蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)在線軟件

1、-作者xxxx-日期xxxx蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)在線軟件【精品文檔】蛋白質(zhì)預(yù)測(cè)在線分析常用軟件 推薦蛋白質(zhì)預(yù)測(cè)分析網(wǎng)址集錦 物理性質(zhì)預(yù)測(cè)： Compute PI/MW  Peptidemasshttp:/expaxy.hcuge.ch/sprot/peptide-mass.html TGREASE   SAPS  基于組成的蛋白質(zhì)識(shí)別預(yù)測(cè) AACompIdent http:/expaxy.hcuge.ch . htmlAACompSim  PROPSEARCH 

2、 二級(jí)結(jié)構(gòu)和折疊類預(yù)測(cè) nnpredict /nomi/nnpredict Predictprotein http:/www.embl-heidel . protein/SOPMA  SSPRED  特殊結(jié)構(gòu)或結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè) COILS  MacStripe  與核酸序列一樣，蛋白質(zhì)序列的檢索往往是進(jìn)行相關(guān)分析的第一步，由于數(shù)據(jù)庫(kù)和網(wǎng)絡(luò)技校術(shù)的發(fā)展，蛋白序列的檢索是十分方便，將蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)下載到本地檢索和通

3、過(guò)國(guó)際互聯(lián)網(wǎng)進(jìn)行檢索均是可行的。 由NCBI檢索蛋白質(zhì)序列 可聯(lián)網(wǎng)到：“http:/www.ncbi.nlm.ni . gi?db=protein”進(jìn)行檢索。 利用SRS系統(tǒng)從EMBL檢索蛋白質(zhì)序列 聯(lián)網(wǎng)到：”，可利用EMBL的SRS系統(tǒng)進(jìn)行蛋白質(zhì)序列的檢索。 通過(guò)EMAIL進(jìn)行序列檢索 當(dāng)網(wǎng)絡(luò)不是很暢通時(shí)或并不急于得到較多數(shù)量的蛋白質(zhì)序列時(shí)，可采用EMAIL方式進(jìn)行序列檢索。 蛋白質(zhì)基本性質(zhì)分析 蛋白質(zhì)序列的基本性質(zhì)分析是蛋白質(zhì)序列分析的基本方面，一般包括蛋白質(zhì)的氨基酸組成，分子質(zhì)量，等電點(diǎn)，親水性，和疏水性、信

4、號(hào)肽，跨膜區(qū)及結(jié)構(gòu)功能域的分析等到。蛋白質(zhì)的很多功能特征可直接由分析其序列而獲得。例如，疏水性圖譜可通知來(lái)預(yù)測(cè)跨膜螺旋。同時(shí)，也有很多短片段被細(xì)胞用來(lái)將目的蛋白質(zhì)向特定細(xì)胞器進(jìn)行轉(zhuǎn)移的靶標(biāo)（其中最典型的例子是在羧基端含有KDEL序列特征的蛋白質(zhì)將被引向內(nèi)質(zhì)網(wǎng)。WEB中有很多此類資源用于幫助預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)的功能。 疏水性分析 位于ExPASy的ProtScale程序（ ）可被用來(lái)計(jì)算蛋白質(zhì)的疏水性圖譜。該網(wǎng)站充許用戶計(jì)算蛋白質(zhì)的50余種不同屬性，并為每一種氨基酸輸出相應(yīng)的分值。輸入的數(shù)據(jù)可為蛋白質(zhì)序列或SWISSPROT數(shù)據(jù)庫(kù)的序列接受號(hào)。需要調(diào)整的只是計(jì)算窗口的大?。?/p>

5、n）該參數(shù)用于估計(jì)每種氨基酸殘基的平均顯示尺度。 進(jìn)行蛋白質(zhì)的親/疏水性分析時(shí)，也可用一些windows下的軟件如， bioedit,dnamana等。 跨膜區(qū)分析 有多種預(yù)測(cè)跨膜螺旋的方法，最簡(jiǎn)單的是直接，觀察以20個(gè)氨基酸為單位的疏水性氨基酸殘基的分布區(qū)域，但同時(shí)還有多種更加復(fù)雜的、精確的算法能夠預(yù)測(cè)跨膜螺旋的具體位置和它們的膜向性。這些技術(shù)主要是基于對(duì)已知跨膜螺旋的研究而得到的。自然存在的跨膜螺旋Tmbase 數(shù)據(jù)庫(kù)，可通過(guò)匿名FTP獲得(http:/www.isrec.isb-s . erver/tmbase)，參見(jiàn)表一 資源名稱 網(wǎng)址 說(shuō)明&#

