引物設計保護堿基列表數(shù)據(jù)參考

1、在分子克隆實驗中，有時我們會在待擴增的目的基因片段兩端加上特定的酶切位點，用于后續(xù)的酶切和連接反應。由于直接暴露在末端的酶切位點不容易直接被限制性核酸內切酶切開，因此在設計pcr引物時，人為的在酶切位點序列的5端外側添加額外的堿基序列，即保護堿基，用來提高將來酶切時的活性。添加保護堿基，需要考慮兩個因素：一是堿基數(shù)目，一是堿基種類。添加保護堿基時，最關心的應該是保護堿基的數(shù)目，而不是種類。什么樣的酶切位點，添加幾個保護堿基，是有數(shù)據(jù)可以參考的，見附表。添加什么保護堿基，如果嚴格點，是根據(jù)兩條引物的tm值和各引物的堿基分布及gc含量。如果某條引物tm值偏小，gc%較低，添加時多加g或c，反之亦反

2、。保護堿基列表enzymeoligo sequence chain length % cleavage 2 hr 20 hr acciggtcgacc cggtcgaccg ccggtcgaccgg 8 10 12 0 0 0 0 0 0 afliiicacatgtg ccacatgtgg cccacatgtggg 8 10 12 0 90 90 0 90 90 asciggcgcgcc aggcgcgcct ttggcgcgccaa 8 10 12 90 90 90 90 90 90 avaiccccgggg cccccggggg tcccccggggga 8 10 12 50 90 90

3、90 90 90 bamhicggatccg cgggatcccg cgcggatccgcg 8 10 12 10 90 90 25 90 90 bgliicagatctg gaagatcttc ggaagatcttcc 8 10 12 0 75 25 0 90 90 bsshiiggcgcgcc aggcgcgcct ttggcgcgccaa 8 10 12 0 0 50 0 0 90 bsteiigggt(a/t)accc 9 0 10 bstxiaactgcagaaccaatgcattgg aaaactgcagccaatgcattggaa ctgcagaaccaatgcattggatgc

4、at 22 24 27 0 25 25 0 50 90 claicatcgatg gatcgatc ccatcgatgg cccatcgatggg 8 8 10 12 0 0 90 50 0 0 90 50 ecoriggaattcc cggaattccg ccggaattccgg 8 10 12 90 90 90 90 90 90 haeiiiggggcccc agcggccgct ttgcggccgcaa 8 10 12 90 90 90 90 90 90 hindiiicaagcttg ccaagcttgg cccaagcttggg 8 10 12 0 0 10 0 0 75 kpnig

5、ggtaccc ggggtacccc cggggtaccccg 8 10 12 0 90 90 0 90 90 mluigacgcgtc cgacgcgtcg 8 10 0 25 0 50 ncoicccatggg catgccatggcatg 8 14 0 50 0 75 ndeiccatatgg cccatatggg cgccatatggcg gggtttcatatgaaaccc ggaattccatatggaattcc gggaattccatatggaattccc 8 10 12 18 20 22 0 0 0 0 75 75 0 0 0 0 90 90 nheiggctagcc cggc

6、tagccg ctagctagctag 8 10 12 0 10 10 0 25 50 notittgcggccgcaa atttgcggccgcttta aaatatgcggccgctataaa ataagaatgcggccgctaaactat aaggaaaaaagcggccgcaaaaggaaaa 12 16 20 24 28 0 10 10 25 25 0 10 10 90 90 nsiitgcatgcatgca ccaatgcattggttctgcagtt 12 22 10 90 90 90 pacittaattaa gttaattaac ccttaattaagg 8 10 12 0

7、 0 0 0 25 90 pmeigtttaaac ggtttaaacc gggtttaaaccc agctttgtttaaacggcgcgccgg 8 10 12 24 0 0 0 75 0 25 50 90 pstigctgcagc tgcactgcagtgca aactgcagaaccaatgcattgg aaaactgcagccaatgcattggaa ctgcagaaccaatgcattggatgcat 8 14 22 24 26 0 10 90 90 0 0 10 90 90 0 pvuiccgatcgg atcgatcgat tcgcgatcgcga 8 10 12 0 10 0

8、 0 25 10 sacicgagctcg 8 10 10 saciigccgcggc tccccgcgggga 8 12 0 50 0 90 saligtcgacgtcaaaaggccatagcggccgc gcgtcgacgtcttggccatagcggccgcgg acgcgtcgacgtcggccatagcggccgcggaa 28 30 32 0 10 10 0 50 75 scaigagtactc aaaagtactttt 8 12 10 75 25 75 smaicccggg ccccgggg cccccggggg tcccccggggga 6 8 10 12 0 0 10 90

9、 10 10 50 90 speigactagtc ggactagtcc cggactagtccg ctagactagtctag 8 10 12 14 10 10 0 0 90 90 50 50 sphiggcatgcc catgcatgcatg acatgcatgcatgt 8 12 14 0 0 10 0 25 50 stuiaaggcctt gaaggccttc aaaaggcctttt 8 10 12 90 90 90 90 90 90 xbaictctagag gctctagagc tgctctagagca ctagtctagactag 8 10 12 14 0 90 75 75 0 90 90 90 xhoicct