第3章-2D構(gòu)型圖-chemdraw3

1、第三章第三章 ChemDraw化學(xué)作圖軟件化學(xué)作圖軟件1、軟件介紹、軟件介紹 ChemDraw是是ChemOffice中使用最為頻繁中使用最為頻繁的組件，是國(guó)際上絕大多數(shù)雜志指定的論的組件，是國(guó)際上絕大多數(shù)雜志指定的論文排版軟件，為不同的雜志備有不同的模文排版軟件，為不同的雜志備有不同的模板，應(yīng)用最為廣泛。板，應(yīng)用最為廣泛。 其理念是其理念是“化學(xué)家能懂的，化學(xué)家能懂的，ChemDraw也也應(yīng)該懂應(yīng)該懂”。ChemDraw是是美國(guó)美國(guó)Cambridge (劍橋劍橋)軟件公司出品軟件公司出品的商業(yè)軟件的商業(yè)軟件Chemoffice中的一個(gè)組成模塊中的一個(gè)組成模塊。功能。功能有：有：分子命名及自動(dòng)

2、產(chǎn)生結(jié)構(gòu)、可以預(yù)測(cè)所繪制分子命名及自動(dòng)產(chǎn)生結(jié)構(gòu)、可以預(yù)測(cè)所繪制分子的分子的NMR圖譜、物理化學(xué)性質(zhì)以及繪制試驗(yàn)儀圖譜、物理化學(xué)性質(zhì)以及繪制試驗(yàn)儀器裝置圖等。器裝置圖等。 版本：版本：Ultra 10.0(附帶在附帶在ChemOffice 2006)，可，可到到http:/下載試用版本下載試用版本2. 軟件主要使用方法軟件主要使用方法(1) 操作界面操作界面菜單欄說(shuō)明菜單欄說(shuō)明文件菜單：用于文件操作和打印等文件菜單：用于文件操作和打印等(擴(kuò)展名為擴(kuò)展名為cdx)默認(rèn)操作默認(rèn)操作選項(xiàng)設(shè)置選項(xiàng)設(shè)置文檔設(shè)置文檔設(shè)置部分國(guó)外部分國(guó)外化學(xué)刊物化學(xué)刊物默認(rèn)文檔默認(rèn)文檔設(shè)置，包設(shè)置，包括括ACS、RSC等出等

3、出版社版社文文檔檔設(shè)設(shè)置置包括頁(yè)面、頁(yè)包括頁(yè)面、頁(yè)眉眉/頁(yè)腳、繪圖頁(yè)腳、繪圖默認(rèn)參數(shù)、文默認(rèn)參數(shù)、文檔標(biāo)題、原子檔標(biāo)題、原子標(biāo)記字體以及標(biāo)記字體以及背景和前景色背景和前景色等設(shè)置等設(shè)置默認(rèn)操作選項(xiàng)設(shè)置默認(rèn)操作選項(xiàng)設(shè)置包括模型構(gòu)造包括模型構(gòu)造/顯示、警告顯示、警告信息、默認(rèn)文信息、默認(rèn)文件打開和存儲(chǔ)件打開和存儲(chǔ)等選項(xiàng)等選項(xiàng)編輯菜單：構(gòu)型復(fù)制和粘貼操作編輯菜單：構(gòu)型復(fù)制和粘貼操作(提供與提供與WORD等其他等其他程序接口程序接口)Word, PowerPoint文檔中文檔中產(chǎn)生產(chǎn)生3D構(gòu)型圖構(gòu)型圖產(chǎn)生產(chǎn)生3D構(gòu)型圖構(gòu)型圖顯示菜單：用于控制工具條以及窗口的顯示顯示菜單：用于控制工具條以及窗口的顯示/

4、隱藏隱藏依次為：依次為：分析、化學(xué)性質(zhì)、作分析、化學(xué)性質(zhì)、作圖信息、周期表以及圖信息、周期表以及字符表窗口字符表窗口頁(yè)面視圖的控制頁(yè)面視圖的控制(放大放大/縮小等縮小等)控制警告信息的顯示控制警告信息的顯示控制標(biāo)尺顯示等控制標(biāo)尺顯示等分析窗口分析窗口化學(xué)性質(zhì)窗口化學(xué)性質(zhì)窗口包括對(duì)分子的沸點(diǎn)、熔點(diǎn)、包括對(duì)分子的沸點(diǎn)、熔點(diǎn)、臨界溫度、臨界壓力、臨臨界溫度、臨界壓力、臨界體積以及界體積以及Gibbs自由能等自由能等熱力學(xué)參數(shù)的預(yù)測(cè)熱力學(xué)參數(shù)的預(yù)測(cè)元素周期表窗口元素周期表窗口包括元素的原子量、包括元素的原子量、同位素豐度、熔點(diǎn)、同位素豐度、熔點(diǎn)、沸點(diǎn)、電負(fù)性、電沸點(diǎn)、電負(fù)性、電離勢(shì)以及原子半徑離勢(shì)以及

