Gene中文操作手冊biotek

1、Gene5軟件中文操作手冊美國伯騰儀器有限公司北京代表處第一章：儀器連接1 儀器的連接：按照操作指南連接酶標(biāo)儀與計算機(jī)，確保電源線和USB接口正常后，打開酶標(biāo)儀。2 儀器自檢：當(dāng)酶標(biāo)儀與計算連接好之后，打開Gene5軟件，出現(xiàn)歡迎界面向?qū)Ь`讀板系統(tǒng)測試軟件培訓(xùn)系統(tǒng)菜單選擇System Menu> System >Read Configuration>Add>選擇當(dāng)前使用的酶標(biāo)儀的型號和正確的Com Port>Test Comm（檢測連接）> OK> OK > Close第二章 如何編寫一個檢測程序任何一次檢測實(shí)驗(yàn)都要以相應(yīng)的檢測程序?yàn)榛A(chǔ)，因此

2、實(shí)驗(yàn)的第一步就是要打開一個程序（protocol），如果是第一次編寫程序，建議您在Gene5軟件的歡迎界面中選擇 向?qū)Ь`來幫助您完成程序的編寫。雙擊歡迎界面的向?qū)Ь`> Next第一步：檢測步驟設(shè)置雙擊對話框中Procedure下方 彩色圖標(biāo)看到編程界面（根據(jù)儀器的配置不同，可以選擇的功能按鈕為黑色，不能選擇的功能按鈕變?yōu)榛疑㏄late Type:在右側(cè)的下拉框中選擇酶標(biāo)板的型號和類型1 點(diǎn)擊Synchronized mode：選擇Well模式（逐孔讀數(shù)：加一孔讀一孔） 或者Plate模式（整板讀數(shù)：加完整板后讀數(shù)），該工具在使用分液裝置時才需要使用。2 ：讀板，單擊Read按鈕，設(shè)

3、置讀板參數(shù)Step label：對你所進(jìn)行的讀取步驟進(jìn)行命名Detection method：對你進(jìn)行的檢測類型進(jìn)行選擇 （吸光 發(fā)光 熒光）Read type：對選擇的檢測類型定義方法 （終點(diǎn)法 面積掃描法 光譜法）Sanning 功能，點(diǎn)擊右側(cè)則彈出下面的對話框，選擇掃描的矩陣選擇該功能可以對每個孔進(jìn)行多次讀數(shù)，讀數(shù)的次數(shù)通過設(shè)置矩陣的大小來控制，讀數(shù)次數(shù)越多準(zhǔn)確度越高，但是讀板的速度會降低。Spectrum 功能跳出如下對話框，設(shè)置掃描的起始波長、終止波長和波長間隔Read speed：定義閱讀的速度 （正常 掃描）Wavelenghs：對檢測的波長進(jìn)行定義，可以同時定義6個檢測波長。F

4、ull plate：選擇要檢測的孔（出現(xiàn)在不同步驟中，可以定義該步驟所對應(yīng)的孔）Pathlength correction：光程校正（表示對樣本孔的值進(jìn)行光程校正，因?yàn)槊笜?biāo)板各樣本孔內(nèi)樣本液的高度不一定為1cm，使用該選項(xiàng)，可自動把吸收值校正為光程1cm時的吸收值）3 ：分液裝置（根據(jù)實(shí)驗(yàn)需要進(jìn)行設(shè)置），單擊Dispenser按鈕Dispenser： 選擇進(jìn)樣器（一般為兩個），可以按照實(shí)驗(yàn)需要對進(jìn)樣器進(jìn)行設(shè)置Tip primer：選擇是否需要將分液器的尖端充盈，防止空氣的殘留，并選擇充盈的液體體積Dispense： 選擇進(jìn)樣的體積和進(jìn)樣的速度4 ：振蕩，單擊Shake按鈕Intensity：選

