博苑生物-Mascot質(zhì)譜檢索

1、尙博苑科技丄 BIO-TECHMascot檢索軟件在蛋白 質(zhì)質(zhì)譜鑒定中的應用目錄生物質(zhì)譜簡介 Mascot 簡介應用實例離子源(ionsource):使蛋白或多肽變成帶電離子質(zhì)量分析器(mass analyzer):將離子源中形成的離子按質(zhì)荷比大小分開檢測器(detecter): 實現(xiàn)離子信號檢測常見類型：A:電噴霧電離(ESI)B:基質(zhì)輔助激光 解吸電離(MALDI)常見類型：A:四級桿(Quadrupole)B:離子阱(Ion trap)C:飛行時間(TOF)常見類型：A:直接檢測器B:電子倍增器C:閃爍檢測器生物質(zhì)譜簡介 基本結(jié)構(gòu)博 苑科技 BIO-TECH蛋白質(zhì)組完整解決方案d www

2、. cloudscientific. com。'怨角占etific您身邊的生物信息專家生物質(zhì)譜簡介基本類型 MALDI-TOF 以及 MALDI-TOF/TOF:質(zhì)譜類型：TOF質(zhì)譜儀樣品狀態(tài)：固態(tài)優(yōu)點：儀器結(jié)構(gòu)簡單，掃描速度快，高通量缺點：結(jié)果可靠性依賴于樣品質(zhì)量 LC-ESI-MS/MS:質(zhì)譜類型：三級四級桿、離子阱、Q-TOF樣品狀態(tài)：液態(tài)優(yōu)點：靈敏度高，結(jié)果更可靠缺點：低通量、價格貴生物質(zhì)譜簡介主要品牌美國應用生物系統(tǒng)(ABI)：美國安捷倫科技(Agilent)：美國布魯克-道爾頓(BrukerDaltonics)：美國戴安公司(Dionex)：美國島津(Shimadzu):日

3、本賽默飛世科技(Thernio Fisher)：美國(原美國熱電)沃特世科技(Waters)：美國CScientiGc博苑科技 WAVAVBIO-TECH蛋白質(zhì)組完整解決方案www.cloudscientific. com您身邊的生物信息專家 生物質(zhì)譜簡介蛋白質(zhì)質(zhì)譜鑒定基本流程肽段混合物蛋白二級碎片 分子in於刖 Muscot Search Results7»« J« »r«»4>NV e«w«X>SWmk«u»m * 55 &4kJK Zaoycraomcr* Xo4

4、87;0 SO4P<&、«>*« «e Xs40«a 6x» motm m CK“*aU bcMt 仙 r3細hte搜索軟件DNA/protein 數(shù)據(jù)庫 °M«vcMm9wrv鑒定結(jié)果博 苑科技 BIO-TECH蛋白質(zhì)組完整解決方案d www. cloudscientific. com°'2丫禽凸血c您身邊的生物信息專家生物質(zhì)譜簡介蛋白質(zhì)質(zhì)譜檢索常用軟件博 苑科技 BIO-TECH蛋白質(zhì)組完整解決方案d www. cloudscientific. com。'怨角占etific您

5、身邊的生物信息專家博 苑科技 BIO-TECH蛋白質(zhì)組完整解決方案d www. cloudscientific. com。'怨角占etific您身邊的生物信息專家軟件名稱MascotSEQUESTX! Tandem軟件類型商業(yè)軟件商業(yè)軟件免費開源軟件數(shù)據(jù)格式MGF、DTAPKLRAW、 DTADTA、PKL、MGF、mzXML說明：Mascot是目前使用最廣泛的蛋白質(zhì)鑒定檢索軟件、功能十分強大生物質(zhì)譜簡介蛋白質(zhì)質(zhì)譜檢索常用軟件 Mascot十大特性：通過一個整合的軟件包，同時支持目前主流的三種檢索算法通過特有的基于實概率的打分方法，支持標準統(tǒng)計顯著性檢驗分 析可用于檢索任何FASTA數(shù)

