走近非靶向代謝組學

1、 最新資料推薦走近非靶向代謝組學文章題目為 Metabolomics Study of Hepatocellular Carcinoma: Discovery and Validation of Serum Poten?al Biomarkers by Using Capillary ElectrophoresisMass Spectrometry ,是由大連化物所許 國旺教授課題組在,是由大連化物所許國旺教授課題組在 2021年發(fā) 表于 Journal of Proteome Research上的篇文章.研究背景：中國是世界上肝癌發(fā)病率較高的地區(qū)之一,并且在大多數(shù) 病例中,肝硬化都是主要的癌

2、前病變.由于肝癌的快速開展和早期轉(zhuǎn)移,使得肝癌患者容易產(chǎn)生預后不 良.事實上,如果能夠肝癌做到早期診斷,可以大大改善患者的治愈 效果,但是至今,對于肝癌的高危人群來說,早期的診斷仍然充滿挑 戰(zhàn).目前,超聲波檢測和血清AFP檢測仍然是常用的肝癌篩查 手段.其中,超聲波檢測不能夠很靈敏的區(qū)分小的腫瘤和肝硬化結(jié)節(jié)； AFP檢測雖然有效,但是其靈敏度還遠不能讓其成為一個理想的特異 性檢測肝病的方法,這些問題也影響著肝癌的早期診斷和治療,因此尋找一些新的生物標記物用于臨床診斷肝癌顯得非常重要.代謝組學作為系統(tǒng)生物學的一個工具,已經(jīng)越來越多的使用在了臨床研究中目前,NMR GC-MS LC-MS作為常用的

3、代謝組學研究工具,對我 們了解疾病的發(fā)生開展提供了很多有用的線索.由于儀器本身的限制,過去的研究忽略了對一些極性較大以及離 子型代謝物,而這些化合物在生物體內(nèi)也起著不可或缺的作用,因此作者在本研究中使用CE-MS作為工具,研究肝癌患者血清中較大極 性代謝物的變化.研究方法：樣本來源：血清樣本n=183包括健康人,肝硬化患者,以及肝癌患者為 了驗證標記物早期診斷水平,將肝癌患者又細分為小腫瘤和正常腫 瘤.其中77例樣本用來建立模型,尋找標記物；106例樣本用來驗 證所尋找的標記物的診斷水平.樣本前處理：氯仿除雜,水相超濾離心除蛋白.通過混合相同體積的血清樣本配置 QC樣本,前處理方法同樣本.CE

4、-MS 分析：為減少batch effect ,所有樣本檢測順序隨機,同時每檢測是 個樣本后,檢測一次QC樣本.統(tǒng)計分析：Multivariate variate analysis PLS-DA觀察整體分組情況最新資料推薦Univariate analysis是否有統(tǒng)計學意義 Wilcoxon Mann-WhitneyTest False discovery rate (FDR) Hierarchical cluster analysis (HCA)觀察代謝物之間的聯(lián)系Z-score plot觀察樣本的分布 Receiver operating characteristic (ROC)評價標記

5、物的診斷水平整體工作流程結(jié)果方法果與討論：法學考察 QC樣標記多元圖ACD.V的化圖B圖E區(qū)間圖C最 終代謝樣本中,有超記物的選擇(元統(tǒng)計分析篩A.得分圖顯示VIP1 的化合化合物有42個B. Venn圖取二E.圖中化合物間,將其去除 CD.將圖中p終選出27個化謝標記物的驗超過90%的化(77個血 清樣篩選(篩選出示健康人,肝合物被認為對個.二者交集,3物glycocholic 除.p(corr)值大于化合物.驗證和評價(合物的RSD樣本)27個化合物肝硬化患者,分 類奉獻較大30個化合物被c, acid, tyros于0.3的化合物106個 血清樣20%證實所物)已經(jīng)肝癌患大,圖中可以被選

6、出.sine (Tyr),和物去除.(文樣本)所建立的方法患者被分為三以看出 VIP1和malic acid在文中有參考文法有很好的穩(wěn)三組.1的化合物有在VIP1柱形文獻) 穩(wěn)定性和重復有41個,VI形圖中處于負性.P21 置信 排除 了 3QC樣生物樣本合使敏度個,選擇在肝癌除了 pipecolic 選擇在小腫3/4-methyl-2-樣本中的峰面物標記物診斷作者對這四本進行區(qū)分,且使用,可以得相比于單個度和特異性.這三種化合分別是Trp ,癌患者vs健康c acid .腫瘤vs肝癌,-oxovaleric a 面積RSD值在斷水平的評價四 個化合物做且有很好的靈得到更好的效個標記物, 合

7、合物在所有組, Gln和2-hy康人,以及肝癌以及小腫瘤 acid.最終選在1%-6%之間價.做了 ROC分析靈敏度和特異效果.合理的將標記物組別中的相對含 ydroxybutyric 癌患者vs肝 硬瘤vs健康人對選出4個化合間,進一步證析,在discove異性； 但是如物進行組合,含量的變化如 c acid .硬化比照中,比照中,p值合物作為生物證實其穩(wěn)定可 ery set 中,T如果將Trp , Gl,可以得到更如圖D所示.,p值均小于均小于0.05物標記物,同可靠.Trp單獨使用n和2-hydro更好的AUG最終將生物0.05的化合的化合物,時4個化合用已經(jīng)完全能 oxybutyric

8、 aci 值以及更高物標記物確定合物,排除合物在能夠?qū)聯(lián)高的靈定為3與臨節(jié)的癌樣G.80%本被代謝臨床結(jié)果進行比照生物標的比照中圖樣本與肝硬 化此外,AFP篩 利用所選出勺小腫瘤但是被準確歸屬.謝通路分析運用Metab行比擬標記和AFP的圖D,標記物化最新資料推薦結(jié)節(jié)進行對篩查中的假陽出的血清標記是AFP20ug同時所有的boAnalyst進行的診斷水平,物組的 AUC值比照時,得到陽性以及 假陰記物組,有83g/L的樣本被肝硬化但是行分析,觀察結(jié)果如圖 所值為0.976 ,遠了類似的結(jié)果陰性結(jié)果,在使3.3%的患肝癌被準確歸屬,以AFP20ug/L察受干擾的代示.在較有挑遠高于AFP的果圖C.使用標記物組癌但是 AFP以及100%的,患L的樣本被準代謝通 路.挑戰(zhàn)性的小腫的AUC值0.7組時也得到了 20ug/L的樣患肝癌 但是A準確歸屬.腫瘤vs肝硬746.將所有了極大的改善樣本被準確歸AFP20ug/L硬化結(jié)有的肝善圖屬,的樣結(jié)論以為于 A個人文章精簡下列圖論：利用CE-MS為AFP提供補AFP這些標人觀點：章中篩選化合相比于常用簡化合物,選圖我們往返憶S從較大極性補充,同時也記物在區(qū)分小合物的方法很用的VIP值,選出更有意義顧下作者篩選性的化合物中也可以改善A小腫瘤以及肝很值得我們學p值和fold c義的生物標記物