Polyphen2和SIFT教程.ppt

用Polyphen2和SIFT進行突變/SNP功能預測,三個網(wǎng)址,Polyphen2： /pph2/ SIFT： / 以上兩個在線應用的軟件，主要對SNP以及點突變進行功能預測，但預測限于錯義突變，其他無義突變（突變?yōu)榻K止密碼）、堿基缺失、插入所造成的框移突變，以及起始密碼子的突變均不可以預測！ Uniport database： / 這個網(wǎng)址用于查找蛋白質(zhì)序列和獲取FASTA格式,數(shù)據(jù)準備,兩個網(wǎng)站均為在線提交數(shù)據(jù)，提交的數(shù)據(jù)文件格式可有以下兩種： 第一種為蛋白質(zhì)的氨基酸序列，按照FASTA格式編寫 第二種為蛋白質(zhì)在Uniport database中的ID,獲取蛋白質(zhì)序列或ID,可以在NCBI中查找，也可以直接在Uniport database中查找,此處填寫蛋白質(zhì)名稱,查詢結(jié)果,仔細核對以上數(shù)據(jù)，ID就是所在polyphen2中需要號碼，以human DAX-1為例，ID為P51843,ID,蛋白質(zhì)名稱,種屬,點擊所需要的蛋白質(zhì)ID鏈接，在出現(xiàn)的頁面中可以詳細查看DAX-1的信息，再次核對是否正確，注意右上角的幾列標簽，如圖,點擊，獲取FASTA格式數(shù)據(jù)，此數(shù)據(jù)可能會被下載，下載后可以用記事本程序打開，或者有時會在瀏覽器中直接打開，可以將其中數(shù)據(jù)全部復制備用，下方即是打開的FASTA數(shù)據(jù)，最上面是蛋白質(zhì)的信息（含ID、名稱、種屬），下方是氨基酸序列,sp|P51843|NR0B1_HUMAN Nuclear receptor subfamily 0 group B member 1 OS=Homo sapiens GN=NR0B1 PE=1 SV=2 MAGENHQWQGSILYNMLMSAKQTRAAPEAPETRLVDQCWGCSCGDEPGVGREGLLGGRNV ALLYRCCFCGKDHPRQGSILYSMLTSAKQTYAAPKAPEATLGPCWGCSCGSDPGVGRAGL PGGRPVALLYRCCFCGEDHPRQGSILYSLLTSSKQTHVAPAAPEARPGGAWWDRSYFAQR PGGKEALPGGRATALLYRCCFCGEDHPQQGSTLYCVPTSTNQAQAAPEERPRAPWWDTSS GALRPVALKSPQVVCEAASAGLLKTLRFVKYLPCFQVLPLDQQLVLVRNCWASLLMLELA QDRLQFETVEVSEPSMLQKILTTRRRETGGNEPLPVPTLQHHLAPPAEARKVPSASQVQA IKCFLSKCWSLNISTKEYAYLKGTVLFNPDVPGLQCVKYIQGLQWGTQQILSEHTRMTHQ GPHDRFIELNSTLFLLRFINANVIAELFFRPIIGTVSMDDMMLEMLCTKI,Polyphen2應用,進入網(wǎng)站：/pph2/,在這里以我們以前發(fā)現(xiàn)的DAX-1 L262P這個突變舉例，在紅框出填入已經(jīng)查到的ID，下方FASTA數(shù)據(jù)可以不用輸；綠框中輸入突變氨基酸位置；在AA1中選擇L，AA2中選擇突變后的P，最后點Submit,運行畫面,每隔5-10秒點refresh刷新頁面，直至Results中出現(xiàn)View，然后點擊View,結(jié)果,一般突變預測看第二條圖HumVar的結(jié)果，分數(shù)越接近1.0，損害可能越大，越接近0，損害可能性越?。航Y(jié)果分為benign，possibly damaging以及probably damaging 注：possibly為有可能，probably為很可能,練習,小常所發(fā)現(xiàn)的SF-1基因一處SNP：G146A，請用Polyphen2 進行預測，蛋白質(zhì)功能是否受到影響？ 