6、160;TMPRED 基于對(duì)tmpred數(shù)據(jù)庫(kù)的統(tǒng)計(jì)分析PHDhtm  . tprotein.htmlMEMSAT 微機(jī)版本 ，蛋白質(zhì)序列含有跨膜區(qū)提示它可能作為膜受體起作用，也可能是定位于膜的錨定蛋白或者離子通道蛋白等，從而，含有跨膜區(qū)的蛋白質(zhì)往往和細(xì)胞的功能狀態(tài)密切相關(guān)?！盎颉啊?#160;前導(dǎo)肽與蛋白質(zhì)定位 在生物內(nèi)，蛋白質(zhì)的合成場(chǎng)所與功能場(chǎng)所常被一層或多層細(xì)胞膜所隔開(kāi)，這樣就涉及到蛋白質(zhì)的轉(zhuǎn)運(yùn)。合成的蛋白質(zhì)只有準(zhǔn)確地定向運(yùn)行才能保證生命活動(dòng)的正常進(jìn)行。一般來(lái)說(shuō)，蛋白質(zhì)的定位的信息存在于該蛋白質(zhì)自身結(jié)構(gòu)中，并通過(guò)與膜上特殊的受體

7、相互作用而得以表達(dá)。在起始密碼子之后，有一段編碼疏水性氨基酸序列的RNA片段，這個(gè)氨基酸序列就這個(gè)氨基酸序列就是信號(hào)肽序列。含有信號(hào)肽的蛋白質(zhì)一般都是分泌到細(xì)胞外，可能作為重要的細(xì)胞因子起作用，從而具有潛在的應(yīng)用價(jià)值。  卷曲螺旋分析 另一個(gè)能夠直接從序列中預(yù)測(cè)的功能motif是-螺旋的卷曲排列方式。在這種結(jié)構(gòu)中，兩種螺旋通過(guò)其疏水性界面相互纏在一起形成一個(gè)十分穩(wěn)定的結(jié)構(gòu)。 蛋白質(zhì)卷曲的相關(guān)資源 資源 網(wǎng)址 coiled-coil  http:/www.ch.embnet.o . mlEpitopeInfo

8、0; 蛋白質(zhì)功能預(yù)測(cè) 基于序列同源性分析的蛋白質(zhì)功能預(yù)測(cè) 到少有80個(gè)氨基酸長(zhǎng)度范圍內(nèi)具有25%以上序列一致性才提示可能的顯著性意義。最快的工具如BlastP能很容易地發(fā)現(xiàn)顯著性片段，而無(wú)需使用十分耗時(shí)的BLITZ軟件。 基于NCBI/BLAST軟件的蛋白序列同源性分析 類似于核酸序列同源性分析，用戶直接將待分析的蛋白質(zhì)序列輸入NCBI/BLAST(/blast)，選擇程序BLASTP就可網(wǎng)上分析。 基于WU/BLAST2軟件進(jìn)行分析 華盛頓大學(xué)的BLAST軟件（dove.embl-heide

9、lberg.dl/blast2）也可進(jìn)行蛋白質(zhì)序列的同源性分析。 基于motif、結(jié)構(gòu)位點(diǎn)、結(jié)構(gòu)功能域數(shù)據(jù)庫(kù)的蛋白質(zhì)功能預(yù)測(cè) 蛋白質(zhì)的磷酸化與糖基化對(duì)蛋白質(zhì)的功能影響很大，所以對(duì)其的分析也是生物信息學(xué)的一個(gè)部分。 同時(shí)，分子進(jìn)化方面的研究表明，蛋白質(zhì)的不同區(qū)域具有不同的進(jìn)化速率，一些氨基酸必須在進(jìn)化過(guò)程中足夠保守以實(shí)現(xiàn)蛋白質(zhì)的功能。在序列模式的鑒定方面有兩類技術(shù)，第一類是依賴于和一致性序列（consensus sequence）或基序各殘基的匹配模式，該技術(shù)可用于十分容易并快速搜索motif數(shù)據(jù)庫(kù)。 Motif數(shù)據(jù)庫(kù)-PROSITE 最好的是P

