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畢業(yè)設(shè)計(jì)外文資料翻譯題 目 山東省統(tǒng)計(jì)學(xué)會官方網(wǎng)站的設(shè)計(jì)與實(shí)現(xiàn) 學(xué) 院 XX 專 業(yè) XX 班 級 XX 學(xué) 生 XX 學(xué) 號 XX 指導(dǎo)教師 XX 二一年 六 月 五 日- 6 -可擴(kuò)展的開放源碼內(nèi)容管理系統(tǒng)和框架：一組生物信息學(xué)解決方案Sean D. Mooney and Peter H 摘要A common challenge for bioinformaticians, in either academic 這是一個(gè)為生物信息學(xué)家的學(xué)術(shù)或行業(yè)實(shí)驗(yàn)室環(huán)境提出的共同的挑戰(zhàn)，它提供了一套基于B/S的解決方案。近日，開源社區(qū)開始開發(fā)建設(shè)和維護(hù)Web應(yīng)用程序的許多學(xué)科的工具。這些內(nèi)容管理系統(tǒng)（CMS）提供的一組信息學(xué)的許多基本需要，無論是小公司，在一個(gè)更大的組織或一個(gè)學(xué)術(shù)實(shí)驗(yàn)室小組。這些管理軟件開發(fā)，網(wǎng)站開發(fā)，文檔開發(fā)，課程開發(fā)，數(shù)據(jù)集，協(xié)作和客戶工具的幫助。由于這些工具有不少是擴(kuò)展的，他們可以開發(fā)，以支持諸如處理大型數(shù)據(jù)集或部署bioanalytic生物醫(yī)學(xué)等研究工具的具體活動。在這個(gè)開放源碼的審查網(wǎng)站管理工具，內(nèi)容管理系統(tǒng)的基本特征進(jìn)行了討論隨著常用的開源軟件。此外，他們在生物醫(yī)學(xué)研究中使用的一些實(shí)例。Keywords: content management system, CMS, laboratory information management system, LIMS, website design, data management, open source software 關(guān)鍵詞：內(nèi)容管理系統(tǒng)，CMS，實(shí)驗(yàn)室信息管理系統(tǒng)，LIMS，網(wǎng)站設(shè)計(jì)，數(shù)據(jù)管理，開放源碼軟件 INTRODUCTION 引言 In general, content一般而言，用內(nèi)容管理系統(tǒng)（CMS）的軟件工具來管理網(wǎng)頁和網(wǎng)站。我們的社會的對CMS工具的想法，他們往往認(rèn)為，如維基的mediawiki。事實(shí)上，社區(qū)驅(qū)動的數(shù)據(jù)庫注釋的使用已吸引了許多科學(xué)的興趣。但是，也有許多開源工具，交換內(nèi)容，發(fā)展社區(qū)推動知識和維護(hù)網(wǎng)站。這些系統(tǒng)提供了一個(gè)有用的工具和插件，可以解決幾乎所有的管理任務(wù)繁多。選擇其他的許多此前已書面審查，在這里我們提供一個(gè)在內(nèi)容管理系統(tǒng)如何可用于促進(jìn)生物醫(yī)學(xué)研究人員的最新審查工作的重點(diǎn)。 The content in CMS is defined rather loosely;在CMS內(nèi)容的界定比較松散，但是，大部分系統(tǒng)作為例子，考慮以下各項(xiàng)內(nèi)容：傳統(tǒng)的網(wǎng)頁，維基，論壇，社交網(wǎng)絡(luò)，項(xiàng)目管理，文檔管理和組（表1）。一個(gè)特別有用的流行的開源CMS的工具方面是他們的可擴(kuò)展和模塊化設(shè)計(jì)，新內(nèi)容的能力的發(fā)展允許。這種特性使網(wǎng)絡(luò)編程知識群體與發(fā)展，而不必維持基本的網(wǎng)絡(luò)架構(gòu)，其群體定制應(yīng)用。 