6、據(jù)庫，包括蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫、EST數(shù)據(jù)庫 以及基因組數(shù)據(jù)庫無須耗時即可建立檢索目錄，無論是否基于酶的特異性，對于特 異性的化學修飾或翻譯后修飾的鑒定均非常靈活支持幾乎所有常用的質(zhì)譜儀輸出的數(shù)據(jù)格式生物質(zhì)譜簡介蛋白質(zhì)質(zhì)譜檢索常用軟件 Mascot十大特性（續(xù)）：通過高效率的代碼可滿足從單線程到多線程系統(tǒng)或集群的高通量 計算需求通過界面友好的客戶端支持自動提交檢索任務，無須用戶編程支持所有的Web瀏覽器，提交概述性以及詳細的結(jié)果報告，并且 配以詳盡的在線幫助文檔，以幫助用戶理解分析結(jié)果目前已擁有一千多個學術(shù)及商業(yè)用戶，被Frost & Sullivan譽為"質(zhì) 譜數(shù)據(jù)檢索的黃金標準”

7、由獨立運營，充滿活力的Matrix Science公司研發(fā)，該公司一直致 力于開發(fā)最先進的生物信息學軟件Mascot簡介 使用類型在線檢索：免費，數(shù)據(jù)庫總是最新的，檢索速度快， 簡單，只需將peak list文件導入即可，但文件大小受 限制本地檢索：需要購買軟件及安裝數(shù)據(jù)庫，但使用方便、 可以進行大規(guī)模的數(shù)據(jù)檢索分析和數(shù)據(jù)庫配置，功能 更加強大Mascot簡介 檢索方式 Mascot是一款強大的數(shù)據(jù)庫檢索軟件，可以實現(xiàn)從質(zhì) 譜數(shù)據(jù)到蛋白質(zhì)的鑒定，其檢索方式包括以下三種：Peptide Mass Fingerprint （肽指紋圖譜檢索）Sequence Query （部分序列比對）MS/MS

8、Ion Search （串聯(lián)質(zhì)譜檢索）博 苑科技 BIO-TECH蛋白質(zhì)組完整解決方案d www. cloudscientific. com。'怨角占etific您身邊的生物信息專家Mascot簡介肽指紋圖譜鑒定原理：根據(jù)一個蛋白質(zhì)酶切后的一組特異肽段分子量 信息進行比較從而進行蛋白鑒定優(yōu)點：是蛋白質(zhì)鑒定的經(jīng)典方法，算法簡單，速度 快，在串聯(lián)質(zhì)譜鑒定岀現(xiàn)之前應用廣泛缺點：質(zhì)量相近的多肽增加匹配難度，并且無法實現(xiàn) 混合蛋白的鑒定，不太適合數(shù)據(jù)庫不完整的物種的蛋 白質(zhì)鑒定，不能分析到翻譯后修飾位點Mascot簡介部分序列比對原理：釆用分子量聯(lián)合部分氨基酸序列或者氨基酸組 成信息進行蛋白鑒定

9、優(yōu)點：檢索速度快，其“錯誤容忍”模式增強了序列標 簽的匹配率缺點：常需要人工解析序列標簽，對操作者的經(jīng)驗要 求嚴格同時耗費時間較長Mascot簡介串聯(lián)質(zhì)譜鑒定原理：對一個或者多個未被解析的肽段MS/MS數(shù)據(jù) 進行對庫比較從而進行蛋白鑒定優(yōu)點：是目前應用最廣的高通量鑒定蛋白質(zhì)方法，鑒 定準確度更高，無需人工序列解析，可以實現(xiàn)混合蛋 白的鑒定缺點：增加了一步操作，算法更復雜，對儀器要求更 嚴格博 苑科技 BIO-TECH蛋白質(zhì)組完整解決方案d www. cloudscientific. com。'怨角占etific您身邊的生物信息專家Mascot簡介一打分算法原理 基于MOWSE(MOle