5、原子半徑等信息等信息字符表窗口字符表窗口用于特殊字符用于特殊字符的輸入的輸入對(duì)象菜單：用于各對(duì)象菜單：用于各種對(duì)象的設(shè)置、位種對(duì)象的設(shè)置、位置安排以及旋轉(zhuǎn)等置安排以及旋轉(zhuǎn)等固定鍵長(zhǎng)鍵角固定鍵長(zhǎng)鍵角(有時(shí)需取消有時(shí)需取消)對(duì)象定位對(duì)象定位(用于表格用于表格)設(shè)置背景框設(shè)置背景框?qū)Χ鄠€(gè)對(duì)象進(jìn)行整合，對(duì)多個(gè)對(duì)象進(jìn)行整合，以及設(shè)定鍵的連接點(diǎn)以及設(shè)定鍵的連接點(diǎn)當(dāng)多個(gè)對(duì)象發(fā)當(dāng)多個(gè)對(duì)象發(fā)生重疊時(shí)，控生重疊時(shí)，控制它們的前后制它們的前后關(guān)系關(guān)系包括水平、垂包括水平、垂直翻轉(zhuǎn)、不同直翻轉(zhuǎn)、不同角度旋轉(zhuǎn)等角度旋轉(zhuǎn)等構(gòu)型菜單：用于設(shè)置原構(gòu)型菜單：用于設(shè)置原子、鍵屬性、構(gòu)型檢查、子、鍵屬性、構(gòu)型檢查、特殊構(gòu)型產(chǎn)生方法

6、、反特殊構(gòu)型產(chǎn)生方法、反應(yīng)分析以及應(yīng)分析以及NMR預(yù)測(cè)和預(yù)測(cè)和構(gòu)型的命名等構(gòu)型的命名等預(yù)測(cè)預(yù)測(cè)H和和C的的NMR定義昵稱、通過(guò)化合物定義昵稱、通過(guò)化合物名字自動(dòng)生成構(gòu)型以及名字自動(dòng)生成構(gòu)型以及對(duì)構(gòu)型的自動(dòng)命名對(duì)構(gòu)型的自動(dòng)命名構(gòu)型檢查和調(diào)整構(gòu)型檢查和調(diào)整構(gòu)造構(gòu)型特殊方法構(gòu)造構(gòu)型特殊方法1HNMR預(yù)測(cè)結(jié)果預(yù)測(cè)結(jié)果預(yù)測(cè)精度預(yù)測(cè)精度對(duì)應(yīng)的對(duì)應(yīng)的NMR譜圖譜圖(并可確定出各峰的來(lái)源并可確定出各峰的來(lái)源)構(gòu)型的自動(dòng)命名構(gòu)型的自動(dòng)命名由化合物名字自動(dòng)生成構(gòu)型由化合物名字自動(dòng)生成構(gòu)型文字菜單：控制字體、字符大小、上下標(biāo)以及文字菜單：控制字體、字符大小、上下標(biāo)以及文本位置以及行間距等文本位置以及行間距等曲線繪制

7、菜單：包括線型、箭頭控制以及區(qū)域曲線繪制菜單：包括線型、箭頭控制以及區(qū)域填空等填空等表 示 有 更表 示 有 更多 可 選 項(xiàng)多 可 選 項(xiàng)(按住鼠標(biāo)按住鼠標(biāo)左鍵不放左鍵不放)主工具條說(shuō)明主工具條說(shuō)明多重鍵工具多重鍵工具箭頭工具箭頭工具畫圖工具畫圖工具(包括圓、包括圓、橢圓、方框橢圓、方框以及弧線以及弧線)原子軌道工具原子軌道工具(包括包括s、p、d-軌道以及軌道以及 、sp雜化軌道雜化軌道)基元工具基元工具符號(hào)工具符號(hào)工具模模板板工工具具(20種種)氨基酸支鏈模板氨基酸支鏈模板氨基酸模板氨基酸模板芳香族化合物模板芳香族化合物模板雙環(huán)化合物模板雙環(huán)化合物模板生物模板生物模板實(shí)驗(yàn)儀器模板實(shí)驗(yàn)儀器

