！張緒超教授解讀中國首個《NGS報告解讀指引》

最新！張緒超教授解讀中國首個《NGS報告解讀指引》2021年3月，《二代測序臨床報告解讀指引》（以下簡稱《指引》）在《循證醫(yī)學(xué)》正式發(fā)布，作為中國首個針對二代測序（NextGenerationSequencing,NGS）報告解讀規(guī)范性文件，《指引》不僅為檢驗機構(gòu)提供了如何規(guī)范NGS報告的指南，也為臨床醫(yī)生提供了解讀策略，將進一步規(guī)范中國腫瘤NGS報告的臨床實踐，為廣大患者的臨床獲益提供保障。我們邀請了《指引》的執(zhí)筆組長，廣東省肺癌研究所所長張緒超教授，為我們講述《指引》誕生背后的故事?！缸屩袊R床醫(yī)生能夠在二代測序報告解讀當(dāng)中成為專家，更準確地把報告數(shù)據(jù)應(yīng)于臨床精準診斷和用藥」Q：張緒超教授，您好，首先恭喜《二代測序臨床報告解讀指引》正式發(fā)布，您作為執(zhí)筆組長，能為我們介紹一下《指引》的初衷和目標嗎？張緒超教授：NGS檢測服務(wù)已經(jīng)成為臨床實踐的常規(guī)，也是臨床精準用藥的必備工具。但全球臨床醫(yī)生在NGS解讀報告能力方面都有待進一步提升，如果過度解讀、無法解讀或者是不正確的解讀具體報告，都不利于患者臨床用藥。國際上第三方公司和管理機構(gòu)都要求規(guī)范的報告結(jié)果和解讀，這種規(guī)范對于NGS最后一公里應(yīng)用于臨床非常重要。所以我們制定《指引》的目標和初衷就是讓中國臨床醫(yī)生能夠在二代測序報告解讀當(dāng)中成為專家，能夠更好地、更準確地把這些報告的數(shù)據(jù)應(yīng)用于臨床精準診斷和用藥?！负啙嵜鞔_，能夠讓醫(yī)生一看就懂」Q：《二代測序臨床報告解讀指引》有哪些亮點？張緒超教授：《指引》亮點主要包括：●第一是簡潔精煉專家組是希望通過簡化的方式，讓我們臨床醫(yī)生一看就能夠理解，從而快速、準確解讀NGS報告?！吨敢芬彩俏覀儸F(xiàn)在知道的首個針對二代測序報告解讀規(guī)范性文件（中文版）。●第二是凝聚多學(xué)科專家的智慧《指引》在吳一龍教授（CSCO臨床腫瘤標志物主任委員、《指引》名譽主編）帶領(lǐng)下，匯聚80多位專家參與討論并成功撰寫最終定稿。綜合了臨床分子病理學(xué)、分子生物學(xué)和生物信息學(xué)等多個領(lǐng)域的專家的意見和建議，適用于當(dāng)前的腫瘤二代測序的臨床應(yīng)用和解讀。其中最大的亮點就是簡潔明確，能夠讓醫(yī)生一看就懂，能夠把NGS關(guān)鍵性信息準確的抓取出來，應(yīng)用臨床?！溉蟛糠纸M成《二代測序臨床報告解讀指引》核心內(nèi)容」Q：您能否為我們介紹一下《二代測序臨床報告解讀指引》內(nèi)容，并舉例說明該《指引》對臨床的具體價值？張緒超教授：我們通過簡潔明確的方式讓醫(yī)生掌握解讀NGS報告的三大核心內(nèi)容：驅(qū)動基因變異解讀、臨床決策的關(guān)鍵點，以及報告質(zhì)控。第一部分驅(qū)動基因，主要內(nèi)容是怎么樣去抓取最關(guān)鍵的驅(qū)動基因，特別是可靶向的基因的變異，它既是變異的信息，也是用藥的靶點，是能夠影響臨床決策的內(nèi)容。為此，我們提供了一個決策樹，幫助臨床專家理解單個的驅(qū)動基因以及多個驅(qū)動基因變異的差異，以及在臨床不同的場景下的解決方案，準確的把這些關(guān)鍵性信息應(yīng)用于臨床。