10、cular Weight Search)算法的改進： MOWSE算法是基于非冗余蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫OWL中肽分布頻率 及可能性的算法采用基于可能性大小的打分算法能夠提供一個直觀的數(shù)值或 者圖形來評價一個結(jié)果是否為顯著值或是否可信。同時可以 對不同的搜庫方式及數(shù)據(jù)庫檢索的結(jié)果直接比較 步驟將數(shù)據(jù)庫中的每一個蛋白按10kDa大小歸類對于每一個蛋白質(zhì)，將理論酶切產(chǎn)生的肽段按lOODa大小作 為一個字節(jié)進行歸類（每個氨基酸的平均分子量接近lOODa）以每10kD蛋白間隔為單位，分別計算間隔內(nèi)所有蛋白質(zhì)酶 切后每一個字節(jié)（lOODa）中的肽段的百分比（頻率）,就 是將一個字節(jié)中歸類的肽段數(shù)除以該蛋白間隔中所有

11、肽段數(shù) 步驟（續(xù)）：對于每個10kD中的蛋白質(zhì)間隔，將每一個字節(jié)中的頻率歸 一化成與最大頻率的字節(jié)值的比較在一定的質(zhì)量誤差范圍內(nèi)，將質(zhì)譜獲得的圖譜中的質(zhì)量數(shù)與 數(shù)據(jù)庫中的每一個蛋白質(zhì)理論酶切片段進行匹配，對于匹配 上的每個肽段片段提取頻率分數(shù)，然后再將這些頻率分數(shù)相 乘得到Pn值分數(shù)計算： Mascot算法是對MOWSE分數(shù)的一種重建，表示為:S = 10*Log(P),P:比對匹配的一個隨機事件的可能性大小P=E*N1 , E二期望值，N二數(shù)據(jù)庫中蛋白質(zhì)數(shù)目的大小如果檢索一個數(shù)據(jù)大小為1.5 X106個蛋白質(zhì)數(shù)目的數(shù)據(jù)庫，顯 著差異值E=0.05,則對應與Mascot分數(shù)S=10*Log (

12、1/1.5 x 106)(0.05)=74.7說明：這個分數(shù)算法是PMF的分數(shù)算法，MS/MS ion search則采 用其它分數(shù)算法博 苑科技 BIO-TECH蛋白質(zhì)組完整解決方案d www. cloudscientific. com。'怨角占etific您身邊的生物信息專家Mascot簡介一打分算法分數(shù)高低取決于數(shù)據(jù)庫的大小與設(shè)定的E值，對于特定 的數(shù)據(jù)庫和E值（如E=0.05）,則可以算岀S。一般用確定 的E值來設(shè)定對應的閾值分數(shù)。如下圖，E=0.05,則陰 影內(nèi)結(jié)果表示為小于閾值分數(shù)的不可信結(jié)果In this example, scores less than74 are i

13、nsignificantMascot Score: 120 = lxlO'1275100博 苑科技 BIO-TECH蛋白質(zhì)組完整解決方案d www. cloudscientific. com°'2丫禽凸血c您身邊的生物信息專家Mascot簡介一打分算法Probability Based Mowse Score博 苑科技 BIO-TECH蛋白質(zhì)組完整解決方案d www. cloudscientific. com°'2丫禽凸血c您身邊的生物信息專家 應用實例數(shù)據(jù)文件格式COll-Project:2hang lab. Spot Set: zhang lab

14、2009070i, Label: E15,Spot Id： 1569S8, Peak List Id： 1S9258, t<S Job Run Id: 12333(823.10269124088028卻5卻1781期0071035 123H1128打9055H25129235681晦仙71309.0431359.69871686.882813QM.77271276.2707162 8»014833F31828.0029229491M31837.897938546023187587于24271883.89183007QB22tW«.6727749611822175210