8、模板1實(shí)驗(yàn)儀器模板實(shí)驗(yàn)儀器模板2構(gòu)象異構(gòu)體模板構(gòu)象異構(gòu)體模板環(huán)戊二烯模板環(huán)戊二烯模板環(huán)烴模板、環(huán)烴模板、DNA模板模板功能團(tuán)模板、己糖模板功能團(tuán)模板、己糖模板納米管模板、苯環(huán)模板納米管模板、苯環(huán)模板多面體模板、多肽模板多面體模板、多肽模板RNA模板、立體中心模板模板、立體中心模板超分子模板超分子模板實(shí)驗(yàn)儀器模板實(shí)驗(yàn)儀器模板多面體模板多面體模板(2) 基本操作方法基本操作方法選擇操作選擇操作選擇矩形區(qū)域選擇矩形區(qū)域內(nèi)的對(duì)象內(nèi)的對(duì)象選擇不規(guī)則形狀選擇不規(guī)則形狀區(qū)域內(nèi)的對(duì)象區(qū)域內(nèi)的對(duì)象可單擊某個(gè)原子或鍵可單擊某個(gè)原子或鍵(或移動(dòng)鼠標(biāo)或移動(dòng)鼠標(biāo))進(jìn)進(jìn)行選擇，對(duì)于選中的行選擇，對(duì)于選中的鍵、原子、線，鍵

9、、原子、線，以黑方塊以黑方塊( (光標(biāo)塊光標(biāo)塊 )標(biāo)識(shí)標(biāo)識(shí)選擇整個(gè)分子選擇整個(gè)分子選擇單個(gè)原子選擇單個(gè)原子選擇某根化學(xué)鍵選擇某根化學(xué)鍵可通過(guò)按住可通過(guò)按住Shift鍵不放一次選擇多個(gè)目標(biāo)鍵不放一次選擇多個(gè)目標(biāo)注意并不是矩形框內(nèi)的對(duì)象均被選中，只有注意并不是矩形框內(nèi)的對(duì)象均被選中，只有用用黑方塊標(biāo)識(shí)的對(duì)象才為所選對(duì)象黑方塊標(biāo)識(shí)的對(duì)象才為所選對(duì)象放大、縮小操作放大、縮小操作通過(guò)調(diào)整矩形框四周選擇區(qū)域進(jìn)行目通過(guò)調(diào)整矩形框四周選擇區(qū)域進(jìn)行目標(biāo)放大、縮小、拉伸以及壓縮等操作標(biāo)放大、縮小、拉伸以及壓縮等操作旋轉(zhuǎn)操作旋轉(zhuǎn)操作從從Object菜單中有關(guān)選擇的選項(xiàng)來(lái)控制旋轉(zhuǎn)角菜單中有關(guān)選擇的選項(xiàng)來(lái)控制旋轉(zhuǎn)角度，

10、或者直接通過(guò)選擇區(qū)域的旋轉(zhuǎn)光標(biāo)塊進(jìn)行度，或者直接通過(guò)選擇區(qū)域的旋轉(zhuǎn)光標(biāo)塊進(jìn)行旋轉(zhuǎn)旋轉(zhuǎn)旋轉(zhuǎn)控制光標(biāo)塊旋轉(zhuǎn)控制光標(biāo)塊對(duì)象屬性編輯操作對(duì)象屬性編輯操作 選擇對(duì)象后，點(diǎn)擊鼠標(biāo)右鍵來(lái)修改對(duì)象屬性選擇對(duì)象后，點(diǎn)擊鼠標(biāo)右鍵來(lái)修改對(duì)象屬性原原子子屬屬性性控控制制編輯原子標(biāo)識(shí)編輯原子標(biāo)識(shí)修改原子性質(zhì)修改原子性質(zhì)顯示原子編號(hào)顯示原子編號(hào)原子電荷原子電荷自由基標(biāo)識(shí)自由基標(biāo)識(shí)化化學(xué)學(xué)鍵鍵屬屬性性控控制制單、雙、三、四重鍵單、雙、三、四重鍵鍵的位置鍵的位置鍵的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)鍵的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)(環(huán)環(huán)/鏈鏈)可對(duì)鍵的屬性可對(duì)鍵的屬性(粗細(xì)、粗細(xì)、長(zhǎng)短進(jìn)行修改長(zhǎng)短進(jìn)行修改)鍵的顏色鍵的顏色其中單鍵的屬性有：其中單鍵的屬性有：總共包括如下