10、ROSITE/prosite） 蛋白質(zhì)序列的(profile)分析  InterProScan綜合分析網(wǎng)站 InterProScan是EBI 開(kāi)發(fā)的一個(gè)集成了蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域和功能位點(diǎn)的數(shù)據(jù)庫(kù)，其中把SWISS-PROT,TrEMBL.PROTSITE.PRINTS.PFAM.ProDom等數(shù)據(jù)庫(kù)提供的蛋白質(zhì)序列中的各種局域模式，如結(jié)構(gòu)域，motif等信息統(tǒng)一起來(lái)，提供了一個(gè)較為全央的分析工具。  蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)功能域分析 簡(jiǎn)單模塊構(gòu)架搜索工具（simple modular architecture r

11、esearch tool,SMART）一個(gè)較好的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)功能域的數(shù)據(jù)，可用于蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)功能域的分析，所得到的結(jié)構(gòu)域同時(shí)提供相關(guān)的資源的鏈接 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè) PDB數(shù)據(jù)庫(kù) 蛋白質(zhì)基本立體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)(PDB, )其中有大量工具用于查看PDB數(shù)據(jù)庫(kù)中的結(jié)構(gòu)，如rasmol，可用于顯于出蛋白質(zhì)的空間結(jié)構(gòu)，下載地址：） PDBFinder 數(shù)據(jù)庫(kù) 是在PDB、DSSP、HSSP基礎(chǔ)上建立的二級(jí)庫(kù)，它包含PDB序列，作者，R因子，分辨率、二級(jí)結(jié)構(gòu)等，這些些信息隨著PDB庫(kù)每次發(fā)布新版，PDBFinder在EBI自動(dòng)生成，

12、網(wǎng)址為“  NRL-3D數(shù)據(jù)庫(kù) 是所有已知結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)的數(shù)據(jù)庫(kù)，可用于查詢蛋白序列時(shí)行相似性分析以確定其結(jié)構(gòu) ISSD數(shù)據(jù)庫(kù) 蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)，其每個(gè)條目包含一個(gè)基因的編碼序列，同相應(yīng)的氨基酸序列對(duì)比，并給出相應(yīng)的多肽鏈結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)。 HSSP數(shù)據(jù)庫(kù) 是根據(jù)同源性導(dǎo)出的蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)，每一條PDB項(xiàng)目都有一個(gè)對(duì)應(yīng)的HSSP文件， 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類數(shù)據(jù)庫(kù) 對(duì)已知蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)進(jìn)行手工分類得到的數(shù)據(jù)庫(kù)，位于劍橋的站點(diǎn)也提供BLAST檢索服務(wù)  MMDB蛋白質(zhì)分子模型數(shù)據(jù)庫(kù) 是ENT

13、REZ檢索工具所使用的三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)，以ASN格式反蚋的PDB中的結(jié)構(gòu)和序列數(shù)據(jù)。NCBI同時(shí)提供一個(gè)配套的三維結(jié)構(gòu)顯示程序的Cn3D, Dali/FSSP數(shù)據(jù)庫(kù) 基于PDB數(shù)據(jù)庫(kù)中現(xiàn)有的蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)，用自動(dòng)結(jié)構(gòu)對(duì)比程序Dali比較而形成的折疊單元和家庭分類庫(kù)。 蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè) 基于序列進(jìn)行蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)方面已有了大量文獻(xiàn)描述，本質(zhì)上，這些研究可被分為兩大類：基于單一序列的分析和基于多重序列對(duì)齊的分析。 文獻(xiàn)報(bào)道PHD程序是目前此方面的最好程序，提供了從二級(jí)結(jié)構(gòu)到折疊方面分析的多種資源。其網(wǎng)址為,也可通過(guò)email:predictprot

