利用基因芯片檢測(cè)基因的差異表達(dá)虛擬仿真實(shí)驗(yàn)操作手冊(cè)

利用基因芯片檢測(cè)基因的差異表達(dá)

虛擬仿真實(shí)驗(yàn)操作手冊(cè)

(V1.0)

宇馨科括

YlXINTECHNOIXX；'

目錄

1.背景概述1

2.系統(tǒng)登錄...........................................................1

3.實(shí)驗(yàn)預(yù)習(xí)模塊.......................................................2

4.實(shí)驗(yàn)介紹模塊.......................................................3

5.實(shí)驗(yàn)操作模塊.......................................................5

6.實(shí)驗(yàn)評(píng)價(jià)模塊......................................................19

7.實(shí)驗(yàn)報(bào)告模塊......................................................20

1.背景概述

“利用基因芯片檢測(cè)基因的差異表達(dá)虛擬仿真實(shí)驗(yàn)”是基于分子生物學(xué)核心實(shí)驗(yàn)課程進(jìn)

行設(shè)計(jì)開發(fā)，基因芯片檢測(cè)基因的差異表達(dá)，盡管是科研領(lǐng)域常用的檢測(cè)手段，但受限于硬

件設(shè)備的限制，教學(xué)尚未開展此實(shí)驗(yàn)，本著科研向教學(xué)的方向轉(zhuǎn)化，結(jié)合“以虛補(bǔ)實(shí)”的仿

真教學(xué)宗旨，故我院針對(duì)此實(shí)驗(yàn)進(jìn)行仿真開發(fā)。仿真軟件不僅彌補(bǔ)了教學(xué)方面的空白，同時(shí)

也滿足了學(xué)生隨時(shí)隨地的進(jìn)行操作實(shí)習(xí)的需求，而不再受困于場(chǎng)地和設(shè)備的局限，也豐富了

教師的教學(xué)手段。為人才培養(yǎng)目標(biāo)的實(shí)現(xiàn)起到了保駕護(hù)骯的作用！

2.系統(tǒng)登錄

>在文件夾或者桌面雙擊軟件程序圖標(biāo)4利用基因芯片檢測(cè)基因的差異表達(dá)虛擬仿…打開進(jìn)

入系統(tǒng)界面；

>在系統(tǒng)登錄界面輸入對(duì)應(yīng)賬號(hào)（admin）和密碼（123456）,點(diǎn)擊登錄系統(tǒng)。

e利用哂片片愴JI"因3M!異衰達(dá)5a仿K矣蛉-X

>系統(tǒng)登錄成功后將直接跳轉(zhuǎn)到軟件模塊登錄接口界面（若無法進(jìn)入該界面或無法登陸等

情況請(qǐng)于技術(shù)人員聯(lián)系）；登陸成功界面如圖所示：

利用a田芯片例娼團(tuán)的m口*達(dá)吶6亶=驗(yàn)

3.實(shí)驗(yàn)預(yù)習(xí)紹模塊

實(shí)驗(yàn)預(yù)習(xí)模塊包括：實(shí)驗(yàn)?zāi)康?、?shí)驗(yàn)原理、實(shí)驗(yàn)儀器設(shè)備、實(shí)驗(yàn)材料、實(shí)驗(yàn)步驟和實(shí)驗(yàn)注意

事項(xiàng)等內(nèi)容。

>點(diǎn)擊進(jìn)入“實(shí)驗(yàn)預(yù)習(xí)”按鍵，進(jìn)入實(shí)驗(yàn)預(yù)習(xí)模塊后，如圖所示:

0“質(zhì)實(shí)■HI習(xí)

一、實(shí)驗(yàn)?zāi)康?/p>

1.學(xué)生通過本項(xiàng)目虛實(shí)結(jié)合的學(xué)習(xí)過程,，握DNA芯片的基本方法及其對(duì)結(jié)果的分析能力。

2.學(xué)習(xí)腫痛發(fā)病機(jī)制的分析思路，培養(yǎng)其科學(xué)探索精神和創(chuàng)新能力.

二、實(shí)驗(yàn)原理

基因芯片(GeneChip.DNAChip),又稱DNA微陣列(DNAMicorarray),是指按照憒定位置固定在圖相載體上很小

面積內(nèi)的千萬(wàn)個(gè)核酸分子用組成的觸點(diǎn)陣陣列。在一定條件下,載體上的核酸分子可以與來自樣品的序列互樸的核酸片

段雜交,如果杷樣品中的核酸片段進(jìn)行標(biāo)記，在專用的芯片閱讀儀上就可以檢測(cè)到雜交信號(hào)。

應(yīng)用范圍：基因芯片可用于星因表達(dá)檢測(cè)、突變檢測(cè)、基因姐多態(tài)怪分析和基因文摩作圖以及雜交酒序等方面，在

疾病診斷和治療、藥物篩選、農(nóng)作物的優(yōu)育優(yōu)選、司法鰲定、食品衛(wèi)生監(jiān)督.環(huán)境檢測(cè)、國(guó)防、航天等許多領(lǐng)域都能發(fā)

下一頁(yè)

>點(diǎn)擊I后進(jìn)行下一頁(yè)查看，如圖所示:

4利用弓片wa腿舁表達(dá)傷JI女匕

0/黑芋紇

實(shí)M習(xí)

ACUMGLMVUam

三、實(shí)驗(yàn)儀器設(shè)備

周心機(jī)、水浴鍋、冰箱、金屬浴、揭床等

離心機(jī)水浴鍋泳箱

上一頁(yè)

?空干燥采電儀SureScanD(◎陣外芯片掃播儀

下一頁(yè)

*3制和國(guó)芯片檢at區(qū)的w號(hào)聶達(dá)則仿瓦安u

⑥善算帶優(yōu)