最后結(jié)果,SIFT,進入網(wǎng)站：/ 在single protein tools中找到SIFT sequence，點擊打開進入數(shù)據(jù)提交新頁面,填入自己email，SIFT運算時間在20min左右，你可以等，也可以讓他把郵件發(fā)送過來,蛋白質(zhì)FASTA數(shù)據(jù)，將下載好的蛋白質(zhì)Fasta數(shù)據(jù)上傳即可,或者將用記事本或瀏覽器打開的Fasta數(shù)據(jù)copy至此數(shù)據(jù)框中，蛋白質(zhì)序列可以截選，但必須有第一行的蛋白質(zhì)信息數(shù)據(jù),此處填蛋白質(zhì)突變或SNP位點信息，如S578N，L262P，G146A等,SIFT預測AR S578N功能變化,在Uniport中搜索Androgen Receptor，下載FASTA數(shù)據(jù)，如下圖為瀏覽器打開后的結(jié)果,sp|P10275|ANDR_HUMAN Androgen receptor OS=Homo sapiens GN=AR PE=1 SV=2 MEVQLGLGRVYPRPPSKTYRGAFQNLFQSVREVIQNPGPRHPEAASAAPPGASLLLLQQQ QQQQQQQQQQQQQQQQQQETSPRQQQQQQGEDGSPQAHRRGPTGYLVLDEEQQPSQPQSA LECHPERGCVPEPGAAVAASKGLPQQLPAPPDEDDSAAPSTLSLLGPTFPGLSSCSADLK DILSEASTMQLLQQQQQEAVSEGSSSGRAREASGAPTSSKDNYLGGTSTISDNAKELCKA VSVSMGLGVEALEHLSPGEQLRGDCMYAPLLGVPPAVRPTPCAPLAECKGSLLDDSAGKS TEDTAEYSPFKGGYTKGLEGESLGCSGSAAAGSSGTLELPSTLSLYKSGALDEAAAYQSR DYYNFPLALAGPPPPPPPPHPHARIKLENPLDYGSAWAAAAAQCRYGDLASLHGAGAAGP GSGSPSAAASSSWHTLFTAEEGQLYGPCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGEAGAVAPY GYTRPPQGLAGQESDFTAPDVWYPGGMVSRVPYPSPTCVKSEMGPWMDSYSGPYGDMRLE TARDHVLPIDYYFPPQKTCLICGDEASGCHYGALTCGSCKVFFKRAAEGKQKYLCASRND CTIDKFRRKNCPSCRLRKCYEAGMTLGARKLKKLGNLKLQEEGEASSTTSPTEETTQKLT VSHIEGYECQPIFLNVLEAIEPGVVCAGHDNNQPDSFAALLSSLNELGERQLVHVVKWAK ALPGFRNLHVDDQMAVIQYSWMGLMVFAMGWRSFTNVNSRMLYFAPDLVFNEYRMHKSRM YSQCVRMRHLSQEFGWLQITPQEFLCMKALLLFSIIPVDGLKNQKFFDELRMNYIKELDR IIACKRKNPTSCSRRFYQLTKLLDSVQPIARELHQFTFDLLIKSHMVSVDFPEMMAEIIS VQVPKILSGKVKPIYFHTQ,此為第一行蛋白質(zhì)信息，如果采用copy至數(shù)據(jù)輸入框，而不是采用文件上傳方法，紅框中數(shù)據(jù)必須黏貼進輸入框，而后面的蛋白質(zhì)序列只需黏貼需要部分,注意：一般來說用文件上傳方法比較簡單，但SIFT對氨基酸序列有要求，大于500的氨基酸序列不能分析，故像AR這種有919個AA的就不能采用直接上傳模式，而要將氨基酸序列裁剪過后按Fasta格式黏貼至數(shù)據(jù)框中,sp|P10275|ANDR_HUMAN