14、einembl-heidelberg.de進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。 蛋白質(zhì)三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè) 蛋白質(zhì)同源家庭的分析對(duì)于確立物種之間的親緣關(guān)系和預(yù)測(cè)新蛋白質(zhì)序列的功能有重要意義，同源蛋白質(zhì)（homolog）進(jìn)一步劃分為直系同源（ortholog）和旁系同源（paralog）,前者指不同物種中具有相同功能和共同起源的基因，后者則指在同一物種內(nèi)具有不同功能，但也有共同起源的基因，例如同是起源于珠蛋白的珠蛋白、珠蛋白和肌紅蛋白。 蛋白質(zhì)分類數(shù)據(jù)庫(kù)（ProtoMap） 是對(duì)SWISS-PROT數(shù)據(jù)庫(kù)中的全部蛋白質(zhì)由計(jì)算機(jī)自動(dòng)時(shí)行層次分類，把相關(guān)者聚集分極所得到的數(shù)據(jù)庫(kù)。 

15、;蛋白質(zhì)序列多重對(duì)齊分析及進(jìn)化分析 如果發(fā)現(xiàn)一個(gè)未知蛋白質(zhì)序列和較多不同和種屬或同一種屬的蛋白質(zhì)序列具有較高的同源性（大于30%）那么提示待分析的蛋白質(zhì)序列可能是相應(yīng)家族的成員，從而可從分子時(shí)化的角度對(duì)蛋白質(zhì)序列進(jìn)行綜合分析。 常用在線蛋白工具 BCM Search Launcher  蛋白序列二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)綜合站點(diǎn)，從此出發(fā)，輸入蛋白序列，可以根據(jù)需要，使用各種在線預(yù)測(cè)工具，包括Coils、nnPredict、PSSP/SSP、PSSP/NNSSP、SAPS、TMpred、SOUSI、Paircoil、Protein Hydrophilicit

16、y/Hydrophobicity Search、SOPM，使用十分方便。 DAS  蛋白跨膜預(yù)測(cè)服務(wù)器、輸入蛋白序列，預(yù)測(cè)跨膜區(qū)域。 TopPred 2  斯德哥爾摩大學(xué)理論化學(xué)蛋白預(yù)測(cè)服務(wù)器提供的膜蛋白拓?fù)鋵W(xué)預(yù)測(cè)Topology prediction of membrane proteins在線工具 SOSUI  東京農(nóng)業(yè)科技大學(xué)（Tokyo University of Agriculture and Technology）提供的膜蛋白分類和二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)在線工具。 PSIpred - MEMS

17、AT2  本蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)服務(wù)器允許你提交一個(gè)蛋白序列，進(jìn)行二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與跨膜拓樸結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)，并將結(jié)果用EMAIL提供給您。 HMMTOP  預(yù)測(cè)蛋白序列的跨膜螺旋與拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)服務(wù)器 TMpred  預(yù)測(cè)蛋白序列跨膜區(qū) TMHMM  預(yù)測(cè)蛋白的跨膜螺旋 The PredictProtein server  提供蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)查詢，預(yù)測(cè)蛋白各種結(jié)構(gòu)的服務(wù) SMART  提供蛋白序列，在結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫(kù)中查詢，顯示出其結(jié)構(gòu)域及跨膜區(qū)等 

18、;SPLIT  膜蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)服務(wù)器 PRED-TMR  提供基于SwissProt數(shù)據(jù)庫(kù)統(tǒng)計(jì)分析的預(yù)測(cè)蛋白跨膜片段的服務(wù) CoPreThi  基于INTERNET的JAVA程序，預(yù)測(cè)蛋白的跨膜區(qū) TMAP  提供預(yù)測(cè)蛋白跨膜片段的服務(wù) multalin  蛋白序列對(duì)照服務(wù)器，比較幾條蛋白序列的結(jié)構(gòu)。 Protein Sequence Analysis 巴斯德研究所提供的常用蛋白序列分析在線工具，絕對(duì)精選。 PSA &