11、化學(xué)鍵：總共包括如下化學(xué)鍵：分分子子屬屬性性控控制制包括旋轉(zhuǎn)、原子和鍵屬包括旋轉(zhuǎn)、原子和鍵屬性、文本屬性、背景邊性、文本屬性、背景邊框或括號(hào)、性質(zhì)分析以框或括號(hào)、性質(zhì)分析以及整合等及整合等(3) 簡(jiǎn)單分子結(jié)構(gòu)的繪制簡(jiǎn)單分子結(jié)構(gòu)的繪制丹參醌丹參醌繪制過(guò)程：繪制過(guò)程：選擇合適模板，建立構(gòu)型框架選擇合適模板，建立構(gòu)型框架利用化學(xué)鍵選擇按鈕增加側(cè)鏈取代基利用化學(xué)鍵選擇按鈕增加側(cè)鏈取代基說(shuō)明：說(shuō)明：在默認(rèn)情況下，鍵長(zhǎng)是固定的，不能通過(guò)拖動(dòng)來(lái)調(diào)在默認(rèn)情況下，鍵長(zhǎng)是固定的，不能通過(guò)拖動(dòng)來(lái)調(diào)整新加的鍵的長(zhǎng)度，此時(shí)可將整新加的鍵的長(zhǎng)度，此時(shí)可將Object菜單中的菜單中的Fixed Lengths未選后，可拉長(zhǎng)

12、或縮短新加的化學(xué)鍵未選后，可拉長(zhǎng)或縮短新加的化學(xué)鍵在繪制構(gòu)型過(guò)程中，程序自動(dòng)檢查構(gòu)型的合理在繪制構(gòu)型過(guò)程中，程序自動(dòng)檢查構(gòu)型的合理性，并將有可能出現(xiàn)問(wèn)題的地方用紅色圈出性，并將有可能出現(xiàn)問(wèn)題的地方用紅色圈出該該C原子配原子配位數(shù)過(guò)高位數(shù)過(guò)高選擇化學(xué)鍵，修改鍵的類型選擇化學(xué)鍵，修改鍵的類型說(shuō)明：說(shuō)明： 選擇所要修改的鍵，然后點(diǎn)擊鼠標(biāo)右鍵進(jìn)行修改選擇所要修改的鍵，然后點(diǎn)擊鼠標(biāo)右鍵進(jìn)行修改對(duì)于單鍵修改為雙鍵，最簡(jiǎn)便方法是選擇實(shí)單對(duì)于單鍵修改為雙鍵，最簡(jiǎn)便方法是選擇實(shí)單鍵工具按鈕后單擊所要修改的單鍵即可鍵工具按鈕后單擊所要修改的單鍵即可該方法適用于其它類型化學(xué)鍵的修改該方法適用于其它類型化學(xué)鍵的修改例

13、如：例如：對(duì)于雙鍵的修改也可用類似的方法獲得不同表對(duì)于雙鍵的修改也可用類似的方法獲得不同表示方式的雙鍵：示方式的雙鍵：選擇原子，修改原子類型選擇原子，修改原子類型說(shuō)明：說(shuō)明：修改原子類型的方法有三種：修改原子類型的方法有三種：(a) 選擇原子后點(diǎn)擊右鍵，選擇選擇原子后點(diǎn)擊右鍵，選擇Edit Label選項(xiàng)選項(xiàng)(b)直接用文本按鈕選擇后進(jìn)行修改直接用文本按鈕選擇后進(jìn)行修改(c)選擇各種化學(xué)鍵選擇各種化學(xué)鍵(單、雙鍵等均可單、雙鍵等均可)按鈕后按鈕后雙擊所要修改的原子雙擊所要修改的原子選擇整個(gè)分子，旋轉(zhuǎn)使之處于合適角度選擇整個(gè)分子，旋轉(zhuǎn)使之處于合適角度作進(jìn)一步處理，包括顯示原子編號(hào)，加背景框作進(jìn)一

14、步處理，包括顯示原子編號(hào)，加背景框鼠標(biāo)右鍵，修改分子屬性鼠標(biāo)右鍵，修改分子屬性例子OOOOH2-acetoxybenzoic acid畫烷烴、烯烴、炔烴畫烷烴、烯烴、炔烴畫芳烴、酚、醇等畫芳烴、酚、醇等CHOChemDraw 練習(xí) 1丹參醌丹參醌ChemDraw 練習(xí) 1Opropan-2-oneOHOOH4-hydroxy-4-methylpentan-2-one2mol1molA、Newman結(jié)構(gòu)選擇軌道工具定位中心原子；按住Alt鍵，按下鼠標(biāo)鍵，向外按動(dòng)建立軌道(4) 幾種結(jié)構(gòu)式的繪制幾種結(jié)構(gòu)式的繪制A、 Newman結(jié)構(gòu)部分選擇上面分結(jié)構(gòu)右上腳雙擊旋轉(zhuǎn)柄，對(duì)話框中輸入180單擊旋轉(zhuǎn)A、