15、592852253 09H51702打M122W5 27342360.1809DRCTN IONSPEPHASS-iMS047CHARCE=1*TITLE=Label;E15r Spot Id； 150958. Peak_List Id： 159888, MSHS JobRun_Id: P233嘰 Corenient:8612033113513395110.086331964.3894175101U.81982&1 13058916.77274330 P8B0896.90018 23W7005222H7232391659.08862639 W“623.35114b"餌佃257

16、7676S«47861 佃 BG2855.1509 Ji1667.7635856111851廳5861 033"2660.338*1861931H836.98755671.81891END IONSBEGIN IONSPEPMASS-13596987CIIARGE-1*TITLE-Label:E1S Spot_Id: 196958v Peak_Llst_Ids *159886 ItSItS Job_Run_Id: 12334. Coraraent:*- pp v_E 16124 866308062. txt記亨*匚回區(qū)文件© sws®）格式功殆肋on說明

17、：本文的所舉實例均為采用Mascot搜索軟件對ABI4800的 MALDI-TOF/TOF質(zhì)譜儀獲得的雙向電泳蛋白點的串聯(lián)質(zhì)譜鑒定結(jié)果應用實例 檢索頁面博 苑科技 BIO-TECH蛋白質(zhì)組完整解決方案d www. cloudscientific. com。'怨角占etific您身邊的生物信息專家博 苑科技 BIO-TECH蛋白質(zhì)組完整解決方案d www. cloudscientific. com。'怨角占etific您身邊的生物信息專家HOME-WHATS NEW-MASCOTiHELP； PRODUCTS-SUPPORT TRAINING:CONTACTMascot >

18、 MS丿MS Ions SearchMASCOT MS/MS Ions Search博 苑科技 BIO-TECH蛋白質(zhì)組完整解決方案d www. cloudscientific. com。'怨角占etific您身邊的生物信息專家博 苑科技 BIO-TECH蛋白質(zhì)組完整解決方案d www. cloudscientific. com。'怨角占etific您身邊的生物信息專家Your name boyua-_:e:：-Email bouan_L=ch博 苑科技 BIO-TECH蛋白質(zhì)組完整解決方案d www. cloudscientific. com。'怨角占etific您身

19、邊的生物信息專家Search title E15博 苑科技 BIO-TECH蛋白質(zhì)組完整解決方案d www. cloudscientific. com。'怨角占etific您身邊的生物信息專家Database(s)HSwissProtNCBInr con taminants cR4PMSDBEnzyme TrypsinAllow upto 1 v missed cleavagesQuantitation None博 苑科技 BIO-TECH蛋白質(zhì)組完整解決方案d www. cloudscientific. com。'怨角占etific您身邊的生物信息專家Taxonomy Hom

20、osapiens (human)v博 苑科技 BIO-TECH蛋白質(zhì)組完整解決方案d www. cloudscientific. com。'怨角占etific您身邊的生物信息專家FixedmodificationsCarbamidometh/I (C)Display all modifications VariableOxidation (M)0modificationsPeptide tol. ±50ppm 7 滬3° 0 w MS/MS tol. ±Peptide charge1+Acetyl (K)Acetyl (N-term)Acetyl (Pro

21、tein N-term) Amidated (C-term) flmidated (Protein C-term) Ammonia-loss (N-term C) Biotin(K)Biobn (N-term)Carbamyl (K)Carbamyl (N-term) Carboxymethyl (C)0：25 dTv|Monoisotopic 0 Average 0博 苑科技 BIO-TECH蛋白質(zhì)組完整解決方案d www. cloudscientific. com。'怨角占etific您身邊的生物信息專家應用實例檢索輸入 Your name：用戶名，在網(wǎng)頁檢索時必須輸入，本地 檢索