5、擇振蕩的強(qiáng)度（低速、中速、高速、變速）Duration：選擇振蕩的時間5 ：延時，單擊Delay按鈕Delay time：選擇在何步驟進(jìn)行停頓以及停頓的時程。6 ：定義動力學(xué)檢測，單擊kinetic按鈕Run time：運(yùn)行時間Interval:讀數(shù)間隔Reads：讀數(shù)次數(shù)Minimum interval:選擇最小讀數(shù)間隔時間7 ：對一個孔或者一組孔設(shè)置一個標(biāo)準(zhǔn)，只有當(dāng)指定的孔達(dá)到標(biāo)準(zhǔn)，才會開始進(jìn)行整板閱讀。8 ：溫度設(shè)定，單擊Set temperature按鈕 Incubator off 溫度孵育關(guān)閉 Incubator on 溫度孵育打開，并設(shè)定時間，（并可選擇是否預(yù)熱）9 ：酶標(biāo)板的進(jìn)出

6、控制，單擊Plate out/in按鈕，根據(jù)需要選擇酶標(biāo)板彈出，顯示對話框（comment中填寫對話），酶標(biāo)板彈入酶標(biāo)板彈出無對話框酶標(biāo)板彈入無對話框10 ：讀數(shù)結(jié)束選擇，是否選擇結(jié)束前彈出酶標(biāo)板并添加提示語11 ：對所編寫的程序是否符合邏輯進(jìn)行有效性的驗(yàn)證，如果不符合顯示錯誤的問題在第幾步注意：1以上11個步驟選擇并不是每一個程序都要用到而是根據(jù)實(shí)驗(yàn)的具體需要來進(jìn)行任意的組合舉例：雙熒光報告基因檢測步驟設(shè)置第二步：布板在第一步檢測步驟設(shè)置成功后，點(diǎn)擊OK，精靈向?qū)崾荆c(diǎn)擊Next，進(jìn)入第二步，開始對酶標(biāo)板進(jìn)行拍布。雙擊Plate Layout 下方彩色圖標(biāo)進(jìn)入布板界面Type：選擇檢測孔

7、的類型，有Empty、Blank、Assay Control、Sample、Sample Control、Standard等可供選擇。在下拉框中選擇想要定義的孔的類型，然后在下方空白的模式96孔板中進(jìn)行點(diǎn)擊排布。Replicates： Number輸入樣本的重復(fù)數(shù)。Horz or Vert 選擇重復(fù)樣本的排列方式，橫排還是豎排。Auto Select： Next ID 樣本編號自動遞增Next Dil 稀釋濃度自動遞增。Filling：Horz or Vert 選擇不同樣本間的排列方式，橫排還是豎排。在Standard中，除了要進(jìn)行排布以外，還需要進(jìn)一步輸入標(biāo)準(zhǔn)品的濃度和稀釋關(guān)系。Incr：表

8、示每點(diǎn)之間多少濃度Fact：表示每點(diǎn)之間×多少倍濃度布好的平板圖如下：實(shí)驗(yàn)不同酶標(biāo)板的排布也不盡相同，實(shí)驗(yàn)人員應(yīng)按照實(shí)驗(yàn)的需求對酶標(biāo)板進(jìn)行排布。當(dāng)樣品排布好之后點(diǎn)擊OK，向?qū)Ь`提示這一步結(jié)束，點(diǎn)擊Next進(jìn)入下一步。第三步：數(shù)據(jù)分析設(shè)置雙擊Data Reduction下方的彩色圖標(biāo)進(jìn)入數(shù)據(jù)分析設(shè)置界面，該界面為您提供Transformation、Well Analysis、Curve Analysis、Cutoff、Validation、Polarization 幾個功能模塊可供選擇。1 Transformation：雙擊 按鈕，出現(xiàn)Transformation設(shè)置界面Data I