實(shí)M返回

*AX?CUMAiasm

四、實(shí)驗(yàn)材料

癌組織和癌旁出線;tl子，緩沖液.含有。ligo-dT的寓心柱，紅綠靈光標(biāo)記液,芯片洗脫液,芯片掃描儀,移液器

和槍頭,對(duì)心管等。

e

謂子芯片洗脫液寓心管

移液器移液槍頭上一頁(yè)

下一頁(yè)

上一頁(yè)

>軟件支持回顧學(xué)習(xí)操作，點(diǎn)擊I可返回進(jìn)行查看。

返回

>學(xué)習(xí)完成后點(diǎn)擊右上方I，返回功能模塊界面。

4.實(shí)驗(yàn)介紹模塊

實(shí)驗(yàn)介紹內(nèi)容主要運(yùn)用FLASH加文字解析，針對(duì)實(shí)驗(yàn)過程原理進(jìn)行動(dòng)態(tài)解析。

>在軟件主界面單擊“實(shí)驗(yàn)介紹”按鈕，進(jìn)入實(shí)驗(yàn)介紹模塊：

a利用“因芯片噓園的UR表達(dá)麗仿K實(shí)蛉

>界面中咄汨■犍主要針對(duì)當(dāng)前動(dòng)畫進(jìn)行播放控制，點(diǎn)擊后出現(xiàn)動(dòng)畫解析，并出現(xiàn)

■SB3鍵;支持當(dāng)前動(dòng)畫往復(fù)查看學(xué)習(xí)。

?利用“國(guó)萬(wàn)片檢知煙的v異衰兇mas*賓蛉-x

>UI±11?按鍵主要針對(duì)動(dòng)畫順序進(jìn)行前進(jìn)和后退的查看，支持往復(fù)學(xué)習(xí)。

e利用■國(guó)芯片檢窩“因的m號(hào)喂達(dá)盲算仍直買蛉

返回

>學(xué)習(xí)完成后點(diǎn)擊右上方返回功能模塊界面

5.實(shí)驗(yàn)操作模塊

實(shí)驗(yàn)操作內(nèi)容主要包括“制作熒光標(biāo)記的cDNA”和“芯片雜交”兩方面內(nèi)容。

>在軟件主界面單擊“實(shí)驗(yàn)操作”按鈕，進(jìn)入實(shí)驗(yàn)操作模塊:

<3利用“歐;片檢觸煙的V印1gtKK6H安玲

>軟件左邊欄為分項(xiàng)步驟短語(yǔ)；左下角為詳細(xì)步驟介紹；右邊為工具欄，便于進(jìn)行實(shí)驗(yàn)物

品轉(zhuǎn)移。

司“用—x松im因的叁目袁達(dá)。①亶力穩(wěn)

>跟據(jù)提示，加入oligoDT：

<2利用HE3t5片椅2國(guó)的坦口*達(dá)后E6K富尊-X

<3利用“因u片檢窩“因的m號(hào)表的r投仿K女電

>操作過程中，溶液帶了名稱屬性，便于學(xué)生理解實(shí)驗(yàn)。

>RNA水浴變性:

<3利用WE9芯片啥劇疆田的且異**達(dá)虎K16真通

工具欄

水浴條件：70t/10min

單位：min

>學(xué)習(xí)查看相關(guān)知識(shí)點(diǎn)。

43利用H既片核2國(guó)的圣a澳達(dá)由USJI富通

>學(xué)習(xí)反轉(zhuǎn)錄原理動(dòng)畫:

>加入反轉(zhuǎn)錄體系:

W利用響弓片愴au臉？e?表達(dá)dtttt仿?安蛉

>cDNA離心純化;

就“辛悅

ncwraiMvuum

?6M9R?<

?^rtCFTT'

?ZMOI2)

"肝食

CK?女

號(hào)■?三次加但?化M”>?lZ3r>*Olmc取出Hl.m!MT點(diǎn)開,RUU9中用

>反轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物濃縮干燥:

>加入雜交液:

>知識(shí)點(diǎn)查看學(xué)習(xí):

>雜交液變性:

>標(biāo)記序列陣:

>轉(zhuǎn)移雜交液于序列陣上:

艙上H垸

MAXIMO

>雜父原理動(dòng)畫學(xué)習(xí):

>搖床孵化2小時(shí):

>冰箱過夜存放

>去除序列陣上的水珠:

>一次洗脫:

>二次洗脫:

>三次洗脫:

>保存序列陣玻片:

>實(shí)驗(yàn)完成。

工具欄

芯片處理：

1.打開SureScaiDx微陣列芯片掃描儀，打開掃描軟

件

2%擊掃描紅色出現(xiàn)紅色的矩陣

3.點(diǎn)擊掃描雅

4片擊合成異紅色和綠色，將兩矩陣合并。

5.分析數(shù)據(jù)：紅色的點(diǎn)代表在癌組織中高表達(dá)的基因

綠色的點(diǎn)代表右:總旁組織中高衰達(dá)的基因。

6.實(shí)驗(yàn)評(píng)價(jià)模塊

實(shí)驗(yàn)評(píng)價(jià)模塊主要由實(shí)驗(yàn)評(píng)價(jià)試題組成。

>在軟件主界面單擊“實(shí)驗(yàn)評(píng)價(jià)”按鈕，進(jìn)入實(shí)驗(yàn)評(píng)價(jià)模塊:

實(shí)*評(píng)價(jià)

AK*M*IMVUtMTl

1.下列那種初質(zhì)是基因表達(dá)的中間產(chǎn)物，并且是檢測(cè)特定基因是否表達(dá)的常用指標(biāo).（）

A.mRNA