(xì)胞器）、有色質(zhì)體樣細(xì)胞器）、有色體、藍(lán)色小體、