9、n ：選擇下拉列表中選擇要進(jìn)行賦值的數(shù)據(jù)，如果有多個數(shù)據(jù)需要，點(diǎn)擊下方 按鈕，進(jìn)行多重的賦值New Data Name：輸入公式計算后數(shù)據(jù)輸出所用的名稱Formula：輸入需要計算的公式，如上圖：分別讀取390和540的吸光度值，別將這兩種數(shù)據(jù)賦值為DS1和DS2，公式計算DS1/DS2，將計算值命名為Ratio。如果公式適用于所有孔，則勾選 Use single formula for all wells， 則所有的孔都進(jìn)行相應(yīng)的公式計算；如果只對單獨(dú)的孔進(jìn)行計算，則不需勾選Use single formula for all wells，輸入公式后雙擊下方的96孔板示意圖中相應(yīng)的孔，公式自

10、動對相應(yīng)孔進(jìn)行計算。選擇Deference Between Rows或Deference Between Column 可以進(jìn)行行間或列間的差值計算。 Gene5同時提供了多重公式計算的功能，如果你還需要對全部的樣品或部分樣品進(jìn)行公式計算，則可以再次雙擊按鈕，進(jìn)行再一次的賦值計算，直到完成全部計算任務(wù)。點(diǎn)擊OK保存設(shè)置。2 Curve Analysis：雙擊按鈕，進(jìn)入曲線分析界面Curve Name：輸入曲線的名稱Data In：選擇曲線中X、Y軸相對應(yīng)的數(shù)值Curve Fit：Curve Fit Method 選擇曲線類型；X Axis Data 、Y Axis Data：選擇軸的線性關(guān)系l

11、in 或者log；Extrapolation Factor：外推因子，對超出標(biāo)準(zhǔn)濃度的樣本進(jìn)行推算Data Out：Concentrations 定義計算值的名稱；Interpolations在該對話框內(nèi)。您可以定義最多25個Y值（公式、數(shù)字），其對應(yīng)的X值（濃度）就會被計算出來，并顯示在標(biāo)準(zhǔn)曲線上。每次設(shè)置結(jié)束點(diǎn)擊OK保存設(shè)置3 Cutoff：雙擊圖標(biāo)，進(jìn)入臨界值設(shè)定界面Data In 選擇要進(jìn)行分類的數(shù)據(jù)。Symbols 輸入分類顯示的標(biāo)識。Cut-offs 輸入臨界值，臨界值可以是數(shù)字，也可以是公式或者孔符號。但是必須是升序排列。進(jìn)行分類的數(shù)據(jù)首先和第一個分類的標(biāo)準(zhǔn)（1.6）進(jìn)行比較，如

12、果小于第一臨界值就表示為LOW，如果大于等于第一個臨界值則表示為“HIG”，其他依次類推，可以設(shè)定不同級別的分類標(biāo)準(zhǔn)。4 Validation：雙擊圖標(biāo)，進(jìn)入檢驗(yàn)值設(shè)置界面Validation是一系列的判斷標(biāo)準(zhǔn)，用來評估獲得的數(shù)據(jù)是否適宜進(jìn)行后面的計算，Gene5可定義多達(dá)50個檢驗(yàn)標(biāo)準(zhǔn)。讀板完成后，查看每個檢驗(yàn)標(biāo)準(zhǔn)的檢驗(yàn)情況(根據(jù)實(shí)驗(yàn)結(jié)果在以下三個對話框中填入信息)：Valid Text 條件匹配 Invalid Text 條件不匹配，計算的結(jié)果可信度不高。Unable to Evaluate Text 如果選擇的數(shù)據(jù)不能確定時，可能會出現(xiàn)這種情況。設(shè)置成功后點(diǎn)擊OK，向?qū)Ь`提示這一步結(jié)束