22、時不要求輸入 Email :電子郵件地址，進行檢索時如遇網(wǎng)絡(luò)無法鏈 接等情況，檢索將會繼續(xù)自動完成后并直接發(fā)送到電 子郵箱Search title：檢索標題，檢索完成后將會出現(xiàn)在結(jié)果 頁面的頂部，可以留空博 苑科技 BIO-TECH蛋白質(zhì)組完整解決方案d www. cloudscientific. com。'怨角占etific您身邊的生物信息專家應用實例檢索輸入 Database: EST、MSDB、NCBInr、SwissProt>contaminants(cRAP) EST數(shù)據(jù)庫被分解成幾個小類：Environmental_EST,Fungi_EST等，EST庫不能直接檢索且

23、不能用于PMF數(shù)據(jù)檢索 MSDB從2006年之后就不再有更新，現(xiàn)在一般不使用 Contaminants(cRAP)數(shù)據(jù)庫很小，主要包括一下常見的污染蛋白質(zhì)，如B SA和trypsin等 NCBIm-和SwissProt是目前最廣泛應用的數(shù)據(jù)庫,NCBIm是 一個綜合性非兀余數(shù)據(jù)庫，時常更新；SwissProt則建庫質(zhì)量 很高，特別適合做PMF的數(shù)據(jù)檢索博苑廠7 七廠lb BIO-TECH蛋白質(zhì)組完整解決方案 O'怨切tific您身邊的生物信息專家應用實例檢索輸入 Taxonomy:物種類型,對于已測序生物，直接選擇該物種數(shù)據(jù)庫即可對于非測序生物，一般選擇一種大類的數(shù)據(jù)庫物種類型對搜庫結(jié)

24、果的特異性有顯著影響，能避免不同物種之間 同源蛋白質(zhì)在結(jié)果列表中出現(xiàn)，如actin是一種在不同物種中廣泛 存在的蛋白質(zhì)，如果已知樣品物種來源是水稻，但在物種選擇 時，選綠色植物這一大類，則會出現(xiàn)在該大類下許多物種下的 actin,而排在第一位的不一定是水稻的actin,因此在非測序生物 的大類檢索時，需要在成功鑒定的結(jié)果中認真選擇與本物種親緣 關(guān)系最近的蛋白質(zhì) Enzyme:實驗所用的酶，一般選擇最常用的Trypsin(胰蛋白酶) Missed cleavages：允許最大的未被酶切位點數(shù)，一般 選擇1 Fixed modification：固定修飾，一般選擇半胱氨酸碘 乙酰胺化-Carbam

25、idomethyl (C ) Variable modfication：可變修飾，一般選擇甲硫氨酸 氧化-Oxidation (M),也可能存在N-乙?；瘜τ谝恍┯刑厥饣瘜W處理修飾的氨基酸功能基團修飾，可人為在本地數(shù)據(jù)庫中進行配置?？勺冃揎椷x擇 越多，檢索速度越慢，而且易岀現(xiàn)假陽性結(jié)果，需人 工確認存在修飾的結(jié)果 Peptide tol. ± :肽段容差，主要以ppm和Da兩種形 式，表示前體離子所測誤差值的大小，其大小與儀器 類型相關(guān)，TOF等高分辨質(zhì)譜可能在幾個ppm到幾十 個ppm之間，而離子阱質(zhì)譜可能在0.5Da甚至更大 MS/MS tol. ± :表示二級質(zhì)譜中碎

26、片離子的質(zhì)量誤差 Monoisotopic or Average: 一般選單同位素質(zhì)量而不 選平均分子量，這樣更準確 Data file：導入需要檢索的質(zhì)譜數(shù)據(jù)peaklist文件，對 于PMF的數(shù)據(jù)，也可以數(shù)據(jù)輸入框直接粘貼 Peptide charge： 一級質(zhì)譜中多肽或者前體離子的帶電 荷情況，若為MALDI類型的質(zhì)譜則一般為1 + ,若為 ESI類型的質(zhì)譜則一般選1 +、2 +、3 +Precursor： 一般不需要選擇博 苑科技 BIO-TECH蛋白質(zhì)組完整解決方案d www. cloudscientific. com。'怨角占etific您身邊的生物信息專家應用實例檢索輸入

