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文檔簡介

1、引物查詢方法一共有兩種查詢引物的方法， 包括 primerbank 和 primer3，當我們查到引物時，我們需要用pubmed來驗證。詳細說明見下文。1.primerbank 用引物銀行查詢引物時，我們只需要輸入引物的名稱，種屬網(wǎng)址： /primerbank/1.將 search by 修改為keyword 2.將 species 修改為您所 需 要 的 種 屬 ， 如mouse 3.輸入您所需查的基因的名字，如atg5 4.點擊 submit 您將得到所需查的基因的引物的結(jié)果點擊這里，您將看到引物在編碼序列中的位置2.primer 3 使用

2、這個工具之前您需要在pubmed 中查到您的目的基因的序列，然后黏貼到primer3 中，軟件便會自動設計引物。pumed 的使用方法如下：網(wǎng)址： /pubmed/點擊這里綠色的部分，您可以看到這個引物的qpcr 的結(jié)果修改為 nucleotide 輸入您的目的基因，如atg7 最后單擊 search 點擊這里選種屬篩選符合您需求的，我們是自噬相關(guān)的atg7，因此選這個點擊 fasta 選項primer3 網(wǎng)址：http:/bioinfo.ut.ee/primer3-0.4.0/這就是您所要的序列，復制打開 primer3 的網(wǎng)址選中 pic

3、k left 和 pick right 修改為 none 黏貼如在 pubmed 中查到的基因序列修改為您所需產(chǎn)物的大小范圍點擊這個選項這就是結(jié)果的頁面這個是軟件默認的最好的引物， 下面還有其他引物完成引物的設計后，我們可以用pubmedblast 來驗證引物blast 網(wǎng)址： /blast.cgi輸入網(wǎng)址會顯示以下頁面，按照以下步驟便可驗證下拉頁面，您將看到軟件對您的基因鎖設計的全部引物.輸入網(wǎng)址后選擇網(wǎng)頁下面的這個地方， primer blast 輸入查得的上下游引物的序列修改您所期望得到的擴增產(chǎn)物的大小，如 qpcr 一般在 200 以內(nèi)修改種屬最后點擊頁面最下的此選項點擊這個紫色的，這是引物的一個編號，您會看到詳細的介紹這個頁面有引物的位置等信息點擊這里您會看到一些文獻是使用過

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