Table 1: Types of CMS 表1：CMS類型 Description 描述 Document management systems 文件管理系統(tǒng) Management of documents, often includes version control 文件管理，通常包括版本控制 Groupware 群件 Tools for managing collaborative projects in groups or teams. 工具管理或團(tuán)隊(duì)的協(xié)作項(xiàng)目組。 Can include mailing lists, calendars, contact lists and group-based content access control 可以包括郵件列表，日歷，聯(lián)系人名單和基于組的內(nèi)容訪問控制 Blogs 博客 Published text that commonly becomes the root of a discussion thread 發(fā)布的文本通常成為線程根討論 Forums 論壇 Discussion thread management 線程管理的探討 e-Commerce 電子商務(wù) Management of online sales and customers 在線銷售管理和客戶 e-Learning 電子學(xué)習(xí) Management of curriculum materials and courses, often called learning management systems (LMS) 課程管理和課程材料，通常被稱為學(xué)習(xí)管理系統(tǒng)（LMS） Image galleries 圖像畫廊 Management of image galleries 管理圖像畫廊 Wikis 維基 Collaboratively developed webpages and related content 合作開發(fā)的網(wǎng)頁和相關(guān)內(nèi)容 Portals 門戶網(wǎng)站 Traditional CMS tools that manage basic web portals, and often support some of the features above 傳統(tǒng)合作醫(yī)療管理的基本工具，門戶網(wǎng)站，并往往支持一些特點(diǎn)上述 This is a list of the most commonly used CMS applications or stand-alone tools One of the benefits of CMS tools is that they facilitate website CMS工具的好處之一是，他們的網(wǎng)站和內(nèi)容維護(hù)方便，允許在發(fā)展集團(tuán)放到實(shí)際的科學(xué)發(fā)展their needs更加努力，而不是在虛擬（認(rèn)證，授權(quán)等）行政需要。雖然內(nèi)容管理系統(tǒng)提供了簡化行政和系統(tǒng)的一些任務(wù)的免維護(hù)發(fā)展水平，他們不是沒有警告和多種選擇可以選擇一個(gè)CMS困難。這進(jìn)一步復(fù)雜化，這些系統(tǒng)的安全性并不總是最多的生物醫(yī)學(xué)研究組組所需的信息，以便選擇之前必須先了解一個(gè)系統(tǒng)的安全水平。 These tools are increasingly being used in biomedical research 這些工具越來越多地被用在生物醫(yī)學(xué)研究環(huán)境作為這兩個(gè)應(yīng)用程序來管理數(shù)據(jù)和科研實(shí)驗(yàn)室管理公司內(nèi)網(wǎng)系統(tǒng)，如會議和文件的需要。生物信息學(xué)服務(wù)提供者可以發(fā)現(xiàn)，合作醫(yī)療可以提供一個(gè)有吸引力的替代種植自己在家中或使用昂貴的網(wǎng)絡(luò)基礎(chǔ)設(shè)施的實(shí)驗(yàn)室信息管理系統(tǒng)（LIMS系統(tǒng)）。Popular open source CMS programming languages and software流行的開源CMS的編程語言和軟件這里討論的最低級的解決方案是內(nèi)容管理框架（CMF）。