27、 Instrument：儀器類型，不同類型的質(zhì)譜儀器產(chǎn)生的 系列碎片離子都不一樣，選擇對應的儀器類型有助于 選擇用來比對的離子類型MS/MS中的主要離子類型Def ou ItESI QUADTOFmaldi TOF PSDESI TRAPESI QUADESIFTICRMALOI TOF TOFESISECTFTMS ECDETD TRAPMALDI MALDI QUAD QIT TOFTOFMALDI ISD1-* fragmentsXXXXXXXXXXXXX2* Fragmants if precursor 2" or higherXXXXXXXXX2* fragments if

28、 precursor 3* or higherImmonium ionsXXXXXa series ionsXXXXXXa-NH3 if fragment includes RKNQXXXXa-H2O if fragmant indudoc 6TEDXXXb series ionsXXXXXXXXXXb-NH3 if fragment includes RKNQXXXXXXXXXb-H2O if fragment includes 5TEDXXXXXXXXXc series ionsXxXx series ionsy series ionsXXXXXXXXXXXXXXXNH3 if fragm

29、ent includes RKNQXXXXXXy-H2O if fra ament includes 5TEDXXXXXXz sericas ionsZ4-H series ionsXXz十2H series ionsXXXinternal yb < 700 DaXXXXinternal ya < 700 DaXX一XXy or y- must bo significantV or y*- must be top sconng senes博 苑科技 BIO-TECH蛋白質(zhì)組完整解決方案d www. cloudscientific. com。'怨角占etific您身邊的生物信

30、息專家UserEmailSearch title MS data file Database Taxonomy Timestaw Protein hits:boyuanbio 使用者:boyuan_tech 電子由M牛地址:Project: zhang lab, Spot Set: zhang lab20D90701, Label: E15； Spot Id: 156958, Peak List Id: 159258, NS Job Run Id: 12333:F:resultsFFW_E15_124856308052.tHt 數(shù)據(jù)來源;HCBInr 20101016 (12044221 se

31、quences; 4112881769 residues)檢索的數(shù)據(jù)庫, :Homo sapiens (human) (234546 sequences)物種;19 Oct 2010 at 05:52:23 SIT 檢索時間:qi|39505 pyruvate kinase Homo sapiens匹配的結(jié)果可以知道數(shù)據(jù)庫大小搜索標題Mascot Score Histop'inIons score is -10*LogP), where P is the probability that the observed match is a random event.IndiYidualio

32、ns scores > 35 indicate identity or 沁 nsiye homology.大丁 3 5 分即成功鑒定(可靠性達到顯著水平)Protein scores are derived from ions scores as a non-probabilistic basis for ranking protein hits.5 0 5 0 5 o 5 AY4 4 3 3 2 2115 如三工uo:匹配的蛋白數(shù)目陰影線：區(qū)分匹配結(jié)果 可靠與不可靠的分界線小紅柱：匹配的結(jié)果250500750橫坐標：匹配的蛋匸聘勢應用實例網(wǎng)頁結(jié)果查看ISce Mascot Search

33、 Results博苑»BIO-TECH蛋白質(zhì)組完整解決方案Scientific您身邊的生物信息專家匹配的肽段得分列出每一個肽段中間紅線標出的序列）QueryObservedMr(exEt)Mr (calc)PDmKissScoreExpect Rank UniquePeptide81359.69871358.69141358.6976-4.570630.000121UR.NTGIICTIGPASR.S111462.80461461.79731461.8079-7.2301202e-101uK.IYVDDGLISLQVK.Q1828.00291826.99561827.0142-10.