Androgen receptor OS=Homo sapiens GN=AR PE=1 SV=2 MEVQLGLGRVYPRPPSKTYRGAFQNLFQSVREVIQNPGPRHPEAASAAPPGASLLLLQQQ QQQQQQQQQQQQQQQQQQETSPRQQQQQQGEDGSPQAHRRGPTGYLVLDEEQQPSQPQSA LECHPERGCVPEPGAAVAASKGLPQQLPAPPDEDDSAAPSTLSLLGPTFPGLSSCSADLK DILSEASTMQLLQQQQQEAVSEGSSSGRAREASGAPTSSKDNYLGGTSTISDNAKELCKA VSVSMGLGVEALEHLSPGEQLRGDCMYAPLLGVPPAVRPTPCAPLAECKGSLLDDSAGKS TEDTAEYSPFKGGYTKGLEGESLGCSGSAAAGSSGTLELPSTLSLYKSGALDEAAAYQSR DYYNFPLALAGPPPPPPPPHPHARIKLENPLDYGSAWAAAAAQCRYGDLASLHGAGAAGP GSGSPSAAASSSWHTLFTAEEGQLYGPCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGEAGAVAPY GYTRPPQGLAGQESDFTAPDVWYPGGMVSRVPYPSPTCVKSEMGPWMDSYSGPYGDMRLE TARDHVLPIDYYFPPQKTCLICGDEASGCHYGALTCGSCKVFFKRAAEGKQKYLCASRND CTIDKFRRKNCPSCRLRKCYEAGMTLGARKLKKLGNLKLQEEGEASSTTSPTEETTQKLT VSHIEGYECQPIFLNVLEAIEPGVVCAGHDNNQPDSFAALLSSLNELGERQLVHVVKWAK ALPGFRNLHVDDQMAVIQYSWMGLMVFAMGWRSFTNVNSRMLYFAPDLVFNEYRMHKSRM YSQCVRMRHLSQEFGWLQITPQEFLCMKALLLFSIIPVDGLKNQKFFDELRMNYIKELDR IIACKRKNPTSCSRRFYQLTKLLDSVQPIARELHQFTFDLLIKSHMVSVDFPEMMAEIIS VQVPKILSGKVKPIYFHTQ,我們需要先編輯FASTA數(shù)據(jù)，在記事本中打開，首先找到第578位的S（紅色標出），因為SIFT最佳預測大小為300-400左右的氨基酸序列，那么我們將之前的400個氨基酸刪除（藍色部分），那么我們的突變位點就從S578N變?yōu)镾178N，最后將末尾的139個氨基酸也一并刪除（咖啡色），保留中間389個氨基酸，加上第一行的蛋白質(zhì)信息，這就是我們需要提交的數(shù)據(jù),將剛才編輯好的數(shù)據(jù)填入這個框中（之前介紹過這個數(shù)據(jù)輸入框）,此框中填入突變信息S178N,頁面中其他選項保持默認就可以，一般不需要更改，最后提交就可以,OK！,現(xiàn)在大家可以泡杯咖啡或茶，聊聊天，過個5-10分鐘就可以出結(jié)果，一般不超過20分鐘，如果出錯，會有錯誤信息提示給你。如果你填好了郵箱，也可以不必等，過一會收郵件就可以。,結(jié)果會有一堆英文，看了頭痛，直接找到Scaled Probabilities for Entire Protein和Predictions of substitutions entered兩處鏈接，分別點擊進去。 Scaled Probabilities for Entire Protein給出了所提交氨基酸每個位點發(fā)生突變后的計算分數(shù)，只要分數(shù)小于0.05就認為可能影響到蛋白質(zhì)功能 而Predictions of substitutio