這些通常是一個(gè)擴(kuò)展的編程語言和網(wǎng)站開發(fā)一個(gè)應(yīng)用程序編程接口（API）。 CMF一般是數(shù)據(jù)庫驅(qū)動，可以提供任何CMS的功能高效發(fā)展。 CMF的是一個(gè)常用的Zope（/），例如成立一個(gè)開源的Python編程語言和Zope的公共許可證的基礎(chǔ)。 Zope提供了強(qiáng)大的API，它已被作為完整的CMS應(yīng)用，包括Plone中（如下所述）的基礎(chǔ)。 Ruby on Rails的（/）是另一種工具，像Zope的，是一個(gè)開放源碼（在MIT許可和紅寶石許可證計(jì)算）的網(wǎng)絡(luò)門戶和內(nèi)容管理應(yīng)用的開發(fā)CMF的。另一個(gè)框架，Struts2的（/），是得益于前兩個(gè)框架的合并，現(xiàn)在最近由Apache軟件基金會管理。這個(gè)Java為基礎(chǔ)的框架匯集了其前輩最好的：WebWork和Struts的。 CakePHP的（/）是另一種選擇是為PHP開發(fā)人員有用。有許多可用的Web框架，一個(gè)比較可以在維基百科（/wiki/Comparison_of_web_application_frameworks）。A higher level approach appropriate for non-developers and those 較高水平的方法是針對非開發(fā)適當(dāng)和那些愿意延長現(xiàn)有的全面的系統(tǒng)是一個(gè)CMS應(yīng)用程序。這些都是一般的全功能，并易于使用的基于Web的安裝程序。與現(xiàn)有的Apache Web服務(wù)器，MySQL數(shù)據(jù)庫和超級用戶訪問，提交人可以安裝這些系統(tǒng)的幾個(gè)，每個(gè)不到一小時(shí)的時(shí)間。最簡單的CMS應(yīng)用是單一的，完整的和基于網(wǎng)絡(luò)的，如維基和博客。這些工具是非?？茖W(xué)和學(xué)術(shù)環(huán)境有益的，但可能與其他內(nèi)容管理系統(tǒng)的應(yīng)用缺乏互操作性。這些應(yīng)用的一個(gè)重要群體是文檔管理系統(tǒng)（DMS），提供基于Web的文檔管理。 KnowledgeTree（韓國電信，/）是一個(gè)文件管理工具，具有版本控制功能類似CVS的代碼管理工具（/cvs/）和易于使用的網(wǎng)絡(luò)接口。根據(jù)KnowledgeTree牌照許可，它是開源的，但對于網(wǎng)絡(luò)的布局，包括強(qiáng)制性的使用和標(biāo)識及版權(quán)聲明幾個(gè)位置的要求。 KT公司的最有用的功能之一是它能夠申請的工作流程。這些工作流程能夠?qū)ξ募娃D(zhuǎn)換文件，確定如何通過創(chuàng)建國家移動狀態(tài)。國家可以控制的權(quán)限和行動可以被定義適用于外部開發(fā)插件。工作流程可以用來方便地對文件的審查，出版的地位，甚至同一個(gè)外部應(yīng)用程序的幫助下，數(shù)據(jù)分析。另一個(gè)非常流行的開源工具的mediawiki（/wiki/MediaWiki），是僅次于著名的維基百科（/）基于PHP的軟件。的mediawiki提供了易于管理的，社區(qū)驅(qū)動的網(wǎng)頁內(nèi)容。的mediawiki網(wǎng)站不一定要公開的信息;與插件，組級訪問控制可用。這些工具都很受歡迎，值得如此受歡迎。內(nèi)容管理系統(tǒng)新一輪的發(fā)展都集中在可擴(kuò)展性提供了基礎(chǔ)，提供了互操作性框架的工具的功能上面。對于用戶來說，這意味著維基網(wǎng)頁，博客帖子，和組日歷可以緊密集成。幾種常用的工具是這里描述的，這些都為2006年年底Packt開源CMS大獎（/award決賽）。一般來說，這些工具各有半自動化安裝腳本，使得安裝非常容易。要安裝下列工具之一，壓縮的源文件到一個(gè)網(wǎng)頁上的活樹目錄壓縮，權(quán)限設(shè)置，使這些頁面由Web瀏覽器寫入瀏覽器后，引導(dǎo)到目錄您按照說明操作。