34、151645.8e-051uR.GDLGIEIPAEKVFLAQK.M生1837.89791836.89061836.9040-7.271530.000911uR.RFDEILEASDGIMVAR.G + Oxidation (M)18883.89181882.88451882.8962-6.2001282.6e-ll1uR.LHFSHGTHEYHAETIK.N202068.07372087.06642087.0799-6.471746.8e-061uR.EAEAAIYHLQLFEELRR.L2221 兀 10402174.09672174.1107-6.4201811.7e-161uR.LA

35、PITSDPTEATAVGAVEASFK.C242253AW452252.08722252.1086-9.51110386e-091uR. LNFSHGTHEYHAETIKHVR T262465.2342464.26612464.2849-7.640175.91uR TATESFASDPILYRPVAVALDTK G273017.593®3016.58573016.5869-0.4016201uR.TATESFASDPILYRPVAVALDTKGPEIR.T應用實例網(wǎng)頁結(jié)果查看Peptide Siuninary ReportFormat As fp 即帕 e Summary) v|可

36、以在二級質(zhì)譜（peptide suiiunaiy）上"""和一級質(zhì)譜（piotein summary報告形式下切換HelpSigficaiiceWesEoIdp< 0-°5Standard scoring ® MudPIT scoring 0 Ions score or expect cut-off 0Show sub-sets 0Man number of hits AUTOSelect All En 01 tolerantShow pop-ups ® Suppress pop-ups 0 Sortunassned Decre

37、asingScore v Require bold 10個肽段歸屈一個蛋白質(zhì)，其 中有8個肽段的可信度單獨超 過閾值分數(shù)，這里是大于35分Select NoneSearch Selected1. qi.| 35505 Mass: 58411 Score: 808 Matches: 10 (8)P7rUV9te kinaSe HOrn° 3aP1£n5匹配成功的結(jié)果及其具體信息this hit in error tolerant search Checkto include匹配的肽段序列（發(fā)表論文時，只需耍點擊進入該肽段離子的二級質(zhì)譜比對博苑科技 廠, 結(jié)果詳細網(wǎng)頁！見后面解

38、釋1!3 BIO TECH蛋白質(zhì)組完整解決方案 仁"怨禽占血c您身邊的生物信息專家gil31416989Mass; 58512Score: 808Matches: 10(8)Sequences:Pyruvate kinase, muscle Homo sapiensgi|33286418Mass! 58470Score: 808Matches: 10(8)Sequences:pyruvate kinase isozywes M1/M2 isoform M2Homo sapiensgil62897413Mass: 58517Score: 808Matches: 10(8)Sequenc

39、es:pyruvate kinase 3 isoform 1variant Homosapiensgil67464392Mass; 60277Score; 808Matches: 10(8)Sequences:Chain A, Structure Of HumanMuscle Pyruvate Kinase (Pkm2)gi|73535278Mass: 62570Score: 808Matches: 10(8)Sequences:Chain A, HumanPyruvate Kinase M2gil127795697Mass: 58491Score: 808Matches: 10(8)Sequ

40、ences:Pyruvate kinasez muscle Homo sapiensgi|169404695Mass: 57091Score: 808Matches! 10(8)Sequences:M2-type pyruvate kinase Homo sapiens10(8)10(8)10(8)10(8)10(8)10(8)10(8)10(8)10(8)10(8)gi|224510884Mass;58690Score:Chain A, S437yHutantOf HumanHusclegi|226438362Mass:60495Score:Chain A； Act ivator-Bound

41、 Structure Ofgil119598292Mass:60773Score:Matches: 10 (8) Sequences: 10(8)Homo sapiens應用實例網(wǎng)頁結(jié)果查看具有相同匹配結(jié)果的蛋白及其信息Proteins matching the same set of peptides:qiI 189998 Mass: 58447 Score: 808 Matches: 10 (8) Sequences: 10(8)Chain A, Pyruvate Kinase M2 Is A Phosphotyrosine Binding Proteinqi|169404699 Mass

42、: 58316 Score: 808 Matches: 10(8) Sequences:Chain A, Pyruvate Kinase M2 Is A Phosphotyrosine Binding Protein808Matches: 10 (8) Sequences:Pyruvate Kinase, Isoform H2808Matches! 10 (8) Sequences:Human Pyruvate Kinase M2807pyruvate kinase, muscle, isoform CRA c應用實例網(wǎng)頁結(jié)果查看2“4LV<IU. VJVt71359.69871358.

