非編碼RNA研究專題09ceRNA實(shí)戰(zhàn)(1)數(shù)據(jù)獲取與分析_第1頁
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?ceRNA實(shí)戰(zhàn)1——數(shù)據(jù)獲取與分析解螺旋|知識(shí)金牌解

螺

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醫(yī)

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成

長知識(shí)金牌本期課程知識(shí)金牌存儲(chǔ)芯片及測序的DB解螺旋|陪伴醫(yī)生科研成長NCBI GEO、SRAEBI

ENACAS

BIGD知識(shí)金牌GEO簡介解螺旋|陪伴醫(yī)生科研成長GEO全名是Gene

Expression

Omnibus，它是NCBI下面的一個(gè)專門存儲(chǔ)中、高通量數(shù)據(jù)庫的公共倉庫研究者可以自由地把實(shí)驗(yàn)室里產(chǎn)生的芯片、NGS乃至定量PCR數(shù)據(jù)上傳到這里供全球科研工作者共享現(xiàn)在我們可以注意到的一點(diǎn)是很多雜志在接收文章時(shí)越來越多地要求作者把數(shù)據(jù)先放到公共數(shù)據(jù)庫里去了，文內(nèi)提供數(shù)據(jù)庫索引號(hào)知識(shí)金牌一個(gè)利器：GEO2R解螺旋|陪伴醫(yī)生科研成長簡單點(diǎn)說GEO2R是在線分析GEO內(nèi)數(shù)據(jù)的系統(tǒng)。這個(gè)工具統(tǒng)采用R語言來運(yùn)行，準(zhǔn)確講是GEOquery和limma這兩個(gè)R包GEOquery負(fù)責(zé)數(shù)據(jù)的讀取Limma負(fù)責(zé)數(shù)據(jù)的分析知識(shí)金牌GEO2R的優(yōu)勢解螺旋|陪伴醫(yī)生科研成長GEO2R最大的優(yōu)點(diǎn)就是它是一個(gè)在線的工具不需要我們懂太多的R語言和芯片、NGS分析知識(shí)可以依靠鍵鼠進(jìn)行“傻瓜式”簡單的操作適合臨床醫(yī)生等研究者在線進(jìn)行簡單的探索知識(shí)金牌GEO2R的不足解螺旋|陪伴醫(yī)生科研成長無法進(jìn)行詳盡的、個(gè)性化的數(shù)據(jù)分析只適合進(jìn)行簡單的數(shù)據(jù)探索，很少會(huì)一步滿足我們的需求知識(shí)金牌進(jìn)入GEO2R進(jìn)入GEO2R的方法有兩種：直接從網(wǎng)址進(jìn)入，地址是/geo/geo2r/從GEO的數(shù)據(jù)記錄頁面（也就是GSE結(jié)果頁面）進(jìn)入 以GSE71343為例，先進(jìn)入這個(gè)GSE實(shí)驗(yàn)記錄頁面

/geo/query/acc.cgi?acc=GSE71343在頁面下部就可以看到按鈕解螺旋|陪伴醫(yī)生科研成長解

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