網(wǎng)頁的權(quán)限可能需要重新設(shè)置和安裝材料可能需要被刪除。Drupal的（/）是目前最流行的開源CMS的工具之一。經(jīng)常為社區(qū)驅(qū)動的網(wǎng)站使用，它運(yùn)行網(wǎng)站等大眾媒體作為的洋蔥（/）和不是它酷新聞（/） 。像許多其他項(xiàng)目，Drupal是建立在Apache，MySQL和PHP和可擴(kuò)展使用模塊。獨(dú)特的和有用的模塊，可數(shù)百，使它非常靈活。樹是一個(gè)模塊在Drupal網(wǎng)站（/project/Modules可用）。的Xoops（/）Drupal的一樣，是建基于PHP和MySQL的GPL許可下。它的名字是一個(gè)縮寫，代表可擴(kuò)展的面向?qū)ο箝T戶系統(tǒng)。 XOOPS的很好的支持，但也有少比為Drupal模塊可用。 e107（）是另一個(gè)開源CMS的授權(quán)下在PHP的GPL和發(fā)展。模塊被稱為插件，這似乎已經(jīng)對這里討論的所有工具插件最少數(shù)目。 Plone中（/）是建立在前面描述的CMF的，Zope的。 Plone中有許多插件，是衍生工具，包括幾個(gè)開放式的教育課件管理系統(tǒng)，eduCommons（/projects/educommons/）的基礎(chǔ)。 Joomla（/），在2006年年底Packt不育系獎得主，是另一個(gè)開源CMS的后裔：曼波。 Joomla支持模塊，叫做插件，可以在PHP開發(fā)，并已自動化元件，模塊和軟件包安裝腳本，使合作醫(yī)療管理的網(wǎng)頁完全驅(qū)動。根據(jù)我們的經(jīng)驗(yàn)，有良好的Drupal和Joomla是一個(gè)值得支持和解決方案，一組用PHP的經(jīng)驗(yàn)，同時(shí)具有良好的Plone適合Python的經(jīng)驗(yàn)群體。電子學(xué)習(xí)或?qū)W習(xí)管理系統(tǒng)（LMS）的工具的開發(fā)和課程的教學(xué)。學(xué)習(xí)管理系統(tǒng)的應(yīng)用管理，課程管理，所有相關(guān)課程的內(nèi)容。一種流行的開源工具，用于這個(gè)目的是Moodle（/），一GPL授權(quán)的課程管理系統(tǒng)在Linux，Apache和PHP的基礎(chǔ)。 Moodle支持活動單元和資源來建設(shè)課程。活動包括論壇和聊天室，作業(yè)，測驗(yàn)，問卷調(diào)查等。資源是內(nèi)容對象的一門課程，包括文本或網(wǎng)頁和外部的聯(lián)系。 Moodle是很好的支持與（根據(jù)他們的網(wǎng)站），超過150萬名注冊用戶，2200多萬個(gè)和160個(gè)國家75種語言的網(wǎng)站。另一個(gè)常用的，顯著工具的ATutor（http:/www.atutor.ca/），一GPL授權(quán)的LMS即再次，基于PHP和MySQL。順便說，值得注意的是，它的主要工具企業(yè)提供的LMS，黑板，對許多方面的LMS工具專利。他們最近承諾不執(zhí)行其專利對開源項(xiàng)目的LMS（/）。有這么多的選擇等許多獨(dú)特的問題需要解決，這是很難選擇一個(gè)應(yīng)用程序，尤其是當(dāng)多個(gè)選項(xiàng)中的首選編程語言存在不育系恰當(dāng)。表2總結(jié)了開放源碼的內(nèi)容描述在這里系統(tǒng)。表2：常用開源網(wǎng)站和內(nèi)容管理工具列出其網(wǎng)頁工具類型的網(wǎng)址工具類型網(wǎng)址ZopeCMF/Ruby on RailsCMF/CakePHPCMF/MediaWikiWiki/wiki/MediaWikiKnowledgeTreeDMS/DrupalCMS/JoomlaCMS/e107CMS/XoopsCMS/PloneCMS/Moodlee-Learning/ATutore-Learninghttp:/www.atutor.ca/eduCommonse-Learning/projects/educommons/CMS越來越廣泛地使用在管理網(wǎng)頁內(nèi)容。這些工具提供了基于網(wǎng)絡(luò)的工具，更易于管理，更可擴(kuò)展平臺的建設(shè)，超過傳統(tǒng)的家庭建造的網(wǎng)絡(luò)工具靈活。