乳腺癌和肺癌基因檢測(cè)項(xiàng)目計(jì)劃書.doc

精品文檔 乳腺癌和肺癌基因檢測(cè)項(xiàng)目計(jì)劃書一 項(xiàng)目背景 乳腺癌是女性最常見的癌種，占女性惡性腫瘤的1/3，其發(fā)病率約為30/10萬(wàn)，即每年10萬(wàn)女性中有30位會(huì)患乳腺癌。男性也可患乳腺癌，但比例很低，男女比例約為1:100。遺傳性乳腺癌占全部乳腺癌的10%左右，而在遺傳性乳腺癌患者中，有50%左右是由于BRCA1、BRCA2基因突變所引起，30%是由ATM、BARD1、BRIP1、CDH1、CHEK2、MSH6、MRE11A、MUTYH、NBN、NF1、PALB2、PTEN、RAD50、RAD51C、STK11、TP53這16個(gè)基因突變所致。BRCA1、BRCA2基因主要功能是參與細(xì)胞DNA修復(fù)、蛋白降解、調(diào)節(jié)基因轉(zhuǎn)錄、調(diào)節(jié)細(xì)胞周期等，當(dāng)它們發(fā)生突變后，細(xì)胞不能進(jìn)行正常的生理活動(dòng)而發(fā)生惡性增殖，最終導(dǎo)致乳腺癌的發(fā)生。BRCA1、BRCA2基因突變的攜帶者一生患乳腺癌的幾率可能高于80%。因此，對(duì)有家族史的個(gè)體（也包括男性）進(jìn)行基因檢測(cè)有助于乳腺癌的早發(fā)現(xiàn)，早干預(yù)，早治療。 肺癌是肺部常見的惡性腫瘤，對(duì)人類健康和生命威脅最大的惡性腫瘤之一。在男性腫瘤中，肺癌發(fā)病率和死亡率均占所有惡性腫瘤的第一位，在女性腫瘤中，肺癌的發(fā)病率和死亡率屈居乳腺癌占第二位。 目前研究已發(fā)現(xiàn)有數(shù)十個(gè)基因與肺癌結(jié)腸癌的發(fā)生密切相關(guān)，而其中部分基因的突變又與靶向藥物治療的效果密切相關(guān)。如攜帶EGFR基因敏感突變的肺癌患者，接受吉非替尼（易瑞沙）治療療效顯著高于化療藥物，但這類敏感人群在歐美僅約10%，在中國(guó)也只有不到40%。又如，KRAS基因是腫瘤生長(zhǎng)信號(hào)通路中的一個(gè)關(guān)鍵基因，如果結(jié)腸癌患者是KRAS野生型，接受西妥昔單抗治療后，將近70%左右的患者會(huì)有明顯獲益，但如果患者攜帶KRAS耐藥突變，則獲益情況遠(yuǎn)不如傳統(tǒng)化療。因此，美國(guó)NCCN指南明確指出：患者在接受靶向藥物治療前應(yīng)進(jìn)行相關(guān)基因的檢測(cè)，據(jù)此確定是否適合用藥。因此，對(duì)潛在風(fēng)險(xiǎn)人群進(jìn)行基因檢測(cè)不僅有助于肺癌結(jié)腸癌的早發(fā)現(xiàn)早干預(yù)，對(duì)患者的靶向藥物治療也有重要的指導(dǎo)作用。二 市場(chǎng)調(diào)查 腫瘤的個(gè)性化用藥基因檢測(cè)是國(guó)家頒布的精準(zhǔn)醫(yī)療計(jì)劃重要的組成的部分，市場(chǎng)前景廣闊，在美國(guó)這項(xiàng)檢查已經(jīng)納入醫(yī)保計(jì)劃；在中國(guó)通過前期一些公司的市場(chǎng)宣傳市場(chǎng)接受度高，預(yù)計(jì)市場(chǎng)規(guī)模可以達(dá)到百億的規(guī)模。 市面上的主流二代測(cè)序公司都開展這項(xiàng)目，比較出名的是華大基因，達(dá)安基因，貝瑞和康，諾禾致源，上海伯豪，聯(lián)川基因等，這些公司基本上采用賣服務(wù)的商業(yè)模式，自己獲取標(biāo)本，自己測(cè)序和分析。三 技術(shù)路線1 總技術(shù)路線預(yù)約取樣簽訂知情同意書，繳費(fèi)檢測(cè)前咨詢 提取DNA 出具檢測(cè)報(bào)告數(shù)據(jù)分析 上機(jī)測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建 2. 