第二部分是臨床決策的關(guān)鍵點有哪些？特別是全陰報告的解讀、單個的變異位點和多個變異位點的解讀邏輯，胚系的突變?nèi)绾稳シ旨壸⑨?，以及如何把這些信息綜合起來應(yīng)用臨床。舉個例子，一份全陰報告也會影響臨床決策。首先我們要關(guān)注全陰報告是不是真陰性，這時我們要進一步看第三部分：報告的質(zhì)量。第三部分報告的質(zhì)控（QualityControl，以下簡稱「QC」）是任何一個臨床檢測都要關(guān)注的內(nèi)容。

NGS作為一個復(fù)雜的系統(tǒng)工具，更要關(guān)注QC，所以我們專門描述了如何讓臨床醫(yī)生看懂QC，判斷該檢測報告是否提供了確鑿的信息幫助醫(yī)生決策。即使是陰性的報告，也能幫助醫(yī)生判斷臨床管理的患者當(dāng)前基因狀態(tài)，具有一定的參考價值。我們也希望廣大臨床醫(yī)生在應(yīng)用《指引》的時候，能夠?qū)@三個部分進行一些歸納總結(jié)，以自己的方式去準確把握NGS報告的解讀?！溉轿魂P(guān)注NGS報告質(zhì)控」Q：您剛剛提到對于一份NGS報告，質(zhì)控是非常重要的，您能否詳細說明一下標準的質(zhì)控都包含哪些？另外為什么這么重要？張緒超教授：NGS作為一個復(fù)雜的系統(tǒng)、多步驟的臨床基因檢測工具，一份準確的報告是來自于各個環(huán)節(jié)高質(zhì)量的完成。所以它的質(zhì)控是分成多方面的，可以簡單的分為樣本分析前、分析過程、分析后。分析前包括了臨床樣本的采集，如果是腫瘤組織標本，我們要知道腫瘤細胞的含量是多少；如果是采集血液樣本、血漿樣本，我們應(yīng)該知道血漿樣本的DNA的質(zhì)量、數(shù)量。分析中的實驗過程，建庫數(shù)據(jù)質(zhì)控是關(guān)鍵性的參數(shù)。在可報告的范圍，在數(shù)據(jù)分析的過程中，實驗過后數(shù)據(jù)獲得和分析也很重要，采用什么樣的流程來進行數(shù)據(jù)的最終分析？以及檢測的這些靶向測序的范圍是否覆蓋度達到了我們的預(yù)期要求，每一個堿基的Q30值（表示一個堿基的質(zhì)量值，也表示該堿基錯誤率百分比。Q30指堿基質(zhì)量值為30，錯誤率為0.1%，正確率為99.99%。），是否達到我們的質(zhì)控要求等關(guān)鍵性參數(shù)。質(zhì)控報告里面還要包括一些生物材料的信息，檢測方法以及這些檢測方法帶來的局限性是什么。一般情況下，檢測報告要求要把上述這些關(guān)鍵點呈現(xiàn)出來，讓臨床醫(yī)生想要去獲得相關(guān)信息時，一看就知道樣本處理是不是合格的，實驗過程是不是合格的，以及數(shù)據(jù)的分析和報告是不是規(guī)范的。如果這些質(zhì)控點都是合格的，我們相信這一份報告的質(zhì)量是非常好的?！敢后w活檢是臨床當(dāng)前和未來非常重要的一種方式」Q：今年肺癌高峰論壇吳一龍教授《肺癌MRD的檢測和臨床應(yīng)用共識》的制定將液體活檢的應(yīng)用推到了一個新的領(lǐng)域和高度，您如何看液體活檢的應(yīng)用前景和挑戰(zhàn)？張緒超教授：液體活檢是非常重要的一種方式，它已經(jīng)應(yīng)用于臨床，而且應(yīng)用范圍會越來越廣泛：不僅是所應(yīng)用的生物材料更加廣泛，它的技術(shù)也更加廣泛。液體活檢在臨床的管理過程當(dāng)中，適用于包括疾病的全程管理在內(nèi)的各個場景，已經(jīng)成為臨床當(dāng)前和未來非常重要的一種方式。