生物信息學實驗課件

2實驗二常用分子生物學數(shù)據(jù)庫檢索方法及數(shù)據(jù)格式2生物信息學實驗2實驗二常用分子生物學數(shù)據(jù)庫檢索方法及數(shù)據(jù)格式2實驗二常用分子生物學數(shù)據(jù)庫檢索方法及數(shù)據(jù)格式2實驗二常用分子生物學數(shù)據(jù)庫檢索方法及數(shù)據(jù)格式2實驗目的1.了解ncbi所提供的在線entrez檢索方法。2.了解EBI所提供的SRS檢索方法。3.熟悉查詢swiss-prot蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫的查詢。4.詳細了解三大核酸序列數(shù)據(jù)庫之一的GenBank數(shù)據(jù)庫平面文件Flatfile。5.詳細了解蛋白質(zhì)結構數(shù)據(jù)庫PDB數(shù)據(jù)庫中的pdb文件。2實驗二常用分子生物學數(shù)據(jù)庫檢索方法及數(shù)據(jù)格式2實驗材料計算機，網(wǎng)絡。2實驗二常用分子生物學數(shù)據(jù)庫檢索方法及數(shù)據(jù)格式2實驗過程1.Entrez檢索方法NCBIAlldatabaseEntrez查詢某一關鍵詞（eg.Helicase，insulin，topoisomerase，gyrase，hemoglobin。）依次點擊各個數(shù)據(jù)庫查看2實驗二常用分子生物學數(shù)據(jù)庫檢索方法及數(shù)據(jù)格式22實驗二常用分子生物學數(shù)據(jù)庫檢索方法及數(shù)據(jù)格式22實驗二常用分子生物學數(shù)據(jù)庫檢索方法及數(shù)據(jù)格式22實驗二常用分子生物學數(shù)據(jù)庫檢索方法及數(shù)據(jù)格式2實驗過程2實驗二常用分子生物學數(shù)據(jù)庫檢索方法及數(shù)據(jù)格式22實驗二常用分子生物學數(shù)據(jù)庫檢索方法及數(shù)據(jù)格式2GenPept文件下載2實驗二常用分子生物學數(shù)據(jù)庫檢索方法及數(shù)據(jù)格式2平面文件獲得查詢某一條核酸序列獲得平面文件保存或者下載用寫字板（記事本）打開2實驗二常用分子生物學數(shù)據(jù)庫檢索方法及數(shù)據(jù)格式2實驗過程2.SRS檢索方法。EBISRS@EBIchoicedatabase查詢某一關鍵詞（eg.Helicase，insulin，topoisomerase，gyrase，hemoglobin。）2實驗二常用分子生物學數(shù)據(jù)庫檢索方法及數(shù)據(jù)格式22實驗二常用分子生物學數(shù)據(jù)庫檢索方法及數(shù)據(jù)格式22實驗二常用分子生物學數(shù)據(jù)庫檢索方法及數(shù)據(jù)格式2實驗過程3.Swiss-prot查詢方法。Swiss-protSRS@EBIchoicedatabase查詢某一關鍵詞（eg.Helicase，insulin，topoisomerase，gyrase，hemoglobin）。2實驗二常用分子生物學數(shù)據(jù)庫檢索方法及數(shù)據(jù)格式22實驗二常用分子生物學數(shù)據(jù)庫檢索方法及數(shù)據(jù)格式22實驗二常用分子生物學數(shù)據(jù)庫檢索方法及數(shù)據(jù)格式22實驗二常用分子生物學數(shù)據(jù)庫檢索方法及數(shù)據(jù)格式22實驗二常用分子生物學數(shù)據(jù)庫檢索方法及數(shù)據(jù)格式24.GenBankflatfile（GBFF）內(nèi)容。是GenBank數(shù)據(jù)庫的基本信息單位，也是最廣泛地用以表示生物序列的格式之一。GenPept文件GBFF可以分成三個部分，頭部包含關于整個記錄的信息（描述符）。第二部分包含了注釋這一記錄的特性，第三部分是核苷酸序列自身。所有的核苷酸數(shù)據(jù)庫記錄（DDBJ/EMBL/GenBank）都在最后一行以//結尾。2實驗二常用分子生物學數(shù)據(jù)庫檢索方法及數(shù)據(jù)格式22實驗二常用分子生物學數(shù)據(jù)庫檢索方法及數(shù)據(jù)格式22實驗二常用分子生物學數(shù)據(jù)庫檢索方法及數(shù)據(jù)格式2實驗過程5.PDB文件的獲得進入PDB數(shù)據(jù)庫查詢某蛋白質(zhì)的結構（eg：1d3y）下載結構到本地電腦用寫字板（記事本）打開2實驗二常用分子生物學數(shù)據(jù)庫檢索方法及數(shù)據(jù)格式22實驗二常用分子生物學數(shù)據(jù)庫檢索方法及數(shù)據(jù)格式2源自PDB結構記錄的內(nèi)容PDB記錄包括兩個序列信息備份：隱性序列和顯性序列。

顯性序列在PDB文件中以關鍵詞SEQRES打頭逐行存儲。隱性序列蘊涵在由PDB文件中的ATOM記錄及相應（X，Y，Z）位置坐標構成的化學立體結構中。

實踐中，許多PDB文件瀏覽器，如Rasmol，僅用隱性序列重構PDB記錄蛋白質(zhì)的化學圖象，而忽略由SEQRES引導的顯性序列信息。

2實驗二常用分子生物學數(shù)據(jù)庫檢索方法及數(shù)據(jù)格式2文件頭部2實驗二常用分子生物學數(shù)據(jù)庫檢索方法及數(shù)據(jù)格式2顯性序列2實驗二常用分子生物學數(shù)據(jù)庫檢索方法及數(shù)據(jù)格式22實驗二常用分子生物學數(shù)據(jù)庫檢索方法及數(shù)據(jù)格式2隱性序列2實驗二常用分子生物學數(shù)據(jù)庫檢