技術(shù)細(xì)節(jié) 目前市場(chǎng)上有多種商業(yè)化的乳腺癌和肺癌基因檢測(cè)試劑盒， 比如：1. 貝瑞和康公司貝瑞和康的 BRCA1/2、PTEN、TP53基因突變檢測(cè)試劑盒基于目標(biāo)捕獲技術(shù)，檢測(cè)人類樣本中BRCA1/2、PTEN、TP53這4個(gè)遺傳性婦科腫瘤相關(guān)基因的全部外顯子區(qū)域 貝瑞和康cSMART腫瘤基因突變檢測(cè)試劑盒用于非小細(xì)胞肺癌基因突變檢測(cè) ，它采用貝瑞和康專利的 cSMART技術(shù)，通過對(duì)外周血或腫瘤組織樣本中的DNA片段進(jìn)行標(biāo)記、環(huán)化、擴(kuò)增和高通量測(cè)序，并采用獨(dú)特的生物信息學(xué)分析方法，能夠準(zhǔn)確、定量地分析樣本所攜帶的多種突變，檢測(cè)靈敏度達(dá)3/10000，可協(xié)助醫(yī)生為患者篩選靶向藥物。 2 聯(lián)川生物 聯(lián)川生物公司的 VariantProTMLung and Colon Cancer Panel試劑盒并結(jié)合高通量測(cè)序平臺(tái)，能快速地對(duì)肺癌結(jié)腸癌22個(gè)基因的熱點(diǎn)和靶向區(qū)域進(jìn)行檢測(cè)，覆蓋肺癌結(jié)腸癌22個(gè)基因的熱點(diǎn)和靶向區(qū)域：KRAS, EGFR, BRAF, PIK3CA, AKT1, ERBB2, PTEN, NRAS, STK11, MAP2K1, ALK, DDR2, CTNNB1, MET, TP53, SMAD4, FBXW7, FGFR3, NOTCH1, ERBB4, FGFR1, FGFR2 聯(lián)川生物的VariantProTMBRCA1 and BRCA2 Panel試劑盒并結(jié)合高通量測(cè)序平臺(tái)，能快速地對(duì)BRCA1和BRCA2基因全部突變區(qū)域進(jìn)行檢測(cè) 從前期技術(shù)磨合的考慮，可以購(gòu)買商業(yè)化成熟的試劑盒，減少摸索的時(shí)間。 四 項(xiàng)目周期 目前市場(chǎng)上主流的公司項(xiàng)目周期都是15天。 前期樣本準(zhǔn)備 1天 文庫(kù)的構(gòu)建 5天 上機(jī)測(cè)序 4天 數(shù)據(jù)分析 4天 解讀報(bào)告 1天五 項(xiàng)目所需的儀器 實(shí)驗(yàn)儀器主要用途制冰機(jī)制冰電冰箱試劑的儲(chǔ)存高速臺(tái)式離心機(jī)試劑的離心Mini式離心機(jī)瞬離試劑旋渦式混合振蕩器混勻試劑電子分析天平試劑的稱量核酸檢測(cè)儀核酸純度和濃度的檢測(cè)PCR儀PCR電泳儀和水平電泳槽瓊脂糖凝膠電泳凝膠成像儀核酸瓊脂糖凝膠電泳的檢測(cè)和分析蒸汽式高壓濕熱消毒器試劑、實(shí)驗(yàn)耗材及用具的消毒電熱鼓風(fēng)干燥箱實(shí)驗(yàn)用品的干燥恒溫水浴鍋提供恒溫環(huán)境電腦用于數(shù)據(jù)分析第二代測(cè)序儀測(cè)序 六 項(xiàng)目成本 本次實(shí)驗(yàn)所用到的試劑和耗材的價(jià)格表如下：以乳腺癌基因檢測(cè)為例： 名稱單價(jià) 規(guī)格 做一次實(shí)驗(yàn)的用量 每次實(shí)驗(yàn)的價(jià)格全血基因組提取試劑盒1500元天根公司，200次/盒一個(gè)反應(yīng) 7.5元采血針1元個(gè)1個(gè) 1元采血費(fèi)3元次1次 3元瓊脂糖粉70元索萊寶公司 10g/瓶1g 7元文庫(kù)構(gòu)建試劑盒（12人份）3600元聯(lián)川生物1個(gè)反應(yīng) 300元1.5mlLEP管50元1袋/500個(gè)10個(gè) 1元 目前市場(chǎng)上乳腺