15、 Newman結(jié)構(gòu)從Object菜單選擇Bring to Front命令A(yù)、 Newman結(jié)構(gòu)后面結(jié)構(gòu)移至前面按Esc鍵添加陰影框B、Fischer葡萄糖結(jié)構(gòu)圖CHOCH2OHOHHHHOHOHHOHB、Fischer葡萄糖結(jié)構(gòu)圖選擇鍵工具；連續(xù)單擊生成五連鍵B、Fischer葡萄糖結(jié)構(gòu)圖建立與五連鍵垂直的水平鍵B、Fischer葡萄糖結(jié)構(gòu)圖在原子上定位建立標(biāo)記C、透視圖形在原子上定位建立標(biāo)記C、透視圖形選擇黑體楔鍵單擊下部?jī)蓚?cè)鍵的中央C、透視結(jié)構(gòu)式選擇黑體鍵單擊底鍵的中央課堂習(xí)題：課堂習(xí)題：ChemDraw 練習(xí) 2（1）將三種結(jié)構(gòu)式用表格功能排版）將三種結(jié)構(gòu)式用表格功能排版ChemDraw

16、 練習(xí) 2(3) 繪制肽鍵和肽的幾何形狀繪制肽鍵和肽的幾何形狀（2）鏡像及）鏡像及Join功能應(yīng)用，繪制結(jié)構(gòu)式功能應(yīng)用，繪制結(jié)構(gòu)式將以上結(jié)構(gòu)合并在表格中，并存成將以上結(jié)構(gòu)合并在表格中，并存成GIF或或TIFF圖片格式輸出。圖片格式輸出。(5) 電子軌道和電子轉(zhuǎn)移方向的繪制電子軌道和電子轉(zhuǎn)移方向的繪制例例 ：順丁二烯的電環(huán)化反應(yīng)：順丁二烯的電環(huán)化反應(yīng)光照分析結(jié)構(gòu)：分析結(jié)構(gòu)：此結(jié)構(gòu)包含四部分此結(jié)構(gòu)包含四部分原子軌道原子軌道正負(fù)電荷正負(fù)電荷反應(yīng)條件反應(yīng)條件箭箭 頭頭軌道工具軌道工具特殊標(biāo)記特殊標(biāo)記箭頭工具箭頭工具文本工具文本工具電子軌道的繪制電子軌道的繪制電子轉(zhuǎn)移方向的繪制電子轉(zhuǎn)移方向的繪制采用箭頭

17、采用箭頭(arrow)工具來(lái)實(shí)現(xiàn)工具來(lái)實(shí)現(xiàn)箭頭調(diào)整方法：箭頭調(diào)整方法：終點(diǎn)位置終點(diǎn)位置起點(diǎn)位置起點(diǎn)位置調(diào)整彎曲程度調(diào)整彎曲程度調(diào)整箭頭彎曲程調(diào)整箭頭彎曲程度和箭頭大小度和箭頭大小箭頭彎曲程度箭頭彎曲程度箭頭大小箭頭大小例：BBBBHHHHHHHHHH90弧Ph3PPtPh3PCCPhPh103391401.32用箭頭指示鍵角及鍵長(zhǎng)采用筆采用筆(pen)工具繪制特殊箭頭工具繪制特殊箭頭(含不規(guī)則曲線含不規(guī)則曲線)使用方法：先定位，然后點(diǎn)擊左鍵，并按住左使用方法：先定位，然后點(diǎn)擊左鍵，并按住左鍵不放來(lái)調(diào)整曲線的切線方向鍵不放來(lái)調(diào)整曲線的切線方向定位起點(diǎn)及其切線方向定位起點(diǎn)及其切線方向第二點(diǎn)定位及其切線方向第二點(diǎn)定位及其切線方向最后點(diǎn)擊右鍵修改線條屬性最后點(diǎn)擊右鍵修改線條屬性(包括線型、粗細(xì)、箭包括線型、粗細(xì)、箭頭等頭等)說(shuō)明：說(shuō)明：必須注意區(qū)分筆工具的編輯按鈕必須注意區(qū)分筆工具的編輯按鈕(此時(shí)將增加下此時(shí)將增加下個(gè)定位點(diǎn)個(gè)定位