43、691491395.77271393.7654101462.80461461.7973121828.00291826.9956141837.89791836.8906161S75.87501874.8677172883.89281882.8845192088.07372087.0664212175.10402174.0967232253.09452252.0872252465.27342464.2661Search Paiamelei-s檢索數(shù)據(jù)庫的一些具體參數(shù)設(shè)置Type of searchMS/MS Ion SearchEnzymeTrypsinFixed notificationsCar

44、heDnidcunethyl (CJVariable modificationsOxidation (H)Mass valuesMonoisotopicProtein MassUnrestrictedPeptide Mass Tolerance+ 50 ppmFragment Mass Tolerance+ 0.25 DaMax Missed Cleavages1Instroment typeMALDI-T0F-10FNumber of queries27Mascot: f應用實例網(wǎng)頁結(jié)果查看| Select All | |Selec點擊進入該蛋白的信息1- 滬I3沁 頁面(下圖)pyruva

45、te ki，2J Check to incsctence Mascot Seiirch ResultsProtein View下面列出了鑒定蛋白的具體信息，包括蛋白得分（808分）分子量(58411) >等電點(7.58)、覆蓋率(27%)等Match to: ai|35503 score: 808pyruvate kxnasc Homo sapiensFound in search o£ F:resulcsppw_E15_124856308052 txcNominal :mcoo (Hr) : 50411; Calculat.cd pl value: 7 58NCDI BLA

46、ST search of qil 35505 aaeiinst nr單擊此處可以進入BLAST頁面深入了解該蛋白功能UnforiMQtted sequence 卻匕!gm審 tgir posting into other epp 1 icat.ionsTax o noiwy: Homo o g i u noFixed modirlcaclons: Cartoamldomechyl (C)Variable modi£icat.ions : Oxidation (M)Cleavage by Trypsin: cuts C-terw side of KR unless next: resi

47、due is PSequence Coverage: 27%Matchea peptlaes shoun ln Bold Rert下表列出的紅色序列為二級質(zhì)譜匹配的序列1 MSKPHSEAGT AFIQTQQLHA AMADTFLEHM CRLDIDSPPI TARWTGIICT51 IlrPASRSVET LKEMIKSGMN VARI.WFSHGT HKYHAETIKN VRTATESFASEVELKKGATL KITLDNAYME101 DPILYRPVAV ALDTKGPEIR TGLIKGSGTA博 苑科技 BIO-TECH蛋白質(zhì)組完整解決方案d www. cloudscientif

48、ic. com°'2丫禽凸血c您身邊的生物信息專家151 KCDENILWLI> YKNICKWEF-«S«EWDDGL201GSLGSKKGVNLPGAAVDLPA VSEKDIQDLKISLQVKQKGA DFLVTEVENG FGVEQDVDMV FASFIRKASD博 苑科技 BIO-TECH蛋白質(zhì)組完整解決方案d www. cloudscientific. com°'2丫禽凸血c您身邊的生物信息專家LESMIKKPPP TRAEGSDVAN IAREAEAATY HLQLFEELRR LTKSGRSAHQ VARYRPRA

49、PI AUAEDVDLRV NFAMNVGKAR251 VHEVRKVLGEKGKNIKIISK IENHEGVRRF DEILEASDGI IfVARGDLGIE301 IPAEKVELAQ KMMIGRCNRA GKPVICATQM331 AVLDGADCIM L3GETAKGDY PLEAVRMQHL401 LAPITSDPTE ATAVGAVEAS FKCCSGAIIV451 IAVTRNPQT丸 RQAHLYRGIF PVLCKDPVQE應用實例網(wǎng)頁結(jié)果查看LOCUSCAA39849531 aalinear PRI 14-NOV-2006(wdQ)LCMJ 山Show predicted peptides also I Sort Peptides By ©Residue Number 0Increasing Mass 0Decreasing MassStart - EndObser