以微小殘留病灶（MinimalResidualDisease，MRD）為例，作為微小疾病，MRD是指已經(jīng)明確診斷的病人，在治療過程當(dāng)中，比如手術(shù)干預(yù)切除或在獲得很好的治療之后，通過血液液體活檢的方式來探測病人體內(nèi)是否還存在這種分子疾病。這無疑對當(dāng)前的檢測技術(shù)是一個很大的挑戰(zhàn)，技術(shù)上的挑戰(zhàn)要求我們把技術(shù)的能力更加提高，才能夠探測到這些微小的信息。它所面臨的挑戰(zhàn)包括兩方面，首先技術(shù)上要非常精準和敏感；其次我們對于MRD的方法要進一步的優(yōu)化，通過更加嚴格地質(zhì)控來強化檢測質(zhì)量以及它的敏感性。2020年，全球范圍內(nèi)多個機構(gòu)在研究MRD時取得了出色的成果，這些成果告訴我們探測MRD時，在保證生物材料的質(zhì)量的條件下，要把檢測技術(shù)進一步推高，包括：考慮檢測的基因數(shù)和位點數(shù)。從二代測序的角度是檢測多大范圍的區(qū)域，比如我們可以測100個基因、測500個基因，還是測1，000個基因，甚至測全外顯子組或者是全基因組，這都是可選的；另外還要考慮要探測病人的位點數(shù)，就是腫瘤細胞所攜帶的這些基因變異的位點數(shù)。所以要結(jié)合這兩個方面來選擇（適合患者的）測序的基因范圍有多少，測序的位點數(shù)有多少，然后相應(yīng)的數(shù)據(jù)深度達到多少，也就是數(shù)據(jù)量達到多少。MRD具有很好的應(yīng)用前景。在病人全程管理過程中，我們要探測什么時候會出現(xiàn)疾病的復(fù)發(fā)，在什么樣的時機進行更好的干預(yù)能夠最大化病人的生存獲益，MRD的檢測技術(shù)在未來將助力于上述過程，當(dāng)然在未來還要對MRD的檢測技術(shù)方法進行更加詳細的驗證和優(yōu)化?！负玫囊后w活檢能力，經(jīng)得起全球考驗」Q：您剛剛提到，血檢的質(zhì)控更加重要，您會關(guān)注哪些血檢的重要的指標或維度？對于血液檢測能力，有沒有專門的評判標準呢？張緒超教授：對于血液檢測，生物材料不像腫瘤組織，我們只能從血漿DNA或者RNA層面來進行判斷。首先生物材料的要求很高；其次我們對于一種檢測技術(shù)方法的判定有一套參數(shù)，比如說敏感度、特異度、陽性預(yù)測值、陰性預(yù)測值、準確度以及可重復(fù)性等等，這一系列的驗證參數(shù)是幫助我們來判斷血檢的技術(shù)方法是不是達到了臨床要求的依據(jù)。國內(nèi)外各類型高通量室間質(zhì)評以及高通量檢測資質(zhì)的認證，是評價一個優(yōu)秀檢測機構(gòu)的參考。國家（或地方）衛(wèi)健委臨床檢測中心的資格評估或者病理學(xué)會的資格評估，以及國際上的一些資格認證，都是非常好的檢測機構(gòu)資質(zhì)。值得一提的是，美國的食品藥品監(jiān)督管理局（FoodandDrugAdministration，F(xiàn)DA）目前推進到第四期的MAQC（MicroarrayQualityControl）系列項目（MAQC4），就是旨在針對二代測序在臨床應(yīng)用當(dāng)中的質(zhì)量評估，為腫瘤的精準診療的臨床應(yīng)用制定行業(yè)指南和標準。