pymol做圖簡(jiǎn)單教程

1、1. 將對(duì)接好的ligand和蛋白merge（好像每次只能用一個(gè)ligand和一個(gè)蛋白,否則pymol里會(huì) 把幾個(gè)ligand當(dāng)作一個(gè)2. Merge 后 export structure,存成 pdb 格式3. 在pymol中打開.pdb4. 在里面找出 ligand,點(diǎn) sele 的 A(action)/renameRe name這個(gè)liga nd,這里命名為lig5. 選 all,H(hide)everthing6. 選 lig， S(show)sticks7.2j50（就是那個(gè)蛋白）S/cartoon8. 在后面的color調(diào)整顏色，這里ligand選by element2j50 選

2、white(cyans Diranges 匕r t戶.Grayswhigr-ayQOei-oy70gray60I19. 下面顯示氫鍵，點(diǎn)擊 2j50 的 Action,選擇 find/polar contacks/to other atoms in object,氫鍵就出來(lái)了13 / 112J5021iS-2_pofiction4zoomorientcenterorigindreg rnatri3set cartoon_color white在改氫鍵的線型，在dash gap length width進(jìn)行調(diào)整把虛線改好看點(diǎn)Edit item and hit to sei valuedash_c

3、olorredd3sh_gapa. 15000dashength0.05000dash.raciuso.oaaoodash_roLnd_endsondBshwidth. 50000Stick也可以改細(xì)點(diǎn)xF匕13.電子密度1）首先，登陸搜索你的蛋白Welcome to the Electron Density Server at I ppsala UniversityEntjCT a PDR cade (4 characters): IJ-OSubmitOr enter j scorch string:rSflarcbClear2) dow nl oad mapsDownloadCoordin

4、ateslapsNil fileg3) 選 ccp4 格式,generate mapXutubr of reflections: ( Correlation coefiicient Fo md Fc :2j50. nap. ccp4在 pymol 里打開,在打開的.map,action/mesh,color/blue選中 lig,在 PyMOL輸入 isomesh map,2j50.map,2.0,sele,carve=1.6Electron-density7 map generation for 2j50format:3 Tvp亡 JxitiFo-DF匚審| | Generate map |fo CCP4CNS(Note: this mayr take a fei eZD , or many minute s, depending cm the size of your map J4)下載后解壓，重命名為*.map.ccp4II X I5)6)7）這樣就從原來(lái)的 map里iso出lig周圍的蛋白的電子密度，把2j50.map_mesh關(guān)了就可以 看見了然后再調(diào)整它的粗細(xì)mesh_tYpe me 由width minjnesh_spacing0.30000a.feooooALA，113GLU-211丿lMlVkirvJTPV jrLYS-162j電子