這是難以作出建議，其工具是最好的，或某個(gè)應(yīng)用的最有用的。一個(gè)用戶的開發(fā)語言和平臺的偏好通常是最大的決定因素，其中的工具來使用。如果組是在Python編程語言的經(jīng)驗(yàn)，Zope的似乎是一個(gè)從頭開發(fā)一個(gè)應(yīng)用程序很好的選擇，而Plone的將是擴(kuò)展現(xiàn)有不育系有用。如果組是在PHP中，經(jīng)驗(yàn)豐富的Drupal或Joomla是很好的支持，并積極的社區(qū)。此外，Ruby on Rails是一個(gè)很好的支持，并活躍的社區(qū)。對于具體的應(yīng)用，KnowledgeTree是一個(gè)杰出的管理事務(wù)司，MediaWiki是一個(gè)優(yōu)秀，良好支持維基工具，Moodle是一個(gè)互相支持的電子學(xué)習(xí)工具。所有這些都是建立在PHP中。我們希望，這引進(jìn)提供了最流行的CMS工具有用的概述，描述了他們的共同特點(diǎn)，并提出了一些的CMS可以在生物醫(yī)學(xué)研究的應(yīng)用途徑。如果我們的社會將支持研究人員的一個(gè)或幾個(gè)良好支持CMS的工具，以造福社會的發(fā)展將是很大的擴(kuò)展，并降低成本和開發(fā)Web應(yīng)用程序所需的時(shí)間。B y x yu li yu gungfn d shyng zi gunl wngy nirng. Zhxi gngj tgng le jy wnglu de gngj, gng yy gunl, gng k kuzhn pngti de jinsh, chogu chuntng de jitng jinzo de wnglu gngj lnghu. Zh sh nny zuch jiny, q gngj sh zu ho de, hu mu g yngyng de zu yuyng de. Yg yngh de kif yyn h pngti de pinho tngchng sh zud de judng yns, qzhng de gngj li shyng. Rgu z sh zi Python binchng yyn de jngyn,Zope de sh sh yg cngtu kif yg yngyng chngx hn ho de xunz, r Plone de jing sh kuzhn xin yu b y x yuyng. Rgu z sh zi PHP zhng, jngyn fngf de Drupal hu Joomla sh hn ho de zhch, bng jj de shq. Cwi,Ruby on Rails sh yg hn ho de zhch, bng huyu de shq. Duy jt de yngyng,KnowledgeTree sh yg jich de gunl shw s,MediaWiki sh yg yuxi, lingho zhch wij gngj,Moodle sh yg hxing zhch de dinz xux gngj. Suyu zhxi du sh jinl zi PHP zhng. Wmen xwng, zh ynjn tgng le zu lixng de CMS gngj yuyng de gish, miosh le tmen de gngtng tdin, bng tch le yxi de CMS ky zi shngw yxu ynji de yngyng tjng. Rgu wmen de shhu jing zhch ynji rnyun de yg hu j g lingho zhch CMS de gngj, y zof shhu de f zhn jing sh hn d de kuzhn, bng jingd chngbn h kif Web yngyng chngx su x de shjin.致謝肖恩四穆尼，是醫(yī)學(xué)博士和分子遺傳學(xué)的計(jì)算生物學(xué)和生物信息學(xué)中心助理教授，印第安納大學(xué)醫(yī)學(xué)院。他的研究興趣集中于發(fā)展生物信息學(xué)方法對了解人類疾病的分子原因。 張學(xué)良Bae