13、，點(diǎn)擊Next進(jìn)入下一步。軟件提示你選擇對得到的結(jié)果進(jìn)行何種方式的輸出，根據(jù)需要進(jìn)行選擇第四步 構(gòu)建報告模板雙擊按鈕進(jìn)入構(gòu)建數(shù)據(jù)報告模板界面1 在左側(cè)列表中選擇要輸出的原始數(shù)據(jù)，點(diǎn)擊Add，添加到右側(cè)的列表欄中，點(diǎn)擊Remove可以移去右側(cè)列表中多選的或者不需要的數(shù)據(jù)2 選擇Header或Footer設(shè)置報告的頁眉或頁腳3 點(diǎn)擊按鈕，可以預(yù)覽模板4當(dāng)全部設(shè)定好后，點(diǎn)擊OK 精靈向?qū)崾揪幊坛晒c(diǎn)擊Finish結(jié)束編程。第五步 保存程序點(diǎn)擊File> Save As >選擇相應(yīng)的路徑，輸入程序名稱，保存程序以上五步由向?qū)е敢瓿闪艘粋€Protocol的全部設(shè)置，這五個步驟可以根據(jù)實(shí)驗(yàn)

14、的要求進(jìn)行個性化的組合，使程序的設(shè)置滿足實(shí)驗(yàn)的要求第六步 進(jìn)行一次實(shí)驗(yàn)1 點(diǎn)擊工具欄中圖標(biāo)，打開一個新的實(shí)驗(yàn)，彈出程序選擇對話框2 在相關(guān)目錄下選擇已經(jīng)保存好的Protocol，打開該P(yáng)rotocol3 彈出該程序所對應(yīng)的檢測項(xiàng)目，這時如果需要改變，可以點(diǎn)擊上方工具欄中對應(yīng)的彩色圖標(biāo)，進(jìn)行修改，直到滿意為止4 讀板，單擊按鈕，彈出讀板對話框，輸入相關(guān)的信息后點(diǎn)擊Read，開始讀板。Read 讀板Re-Read 二次讀板，將覆蓋上次的讀數(shù)結(jié)果Enter Manually 手動輸入檢測值Read From File 可以導(dǎo)入其它文件讀數(shù)Simulate Read 在沒有連接酶標(biāo)儀的情況下模擬讀板過

15、程和數(shù)據(jù)讀數(shù)結(jié)束點(diǎn)擊 File> Save As >選擇相應(yīng)的路徑，輸入實(shí)驗(yàn)名稱，保存實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)通過以上的設(shè)置和運(yùn)行，完成了一次基本的實(shí)驗(yàn)過程總結(jié)過程如下使用向?qū)Ь`進(jìn)行程序編輯和讀板的全流程1 點(diǎn)擊向?qū)Ь`圖標(biāo)2 對程序每一個步驟進(jìn)行設(shè)置3 全部設(shè)定好之后，點(diǎn)擊Next進(jìn)入下一步，程序進(jìn)行校驗(yàn)4 選擇File > Save 保存程序，并給程序命名5 選擇File > New Experiment，選擇剛才編輯好的程序，點(diǎn)擊OK6 選擇 Read Plate，編輯板的信息后，點(diǎn)擊Read，開始讀板7選擇File > Save 保存Experiment，并給Exper

16、iment命名如何不通過向?qū)В孕芯帉懸粋€Protocol點(diǎn)擊歡迎界面中選項(xiàng)，打開Gene5 程序界面File > New Protocol顯示程序編輯元件列表其中已經(jīng)介紹了Procedure、 Plate Layout 、Data Reduction 和Report Builder通過對這幾項(xiàng)的設(shè)置，我們可以完成一次完整的實(shí)驗(yàn)，下面介紹一下其他元件的設(shè)置。對每一元件進(jìn)行設(shè)置時，雙擊該圖標(biāo)，進(jìn)入編輯界面功能雙擊該圖標(biāo)酶標(biāo)儀在讀板時，軟件會顯示相應(yīng)的板信息，在下面的對話框里手動輸入提示信息，在讀板時會自動提示。功能，創(chuàng)建導(dǎo)出報告模板雙擊該圖標(biāo)在左側(cè)列表中選擇要輸出的原始數(shù)據(jù)，點(diǎn)擊Add，添