MAQC4項目邀請了多家國際檢測的頭部公司在二代測序的平臺上進行性能分析驗證研究，為所有參與機構(gòu)設(shè)置了極為嚴格的實驗流程，包含對組織檢測和液體活檢雙重評估。最終液體活檢相關(guān)結(jié)果將發(fā)布在國際權(quán)威雜志NatureBiotechnology上。中國的企業(yè)燃石醫(yī)學(xué)受邀參與了該項目，取得了組織和液體活檢測試研究中的優(yōu)秀結(jié)果?！讣夹g(shù)的更新迭代將推動行業(yè)的標準制定」Q：我們知道您在2016年作為主要參與人制定了《二代測序共識》，現(xiàn)在又制定了《二代測序臨床報告解讀指引》，后續(xù)您還會有推動行業(yè)的其他計劃嗎？張緒超教授：我們的技術(shù)在日新月異。我們的技術(shù)不僅僅止步于當(dāng)年的一代測序，qPCR以及現(xiàn)在的二代測序，實際上已經(jīng)看到很多其他技術(shù)在逐漸接近臨床應(yīng)用，比如說未來的組合測序技術(shù)，包括RNA、DNA的組合測序，包括表觀遺傳學(xué)測序，甚至包括單細胞測序等等。在適當(dāng)?shù)臈l件下，如數(shù)據(jù)能夠取得很好的循證醫(yī)學(xué)證據(jù)給臨床帶來益處，同時性價比也能夠被臨床去接受，則未來有望進入臨床。這種技術(shù)的更新迭代會推動行業(yè)的標準制定。像本次《指引》或者以前的《二代測序共識》，也正是基于這些技術(shù)在臨床應(yīng)用的可及性來制定的相應(yīng)的一些參考，我們相信在未來也會做相關(guān)計劃。2021年，我們計劃與燃石醫(yī)學(xué)一起合作成立的NGS學(xué)院，目標也是一樣的，是致力于為臨床專家傳遞最新的NGS知識，我們今年也會進行多次的巡講來推廣這些行業(yè)的共識和指引，能夠使更多的醫(yī)生或甚至是患者理解二代測序報告——由復(fù)雜變簡單變明晰，明確應(yīng)用于臨床。當(dāng)然在未來還要跟很多臨床合作，在液體活檢領(lǐng)域里面也要制定相應(yīng)的指引或者共識，最終達到檢測行業(yè)的整體規(guī)范化。比如說現(xiàn)在的NGS報告，未來如何把所謂的等位基因頻率以及復(fù)合基因頻率綜合應(yīng)用于臨床。腫瘤是非常復(fù)雜的，它不可能是一個基因的變異，很多條件下，特別是在靶向治療耐藥過后，在進行過多次治療之后腫瘤演化的越來越復(fù)雜，NGS的報告能否去厘清腫瘤當(dāng)中亞克隆的分布規(guī)律，以及它的可用藥的靶點的分布規(guī)律是非常重要的。在未來越來越多的數(shù)據(jù)能夠提示臨床時（在循證醫(yī)學(xué)證據(jù)的基礎(chǔ)上），同樣要制定相應(yīng)的這種解讀的指南、指引。其他新興技術(shù)的應(yīng)用，比如三代測序技術(shù)、組合測序技術(shù)、單細胞測序技術(shù)應(yīng)用于臨床，同樣也要進行相應(yīng)的臨床應(yīng)用共識的制定。需要依賴于學(xué)會、廣大的專家、管理機構(gòu)和第三方公司等所有利益相關(guān)方的參與，才能制定一個合理又比較接近于臨床應(yīng)用、可用的這種共識或者指引，這個方向是非常明確的，未來我們也期待更多的專家和企業(yè)加入到行業(yè)規(guī)范的共識和指南的制定中。關(guān)于燃石醫(yī)學(xué)燃石醫(yī)學(xué)（納斯達克代碼：BNR）成立于2014年，公司使命為“用科學(xué)守護生命之光”，專注于為腫瘤精準醫(yī)療提供具有臨床價值的二代基