生物信息學(xué)實(shí)驗(yàn)課件

2實(shí)驗(yàn)二常用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方法及數(shù)據(jù)格式2生物信息學(xué)實(shí)驗(yàn)2實(shí)驗(yàn)二常用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方法及數(shù)據(jù)格式2實(shí)驗(yàn)二常用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方法及數(shù)據(jù)格式2實(shí)驗(yàn)二常用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方法及數(shù)據(jù)格式2實(shí)驗(yàn)?zāi)康?.了解ncbi所提供的在線entrez檢索方法。2.了解EBI所提供的SRS檢索方法。3.熟悉查詢swiss-prot蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)的查詢。4.詳細(xì)了解三大核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)之一的GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)平面文件Flatfile。5.詳細(xì)了解蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)PDB數(shù)據(jù)庫(kù)中的pdb文件。2實(shí)驗(yàn)二常用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方法及數(shù)據(jù)格式2實(shí)驗(yàn)材料計(jì)算機(jī)，網(wǎng)絡(luò)。2實(shí)驗(yàn)二常用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方法及數(shù)據(jù)格式2實(shí)驗(yàn)過(guò)程1.Entrez檢索方法NCBIAlldatabaseEntrez查詢某一關(guān)鍵詞（eg.Helicase，insulin，topoisomerase，gyrase，hemoglobin。）依次點(diǎn)擊各個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)查看2實(shí)驗(yàn)二常用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方法及數(shù)據(jù)格式22實(shí)驗(yàn)二常用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方法及數(shù)據(jù)格式22實(shí)驗(yàn)二常用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方法及數(shù)據(jù)格式22實(shí)驗(yàn)二常用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方法及數(shù)據(jù)格式2實(shí)驗(yàn)過(guò)程2實(shí)驗(yàn)二常用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方法及數(shù)據(jù)格式22實(shí)驗(yàn)二常用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方法及數(shù)據(jù)格式2GenPept文件下載2實(shí)驗(yàn)二常用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方法及數(shù)據(jù)格式2平面文件獲得查詢某一條核酸序列獲得平面文件保存或者下載用寫字板（記事本）打開(kāi)2實(shí)驗(yàn)二常用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方法及數(shù)據(jù)格式2實(shí)驗(yàn)過(guò)程2.SRS檢索方法。EBISRS@EBIchoicedatabase查詢某一關(guān)鍵詞（eg.Helicase，insulin，topoisomerase，gyrase，hemoglobin。）2實(shí)驗(yàn)二常用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方法及數(shù)據(jù)格式22實(shí)驗(yàn)二常用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方法及數(shù)據(jù)格式22實(shí)驗(yàn)二常用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方法及數(shù)據(jù)格式2實(shí)驗(yàn)過(guò)程3.Swiss-prot查詢方法。Swiss-protSRS@EBIchoicedatabase查詢某一關(guān)鍵詞（eg.Helicase，insulin，topoisomerase，gyrase，hemoglobin）。2實(shí)驗(yàn)二常用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方法及數(shù)據(jù)格式22實(shí)驗(yàn)二常用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方法及數(shù)據(jù)格式22實(shí)驗(yàn)二常用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方法及數(shù)據(jù)格式22實(shí)驗(yàn)二常用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方法及數(shù)據(jù)格式22實(shí)驗(yàn)二常用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方法及數(shù)據(jù)格式24.GenBankflatfile（GBFF）內(nèi)容。是GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)的基本信息單位，也是最廣泛地用以表示生物序列的格式之一。GenPept文件GBFF可以分成三個(gè)部分，頭部包含關(guān)于整個(gè)記錄的信息（描述符）。第二部分包含了注釋這一記錄的特性，第三部分是核苷酸序列自身。所有的核苷酸數(shù)據(jù)庫(kù)記錄（DDBJ/EMBL/GenBank）都在最后一行以//結(jié)尾。2實(shí)驗(yàn)二常用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方法及數(shù)據(jù)格式22實(shí)驗(yàn)二常用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方法及數(shù)據(jù)格式22實(shí)驗(yàn)二常用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方法及數(shù)據(jù)格式2實(shí)驗(yàn)過(guò)程5.PDB文件的獲得進(jìn)入PDB數(shù)據(jù)庫(kù)查詢某蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)（eg：1d3y）下載結(jié)構(gòu)到本地電腦用寫字板（記事本）打開(kāi)2實(shí)驗(yàn)二常用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方法及數(shù)據(jù)格式22實(shí)驗(yàn)二常用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方法及數(shù)據(jù)格式2源自PDB結(jié)構(gòu)記錄的內(nèi)容PDB記錄包括兩個(gè)序列信息備份：隱性序列和顯性序列。

顯性序列在PDB文件中以關(guān)鍵詞SEQRES打頭逐行存儲(chǔ)。隱性序列蘊(yùn)涵在由PDB文件中的ATOM記錄及相應(yīng)（X，Y，Z）位置坐標(biāo)構(gòu)成的化學(xué)立體結(jié)構(gòu)中。

實(shí)踐中，許多PDB文件瀏覽器，如Rasmol，僅用隱性序列重構(gòu)PDB記錄蛋白質(zhì)的化學(xué)圖象，而忽略由SEQRES引導(dǎo)的顯性序列信息。

2實(shí)驗(yàn)二常用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方法及數(shù)據(jù)格式2文件頭部2實(shí)驗(yàn)二常用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方法及數(shù)據(jù)格式2顯性序列2實(shí)驗(yàn)二常用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方法及數(shù)據(jù)格式22實(shí)驗(yàn)二常用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方法及數(shù)據(jù)格式2隱性序列2實(shí)驗(yàn)二常用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