17、加到右側(cè)的列表欄中，點(diǎn)擊Remove可以移去右側(cè)列表中多選的或者不需要的數(shù)據(jù)，選擇結(jié)束后點(diǎn)擊確定保存設(shè)置。功能，創(chuàng)建超級導(dǎo)出報告模板雙擊上面的圖標(biāo)，Gene5將所選擇的導(dǎo)出報告構(gòu)建在Excel表格中，使用者可以隨意安排報告的樣式和位置單擊Power Export Builder 工具欄每一項(xiàng)的下拉框，選擇要輸出的數(shù)據(jù)，單擊Excel表格中某一位置，放置表格，并設(shè)置表格的各項(xiàng)參數(shù)，模板設(shè)置結(jié)束后單擊工具欄中的Close，保存設(shè)置，回到主界面。功能，設(shè)計數(shù)據(jù)顯示列表雙擊上面的圖標(biāo)，對話框中顯示出所有數(shù)據(jù)的表示形式選中任何一種數(shù)據(jù)顯示模式，可以對其進(jìn)行添加、修改、隱藏/顯示 以及設(shè)為默認(rèn)值的四種設(shè)置

18、。設(shè)置結(jié)束后，關(guān)閉對話框，回到主界面。功能，對編輯好的程序進(jìn)行設(shè)置雙擊上面的圖標(biāo)，顯示對話框，在左側(cè)的下拉菜單中選擇程序需要定義的參數(shù)，在右側(cè)相應(yīng)的對話框中對該參數(shù)進(jìn)行具體的設(shè)置。功能：為程序自帶的一種檢測跟蹤功能，對實(shí)驗(yàn)的結(jié)果進(jìn)行檢測，該功能取決于Gene5的運(yùn)行水平，一個或多個檢測程序?qū)φ谶\(yùn)行的實(shí)驗(yàn)進(jìn)行監(jiān)測并創(chuàng)建信息，這些信息是不能編輯和刪除的，他們是永久包含在程序或?qū)嶒?yàn)中的必要信息文件。第三章Gene5使用技巧利用數(shù)據(jù)庫中的模板程序進(jìn)行編程：1 選擇File > Open Protocol2 在彈出的對話框上方單擊按鈕后選擇sample文件夾3 雙擊sample文件夾，出現(xiàn)吸光、

19、熒光和發(fā)光三種檢測模式的sample文件夾4 雙擊打開要選擇的一種檢測模式文件夾，再雙擊protocol5 選擇適合的程序類型雙擊打開，可以查看、修改和運(yùn)行這個程序注意：1 如果您對模板程序進(jìn)行了修改，在選擇保存的時候請選擇save as，另存為其他的名稱，這樣不會將原有的程序覆蓋！ 2 如果要使用模板程序進(jìn)行檢測，要事先檢驗(yàn)程序的正確性 3 另外有些模板程序可能與您的酶標(biāo)儀不兼容，會出現(xiàn)無法打開的情況使用屏幕教程學(xué)習(xí)如何編程Gene5 通過人性化的設(shè)計為您提供了屏幕教程，幫助快速掌握軟件的使用雙擊歡迎界面圖標(biāo)，進(jìn)入教程軟件在Demo下拉列表中可以選擇需要演示的內(nèi)容，點(diǎn)擊Start開始演示點(diǎn)擊工具欄可以實(shí)現(xiàn)開始、暫停、快進(jìn)和后退等功能。如何將數(shù)據(jù)導(dǎo)入到Excel表格中在File > Open Experiment中選擇打開一個實(shí)驗(yàn)的結(jié)果選擇不同的數(shù)據(jù)結(jié)果，并在Data下拉框中選擇要導(dǎo)出的數(shù)據(jù)點(diǎn)擊按鈕，將當(dāng)前看到的數(shù)據(jù)結(jié)果直接導(dǎo)入到Excel表格中。這個方法和Power Export Builder的功能不同，Power Export Builder是將所有需要導(dǎo)出的數(shù)據(jù)同時導(dǎo)入到一個Excel表格中。利